La historia de Panamá abarca desde la llegada de sus primeros habitantes hasta la actualidad. Su historia se divide en cuatro grandes épocas: prehispánica, virreinal, colombiana y republicana. También se encuentran subperiodos como la conquista española, la independencia de Panamá del Imperio español, la separación de Panamá de Colombia, la dictadura militar en Panamá, y el regreso a la Democracia.
Tiempos prehispánicos thumb|right|Cerámica indígena proveniente del Gran Coclé, alrededor del 1000-1300 d.C.
Antes de la llegada de los ibéricos, las tierras de Panamá estaban habitadas por pueblos chibchenses que hablaban lenguas chibchas del grupo ístmico. Estos pueblos formaban grupos diversos por lo que no constituían una unidad política unificada. Pero vivían en las orillas del mar para la agricultura como el maíz
A raíz de las crónicas españolas del , se ha podido determinar la extensión de los pueblos que existían en Panamá al momento de la conquista de América. Además de las crónicas, la historiografía panameña e internacional ha utilizado el lenguaje, la orfebrería y demás aspectos culturales, para lograr establecer el área de influencia territorial de las distintas naciones indígenas. Austronesios tenían una red comercial con Panamá, ya que hay evidencia de que cocos llegaron a la costa del Pacífico de Panamá desde Filipinas en la época Precolombina.
Cacicazgos indígenas orientales Entre las naciones indígenas que habitaban el istmo destacaban los Cuevas, cuyo territorio comprendía el suroeste de Panamá, tanto en sus costas caribeña y pacífica, incluyendo el Darién. Se ha fijado el río Atrato como el límite este de los dominios de dicho pueblo indígena, mientras, por el oeste, el territorio se extendería hasta Chame en el Pacífico y Quebore (Río Indio) en el Caribe.
Los cacicazgos Cuevas más importantes eran los de Pocorosa, Comagre y Careta; cuyos territorios ocupaban la actual comarca de Guna Yala. En el litoral pacífico destacaba el cacicazgo de Chochama que ocupaba una buena parte del golfo de San Miguel, al igual que la costa comprendida entre Chimán y la bahía de Chame, el archipiélago de Las Perlas y las islas de Chepillo, Taboga, y Otoque.
No obstante en la parte oriental del istmo existieron pueblos que no hablaban el Cueva. Entre ellos destacan los que, provenientes de Honduras, se asentaron en Nombre de Dios. Por otro lado “los de Birú”, fueron reportados por Pascual de Andagoya y ubicados por Romoli en la cuenca alta del río Tucutí, y los de ‘Quarequa’ o ‘Careca’ que «habían venido conquistando de hacia las espaldas del Darién».
Cacicazgos indígenas en la región central
En la parte central del istmo vivían un número plural de naciones indígenas que no compartían lenguaje ni características fenotípicas comunes. Las crónicas españolas apuntan que estos cacicazgos mantenían constantes enfrentamientos bélicos entre ellos por el control territorial.
Entre los señoríos hallados por los españoles durante la conquista, en territorios de la actual provincia de Coclé, se menciona a Periquete, Totonaga, Taracuru, Penonomé. Sin embargo, se ha establecido que en Natá residía el cacique Acherse que comandaba todos esos territorios.
En el área geográfica de la actual península de Azuero se ha documentado los cacicazgos de Escoria, Usagaña, Quema, Guararé, Pocrí y París. No obstante se conoce que el cacique Cutatara de París había dominado mediante la guerra al resto de los cacicazgos vecinos.
En la parte central de la actual provincia de Veraguas estaba establecido el cacicazgo de Tabraba; hacia el norte se encontraba el cacicazgo de Urracá que se encontraba en el área de la actual Santa Fe; con el avance de la colonización este territorio albergó una importante resistencia indígena.
Cacicazgos indígenas en la región occidental En las actuales provincias de Bocas del Toro y Chiriquí, se desarrollaron un número plural de tribus indígenas entre las que destacan los guaymíes, dorasques y dolegas. Estas tribus se encontraban dispersas tanto en las costas del océano Pacífico y el mar Caribe; como en la Cordillera Central.
Conquista española
thumb|390px|Mapa de las diferentes entidades territoriales que existían en Panamá y Centroamérica en el antes de la llegada de los españoles. Cristóbal Colón fue el primer explorador español en alcanzar tierra firme americana, en su tercer viaje, pero el primero en arribar al territorio panameño correspondió a Rodrigo Galván de Bastidas, natural de la ciudad de Sevilla.
Como Colón había sido apresado en su tercer viaje, los Reyes Católicos eliminaron la exclusividad de la empresa para él (las Capitulaciones de Santa Fe). Por esta razón, Bastidas solicitó licencia para explorar. En 1501, el sevillano recorrió las costas de Venezuela y el norte de Colombia, hasta el golfo de Urabá. Posteriormente bordeó la costa del istmo panameño, y llegó casi hasta el emplazamiento actual del canal de Panamá.
En este trayecto, los exploradores no fundaron ningún pueblo ni se adentraron en el territorio. Por medio de trueques con los pueblos indígenas, Bastidas acumuló oro y palo de Brasil (apreciado por su madera y como fuente de un tinte). A diferencia de otros conquistadores, Bastidas se dedicó antes a comerciar que a saquear las riquezas o a esclavizar a los indígenas.
Las embarcaciones de Bastidas se vieron atacadas por el molusco llamado broma. Este es un molusco de unos 20 cm de longitud, que excava galerías en las maderas sumergidas en agua de mar, como los cascos de los barcos y los muelles. Por la razón anterior, varias naves de Bastidas naufragaron camino a la isla La Española, y perdió gran parte de sus riquezas.
Al llegar a dicho territorio, el gobernador Francisco de Bobadilla enjuició a Bastidas por haber violado la prohibición que tenía de arribar a la isla. En su contrato con la Corona española, Bastidas se había comprometido a lo anterior y a no negociar con los indígenas. Ambas cosas fueron incumplidas. Bobadilla envió a Bastidas hacia España, donde se le siguió juicio, pero fue absuelto. Posteriormente, incluso se le reconoció una pensión vitalicia sobre las riquezas extraídas de Urabá.
Bastidas realizó otros viajes de exploración. En 1525, fundó Santa Marta, en territorio de la actual Colombia, primer poblado duradero en la región.
Como gobernador de esa ciudad, enfrentó una sublevación, debido en parte a su actitud de comerciar con los pueblos autóctonos, en lugar de saquear sus riquezas. Fue herido, y marchó a La Española a recuperarse, pero los vientos lo llevaron a Cuba, donde finalmente murió en 1527.
El 10 de octubre de 1502, en su cuarto viaje, Cristóbal Colón llegó a la costa atlántica del istmo, en las actuales provincias de Bocas Del Toro y Veraguas. El 2 de noviembre, llegó a una bahía en la actual provincia de Colón, a la que bautizó como el nombre de Portobelo o Puerto Bello.
Fundación de las primeras ciudades españolas Fundación de Santa María la Antigua
Santa María la Antigua del Darién fue la primera ciudad fundada por los españoles en la Tierra Firme del continente americano, situada en la Provincia de Darién, en la región de la actual frontera entre Panamá y Colombia, en territorio colombiano.
Fue fundada por Vasco Nuñez de Balboa en 1510, en los territorios del Cacique Cémaco. Al encontrar una fuerte resistencia por parte de los indígenas del área, los españoles ofrecieron a la Virgen de la Antigua venerada en Sevilla que de salir triunfantes en la batalla darían su nombre a la población. Cémaco fue vencido y en septiembre de 1510, cumpliendo con la promesa hecha, la ciudad fue bautizada con el nombre de Santa María de la Antigua del Darién.
Se constituyó un gobierno municipal, y se realizó en ella el primer cabildo abierto en el continente americano, designando a Vasco Núñez de Balboa como alcalde. En dicha ciudad, también se construyó la primera iglesia de Tierra Firme, sobre el sitio de la vivienda de Cémaco, y fue la primera sede episcopal del continente. Los cabildos eran instituciones democráticas, pioneras en todo el mundo en esta práctica.
Santa María la Antigua del Darién fue la capital del territorio de Castilla de Oro hasta la fundación de Ciudad de Panamá por Pedrarias Dávila en 1519. Pedrarias ordenó el traslado de la capital de Castilla del Oro, de personas, ganado y municiones a la nueva Panamá a orillas del Mar del Sur u océano Pacífico. Pocos años después Santa María La Antigua del Darién fue abandonada y en 1524 la ciudad fue asaltada y quemada por los indígenas.
Avistamiento del Mar del Sur
thumb|200px|Monumento a Vasco Núñez de Balboa en la ciudad de Panamá.
En 1513, Vasco Núñez de Balboa emprende la conquista de los territorios de los caciques Careta, Ponca y Comagre, donde escucha por primera vez de la existencia de otro mar por parte de Panquiaco, hijo mayor de Comagre, donde se relataba de un reino al sur de población tan rica que utilizaban vajillas y utensilios en oro para comer y beber.
La noticia inesperada de un nuevo mar lleno de riquezas fue tomada muy en cuenta por Vasco Núñez de Balboa, quien organiza una expedición que parte de Santa María La Antigua el 1 de septiembre de 1513. El día 25 de septiembre, Núñez de Balboa se adelanta al resto de la expedición y se interna en la cordillera del río Chucunaque, y antes del mediodía logra llegar a la cima de la cordillera desde donde logra ver en el horizonte las aguas del nuevo mar.
Cuando la expedición llega a las playas, Núñez de Balboa levantó sus manos, en una estaba su espada y en la otra un estandarte de la Virgen María, entró a las aguas hasta el nivel de las rodillas y tomó posesión del Mar del Sur en nombre de los soberanos de Castilla.
Núñez de Balboa bautizó al golfo donde llegó la expedición como San Miguel, porque fue descubierto el 29 de septiembre, día de San Miguel Arcángel, y al nuevo mar como Mar del Sur por el recorrido que tomó la exploración por el istmo rumbo al sur. Este hecho es considerado por la historia de Panamá como el capítulo más importante de la conquista después del descubrimiento de América.
En Panamá se han bautizado parques y avenidas con el nombre de Vasco Núñez de Balboa. En la ciudad de Panamá, frente a las costas se erige un impresionante monumento dedicado a su memoria y a la hazaña del descubrimiento del Mar del Sur. En su honor se ha bautizado la moneda oficial del país con la denominación de balboa, apareciendo su rostro en el anverso de algunas monedas. Así mismo, el principal puerto en el Pacífico del Canal de Panamá y el distrito que abarca el archipiélago de las Perlas, también llevan su nombre. La máxima condecoración otorgada por el Estado panameño a personajes destacados y sobresalientes es la Orden Vasco Núñez de Balboa en sus diferentes grados.
Fundación de Ciudad de Panamá
thumb|200px|Nuestra Señora de la Asunción, Panamá Viejo.
La ciudad de Panamá fue fundada el 15 de agosto de 1519 por Pedro Arias Dávila, siendo la primera ciudad española en las costas del Mar del Sur u Océano Pacífico y la más antigua de Tierra Firme que existe hasta nuestros días como ciudad. Su fundación reemplazó a las anteriores ciudades de Santa María la Antigua del Darién y Acla, convirtiéndose en la capital de Castilla del Oro. El 15 de septiembre de 1521 recibió, mediante real cédula, el título de ciudad y un escudo de armas conferido por Carlos V de España.