Aunque los Estados Unidos se implicaron en el procesamiento de personas involucradas en la comisión de delitos de guerra durante la Segunda Guerra Mundial, el Ejército de los Estados Unidos y las agencias de inteligencia estadounidenses protegieron a algunos delincuentes de guerra con el objetivo de obtener de ellos información técnica o de inteligencia, o bien reclutarles para labores de espionaje. El establecimiento de vínculos con los delincuentes de guerra alemanes empezó inmediatamente después del fin de la Segunda Guerra Mundial, mientras que en el caso de los japoneses llevó más tiempo establecerlos.

Estos vínculos se mantuvieron en su mayor parte ocultos, si bien no siempre de manera deliberada, dado que algunos de los expedientes de estos criminales se encontraban dispersos dentro de una gran cantidad de archivos oficiales. En algunos casos, la fiscalía instruyó activamente causas contra algunas de estas personas, sin ser conscientes de que habían sido reclutadas por los Estados Unidos. El Congreso de los Estados Unidos constituyó para investigar el asunto el Grupo de Trabajo Interagencias de Registros Gubernamentales de Crímenes de Guerra Nazis y del Japón Imperial (IWG por sus siglas en inglés), supervisado por la Administración Nacional de Archivos y Registros. La mayor parte de los vínculos con estos criminales de guerra se establecieron por el Cuerpo de Contrainteligencia (CIC), antes de la creación de la Agencia Central de Inteligencia (CIA) en 1947. La CIA heredó estas relaciones y, en algunos casos, se encargó de ocultarlas durante cerca de 60 años.

Contención y anticomunismo Estos vínculos con criminales de guerra se realizaron al amparo de varias doctrinas que moldearon la política estadounidense de la postguerra, aunque no hay consenso entre los historiadores acerca de si eran aplicables a este caso. Las que se han aceptado generalmente son las doctrinas de Contención, el anticomunismo generalizado y el Macartismo.

La doctrina de Contención, como guía de la política exterior estadounidense tras la Segunda Guerra Mundial, fue concebida intelectualmente por George F. Kennan, primero en el documento interno llamado "el telegrama largo" y posteriormente en el artículo de la revista Foreign Affairs titulado "Las Fuentes del Comportamiento Soviético", firmado con el seudónimo "X". Mientras que Kennan abogaba por estorbar sutilmente y con matices la política exterior soviética, la política estadounidense tendió a eliminar cualquier clase de matiz, dando por hecho que cualquier cosa que fuera mala para el comunismo era buena para los EE. UU., así como impedir cualquier clase de modificación del capitalismo democrático, lo que justificaba trabajar codo con codo con criminales de guerra.

Las actividades del Senador Joe McCarthy, sin embargo, se basaban en un simple acto reflejo anticomunista; la mera acusación de comunismo era suficiente para perseguir a individuos u organizaciones.

Búsqueda de orden o de oportunidades Según la historiadora Deborah Kistatsky, el comentario del embajador y general Henry A. Byroade de que "Sólo [convenciendo] a los alemanes que son iguales [a nosotros] podrán los Estados Unidos mantener su poder y conseguir sus objetivos globales", demuestra que las relaciones germano-estadounidenses tuvieron muchos matices y evolucionaron con el tiempo. Es también destacable que los Estados Unidos se preocupaban por igual por el nacionalismo alemán de extrema derecha (por temor a un posible resurgimiento de los nazis) como por el comunismo .

Durante la ocupación, dirigentes estadounidenses de ocupación aliada (1945–55) trabajaron para transformar la antigua dictadura Nazi en un socio fiable de Occidente. La Desnazificación y programas relacionados ayudaron a expurgar prácticas totalitarias y a promover los usos de la gobernanza democrática. La integración económica y militar de la Alemania Occidental con Europa (1955-1990) minimizó el riesgo de una tercera Guerra Mundial mediante el establecimiento de relaciones de interdependencia entre los Estados europeos más importantes. Los estadounidenses consideraban que el nacionalismo era una amenaza potencial. El creciente resentimiento provocado por la ocupación de Alemania y su división en dos Estados provocó corrientes nacionalistas competidoras entre sí y que eran incompatibles con la paz. Así, los dirigentes aliados consideraron que la mejor manera de asegurar la lealtad de la República Federal a Occidente pasaba por concederles plena autonomía y por tratar a los alemanes del Oeste como iguales. Después de la reunificación alemana en 1990, las relaciones de cooperación entre Alemania y los aliados contribuyeron al progreso mutuo y permitieron a los Estados Unidos "mantener poder" en Europa.

Había, sin embargo, un debate permanente, tanto dentro del gobierno estadounidense, como entre sus críticos, entre posiciones morales: una de rechazo absoluto al Eje y a sus agentes y otra que abogaba por la necesidad de cierto realismo político a la hora de tratar con los comunistas y los aliados. Elizabeth Holtzman, una antigua congresista estadounidense de Nueva York y miembro del Grupo de Trabajo Interagencias de Registros Gubernamentales de Crímenes de Guerra Nazis y del Japón Imperial (IWG), declaró que la documentación demostraba que la CIA "no movió un dedo" para cazar al criminal de guerra nazi Adolf Eichmann y "nos forzaba a afrontar no sólo el daño moral, sino también el daño práctico" de confiar en la inteligencia obtenida de exnazis. Según Holtzman, la información proveniente de antiguos nazis estaba a menudo contaminada tanto por sus "intereses personales" como por su vulnerabilidad al chantaje. "Utilizar a malas personas puede tener consecuencias muy malas," aseveró Holtzman. Ella y otros miembros del grupo de trabajo sugirieron que los hallazgos de éste tendrían que servir de moraleja para agencias de inteligencia actuales."

Evaluación del proceso de inteligencia El historiador Timothy Naftali, entre otros, ha sugerido que considerar que el uso de fuentes contaminadas produce buenos resultados puede ser útil, aunque amoral. "Es sano que una sociedad tenga las herramientas necesarias para evaluar el desempeño de su comunidad de inteligencia -incluso aunque haya que evaluar actividades de hace 50 años. Y también confío en que la comunidad de inteligencia haya aprendido lecciones del pasado".

Hans-Georg Wieck, responsable entre 1985 y 1990 del BND -uno de los servicios de inteligencia alemanes-, comentó que "con la desclasificación de los documentos que muestran la relación del Ejército de los Estados Unidos y la CIA con Reinhard Gehlen se han conocido las desventajas de esa cooperación. Las ventajas, la calidad del proyecto de inteligencia, siguen sin revelarse". Por lo tanto, incluso con una visión retrospectiva imparcial y justa, prosiguió Wieck, el análisis coste-beneficio de contratar a Gehlen y su gente sigue siendo muchísimo más difícil de hacer (incluso hoy) de lo que piensa Naftali. También admitió que los contactos con personajes desagradables a veces resultan beneficiosos. Y que ese fue el caso de la organización de Gehlen, que poseía una enorme red de espías en el Bloque Soviético.

Política europea

Organización Gehlen La llamada Organización Gehlen llevó a cabo gran parte de la actividad del espionaje aliado entre la posguerra y hasta mediados de los años cincuenta, cuando pasó a formar parte de la agencia de inteligencia BND, de Alemania Occidental. Reinhard Gehlen, un antiguo general de la Wehrmatch, se acercó a los oficiales de inteligencia del Ejército de los Estados Unidos poco después del final de la guerra y ofreció sus archivos y su personal en el antiguo Frente Oriental y en la Unión Soviética. El propio Gehlen no era considerado un criminal de guerra, pero sí algunos miembros de su personal.

En principio, Gehlen tenía una excelente reputación en labores de inteligencia, pero informaciones recientes han puesto esto en duda. En el simposio de GHI, Michael Wala, editor jefe de la publicación alemana Journal of Intelligence History, dijo que se suponía que Gehlen había transformado la inteligencia alemana durante la guerra. Wala, sin embargo, declaró que no era tanto que Gehlen fuera un buen analista soviético, sino que sus predecesores, antes de que tomara el control de la red de inteligencia Fremde Heere Ost (FHO, "Ejércitos extranjeros del este" en alemán) habían sido muy incompetentes. Antes de 1942 las teorías racistas nazis hacían que el FHO menospreciase la fuerza y el material de guerra soviéticos, como en el caso del T-34, considerado el mejor tanque de la Segunda Guerra Mundial. A pesar de que Gehlen no pudo mantener a la ideología nazi fuera de sus estimaciones (lo que llevó a predicciones fallidas como subestimar la resistencia soviética en Stalingrado) siguió siendo muy apreciado por el Oberkommando der Wehrmacht (OKW, "Alto Mando de las Fuerzas Armadas" en alemán) .

Timothy Naftali resta valor a la cooperación inicial entre la CIA y lo que se convirtió en el BND de Alemania Occidental durante la posguerra. Según Naftali, la "Organización Gehlen" y su sucesor, el BND, tuvieron un valor "cuestionable" y "la documentación de la CIA muestra que Gehlen era insubordinado, su organización insegura y que toda esta operación proporcionó inteligencia de valor dudoso". Cincuenta años después, el gobierno alemán todavía se niega a desclasificar sus propios archivos acerca de este asunto. "Hasta que no lo hagan, y a menos que esos documentos pinten una imagen radicalmente novedosa, el balance de la organización Gehlen a principios de la Guerra Fría seguirá siendo condenatorio", mantiene Naftali.

Según Wieck, la Organización Gehlen pudo haber reclutado hasta un centenar de antiguos miembros de las SS que podrían haber sido culpables de crímenes de guerra. Critchfield, el enlace de Estados Unidos con Gehlen de 1948 a 1956, "tenía en mente algo más que la recopilación de inteligencia: asegurar que las élites de la seguridad del nuevo estado alemán fueran firmemente atlantistas". Esto contribuyó en gran medida tanto al desarrollo de la confianza mutua entre la República Federal de Alemania y los Estados Unidos, como a la prevención de posibles amenazas nacionalistas o neofascistas contra Alemania ". Schmitz, un miembro del personal de Critchfield de 1949 a 1954, y su adjunto entre 1953 y 1954, dijo que "lo que esto implica es que estos exmiembros de las SS -de hecho, todos los exmiembros de las SS- eran criminales de guerra no denunciados y, como tales, eran vulnerables al chantaje por parte de los soviéticos".

Planificación de redes de resistencia Junto a la Organización Gehlen, el CIC había establecido redes de resistencia en Alemania Occidental, que se suponía que permanecerían en territorio ocupado en el caso de una invasión soviética y transmitirían inteligencia desde detrás de las líneas enemigas, algunas de las cuales incluían a exnazis. La mayoría de estas redes se desmantelaron a principios de la década de 1950.