Darfur-konfliktens forløb af omfatter de begivenheder der er direkte relateret til de krigshandlinger der stadig finder sted i Darfur. Forløbet af Darfur-konflikten kan ikke etableres med fuldstændig nøjagtighed, pga. de dårlige kommunikationsforbindelser til regionen. Baggrunden for konflikten skal bl.a. findes i overbefolkning og den medfølgende konkurrence om adgangen til ressourcer mellem de forskellige befolkningsgrupper som lever i området. En af årsagerne til den voldelige udvikling af denne længerevarende konfliktsituation er den undertrykkelse, som landets ikke-arabiske befolkningsgrupper føler at de er udsat for af Sudans arabiske orienterede militærdiktatur. Sudans sydlige provinser har længe været præget af borgerkrig, samtidig truede grupper, der var støttet af Eritrea, de økonomisk vigtige olieledninger mod øst. I begyndelsen af 21. århundrede opstod der også oprørsgrupper i den vestlige Darfur region som indledte en væbnet opstand mod centralregeringen; pga. de øvrige konflikter i landet var kun få regeringssoldater udstationeret i Darfur.
2003 26. februar anses typisk som konfliktens begyndelsestidspunkt, da en gruppe, som kaldte sig selv Darfur Liberation Front (DLF), offentligt erklærede at de havde stået bag et angreb på et regeringshovedkvarter i Jebel Marrah-distriktet. Dette var dog langtfra det første sammenstød mellem oprørere og regeringsstyrker, flere politistationer, militærposter og konvojer var tidligere blevet angrebet siden februar 2002, og regeringen havde foretaget massive luft- og landangreb på oprørsstillinger i Jebel Marrah. Forfatterne Julie Flint og Alex de Waal mener at konflikten begyndte 21. juli 2001, da repræsentanter fra furfolket og zaghawa indgik i en alliance vendt mod centralregeringen og dens allierede.Julie Flint and Alex de Waal, Darfur: A Short History of a Long War, Zed Books, London March 2006, , p. 76-77
25. marts indtog oprørere garnisonsbyen Tine nær grænsen til Tchad og erobrede derved en stor mængde våben og udrustning. Sudans præsident, Omar al-Bashir, reagerede med en trussel om at ’’slippe hæren løs’’, selvom størstedelen af den på det tidspunkt var udstationeret i landets sydlige og østlige dele pga. kampe der. Sudans luftvåben foretog i stedet en række ødelæggende angreb på oprørernes lejre i bjergene.Flint and de Waal, p. 99
25. april, tidligt om morgenen kl. halv seks, blev luftbasen i al-Fashir angrebet i en fælles Sudan Liberation Army (SLA) (JEM) operation. Oprørerne ankom i 33 Toyota Land Cruisers. i løbet af fire timer blev der ifølge oprørskilder ødelagt syv Antonov-bombefly og kamphelikoptere (ifølge regering fire), mens 75 personer blev dræbt og 32 blev taget til fange.
Maj: SLA tropper udslettede en hel bataljon ved Kutum, og ca. 500 blev dræbt og 300 taget til fange. SLA angreb nu positioner længere mod øst og truede nu Kordofan.
April – juni: Overfaldet på bl.a. al-Fashir førte til et både psykologisk og militært vendepunkt, oprørerne var i offensiven og vandt flere sejre. Regeringen indså at den strategisk befandt sig i en vanskelig position; hæren var engageret i andre regioner og ikke trænet i den form for krigsførelse som var nødvendig i Darfur, og samtidig tvivlede man på loyaliteten hos den forholdsvis store gruppe af officerer og soldater, som selv stammede fra Darfur. Ansvaret for denne krig blev derfor overladt til den militære efterretningstjeneste.
Maj – juni: Regeringen skiftede nu taktik, og baserede nu sin krigsførelse på tre elementer: Efterretningstjenesten, luftvåbnet og Janjaweed, lokale og bevæbnede hyrder fra Baggarabefolkningen. Regeringen forsynede i hemmelighed janjaweed med våben, og denne paramilitære styrke blev nu kernen i den nye strategi til bekæmpelse af opstanden.
2004 thumb|300px|Flygtningelejr med internt fordrevne i Darfur Foråret: De bedre udrustede janjaweed har fået overtaget i Darfur, og har sendt oprørsstyrkerne på flugt.
April
8. april: En våbenhvileaftale indgås mellem Sudans regering og oprørsbevægelserne JEM og SLM/A i N'Djamena, hvor Tchad optrådte som mægler. Andre oprørsgrupper, som ikke deltog og janjaweed fortsatte deres angreb. Den Afrikanske Union (AU) nedsætter en våbenhvile kommission der skal overvåge aftalen.
25. april: FN rapporterer at Darfur og nabolandet Tchad trues af en stor humanitær krise opstår, da janjaweed vha. massakrer og plyndringer af den ikke-arabisktalende civilbefolkning sender mere end en million mennesker på flugt. FN-kilder fortæller at arabisk dominerede bosættelser skånes.United Nations Inter-Agency Fact Finding and Rapid Assessment Mission: Kailek Town, South Darfur , United Nations Resident Coordinator, 25 April 2004
April: Krisen antog internationale dimensioner, da janjaweed styrker forfulgte flygtninge, der søgte ind i Tchad; kampe mellem janjaweed og soldater fra Tchad kostede 80 mennesker livet.
Maj
Maj: Den Internationale krisegruppe i Bruxelles anslog at 350.000 mennesker risikerede at dø af sult og sygdom i Darfur, som følge af konflikten.'Dozens killed' in Sudan attack (BBC) 24. maj 2004
24. maj: FN's generalsekretær Kofi Annan advarede om at en humanitær katastrofe var nært forstående og at risikoen for folkedrab var skræmmende reel i Darfur.
Juli
I juli besøgte både USAs udenrigsminister, Colin Powell, og Kofi Annan Darfur, de opfordrede begge indtrængende den sudanske regering om, at stoppe støtten til janjaweed. Annan beskrev rejserne som konstruktive.
5. juli: Den Afrikanske Union (AU) og EU sendte observatører der skulle overvåge våbenhvileaftalen fra 8. april. Janjaweed fortsatte imidlertid sine angreb.
23. juli vedtog den amerikanske senat en resolution der erklærede at den væbnede konflikt i Darfur havde taget karaktér af folkedrab, og som opfordrede George W. Bush til at lede en international indsats, der skulle afslutte konflikten.
30. juli gav FN Sudan en frist på 30 dage til at afvæbne janjaweedmilitserne, og sørge for at de som blev anklaget for forbrydelser mod menneskeheden blev bragt for en domstol. Hvis denne frist ikke blev overholdt vil FN's sikkerhedsråd overveje at indføre sanktioner mod Sudan. Janjaweed og andre militser blev pålagt en våbenembargo. Den Arabiske Liga bad om en forlængelse af fristen, og advarede om at Sudan risikerede at udvikle sig til et ”nyt Irak”, hvis man gjorde alvor af truslen om international intervention.
August
23. august sendte AU de første 150 soldater til Darfur, som skulle overvåge om våbenhvileaftalen blev overholdt, imidlertid inkluderede deres mandat ikke beskyttelse af civilbefolkningen mod overgreb. Rwandas præsident Paul Kagame erklærede at ”hvis det blev fastslået at de civile er i fare da vil vore styrker helt klart gribe ind og bruge magt for at beskytte civilisterne”. Det blev dog vurderet at en sådan indsats ville kræve mere end 150 soldater, men senere på måneden fik de følgeskab af 150 nigerianske tropper.
23. august blev de fredsforhandlinger, der tidlige (17. juli) var brudt sammen i Addis Ababa genoptaget i Abuja. Samtalerne blev genåbnet i et bittert klima med anklager fra SLA mod regeringen om brudte løfter, som den ellers havde givet ved indgåelsen af våbenhvileaftalen i april.
29. august udløb FNs 30dagesfrist til Sudan, og det blev efterfulgt af generalsekretærens rapport om konfliktens status. I følge ham havde truslen om boykot ”ført til enkelte forbedringer…men er af stort set af begrænset omfang”. I særdeleshed bemærkede han at Janjaweed-militsen fortsat var bevæbnet og klar til at angribe civile (i strid med resolution 1556), og afvæbningen af militsen havde begrænset til en ”planlagt” reduktion på 30% av en enkelt af militserne (Popular Defense Forces). Han bemærkede også at den sudanske regerings forpligtelser vedrørende egne væbnede styrker kun delvis var blevet implementeret, og at flygtninge havde rapporterer om flere angreb som involverer regeringsstyrker. Han konkluderede at Sudan stadig manglede,"at standse angrebene på civile og at sikring af deres beskyttelse var den sudanske regerings ansvar". Regeringen "havde ikke fuldt ud imødekommet denne forpligtelsen til trods for de erklæringer den selv havde givet i henhold til resolution 1556 (2004)". generalsekretæren rådede til en "en betydelig forøgelse af den internationale tilstedeværelse i Darfur". Han truede imidlertid ikke om sanktioner, hvilket FN ellers havde udtrykt, at man ville overveje, sine i forbindelse med vedtagelsen af resolution 1556.
September
9. september 2004 erklærede USA’s daværende udenrigsminister Colin Powell i det amerikanske senat at det var et folkedrab som fandt sted i Darfur, og han gav den sudanesiske regering og Janjaweed skylden for det. Dette standpunkt blev kraftigt afvist af Sudans udenrigsminister Najib Abdul Wahab. Derimod har de Forenede Nationer har i lighed med den Afrikanske Union og den Europæiske Union ikke erklæret Darfur-konflikten for at være et folkedrab. I tilfælde af folkedrab tillader folkeretten indgriben fra et andet land.
9. september fremlagde USA et udkast til en FN-resolution som truede Sudan med sanktioner mod landets olieindustri. Det blev vedtaget i modificeret form den som resolution 1564 (se nedenfor.)
13. september publicerede WHO en studie af dødeligheden i Darfur, det var den første pålidelige indikator om antallet af dødsfald i Darfur som følge af konflikten. Den rapporterede at 6.000 til 10.000 mennesker døde hver måned. Mange pga. diarré, men for aldersgruppen 15 til 49 var den betydeligste dødsårsag af voldelig karaktér. Mortalitetsraterne var betydeligt højere end den såkaldte krisetærskel og var 3 til 6 ganger højere end hvad der normalt for regionen.
18. september 2004 vedtog FN's sikkerhedsråd resolution 1564, som skulle presse den sudanske regering til at handle hurtigt for at forbedre situationen ved at true med muligheden for oliesanktioner, hvis resolution 1556 ikke efterleves eller hvis regeringen skulle nægte at acceptere en udvidelse af den fredsbevarende AU-styrke. Resolutionen gav også mandat til etableringen at en international undersøgelseskommission for brud på menneskerettighederne og for at afgøre hvorvidt folkedrab fandt sted. I kølvandet på denne resolution skulle den fredsbevarende styrke udvides til 4.500 tropper.
30. september, under den første af tre debatter i den amerikanske præsidentvalgkamp spurgte ordstyreren Jim Lehrer hvorfor ingen af kandidaterne havde drøftet udstationeringen af troppestyrker i Darfur. Senator John Kerry svarede at ’’en af årsagerne til at vi ikke kan gøre dette, er at vi har for mange opgaver allerede’’, men han var enig i at han ville have brugt amerikanske styrker ’’i nogen grad, integreret med den Afrikanske Union.’’ Præsident Bush henviste til hjælp som allerede var vedtaget for regionen og var enig i at handling burde ske via den afrikanske union. Begge kandidater var enige i at det som skete i Darfur var folkedrab.[ Debatudskrift fra WikiSource]
Oktober
15. oktober anslog WHO’s repræsentant David Nabarro 70.000 mennesker siden marts 2004 var døde af enten sygdom eller fejlernæring i Darfur.
17. oktober blev tanken om international intervention afvist på et møde mellem lederne af Libyen, Sudan, Egypten, Nigeria og Tchad. De erklærede at de anså konflikten for at være et rent afrikansk anliggende. Magued Abdel Fattah, talsmand for den egyptiske præsident, sagde at det internationale samfund burde ’’forsyne Sudan med assistance som gjorde det mulig for landet at opfylde sine forpligtelser i henhold til FN-resolutionerne (om Darfur) i stedet for at lægge pres på landet og udstede trusler.’’