El territorio del Estado Libre y Soberano de Jalisco se encuentra habitado desde hace alrededor de según lo indican restos humanos entre ellos fragmentos de cráneo y diversidad de vestigios de animales, junto con otros testimonios de objetos manufacturados, descubiertos alrededor de las lagunas de Zacoalco y Chapala, que entonces estaban unidas entre sí. Se han podido localizar puntas de flecha, raspadores de cuerno de venado, agujas, punzones, silbatos, anzuelos y colgantes de hueso o colmillos.
El territorio jalisciense estuvo habitado por diversas pueblos indígenas: bapames, caxcanes, cocas, cuachichiles, huicholes, cuyutecos, otomíes, nahuas, tecuexes, tepehuanes, tecos, purépechas, pinomes, tzaultecas y xilotlantzingas, y posiblemente pinos, otontlatolis, amultecas, coras, xiximes, tecuares, tecoxines y tecualmes.
En los toltecas fundaron el reino de Xalisco.
Tras la conquista de Tenochtitlán por parte de los españoles, el resto del territorio nacional y parte de lo que hoy son los Estados Unidos de América pasaron a dominio hispano. Debido a la baja densidad de población, el territorio del Noroccidente no ocasionó problemas para ser conquistado y sus pobladores aceptaron pacíficamente la autoridad hispana.; sin embargo, en Michoacán, los españoles tuvieron que enfrentarse a los indígenas que ofrecieron fuerte resistencia al invasor. Se montaron muchas expediciones: Cristóbal de Olid (1521), Alonso de Ávalos (1521), Juan Álvarez Chico (1521), Gonzalo de Sandoval (1522), Francisco Cortés de San Buenaventura (1524), y Nuño Beltrán de Guzmán (1530) acompañado de Pedro Almíndez Chirinos y Cristóbal de Oñate. Realmente fue Nuño de Guzmán quien hizo el mayor esfuerzo de conquista, tomando el 5 de junio de 1530 posesión de las tierras de la margen derecha del río Lerma, bautizándolas como «Conquista del Espíritu Santo de la Mayor España», aunque la reina de España dispuso en enero de 1531 que se nombrara como Reino de la Nueva Galicia y se fundase una ciudad con el nombre de «Santiago de Galicia de Compostela» como capital (hoy Tepic, capital de Nayarit). Comprendía, además de Jalisco, los actuales estados de Nayarit, Colima y Aguascalientes y parte de los de Sinaloa, Zacatecas y San Luis Potosí. Desde 1560 sería la capital la ciudad de Guadalajara.
Guadalajara tuvo noticia de la insurrección encabezada por Miguel Hidalgo en Dolores el 25 de septiembre de 1810. A finales de septiembre, el grito de Dolores resonaba en la Nueva Galicia: el principal grupo sublevado, encabezado por el general José Antonio Torres, logró algunas victorias y hacerse temporalmente con la ciudad de Guadalajara. El propio Hidalgo combatió en la ciudad, pero los brigadieres Félix María Calleja y José de la Cruz lograron derrotarlos y hacerles huir al norte. Entre 1811 y 1817 se produjo una "guerra de guerrillas" con tres principales y distintos focos de rebelión: el sur de la Intendencia, el lago de Chapala y la zona alteña vecina al Bajío. Muchas familias emigraron del resto de la Intendencia y otros lugares más remotos a la tranquilizada capital neogallega y Guadalajara alcanzó en 1814 los , comparados con los de principios del .
Al desaparecer el Imperio, los líderes locales pretendieron una completa autonomía y se desató una intensa campaña en favor delintensa campaña en favor del federalismo que se apoyó en dos grandes figuras: Francisco Severo Maldonado y Prisciliano Sánchez. El 31 de enero de 1824 se aprobó el Acta constitutiva federal, que fue remitida de inmediato a todos los estados, siendo jurada el 7 de febrero de 1824 por las autoridades de Jalisco, bien a pesar de que se concedían facultades al Congreso General y al Ejecutivo que les permitirían controlar desde el centro a toda la Nación. El primer gobernador constitucional fue Prisciliano Sánchez que tomó posesión el 24 de enero de 1825.
Otro hecho importante para este estado ocurrió cuando el presidente del país Miguel Miramón decretó la creación del Territorio de Tepic el 24 de diciembre de 1859, desgajándolo de Jalisco. Cuando en las elecciones de 1867, apareció en la escena política, la Unión Liberal bajo el auspicio de Ignacio L. Vallarta, al frente de un grupo de intelectuales jaliscienses, se empezó a tener algo de influencia a nivel nacional. Unos años después, el 5 de mayo de 1877, Porfirio Díaz llegó a la presidencia que ejerció hasta 1911, siendo varias veces reelegido. Jalisco esperaba que la administración de Díaz, en la que Vallarta desempeñó importantes puestos, le reincorporara a su territorio el del antiguo cantón de Tepic, lo que no sucedió ya que se convirtió en territorio federal en 1884.
Hacia 1878, la superficie de Jalisco —calculada entonces en — albergaba en sus doce cantones, 30 departamentos y 118 municipalidades, más del 10% de los 9.5 millones de mexicanos; más del 70% vivía en áreas rurales y tenía a la agricultura como principal ocupación, de modo que en 1877, las cosechas jaliscienses alcanzaron el 16.5% de la producción agrícola nacional y Jalisco era el mayor productor de maíz, frijol y trigo. El 15 de mayo de 1888 llegó el primer ferrocarril a la ciudad de Guadalajara.
Época precolombina miniatura|Artesanía prehispánica de Tepatitlán miniatura|Tumba de Tiro expuesta en Museo de Tepatitlán En la región ha existido presencia humana desde hace , los materiales que confirman esta aseveración son el hallazgo de una vértebra de ballena que muestra señales de intervención humana y un par de puntas acanaladas de obsidiana, una de ellas tipo Clovis en la zona de Zacoalco-Sayula. En la misma zona, así como en Chapala, se encontraron huesos fósiles de animales extintos alterados por el hombre con el propósito de formar artefacto con una fecha de 13 000 a. C. Incluyendo raspadores, anzuelos, agujas entre otros.
Además de estos materiales, se han recuperado restos humanos en Zacoalco y Chapala. Esta misma zona ha proporcionado materiales que están en proceso de análisis, pero todos son fragmentos de cráneos.
En San Marcos y San Sebastián Teponahuaxtlán se encontraron materiales del cenolitico inferior y en Teuchitlán, en el sitio arqueológico de Guachimontones fueron localizadas dos puntas acanaladas de tipo Folsom, cuya antigüedad es de 9000 años. Al norte del lago de Teuchitlán fue encontrada una punta de proyectil de obsidiana similar al tipo Pelonas del valle de Tehuacán fechada en 4800 a. C. y 1 d. C. Cerca, en la cuenca de Sayula, se encontró un abrigo rocoso habitado durante el Arcaico, con una fecha aproximada de 3660 a. C.
Los muchos petroglifos y pinturas rupestres encontradas —en Cabo Corrientes, San Gabriel, Jesús María, La Huerta, Puerto Vallarta, Mixtlán, Villa Purificación, Casimiro Castillo, Zapotlán el Grande y Pihuamo— dan testimonio de la presencia humana. Se piensa que los primeros asentamientos humanos en el occidente mexicano pueden datar de hace unos 7000 años. Generalmente se consideran dos etapas de desarrollo: la primera es la del comienzo de la agricultura y de los asentamiento en aldeas, hacia el año 1500 antes de nuestra era. Duraría unos 2000 años y además de vivir de la agricultura, los nativos practicarian la caza y la recolección. Esa vida sedentaria, como en muchas otras culturas, permitió disponer de tiempo para dedicarse a la fabricación de cerámica, para la práctica de ceremonias religiosas y funerarias, y fue cuando se iniciaron los trueque. De esta etapa en Jalisco, datan las tumbas de tiro —cámaras funerarias subterráneas— entre las que destacan las tumbas encontradas en Acatlán de Juárez, El Arenal y en Casimiro Castillo.
thumb|Guachimontones La segunda etapa de las culturas occidentales mexicanas se ha denominado “Tolteca” y en ella aparece el dominio militar de unos pueblos sobre otros. Los trabajos de cerámica son más sofisticados, aparece la metalugia del oro, la plata y el cobre; y la actividad comercial, tanto local como foránea, es más intensa. Aunque hasta ahora se pensaba que en la zona occidental de México las culturas prehispánicas eran de escasa entidad, las recientes excavaciones muestran que hubo ricas culturas, con arquitectura monumental, grandes asentamientos y sistemas de irrigación, además de un posible sistema de escritura ideográfica.
Son muchas las zonas arqueológicas del estado, destacando «El Ixtépete» y «El Grillo» (en el municipio de Zapopan); «El Arenal» y «Palacio de Ocomo» (en Etzatlán); “Huitzilapa” y “Cerro de la Navaja” (en Magdalena); «Guachimontones» (en Teuchitlán); “Coyula” (en Tonalá); “Atitlán”, “El Mirador”, “El Reliz” y “Las Cuevas” (en San Juanito de Escobedo); “Portezuelo” en Ameca; “Las Pilas”, “Huaxtla” y “Santa Quitería” (en El Arenal); “Cerrito del Istle” (Hiztle) (en Huejuquilla el Alto); “Las Calles” (cerro de Portezuelo) (en La Barca); “Centro ceremonial Ixtapa” (en Puerto Vallarta); “Santa Inés” y “La Tepalcatera” (en Sayula); “Mesa de San Francisco” (en Tamazula).
El territorio jalisciense estuvo habitado por diversas pueblos indígenas: bapames, caxcanes, cocas, cuachichiles, huicholes, cuyutecos, otomíes, nahuas, tecuexes, tepehuanes, tecos, purépechas, pinomes, tzaultecas y xilotlantzingas, y posiblemente pinos, otontlatolis, amultecas, coras, xiximes, tecuares, tecoxines y tecualmes.
En los toltecas fundaron el Reino de Xalisco. Su origen y desarrollo se ubica en el horizonte clásico y en el posclásico. Por lo que se conoce actualmente, fue uno de los más importantes en la región, con relaciones comerciales que se extendieron hacia los pueblos del centro de Mesoamérica con los que realizaban intercambios de productos agrícolas, así como de artículos necesarios en la vida diaria y de ornato.
El señorío de Jalisco comprendió poblaciones localizadas en el occidente hacia la bahía de Banderas. En esa región se han localizado importantes restos arqueológicos que muestran el nivel alcanzado. Entre sus poblaciones principales estaban Tepic (Tepique), Atemba, Pochotitán, Tecuitazco, Xalcocotán, Zacualpán, Xaltemba y Mazatán. El centro del señorío se localizaba en las faldas del cerro del Coatepec, elevación que alcanza los 1560 m y que domina todo el valle de Matatipac, en el actual municipio de Xalisco.
Aún, con ello, también existieron más señoríos en tierras jaliscienses a las que se suman los sayultecas, los tecuexes que tenían habitadas las zonas de Xallostotitlán, Tzapotlán, Tecpatitlán, Tecomatlán, Ayahualicán, Teocaltitlán, Mexticacán, Acatic y Tonallan que estaban en constantes enfrentamientos con sus vecinos como el señorío de Teocaltiche, poblado por huachichiles y caxcanes. Mientras tanto, también destacaron los señoríos de Colima y de Autlán, en el sur del estado; así como la Tradición Teuchitlán (1000 a. C. a 900/1000 d. C.) en tierras de Ameca, Tequila, Etzatlán y Teuchitlán donde se ubican las pirámides circulares de Guachimontones. Y en el centro del estado, en las tierras de Guadalajara y Tonalá, existieron los cocas, una tribu muy relacionada con los tecuexes tepatitlenses y que a medida que se realizaron intercambios comerciales con esos pobladores, surgió el gentilicio de tapatío para los habitantes de Guadalajara, que ese nombre era como se conocía el trueque que los habitantes precolombinos de Tepatitlán daban a los cocas. Todas estas tribus menores, pero igualmente destacables, estuvieron influidas por toltecas, chichimecas, estilo mezcala, estilo chupicuaro, estilo Nayarit y Estilo Tumbas de Tiro.
miniaturadeimagen|Señoríos indígenas a la llegada de los españoles miniaturadeimagen|Reinos y señoríos prehispánicos antes de la conquista española
Periodo virreinal (1542-1786) Conquista española