náhled|vpravo|Území litoměřické diecéze (tmavomodrá) na mapě ČR Nejstarší období historie litoměřické diecéze lze datovat už k přijetí křesťanství za Karla Velikého a Ludvíka II. Němce, kdy území litoměřické diecéze bylo součástí rozsáhlé řezenské diecéze. Před koncem 10. století bylo křesťanství natolik rozšířené, že císař Ota I. založil v roce 973 první českou diecézi (pražskou), která zahrnovala celé Čechy. První kostel v Litoměřicích, zasvěcený svatému Václavovi, byl postaven v roce 925, zatímco v roce 1057 kníže Spytihněv II. nechal vystavět kostel svatého Štěpána a založil kolegiátní kapitulu. Postupem času vznikly četné kláštery; v roce 1384 mělo město s předměstími třináct kostelů a kaplí a kromě četných řeholníků zde působilo dvacet světských kněží, kteří se zabývali duchovní správou. Rozkvět církevní organizace ukončily husitské války. V roce 1421 se Jan Žižka s husitským vojskem objevil u Litoměřic, které byly ušetřeny jen pod podmínkou přijetí husitského náboženství. Jediný kolegiátní kostel, zbavený svého majetku, se pevně držel starého řádu přijímání pod jednou střechou. Husitství bylo předchůdcem protestantismu, který našel již připravenou půdu kvůli dlouhým náboženským válkám, úpadku vzdělanosti církevních hodnostářů, nedostatku kněží a neukázněnosti šlechty, která zbohatla a stala se mocnou díky bohatství a majetku církve. Zpočátku šlechta přijala Lutherovo učení a v mnoha městech brzy došlo k přechodu od utrakvismu k luteránství. Prostřednictvím litoměřického kněze Havla Cahery, Lutherova žáka, se podařilo získat pro protestantismus také město Litoměřice. Třicetiletá válka přinesla reakci. Vítězným tažením císaře v Čechách byla revoluční šlechta svržena, města ztratila svá privilegia a obyvatelé emigrovali nebo se opět stali katolíky. Pro lepší správu rozsáhlé pražské arcidiecéze rozdělil tehdejší biskup hrabě Arnošt Vojtěch z Harrachu, Valdštejnův synovec, její území a dal podnět k vytvoření diecéze královéhradecké a litoměřické jako její sufragány. Litoměřická diecéze byla založena bulou Primitiva illa Ecclesia papeže Alexandra VII. 3. července 1655.Bula byla však hotová již za papeže Inocence X.
náhled|vpravo|První litoměřický biskup Maxmilián Rudolf Schleinitz (Rytina od Jana Jiřího Balzera) Prvním biskupem v Litoměřicích byl roce 1655 jmenován tehdejší probošt litoměřické kolegiátní kapituly Maxmilián Rudolf Schleinitz (1655–1675). Postavil katedrálu, která nahradila malý kolegiátní kostel, zorganizoval diecézi a vynaložil celé své jmění na zvelebení svého sídla. Jeho nástupce, Jaroslav Ignác Šternberk (1676–1709), dokončil katedrálu a postavil biskupskou kurii (1694–1701). Čtvrtý biskup, Jan Adam Vratislav z Mitrovic (1721–1733), spravoval také pražskou arcidiecézi. Za sedmileté války, v době správy Mořice Adolfa Sasko-Zeitzkého (1733–1759), který vybudoval seminář, měla diecéze mnoho starostí s pruským vpádem. Jeho nástupce, Emanuel Arnošt z Valdštejna (1760–1789), se jen obtížně bránil snahám vlády šířit v diecézi osvícenské myšlenky. Kláštery jezuitů, augustiniánů, servitů atd. byly zkonfiskovány, mnoho kostelů jako nepotřebných bylo uzavřeno a všechna bratrstva rozpuštěna. V roce 1784 bylo území diecéze rozšířeno o dva okresy. Další biskup Ferdinand Kindermann ze Schulsteinu (1790–1801), si před svým jmenováním na biskupský stolec získal zaslouženou slávu jako reformátor a organizátor celého vzdělávacího systému v Čechách. Jako biskup pokračoval v řízení školství ve své diecézi. Vybudoval katedrální farní školu a postavil ústav pro vzdělávání dívek v Litoměřicích. Osmý biskup Václav Leopold Chlumčanský z Přestavlk a Chlumčan (1802–1815), pro svou charitativní činnost známý jako „otec chudých“, vybudoval v roce 1805 církevní seminář. Jeho nástupce biskup Josef František Hurdálek (1815–1823) byl donucen rezignovat. Desátý litoměřický biskup Vincenc Eduard Milde (1823–1832) se stal vídeňským arcibiskupem. Biskup Augustin Bartoloměj Hille (1832–1865) otevřel v roce 1851 chlapeckou školu. Po něm nastoupili Augustin Pavel Wahala (1866–1877), v jehož době se ve Varnsdorfu objevila skupina starokatolíků, Antonín Ludvík Frind (1879–1881), známý jako učený autor „Církevních dějin Čech“, a Emanuel Jan Křtitel Schöbel (1882–1909), jemuž diecéze vděčí za mnoho kostelů a zavedení lidových misií, a Josef Gross (1910–1931). Jeho nástupce Alois Weber (1931–1947) prožil ve funkci období II. světové války. Vypomáhal mu ve službě světící biskup Antonín Čech (1923–1929). Poté skončení II. světové války Webera ve službě vystřídal Štěpán Trochta (1947–1974), jehož téměř celý episkopát se odehrával v období komunistické totality. Na sklonku totalitního období se stal litoměřickým biskupem Josef Koukl (1989–2003), který převedl diecézi do nového křesťanského milenia. Na něho navázal Pavel Posád (2003–2008), který ze zdravotních důvodů odstoupil a na jeho místo přišel v roce 2008 Jan Baxant jako 20. litoměřický biskup.
Situace před založením diecéze Hlavní článek: Katedrální kapitula u sv. Štěpána v Litoměřicích Od založení litoměřické kapituly (předcházející administrativně-správní instituce) roku 1057 zastávali litoměřičtí proboštové důležité zemské a říšské úřady. Základem zřízení litoměřického biskupství se proto měla stát inkorporace (začlenění) starobylého proboštství.
Od 15. století se množily nejen nářky jednotlivých litoměřických proboštů na nouzi kapituly a proboštství, ale i jejich prosby o snížení daní a kontribucí. Za probošta Marka Kytlice (1567–1580) hrozil, že se starý gotický kapitulní kostel sv. Štěpána zřítí. V polovině 16. století velká část kněží též protestovala, že téměř 39 let není v Litoměřicích žádný probošt. Byla proto přijata nová statuta kapituly. I když v té době klesl počet kapitulářů na tři – probošt, děkan a kanovník, přesto bylo možné kapitulu zvětšit. Dosavadní proboštství mohlo být přestavěno na biskupskou rezidenci. Proboštové litoměřické kapituly stáli od poloviny 16. století po boku pražských arcibiskupů a pomáhali jim v rekatolizaci Čech.
Za třicetileté války se Litoměřice staly terčem útoku nepřátelských vojsk. Polnosti a vinice byly zničeny, hospodářské budovy zruinovány, poddaní od neustálých kontribucí a kvartýrování vojska úplně na mizině. Například roku 1631 Sasové zapálili celou řadu vesnic v blízkosti Litoměřic a zničili část města. V letech 1634, 1638, 1643 a 1645 pak zde pobývali Švédové pod vedením Torstensona a roku 1648 pod velením generála Königsmarka. Po tzv. vestfálském míru nepřátelské jednotky okupovaly Litoměřice až do 1. října 1649. V takové situaci nacházíme litoměřické proboštství na konci třicetileté války.
Přípravná fáze zřízení diecéze Kardinál Arnošt Vojtěch z Harrachu a litoměřický probošt Maxmilián Rudolf Schleinitz několikrát poukazovali na to, že zvláště Litoměřickému, Žateckému a Boleslavskému kraji pro jejich sousedství se Saskem a Lužicí stále hrozí nebezpečí bludařství. V horských částech těchto krajů žili luteránští predikanti v naprostém klidu. V tomto ohledu zajímavé informace přináší zpráva o poměrech v litoměřickém kraji z roku 1650. Praví se v ní: „Stovky a tisíce obyvatel stále ještě podléhají vlivu predikantů, Kostomlaty, patřící hraběti Černínovi, jsou přímo hnízdem protestantů, shromažďují se tam sedláci k bohoslužbám, a hrozí obava z povstání…“. Litoměřický kraj ležel rovněž v největší vzdálenosti od sídla arcibiskupa pražského a horský ráz ho činil i těžce přístupným.
Harrach a Schleinitz od počátku trvali na tom, aby do nového biskupství bylo litoměřické proboštství inkorporováno. Dále bylo potřeba pro budoucí biskupství zakoupit jedno panství. K tomu měl sloužit výtěžek solní pokladny podle ujednané smlouvy z roku 1630. Dlouho však nebylo možné dosáhnout souhlasu Říma. Ten přišel až 30. července 1632 a úmluva o soli tak byla kurií schválena. Nyní se začalo jednat o koupi panství pro litoměřické biskupství. Nemělo být příliš vzdáleno od Litoměřic kvůli snadnému spojení a dozoru a svou roli tu hrála i otázka peněz, jelikož finanční prostředky byly omezené.
Rovněž bylo zapotřebí vyřešit, u kterého kostela má být biskupství zřízeno. Mnozí se přikláněli k volbě městského kostela, který stál uvnitř hradeb, a byl tak více chráněný. Svatý Štěpán (dnes katedrála) by tedy byl zachován pouze pro probošta. Dále vyvstal problém, které území bude novému biskupství přiděleno, respektive vyňato z pravomoci pražské arcidiecéze. Pražská kapitula ve svém podání z roku 1651 žádala, aby se nová diecéze vztahovala na jeden kraj, a arcibiskupství tudíž nebylo příliš ochuzeno. V Čechách se totiž počítalo se zřízením celkem čtyř nových biskupství.
Jako nejsložitější otázka se jevilo patronátní právo nad novým biskupstvím. Kdo má jmenovat litoměřické biskupy? Císař toto právo žádal pro sebe ze dvou důvodů. Za prvé držel patronátní právo nad proboštstvím a za druhé litoměřické biskupství mělo být zřízeno z výtěžku solní dávky, kterou sám vybíral. Řím však zaujímal odlišné stanovisko – výtěžek ze soli byl věnován církvi jako odškodnění za ztráty utrpěné v době od husitských válek do války třicetileté. Církev považovala tento výtěžek za svůj. Byla tudíž přesvědčena, že právo ustanovit biskupa je na straně Říma. Právě tato otázka představovala největší překážku celého řízení. Konečně část stavů nesouhlasila se zřízením nových biskupství. Obnovené zemské zřízení z roku 1627 totiž povýšilo preláty na první zemský stav, a ti díky tomu získali nejvlivnější postavení v zemském sněmu. Světští stavové se obávali stále vzrůstajícího vlivu církve na řešení zemských a státních záležitostí. Dokonce pražská kapitula se ve svém dobrozdání z 1. července 1654 postavila proti zřízení nových biskupství, ačkoliv předtím zastávala kladné stanovisko. První litoměřický biskup Schleinitz má tak největší zásluhu na překonání všech překážek a dokončení celého přípravného řízení, které vedlo k založení litoměřického biskupství.
Hospodářské a technické zajištění Probošt Schleinitz v roce 1640 pro litoměřické biskupství doporučil panství Stvolínky. Toto panství sám dobře znal, navrhl ho z důvodu, že poskytovalo nejen užitek z polního hospodářství, ale patřily k němu i rozsáhlé louky a pastviny, mlýny, rybníky a lesy. K uvedenému panství měla být přičleněna proboštská ves Třeboutice. Tak by se získalo panství s 30 strychy polí a 50 kusy dobytka. K panství mohly být připojeny i další dvě proboštské vesnice: Zubrnice a Leština. Konečně měl biskup obdržet pokratický vinohrad, patřící dosud proboštství.
Probošt měl bydlet v dosavadním děkanství a zůstaly by mu ponechány všechny stávající příjmy. Ztratil by pouze Zubrnice a Leštinu, ponechal by si však litoměřické předměstí Zásadu a výnosnou krčmu v Rybářích. Dále by mu patřila ves Křešice, mlýn v Třebouticích, šest poddaných v Zahořanech a vinice v blízkosti města. Od děkana by získal též vesnici Knínice a Horní Řepčice. Děkan by náhradou dostal dům Víta Lecha v blízkosti kostela. Jinak by si ponechal všechny své požitky, zvláště pak vesnice Týnec, Lukavec a Vědlice. Budova proboštství měla být přeměněna na biskupskou rezidenci. Kapituláři, v počtu nejméně čtyř, by sídlili v blízkosti kostela v nových budovách. První kanovník senior by si ponechal dosavadní příjmy, tj. ročně by dostával 20 kop. Druhý kanovník by obdržel výnos labského cla, které bylo v mírových dobách velmi výnosné. Třetímu by náležela ves Slatina a čtvrtému ves Orasice. Biskup s proboštem by společně vydržovali dva kaplany. Současně s děkanem by se starali i o kostelní hudbu a zpěváky. Realizace tohoto plánu podle Schleinitze vyžadovala celkem 50 tisíc zlatých. Tento odhad byl však velmi nízký.