Antecedentes Se sabe que San José tuvo sus inicios hacia los años 1930, se conoce la versión de diversos periodistas, cronistas, exdirigentes y escritores orureños.

Desde 1930 los trabajadores mineros conformaron varios equipos para participar en los campeonatos intermineros, es así que el primer club predecesor fue "Cordillera Royal", posteriormente "Sparta", luego "Will Cats" y el último equipo lo conformaron a inicios de 1940 bajo el denominativo de "Huari House". La versión más conocida y aceptada sobre esta denominación es que proviene de Huaricocha dios supremo dentro del Imperio incaico. Estos equipos lograron diversos títulos, siendo también los primeros trofeos obtenidos desde su fundación no oficial.

Es por esto que en la primera foto de San José luego de su fundación el equipo ya posaba con varios trofeos obtenidos por estos equipos.

Fundación y era amateur (1942-1953) El Club San José fue fundado el 19 de marzo de 1942, frente a los campamentos de la mina San José, a iniciativa de un grupo de trabajadores mineros, encabezados por el ingeniero neerlandés Harry Keegan. Ese mismo día se firmó el acta de fundación, y Salustio Rocha fue elegido como el primer presidente de la institución, Felipe Mendivil como vicepresidente, Abel Baspineiro como secretario general, Julio Aguirre como secretario de hacienda, Lucio Beltrán como secretario de prensa y propaganda y Lucio Mendivil como tesorero. Se nombró presidente honorario a Harry Keegan, dando nacimiento de esta manera a la «genuina representación de Sebastián Pagador».

El objetivo era formar un club social cuyo objetivo fuese la práctica del deporte, en especial el fútbol, que fue desde los comienzos la esencia del club y aunque ya se practicaban diversos deportes como el boxeo o el básquetbol, aquel permaneció como la disciplina deportiva sobre la que se sustenta la entidad y la que le valió su reconocimiento a nivel nacional e internacional.

El primer nombre del club fue "Liga Deportiva San José". El nombre surgió por tres motivos: el primero fue por haber sido fundado frente al campamento minero del mismo nombre, el segundo porque ese día es dedicado a José de Nazaret en la religión católica. y el tercero porque fue fundado como un club polideportivo debido a los éxitos deportivos que los equipos de la mina San José lograron en la década de los 30 y 40 del , puesto que también se abarcaba las disciplinas del tenis, boxeo, golf, tenis de mesa, balonmano y atletismo.

San José por entonces no estaba afiliado a ninguna organización, por lo que los encuentros eran de carácter amistoso, en un inicio, el equipo jugó el campeonato interminero, dónde obtuvo varios títulos, ese mismo año, San José se inscribió en el Registro de la Asociación de Fútbol Oruro creada el 21 de junio de 1921, dónde comienza a participar en los campeonatos organizados junto a equipos históricos de Bolivia como Oruro Royal Club —decano del Fútbol de Bolivia—, Bolívar Nimbles, American de Machacamarca, Calaveras F. B. C., Internacional, Ingenieros de la Facultad Nacional de Ingeniería, White Star, entre otros, en donde obtuvo notables resultados y el club comenzó su etapa de expansión.

El primer encuentro del club tuvo lugar el sábado 25 de julio —cuatro meses después de la fundación del club—, a las 15:00 (UTC-4) en el Estadio Oruro Royal, ante la selección de Machacamarca, que por aquel entonces jugaba en la División de honor de Oruro, el encuentro culminó con una goleada por 7 a 1 a favor de San José (con 5 goles de Gumercindo Gómez y 2 de Eusebio Pérez), comenzando una larga historia deportiva.

A finales de 1942, San José logra acceder a la División de honor de Oruro. Festejando de esta manera el ascenso conseguido, justamente en el primer año de la entidad participó en la categoría Intermedia de la AFO, ese año el club logra el título y un rápido ascenso de categoría, siendo un debut sensacional en el torneo Amateur de la AFO.

Las insuficientes y poco correctas crónicas de la época no permiten esclarecer con certeza lo que ocurrió hasta 1949, cuando el 18 de diciembre de 1949 San José obtiene el título de la Asociación de Fútbol Oruro al derrotar a Ingenieros por 2 a 1, esta sería la primera copa conseguida por el equipo inmediatamente después de lograr el ascenso a la máxima categoría de la AFO.

Plantel campeón: Dionisio Cahuana, René Giménez, Teófilo Bastos, Julio Aguirre, Eliodoro Flores, José Aldapiz, Máximo Uzeda, Paulino Ovando, Luis Moruno, Alejandro Rocha, Jacinto Murillo, Eusebio Pérez, Osvaldo Enríquez, Alejandro Vaca, Gumercindo Gómez y Manuel Rocha.

En 1951, el equipo santo lograría nuevamente el título de campeón de la Asociación de Fútbol Oruro, tras vencer al Oruro Royal en el encuentro final por 3:0, con triplete de Jacinto Murillo. El trofeo en aquella ocasión fue donado por el cónsul de España.

A inicios de 1952, tras el título de la temporada anterior dejan la institución Vitalio Maldonado y Emeterio Martínez Paz (dos importantes figuras de San José en sus primeros años).

En 1953 se llevó a cabo el último campeonato en la era amateur, donde San José obtuvo el campeonato por gol diferencia tras empatar con el Oruro Royal a 15 puntos, marcando treinta y siete goles, mientras que su rival anotó treinta y dos. En ese torneo, Jorge Orellana, Nicolás Carrión, Jacinto Murillo, Humberto Murillo y Agustín Cortez, fueron los goleadores del equipo. El goleador del torneo fue el "cañonero" Humberto Murillo, con trece goles. Ese mismo año el club se refuerza con Jorge "Turco" Orellana.

El periódico La Patria del 12 de noviembre de 1953 manifestó lo siguiente:

“San José fue declarado campeón de Oruro por gol average, en una campaña por demás convincente para su hinchada y los directivos, que consiguieron el título sin mayores objeciones."

El delantero Gumercindo Gómez (quien se mantendría en el equipo hasta mediados de los '50) es considerado una parte destacada en el conjunto de San José de aquellos tiempos, siendo fundamental para la obtención de los títulos en la AFO.

Años 1950: «los Húngaros» Aunque en 1950 arribó la profesionalización del fútbol a Bolivia, en 1954 recién se inauguró el primer campeonato de la era profesional de la Asociación de Fútbol Oruro, siendo esta la segunda asociación en pasar al profesionalismo luego de la Asociación de Fútbol de La Paz (1950).

En 1954 bajo el mandato del entrenador húngaro Adalberto Rosemberg, San José logró alcanzar el primer título profesional de la historia de la AFO, al lograr el Campeonato de la Asociación de Oruro. Convirtiéndose en el quinto equipo en salir campeón del profesionalismo en su asociación departamental, los primeros campeones profesionales habían sido Bolívar, Always Ready, The Strongest y Bolívar en 1950, 1951, 1952 y 1953 respectivamente. También ese año llegaría al club un joven jugador Armando Escobar que pronto sería la figura más destacada del equipo en la década de los años 50.

Todo el plantel de jugadores campeones eran mineros. De esta manera el plantel estaba conformado por los siguientes jugadores: Eliodoro Flores, Teófilo Bastos, José Aldapiz, René Giménez, Máximo Uzeda, Julio Aguirre, Dionisio Cahuana, Luis Moruno, Alejandro Rocha, Eusebio Pérez, Jacinto Murillo, Gumercindo Gómez, Osvaldo Enríquez, Paulino Ovando, Alejandro Vaca Guzmán y Manuel Rocha. Aquel año, también debutaría en el club a los 18 años de edad Armando Escobar (quien se convirtió en el primer gran ídolo del club).

Campeonato Nacional Integrado (1954-1959) Luego de coronarse campeón de Oruro tuvo el derecho de participar en el Campeonato Integrado de la AFLP ese mismoaño, dónde participaron solo los clubes de La Paz y el único representante de Oruro fue San José, compitiendo por el título de campeón nacional.

Fue precisamente San José el primer club orureño y el primero del interior del país en hacerse profesional, luego de solicitar su incorporación al campeonato profesional Integrado, de esta manera participó en el primer campeonato Interdepartamental. El equipo obtuvo el sexto lugar de entre nueve equipos, todos paceños, producto de tres victorias, ocho empates y cinco derroras.

Comenzaban a sobresalir las estrellas de Francisco Bonifacio, Alfredo Ágreda, Juan Pedro Valdivia, Silvano Valdivia, Armando Escóbar, los hermanos Murillo Humberto y Jacinto, Benjamin Maldonado y Freddy Arévalo.

El primer título nacional. Los Húngaros del 55

left|25px Primera División1955

En 1955 se inaugura el Estadio Jesús Bermúdez con un cuadrangular internacional, con los equipos orureños de San José y Oruro Royal frente a Alianza Lima de Perú y Bonsuceso de Brasil.

En el Torneo integrado 1955, San José obtiene su primer título nacional con 29 puntos, producto de 13 victorias, 3 empates y 4 derrotas. Marcando un hito en el fútbol boliviano al convertirse en el segundo equipo en salir campeón nacional y el segundo del Torneo Nacional Integrado, competición que contaba con la participación de clubes de La Paz, Oruro y Cochabamba.

Este fue el equipo al que se denominó los "Húngaros", por lo que la prensa describía como su estilo de juego similar al de la Selección de Hungría en la Copa Mundial de 1954. Precisamente por aquellas goleadas que les propinó a sus rivales (9-0 a Corea del Norte, 8-3 a Alemania, 4-2 a Brasil y 4-2 a Uruguay). De manera similar San José goleó a sus rivales en 1955: 9 a Ferroviario, 7 a Ingavi, 5 a Unión Maestranza, 5 a The Strongest, 5 a Bolívar, 5 a Litoral y 5 a 0 al Aurora. Fue el periodista Tito de la Viña quién puso el apodo de Húngaros al equipo.

Ese mismo año San José marcó el primer gol de arco a arco en la historia del fútbol boliviano, fue convertido por el canserbero Francisco Bonifacio ante Jorge Wilstermann.

En los últimos partidos, San José derrotó a Ingavi el 19 de diciembre en La Paz por 3-2, con esta victoria San José estaba a un punto del campeonato. El torneo continuó el año siguiente y el 6 de enero de 1956 San José se consagró Campeón nacional tras empatar con Unión Maestranza 2 a 2 en el Estadio Hernando Siles con goles de Armando Escobar al minuto 12, empató Máximo Alcócer a los 27' en el segundo tiempo nuevamente San José se puso en ventaja con gol de Escobar al 60' y Alcócer selló el empate al minuto 80'.

El periódico La Nación del 7 de enero de 1956 manifestó lo siguiente:

“Indescriptible júbilo domina a la afición futbolística orureña con la obtención del título máximo del fútbol boliviano logrado por San José, sinónimo de pasión y cariño de los aficionados orureños sin excepción. El bravo equipo "santo" obtiene así el galardón mayor del fútbol profesional por primera vez en su segunda incursión en esta clase de lides. Justo premio a tanto esfuerzo, a tanto sacrificio. LA NACIÓN saluda al campeón de 1955 felicitándolo por su magnífica campaña en un torneo inolvidable para los aficionados orureños que paladean así la máxima satisfacción. Ningún equipo hizo más meritos que el "santo" aunque varias veces hicieron demostraciones más cabales. Pero la regularidad y el corazón de los bravos "quirquinchos" de la Ciudad del Pagador no tiene parangón. Por eso justificamos su victorioso final."

El 16 de enero, ya como campeón empató 2 a 2 con Bolívar en La paz, los goles fueron convertidos por los "Maestros" Armando Escobar y Víctor Agustín Ugarte, dos grandes figuras del fútbol boliviano. San José que brindó un gran espectáculo futbolístico fue vitoreado y prácticamente obligado por los aficionados a dar la vuelta olímpica donde el público paceño y los cientos de hinchas que se trasladaron en tren a esa capital, premiaron con aplausos al gallardo campeón nacional de fútbol.

El periódico La Patria del 17 de enero de 1956 manifestó lo siguiente:

"San José ratificó la conquista del título del campeón de 1955, luego de una brillante exhibición futbolística frente a Bolívar, que obligó a la Vuelta Olímpica y al aplauso del público paceño que debió reconocer los méritos del campeón. SALUD A LOS CAMPEONES...!"