Mühlhausen er en købstad (markt) i Landkreis Erlangen-Höchstadt i Regierungsbezirk Mittelfranken i den tyske delstat Bayern. Den er en del af Verwaltungsgemeinschaft Höchstadt an der Aisch.
Geografi Mühlhausen ligger sydvest for Bamberg ved floden Reichen Ebrach. Nabokommuner er (med uret fra nord): Burgebrach, Pommersfelden, Höchstadt an der Aisch, Lonnerstadt, Wachenroth, Schlüsselfeld.
Inddeling I kommunen ligger landsbyerne Decheldorf Lempenmühle Mühlhausen Schirnsdorf Simmersdorf