Prezident České republiky dle čl. 62 Ústavy odpouští a zmírňuje tresty uložené soudem a zahlazuje odsouzení. Prezident Miloš Zeman se na začátku svého prvního mandátu symbolicky vzdal práva udělovat milost, později pravomoc částečně přenesl na Ministerstvo spravedlnosti, ponechal si však právo rozhodovat o udělení milosti pro nevyléčitelně nemocné, v tzv. humanitárních případech. Během tří let na počátku svého prvního mandátu neudělil jedinou milost, od roku 2016 udělil 26 milostí. Kontroverzní omilostnění doživotně odsouzeného Jiřího Kajínka, aktivního podnikatele Pavla Podroužka či omilostnění Miloše Baláka, ředitele Lesní správy Lány, vyvolala silnou společenskou odezvu. Udělení milosti Jiřímu Kajínkovi přivedlo odborníky k diskusi o další existenci a formě této pravomoci prezidenta, milost pro Miloše Baláka diskusi znovu oživila a zároveň vedla k úvahám senátorů o podání ústavní žaloby na prezidenta. Kontroverzní milosti pro Janu Nečasovou a společnost Energie – stavební a báňská byly uděleny v samém závěru mandátu.

Postoj k pravomoci milosti Na sklonku srpna 2002 poskytl Miloš Zeman rozhovor deníku Právo, ve kterém představil svůj pohled na výkon funkce prezidenta republiky. Uvedl v něm mimo jiné: „Neměl by přehnaně udělovat milosti a amnestie, ...“ a „Měl by při svých rozhodováních respektovat ty názory lidí, kteří jsou odborně zdatnější než on. Například při udělování milostí respektovat názor ministra spravedlnosti.“

Před svým zvolením prezidentem Miloš Zeman prohlašoval, že milosti a amnestie považuje za feudální přežitek, a proto by milosti neuděloval a zvažoval by jen žádosti nevyléčitelně nemocných odsouzených toužících strávit naprostý závěr života doma. Odsouzený by se ale nesměl dopustit závažných trestných činů. Totéž zopakoval krátce po svém zvolení v diskusním pořadu Partie televize Prima Family.

náhled|vlevo|Miloš Zeman Ve svém prohlášení po inauguraci, předneseném 8. března 2013 na Hradčanském náměstí vedle sochy T. G. Masaryka, stran prezidentské milosti Miloš Zeman prohlásil: „(…) i v Ústavě ČR existují zbytečné monarchistické prvky, jako je například právo prezidenta ČR udělovat amnestii nebo milosti. Sám za sebe se těchto práv dobrovolně vzdávám a přál bych si, aby byla změněna Ústava takovým způsobem, aby jakýkoli můj nástupce nemohl institut amnestie nebo milosti jakýmkoli způsobem zneužít. A to je jeden z mých závazků mé prezidentské funkce.“ Tento závazek byl během jeho dvou mandátů Zemanem mnohokrát porušen.

Ve svém vánočním poselství, které přednesl v televizi 26. prosince 2013, připomněl svůj slib nevyhlašovat amnestii a neudělovat milosti s výjimkou případů nevyléčitelně nemocných, kteří se nedopustili závažného trestného činu. Tento přístup považoval za pojistku před kontroverzními milostmi, které udělili jeho předchůdci V. Havel a V. Klaus. Jako třetí nezbytnou podmínku uváděl prezident zajištěné rodinné zázemí odsouzeného.

V březnu 2015 odstupující ministryně spravedlnosti Helena Válková požádala prezidenta Zemana o zvážení přísných podmínek pro udělování milosti, neboť nemohla předložit téměř žádný návrh na udělení milosti (tři předložené návrhy byly zamítnuty). Prezident připustil možnost polevit v kritériích týkajících se zdravotního stavu nebo rodinného zázemí, zdůraznil však, že neustoupí od podmínky vylučující pachatele zvlášť závažného trestného činu.

V lednu 2018 v předvolebním rozhovoru pro rozhlasovou stanici Frekvence 1 Miloš Zeman uvedl, že udělování milostí by v dalším volebním období omezil pouze na lidi v těžké životní situaci a další milost jako pro Jiřího Kajínka by během druhého mandátu neudělil.

Při jmenování nových soudců v únoru 2020 vysvětloval prezident své rozhodování o milostech a uvedl, že milost volí v případě smrtelně nemocných odsouzených, kterým milost umožní strávit několik měsíců ve své rodině. Zdůraznil, že dosud neudělil milost žádnému tuneláři, protože majetkové trestné delikty by podle prezidenta měly být správně potrestány, aby jejich pachatele nikdo nenapodoboval.

Přenesení pravomoci na ministra spravedlnosti Rozhodnutím prezidenta republiky č. 378/2013 Sb. přenesl Miloš Zeman v listopadu 2013 svoji pravomoc provádět řízení o žádostech o milost a zamítat žádosti na ministra spravedlnosti s výjimkou „žádostí osob trpících závažnou chorobou nebo nevyléčitelnou chorobou bezprostředně ohrožující život, pokud nebudou soudem shledány podmínky pro užití ustanovení § 327 odst. 4 trestního řádu.“

Postup, kdy hlava státu nemá možnost přečíst všechny žádosti, byl kritizován bývalým ministrem spravedlnosti Jiřím Pospíšilem a ústavním právníkem Janem Kyselou jako hraničící s porušením Ústavy. Za převedení pravomoci kritizoval Zemana i předchozí prezident Václav Klaus, který pravomoc vždy chápal jako výsadu hlavy státu, kterou není možné delegovat na úředníky. Podle Klause přenesením pravomoci Zeman poprvé mění ústavní zvyklosti. Advokát Josef Lžičař konstatoval, že udílení milostí jako výsostného práva vycházejícího z Ústavy by se prezident neměl zbavovat. Podobný názor vyjádřil v roce 2014 i náměstek ministryně spravedlnosti Petr Jäger. Josef Lžičař také připomněl, že hlava státu stojí mimo justici a nerozhoduje o vině a trestu, ale dává milostem lidský rozměr. Zrušení možnosti přenesení rozhodování o žádostech o milost na ministerstvo spravedlnosti bylo součástí základních principů trestního řádu připravovaného komisí vedenou Pavlem Šámalem, neboť ústavní pravomoc prezidenta republiky by neměla být přenášena na jiný orgán.

Ministryně spravedlnosti v demisi Marie Benešová v reakci konstatovala, že se vrací staronová praxe, která byla už v minulosti na ministerstvu zažitá. Připomínala tak stav po rozhodnutí prezidenta Václava Havla č. 33/1994 Sb., kterým přenesl pravomoc provádět řízení a zamítat bezdůvodné žádosti na ministra spravedlnosti, trvající až do rozhodnutí Václava Klause č. 254/2003 Sb. rušící rozhodnutí o přenesení.

Zpracování žádostí na ministerstvu spravedlnosti Po přenesení pravomoci ministerstvo spravedlnosti přiznalo technické problémy při zpracování žádostí, především nutnost vyčlenit na jejich vyhodnocení zvláštní tým lidí. Od uvedení prezidenta Zemana do funkce do převedení pravomoci na ministerstvo spravedlnosti v listopadu 2013 nebyly žádosti o milost na Hradě vyřizovány. Dle tehdejší ministryně v demisi Marie Benešové bylo z Hradu na ministerstvo po převedení pravomoci předáno 500 žádostí ke zpracování. Později vyřizování žádostí o milost na ministerstvu zajišťovalo oddělení ústavněprávní s vedoucí, dvěma referenty a sekretářkou. +Počty žádostí Rok Počet 2013 566 2014 690 2015 588 2016 625 2017 747 2018 933 2019 605 2020 807 V roce 2013 došly žádosti týkající se celkem 566 osob, v následujícím roce bylo požádáno o omilostnění 690 osob, v roce 2015 se žádosti týkaly 588 osob a v roce 2016 byla milost žádána pro 625 osob. V roce 2017 dosáhl počet žádostí na číslo 747 a v roce 2018 byl tento počet překonán 933 žádostmi. V roce 2019 počet žádostí klesl na 605, v následujícím roce vzrostl na 807 a v roce 2021 obdrželo ministerstvo do 1. listopadu 636 žádostí. Ministerstvo spravedlnosti evidovalo od roku 2013 do července 2018 celkem 3929 žádostí o milost, s koncem roku 2018 počet dosáhl 4149 žádostí.

Podmínky určené prezidentem vedly k zamítání naprosté většiny žádostí na ministerstvu. Vedoucí oddělení Tereza Krupová v rozhovoru pro Lidové noviny v září 2015 uvedla, že bez opravdu vážného zdravotního stavu bude žádost téměř automaticky zamítnuta, protože závažné zdravotní problémy jsou jediným kritériem umožňujícím postoupit žádost prezidentovi. Podle T. Krupové přicházelo na ministerstvo v průměru 40 žádostí o milost týdně. Někteří vytrvalí žadatelé opakovali žádosti i po měsíci, tyto často opakované žádosti byly rovnou odmítány pro existenci dřívějšího posouzení. Pro jednotlivé vyřizované žádosti byly oddělením následně vyžádány další dokumenty jako informace z vězení či lékařské zprávy, získané informace byly ověřovány. Podle Krupové byla ale velká část žádostí špatně odůvodněná a přísné podmínky stanovené prezidentem neumožňovaly předat žádosti prezidentovi. Jen zlomek žádostí byl předložen k posouzení prezidentovi a i některé z předložených byly prezidentem Zemanem zamítnuty, v srpnu 2018 Lucie Machálková z ministerstva spravedlnosti uvedla 23 žádostí předložených prezidentovi, z čehož 8 žádostí bylo předáno v roce 2018.

V roce 2015 nebyla ani jedna z žádostí postoupena Kanceláři prezidenta republiky (KPR).

V roce 2019 nebyl omilostněn nikdo. Ministerstvo spravedlnosti vybralo v průběhu roku šest žádostí o milost, které postoupilo prezidentovi. Do Vánoc bylo pět žádostí zamítnuto, poslední žádost byla před Vánoci na Hrad předávána.

Na podzim 2016 požádalo ministerstvo spravedlnosti o vyjasnění, jakým způsobem přistupovat k žádostem o milost pro právnické osoby (viz Společnost TENTON). Prezident odmítl firmám milost udělovat, protože nesplňují jím stanovené podmínky.

Ke konci druhého mandátu prezidenta Zemana žádalo o milost stále více lidí – v srpnu 2022 dorazilo na ministerstvo spravedlnosti 60 žádostí, v prosinci 2022 pak 139.

Ministerstvo spravedlnosti v průběhu obou mandátů prezidenta Zemana obdrželo 7646 žádostí o milost. Z nich jen u 58 žádostí vyhodnotilo splnění stanovených podmínek prezidenta republiky. Tyto žádosti postoupilo na Hrad k rozhodnutí, přičemž prezident vyhověl 18 žádostem. Zbylých 8 milostí udělil prezident bez spolupráce s ministerstvem spravedlnosti.

Udělené milosti Zeman během svého prezidentství udělil 26 milostí (v rozhovoru v prosinci 2022 uvedl, že milostí udělil 27), což bylo oproti jeho předchůdcům řádově méně. Během prvního mandátu udělil Zeman devět milostí, v průběhu druhého mandátu jich udělil sedmnáct. Pro srovnání Václav Havel udělil přes 1000 milostí jako federální prezident a 860 milostí jako český prezident, Václav Klaus udělil milost 412 lidem. Přehled udělených milostí Poř. Soulad Udělení Důvod Předmět 1. ano únor 2016 zdravotní stav PZT 2. ano 31. května 2016 zdravotní stav PZT 3. ano 27. září 2016 zdravotní stav ZTS 4. ne 20. listopadu 2016 péče o dítě PZT 5. ano 20. listopadu 2016 zdravotní stav PZT 6. ano 13. prosince 2016 zdravotní stav PZT 7. ano 4. dubna 2017 zdravotní stav PZT 8. ne 23. května 2017 pochybnosti nad rozsudkem PPZT 9. ne 1. března 2018 péče o dítě PZT 10. ano 28. srpna 2018 zdravotní stav PZT 11. ne 22. října 2018 amputace nohou PZT, ZTS 12. ano 22. ledna 2020 zdravotní stav PZT 13. ne 19. března 2020 záchrana života PZT 14. ano 19. března 2020 zdravotní stav PZT 15. ano 18. září 2020 zdravotní stav PZT 16. ne 20. října 2020 péče o děti PPZT 17. ne 16. prosince 2020 záchrana života PZT, REH 18. ne 31. března 2021 zdravotní stav PZT 19. ne 1. června 2021 péče o děti, zdravotní stav PZT 20. ne 9. září 2021 zdravotní stav ZTS, PT 21. ne 26. března 2022 pochybnosti nad rozsudkem PT, REH 22. ne 23. listopadu 2022 nepřiměřenost trestu PZT 23. ne 23. listopadu 2022 nepřiměřenost trestu PZT 24. ne 23. listopadu 2022 nepřiměřenost trestu PZT 25. ne 11. ledna 2023 časový odstup, řádný život PZDPT 26. ne 7. března 2023 dopad na zaměstnance PZT Vysvětlivky: Soulad = soulad s podmínkami prezidenta, (P)PZT = (podmíněné) prominutí zbytku trestu, PT = prominutí trestu, PZDPT = prominutí zkušební doby podmíněného trestu, ZTS = zastavení trestního stíhání, REH = rehabilitace

První milost (Pavel Mareš) První milost dostal v únoru 2016 čtyřiatřicetiletý Pavel Mareš z Pacova na Pelhřimovsku (uváděna je i Plzeň), který byl po odpykání části trestu pro svůj zdravotní stav podmíněně propuštěn do nemocničního ošetřování. V žádosti o milost argumentoval chronickým autoimunitním onemocněním, roztroušenou sklerózou, s nepříznivou prognózou, pro které již měl několikrát přerušený trest, aby mohl být léčen na specializovaném pracovišti.