thumb|250px|right|Vista de Concepción desde el Cerro Caracol. La historia de Concepción, ciudad de Chile, ha recorrido un largo trecho, hasta llegar al cuando es una de las más importantes del país.
Comúnmente, la historia penquista se divide en 5 etapas: El período prehispánico, la conquista, la colonia, la independencia y la república o también llamada contemporaneidad.
Período prehispánico
Existen antecedentes históricos sobre el rol de la pesca en las ocupaciones costeras de la zona durante el Holoceno tardío con 8 sitios arqueológicos documentados en la bahía, donde sobresalen los conchales y pequeños artefactos de pesca.
El lugar donde actualmente se emplaza Concepción estaba ocupado mayoritariamente por comunidades lafquenches en la costa, y mapuches en el Valle de la Mocha.
Los lafquenches se dedicaban a la pesca, principalmente a la recolección de mariscos y pescados, mientras que los mapuches vivían sobre la base de la agricultura.
Conquista
La conquista penquista parte en el 1520 y finaliza en 1600.
Primeras exploraciones
Cuando Pedro de Valdivia llegó a Chile, la mayoría del sur del país era totalmente desconocido. Fue por ello que en 1544 encomendó a Juan Bautista Pastene la exploración del sur del país.
Comandando la embarcación "San Pedro", inició la tarea encomendada por Valdivia.
Ese mismo año, Juan Bautista tomó posesión de las costas y la bahía de Concepción en nombre del rey español, territorios conocidos en ese entonces como "provincia de Arauco". Lo hizo desde el mismo barco donde navegaba, ya que en el momento de la toma de posesión había un fuerte temporal.
Exploraciones de Valdivia
Años después, y deseoso de fundar una ciudad en el sur, Pedro de Valdivia, considerado como el conquistador de Chile, inició en 1546 su primera exploración hacia el sur, partiendo desde Santiago con cerca de 70 hombres. Logró llegar hasta las orillas del río Biobío, pero fue fuertemente rechazado por los indígenas.
Se replegó y volvió a Santiago. Cuatro años después, entre el 2 y el 3 de enero de 1550 parte nuevamente, con poco más de doscientos hombres. El teniente general de esta marcha era Jerónimo de Alderete y el maestre de campo Pedro de Villagra.
Siguió el mismo camino que había recorrido en 1546, y, viendo que los habitantes de la zona no le permitirían avanzar, Valdivia decidió dirigirse a la Bahía de Concepción. En Santiago había dejado orden que les enviaran refuerzos, por mar, a ese lugar.
Batalla del Andalién
La marcha continuó, llegando al valle de Andalién, donde se establecieron por dos días. Durante la noche del 22 de febrero los mapuches asaltaron el campamento. Según Valdivia, fueron cerca de 20 000 los indígenas que los atacaron, estimaciones modernas concuerdan 10.000-15.000 indígenas. Este evento es el conocido como batalla de Andalién. thumb|250px|right|Pedro de Valdivia, conquistador de Chile y fundador de Concepción. Los españoles, con sus avanzadas armas, salieron victoriosos. En los días siguientes no hubo más ataques, lo que les permitió a los expedicionistas recuperarse.
Encontrando en Penco un refugio seguro, se replegó, esperando en ese lugar refuerzos.
Esta batalla es normalmente referenciada como el inicio de la Guerra de Arauco en Concepción.
Fuerte de Penco
Apenas llegados a Penco, y con el fin de evitar cualquier "sorpresa", Valdivia decidió la construcción de un fuerte. Para tal efecto cortaron árboles de los bosques vecinos, y en 20 días se finalizó la construcción en el actual cerro bellavista de Penco.
Fundación de Concepción
Protegidos por el fuerte, Valdivia decidió la fundación de la ciudad que tanto anhelaba. De hecho, el 3 de marzo de 1550 el conquistador empezó a repartir solares y a construir casas provisionales. La proximidad del invierno retardó la fundación de Concepción, por lo que Valdivia decidió que a la llegada de la primavera se concretaría tal evento.
Entre tanto, el 12 de marzo, se presentaron los araucanos, repuestos de su derrota. Valdivia envió entonces a Jerónimo de Alderete con cincuenta jinetes más para que embistiesen al escuadrón, que se dirigía directamente a la entrada al fuerte.
Cargando con toda la caballería, Alderete hizo que los indígenas resultaran rápidamente dispersados. De esta manera concluyó el ataque.
Ya cerca del 20 de marzo fondeaban en el puerto del fuerte dos embarcaciones comandadas por Juan Bautista Pastene. Estas venían desde Valparaíso con provisiones y refuerzos.
El invierno de 1550 fue relativamente tranquilo. Las correrías de Bautista y Alderete por mar y tierra, respectivamente, permitían la llegada de alimento al fuerte. thumb|150px|right|Escudo de armas de Concepción. Ya llegada la primavera, Valdivia determinó la concreción de la fundación el domingo 5 de octubre de 1550. Así se hizo ese día, bautizando a la nueva ciudad como La Concepción de María Purísima del Nuevo Extremo. Delineó la plaza de armas, y repartió terrenos y solares al hospital, la iglesia, el ayuntamiento, las cárceles y a los habitantes de la naciente ciudad.
En 1552 Carlos I de España reconoce, por medio de una real cédula, a la nueva ciudad, y le otorga un escudo de armas, que es usado aún en la actualidad, con unas modificaciones posteriores.
20px Wikisource en español contiene el texto de la Real cédula que otorgó escudo de armas a Concepción
Batalla de Tucapel y muerte de Valdivia
Ansioso de continuar su campaña conquistadora en el sur del país, Valdivia inicia una expedición hacia allá. Antes de eso, decide construir un monumental fuerte, el fuerte de Tucapel, que estuvo listo en cuatro meses.
Actualmente existe discrepancia de las fechas durante las cuales se desarrolló la Batalla de Tucapel y el levantamiento araucano que la precedió, pero las dos fechas más nombradas para el enfrentamiento son el 25 de diciembre de 1553 y el 1 de enero de 1554, dada por Diego Barros Arana. Siguiendo esta última hipótesis, y basándose en algunos registros de lo sucedido, a principios de diciembre de 1553 se habría iniciado el levantamiento indígena que culminó con la destrucción del fuerte de Tucapel.
Esta noticia habría llegado entonces el 20 de diciembre a oídos de Valdivia, mientras se encontraba en Concepción. Durante la madrugada del día siguiente partió desde la ciudad con algunos soldados.
Llegó a Arauco, y desde allí salió el 30 de diciembre hacia el destruido Fuerte de Tucapel. Al llegar se encontró con un gran ejército indígena liderado por Lautaro, quienes atacaron a Valdivia. La batalla sucedió en las inmediaciones del fuerte, con desastrosos resultados para los españoles.
Prácticamente todo el ejército español, incluido Valdivia, fue capturado y posteriormente muerto.
Según consta en algunos registros, antes de morir Pedro de Valdivia habría sido mutilado y torturado por los indígenas, para luego, tras matarlo, utilizar su cráneo como signo de victoria.
Elección del sucesor de Valdivia
Cuando la noticia llegó a Concepción, se generó gran consternación entre los habitantes.
Se llamó a cabildo, y la primera decisión fue abrir el testamento que Pedro de Valdivia había dejado. En él se señalaba, que, en primera instancia, su sucesor como gobernador debía ser Jerónimo de Alderete, quien se encontraba en España. En segunda instancia aparecía Francisco de Aguirre, pero este se encontraba ocupado en la conquista de Tucumán, y en tercera instancia se encontraba Francisco de Villagra, quien posteriormente asumiría el cargo.
Aun así, al llegar la noticia del fallecimiento de Valdivia a Santiago, el cabildo de esta ciudad decidió nombrar a Rodrigo de Quiroga como gobernador, sin respetar el testamento de Valdivia. Para solucionar esta contienda y evitar dividir en dos gobiernos a Chile, la Real Audiencia de Lima fue la que finalmente decidió darle la razón al cabildo de Concepción, entregándole el cargo de «corregidor y mayor justicia de Chile» a Villagra.
Despoblamientos y repoblamientos
Intentado el repoblamiento de las ciudades ubicadas al sur de Concepción, e intentando además apaciguar a los indígenas, Francisco de Villagra emprendió rumbo desde la ciudad, pero fue derrotado en el desastre de Marigüeñu el 23 de febrero de 1554, en donde el pequeño ejército español se enfrentó con más de seis mil araucanos.
Villagra logró escapar. Llegó a Concepción, donde la noticia causó tristeza y desolación. En medio de ese contexto, empezó a circular la noticia de que los indígenas, envalentonados con sus recientes victorias, cruzaban el río Biobío con el solo fin de destruir Concepción.
Cientos de personas, llenas de terror, empezaron a abandonar la ciudad. Aun así hubo gente que exhortó a sus vecinos a mantenerse en la ciudad. Uno de los casos más recordados es el de doña Mencia de los Nidos, anciana que arengó a los penquistas, sin mayores resultados.
Francisco de Villagra decidió que era preciso abandonar Concepción. Llamó a cabildo, donde se tomó finalmente esa decisión, entre el 25 y el 26 de febrero de 1554. En consecuencia la mayoría de los habitantes abandonó la ciudad, dirigiéndose hacia Santiago.
Pocos días después del abandono de la ciudad cayeron los indígenas sobre la despoblada Concepción, destruyéndola totalmente para después incendiarla.
Meses después, en octubre de 1554, Villagra parte desde Santiago una expedición hacia La Imperial, ciudad fundada por Pedro de Valdivia más al sur de Concepción, pero sin pasar por el valle de Penco, donde se encontraba.
Entretanto, la Real Audiencia de Lima juzgaba si repoblar la ciudad o abandonarla para siempre. Se decidió lo primero, y el 1 de noviembre de 1555 partía una nueva expedición desde Santiago hacia la ciudad. La columna, compuesta por 68 personas, 31 antiguos habitantes de Concepción, ingresaba el 24 de noviembre a la ciudad.
Tras reformarse el cabildo, se levantó acta de reedificación de Concepción. A su vez, se decidió la construcción de un fuerte. La ciudad llevaba ya cerca de un mes de nuevo nacimiento cuando el 12 de diciembre los araucanos, dirigidos por Lautaro, iniciaron un nuevo ataque sobre la ciudad, con desastrosas consecuencias para los españoles.
Juan de Alvarado, con un reducido ejército, fue a enfrentarlos. A medida que flanqueaban, retrocedían, hasta llegar al fuerte, que aún se encontraba en construcción. Finalmente el ejército penquista fue derrotado, y los habitantes huyeron hacia la barcaza que los había traído, barcaza que posteriormente zarpó a Santiago.
Nuevamente los indígenas cayeron sobre Concepción, destruyéndola e incendiándola.
En junio de 1557 el nuevo y recién nombrado gobernador de Chile, García Hurtado de Mendoza, partía una nueva expedición hacia Concepción, con el claro objetivo de refundarla definitivamente.
Las naves llegaron a la Isla Quiriquina en la Bahía de Concepción, donde los españoles desembarcaron. Hasta agosto de 1557 permanecieron en la isla, para luego iniciar la exploración de la costa.
Llegaron a Concepción, para luego iniciar la construcción de un nuevo fuerte. A los pocos días se presentaron los araucanos, cerca de 3000 según Góngora Marmolejo. Esta es la conocida como batalla de Lagunillas, donde los españoles rechazaron fuertemente a los indígenas. Se desarrollaron más enfrentamientos, y hasta que Hurtado de Mendoza determinó que la zona estaba "conquistada" no envió a repoblar Concepción. Finalmente el 6 de enero de 1558 sucedió tal cosa.
Cerca de 1 año después, en enero de 1559, y tras una seguidilla de victorias frente a los araucanos, entraba triunfalmente García Hurtado de Mendoza a Concepción.
Sitio de Concepción
García Hurtado de Mendoza, tras un efectivo período, fue destituido como gobernador, para que nuevamente Francisco de Villagra asumiera el cargo.
No tuvo un buen manejo de la situación, y esto, sumado a una creciente sublevación indígena, causó que estos últimos creyeran a los españoles intimidados.