thumb|300px|Los Galeones de Manila, eran comunes de ver en el paso marítimo de Atacama durante el Virreinato del Perú. Según registros arqueológicos, la ciudad chilena Antofagasta fue habitada en primera instancia por los changos, cazadores recolectores marinos de carácter seminómada. En el año 1866, el territorio que hoy ocupa la ciudad fue poblado por los campamentos mineros de Juan López y José Santos Ossa, configurando los primeros asentamientos permanentes en el lugar y dotando a la localidad de los nombres La Chimba y Peñablanca, que eran usados indistintamente; ambos nombres denominan barrios actuales de la ciudad. En 1868, el gobierno boliviano, presidido por Mariano Melgarejo organizó oficialmente esta zona, otorgándole el nombre de "Antofagasta" en referencia a Antofagasta de la Sierra, localidad de la puna de Atacama donde el presidente boliviano poseía terrenos.

La localidad, poblada mayoritariamente por chilenos asentados en la zona como jornaleros para la industria minera desde sus inicios, pasó a formar parte del territorio chileno luego de la toma de Antofagasta por parte del ejército chileno el 14 de febrero de 1879, en el marco de la Guerra del Pacífico.

Respecto de la toponimia, una teoría postulada por Oreste Plath postula que el nombre de la ciudad proviene del término diaguita "Katufayagasta", una palabra compuesta que proviene del kakán meridional "katu" (o hattun, que significa grande), "faya" (o haya, que significa salar) y "gasta" (que significa pueblo o asentamiento), siendo un topónimo que significa "Pueblo del Salar Grande". Según otra teoría, postulada por Ernst Wilhelm von Mösbach, el topónimo vendía de las palabras quechuas "anta" (cobre) y "pakay" (esconder), por lo que significaría "Escondite del cobre".

Época del Imperio Español miniaturadeimagen|izquierda|El desierto de Atacama en la Carta esférica de las costas del Reyno de Chile de 1799.

Disputa por Antofagasta entre las repúblicas 300px|miniaturadeimagen|Disputa de Atacama entre Bolivia y Chile (1825-1879). Al producirse la independencia de Chile, la zona de la rada de Paposo se encontraba dentro de la región septentrional del Reino de Chile, teniendo como límite norte el río Loa. Esto estaba definido, antes que por el paralelo establecido en la documentación colonial, por la interpretación de las autoridades locales, tanto de Santiago como de Copiapó.

El presidente de Chile, Manuel Bulnes, envió expertos a reconocer la costa atacameña. De esto dio cuenta al Congreso en un mensaje dirigido el 13 de julio de 1842, en que informaba que juzgó:

Como resultado de dicha investigación, se dictó la ley de 13 de octubre de 1842, que declaró de propiedad nacional las guaneras al sur de la bahía de Mejillones, y que dispuso que ningún barco podría cargar este producto sin permiso de las autoridades chilenas. Se facultaba además al Presidente de la República para gravar la exportación del guano con derechos de aduana.

En el gobierno de Andrés de Santa Cruz, en 1837, se creó el Departamento del Litoral, el cual se dividía en dos provincias: La Mar (con capital en Cobija) y Atacama (con capital en San Pedro de Atacama) y en 1868, Antofagasta sería la capital de la provincia de Mejillones.BIBLIOTECA DEL CONGRESO NACIONAL DE CHILE. DEPARTAMENTO DE ESTUDIOS, EXTENSIÓN Y PUBLICACIONES

La ciudad de Antofagasta, fue refundada por el gobierno boliviano en 1868 un 22 de octubre. Desde antes de su fundación era un puerto de desembarque y un lugar de refugio y descanso sobre la costa para los historiadores bolivianos. La fundación es algo que aún no ha sido establecido y aceptado oficialmente.

thumb|Monumento estatuario a Juan López. Previamente al poblamiento del lugar, Juan López, quien es considerado en Chile el primer habitante de la ciudad, se instaló en el sector de Peña Blanca, hoy conocido como La Chimba, donde comenzó la extracción de minerales de manera precaria.

Época de la República de Bolivia Sobre el descubrimiento del salitre en Antofagasta y Tarapacá cuenta una leyenda que ocurrió cuando dos indígenas de la zona hicieron una fogata y empezó a arder la tierra que contenía caliche. Enterado el cura de Camiña, y llevando agua bendita, recoge unas muestras y reconoce que contenían Nitrato de Potasio. Otra parte de las muestras se encontraban en el patio de la casa del sacerdote y más tarde observa que las plantas se desarrollaban extraordinariamente.

El 10 de agosto de 1866 se firmó un Tratado de límites entre Bolivia y Chile, añadiendo además una acta adicional el 25 de agosto. En este documento se estableció como límite entre los dos países, el paralelo 24 de latitud sur. No obstante la división territorial estipulada, ambos gobiernos se comprometieron a repartir por mitad los productos provenientes de la explotación de los depósitos de guano descubiertos en Mejillones y de los demás depósitos del mismo abono por descubrir en el territorio comprendido entre los grados 23 y 25 de latitud meridional, así como también los derechos de exportación percibidos sobre los minerales extraídos en el mismo territorio ya mencionado.

El 18 de septiembre de 1866, José Santos Ossa y Francisco Puelma lograron la adjudicación legal de la concesión de terrenos salitrales, tras una solicitud enviada al gobierno boliviano. Tras una expedición liderada por José Santos Ossa, Alfredo Ossa y Hermenegildo (quien fue el guía), el cateador Juan Zuleta descubrió ricos depósitos de salitre (nitrato) en el sector de Salar del Carmen, al oriente de la actual Antofagasta. Tras el hallazgo, José Santos Ossa, Francisco Puelma y Manuel Antonio de Lama acordaron formar una Sociedad Exploradora del Desierto de Atacama.

El 19 de marzo de 1868 se constituyó la Compañía Melbourne Clark, tras la integración de intereses chilenos e ingleses. Posteriormente la compañía logró el 5 de septiembre de 1868, una ampliación de la concesión otorgada por el gobierno boliviano, esta vez por 15 años. Tras la conformación de la compañía, comenzó rápidamente a poblarse lo que se denominó La Chimba, en noviembre de 1866.

thumb|Plano oficial de la nueva población y puerto de Antofagasta, 1869. Tras el terremoto de Iquique y Cobija del 13 de agosto de 1868, fue necesario reconocer legalmente a La Chimba como un poblado minero. El 27 de agosto de 1868, el Presidente de Bolivia Mariano Melgarejo encargó al prefecto del Departamento de Litoral, la fundación oficial de La Chimba, en el sector delimitado por los comisionados Hilario Ruíz y José Santos Prada. Así, el 22 de octubre de 1868 se fundó oficialmente la población y el puerto bajo el nombre de La Chimba, según consta en el acta de fundación. Posteriormente la ciudad fue renombrada como Antofagasta. El primer plano oficial de la población y puerto de Antofagasta fue diseñado por José Santos Prada, el 14 de septiembre de 1869. En este documento, se delimitó el terreno de la Compañía Melbourne Clark, además de 17 manzanas y una plaza principal.

El 8 de mayo de 1871, Antofagasta fue designada Puerto Mayor, abierto al comercio de todo el mundo.

El 25 de enero de 1872, tras una sesión dirigida por el Subprefecto del Departamento de Mejillones Manuel Buitrago, se fundó la Municipalidad de Antofagasta conforme a la ley boliviana de municipalidades, donde se conformó el Cuerpo de Agentes Municipales (posteriormente renombrada como Junta Municipal de Antofagasta), integrado por dos alemanes, un inglés y seis chilenos. Félix García Videla asumió como Presidente del Cuerpo de Agentes Municipales, el cual estaba compuesto por los munícipes Francisco Errázuriz, Emeterio Moreno, Salvador Reyes, Matías Rojas, Juan Vargas, Luis Lichenstein, Ernesto Wolchmar y Luis Foster. Además como medida ante el descontrol de la población, se conformó la Jefatura Policial que fue comandada por Domingo Machado, la cual se encargaba de regular al Cuerpo de Guardianes de la Guardia de Orden y Seguridad.

El 27 de noviembre de 1873, la Compañía de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta firmó un acuerdo con el gobierno, que le autorizaba la explotación del mineral libre de derechos por 15 años, desde la bahía de Antofagasta hasta Salinas, incluyendo el Salar del Carmen.

En 1875, la Municipalidad de Antofagasta practicó un censo de población. Como resultado, se contabilizan 5.384 habitantes, de los cuales 4.530 eran chilenos y 419 eran bolivianos.

Con la reforma constitucional boliviana de 1878, promulgada bajo el gobierno del presidente Hilarión Daza, y aplicada sobre la Constitución Política del Estado de 1831, se volvió a la bicameralidad, figurando Franklin Alvarado como diputado por Mejillones y Antofagasta en la Asamblea Constituyente que la aprobó

Posteriormente, en la Constitución Política del Estado de 1880, promulgada bajo el gobierno del presidente Narciso Campero, figura Toribio Gutiérrez como diputado por Mejillones y Antofagasta en la Convención Nacional que la aprobó.

La guerra del Pacífico

En 1874 Chile y Bolivia suscribieron un tratado de límites, en reemplazo de uno anterior, de 1866. Dentro de sus puntos estaba la obligación de no imponer nuevos tributos a las personas, industrias y capitales chilenos durante 25 años.

thumb|left|250px|Titulares del periódico boliviano "El Comercio" de La Paz, 28 de febrero de 1879: "Criminal ocupación del Litoral por las fuerzas chilenas". La imagen misma es de una reedición hecha el 23 de marzo de 1973.

El 27 de noviembre de 1873, la Compañía de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta firmó un contrato con el gobierno de Bolivia, que le autorizaba la explotación del mineral libre de derechos por 15 años. Este contrato no fue ratificado por el Congreso de Bolivia, que en ese entonces se encontraba analizando las negociaciones con Chile

thumb|right|180px|Situación fronteriza de Bolivia, Chile y el Perú antes de la guerra del Pacífico. La Asamblea Constituyente de Bolivia aprobó el contrato con la Compañía de Salitres si pagaba un impuesto de 10 centavos sobre quintal exportado. Esta decisión afectó los intereses de la Compañía de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta, puesto que consideraban contraria a los tratados celebrados entre Chile y Bolivia. Según la constitución boliviana, los acuerdos entre particulares y el gobierno debían ser aprobados por el Congreso Nacional de Bolivia. Según la interpretación chilena, la decisión de la asamblea se traducía en una violación al artículo IV del Tratado de 1874.

Los empresarios de la compañía chilena pidieron apoyo al gobierno, pues si bien el impuesto no era elevado para ellos, concluyeron que si se aceptaba el impuesto se crearía un precedente para la creación de otros impuestos e inclusive para la nacionalización del salitre, como lo hizo el Perú. Para Chile primaba el tratado de límites de 1874. Para Bolivia el contrato con la Compañía de Salitres no estaba aun vigente.

La Compañía del Salitre y Ferrocarril de Antofagasta se negó a pagar ya que consideraban que estaba fuera del convenio de 1874. Los dueños, chilenos y británicos influyeron en el presidente Aníbal Pinto para tomar acción ya que se estaría violando este acuerdo, pudiendo inclusive Bolivia desconocer el paralelo 24.

En 1878 el Asamblea Nacional Constituyente boliviana, en medio de una crisis económica, se avocó al estudio del acuerdo celebrado por el gobierno en 1873. Decidió ratificar el contrato si se pagaba un impuesto de 10 centavos sobre quintal exportado de territorio boliviano. Esta decisión que afectaba los intereses de la Compañía de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta, finalmente fue considerada por el gobierno chileno como una violación al artículo IV del tratado de 1874.

Chile amenazó con declarar nulos los tratados limítrofes de 1866 y 1874 si Bolivia aplicaba el impuesto. Por lo tanto, Chile advertía que reivindicaría para sí la zona entre los paralelos 23 y 24 que reclamaba antes del tratado como suyos y cuyos derechos habría cedido a Bolivia a condición de las cláusulas que se estarían violando.