Spatzenhausen er en kommune i Landkreis Garmisch-Partenkirchen i Regierungsbezirk Oberbayern i den tyske delstat Bayern. Den er en del af Verwaltungsgemeinschaft Seehausen am Staffelsee.
Geografi Spatzenhausen ligger i Region Oberland mellem søerne Staffelsee und Riegsee.
Ud over Spatzenhausen er der i kommunen landsbyerne Hofheim og Waltersberg.