, con el título de , era conocido como "El Relámpago Amarillo de Konoha", dada por su capacidad de desplazarse y luchar a gran velocidad, por esta razón se dio la orden en la Tercera Gran Guerra Ninja a cualquier shinobi de otras aldeas que se encontraran directamente con él, tenían la inmediata orden de retirada sin cuestionar. Esto se debía a una técnica que usaba, Hiraishin no jutsu, evolución del Shunshin no jutsu, y al color de su cabello. En la historia se revela que es el padre biológico de Naruto, además de ser quien encerró a Kurama en su hijo. Debido a sus habilidades de desplazamiento y combate fue nombrado Cuarto Hokage por Hiruzen Sarutobi, el Tercer Hokage. Sin embargo, debido a la llegada de Kurama, tuvo que sacrificar su vida por la paz de la Aldea Oculta de la Hoja, y por las vidas de su esposa Kushina Uzumaki y su hijo Naruto, muriendo así en batalla. Posteriormente, fue revivido por el Edo Tensei de Orochimaru durante la Cuarta Gran Guerra Ninja.
Historia Cuando era solo un niño estaba en la Academia Ninja, su compañera de clase Kushina Uzumaki pensaba que él era solo un "Flacucho medio afeminado". Él soñaba con ser reconocido por los aldeanos de Konoha al convertirse en hokage, pero Kushina consideraba que era un sueño imposible. Más tarde, cuando Kushina fue secuestrada por un grupo de ninjas de la Aldea oculta de las Nubes, ella dejó hilos de su cabello con la esperanza de que alguien la encontrara, Minato fue el único ninja de Konoha en demostrar ser lo suficientemente listo para entender el rastro y fue capaz de rescatarla. Minato le había dicho que él siempre había admirado su cabello. En ese momento, ella ya no lo vería más como un "Flacucho medio afeminado" y se habría enamorado de él.
Según quienes lo conocían, Minato era un ninja con mucho talento, al haber sido considerado un genio que aparece solo una vez por generación. Se graduó en la Academia Ninja a la edad de diez años y fue introducido en un equipo de Genin bajo la tutela de Jiraiya. Este tuvo un interés especial en Minato y lo aceptó como aprendiz, le enseñó La Técnica de Invocación. En algún momento, Jiraiya le contó a Minato la profecía del Gran Sapo Sabio, creyendo que Minato podría ser el Niño de la Profecía.
En años posteriores, Minato fue puesto a cargo de un equipo Genin formado por Kakashi Hatake, Rin Nohara y Obito Uchiha. Durante la Tercera Guerra Mundial Shinobi, Minato llevó a su equipo en una misión en Kusagakure. Debido a que Kakashi recientemente fue promovido a Jonin, Minato le dio el liderazgo de la misión a Kakashi mientras él iba a ayudar a las fuerzas de Konoha. Antes de irse, le dio a Kakashi un kunai especial como regalo de felicitación, equipado con el sello utilizado para su Jutsu del Dios del Trueno Volador.
Mientras ayudaba a sus compañeros ninja de Konoha, usó el Jutsu del Dios del Trueno Volador para destruir toda la oposición de la Aldea Oculta de las Rocas en un instante. Volvió a tiempo para salvar a Kakashi y Rin de otro grupo de enemigos, pero no pudo salvar a Obito, quien, después de haber sido apalastado por una Roca, le obsequio su Sharingan a Kakashi como regalo por haber sido ascendido a Jonin. Cuando Kakashi se recuperó de la dura prueba, Minato los ayudó a completar la tarea de destruir el puente Kannabi.
En algún momento de la historia durante la Tercera Guerra Mundial Shinobi, Minato tiene una batalla con el aspirante a cuarto Raikage de la Aldea Oculta de las Nubes, "A" Junto con su hermano Killer Bee y otro shinobi. En lo que fue aparentemente el primer encuentro, Minato, un Inuzuka, un Akimichi y un cuarto miembro, se enfrentaron a A y su equipo. Allí, Minato y A tuvieron un choque de velocidad, Minato casi hiere gravemente al futuro cuarto Raikage antes de que Killer Bee interceptara el ataque. Al recibir la señal de Konoha de retirada por el momento, Minato se quedó a alabar la valentía de Killer Bee y le dijo a A que tenía una buena familia y buenos seguidores que lo rodean por lo que hizo, y también ofreció un consejo, el de asegurarse de que su hermano sabía quién era antes de convertirse ni en humano ni en Jinchūriki. Minato declaró entonces que la próxima vez que se encontraran, el estaría con el título de "Kage" en el momento, sin la intención de permitir que su enemigo escapara tan fácilmente, A intentó atacar a Minato antes de irse creyendo que este se tele-transportaría a uno de sus kunai especiales, sin embargo A se sorprendió al ver que el ninja de Konoha apareció detrás de su hermano, ya que sin que este se diera cuenta, Minato le había marcado un sello del jutsu del Dios del Trueno Volador en unos de los tentáculos de Killer Bee a propósito. Impresionado por el hecho de que Killer Bee había deducido la táctica de Minato y puso a este en una situación no favorable, ya que Killer Bee tenía su espada apuntando hacia atrás donde aparecería él, Minato alabó a Killer Bee por sus habilidades como shinobi y no por ser un Jinchūriki.
Cuarto Hokage
Poco después de finalizada la Tercera Guerra Mundial Shinobi, Minato fue elegido como el Cuarto Hokage debido a que el Tercer Hokage decidió renunciar, asumiendo de esa manera las muertes y pérdidas ocasionadas durante la guerra antes mencionada. En el anime, poco después de la ceremonia celebrada, Minato envió a Kakashi a una misión consistente en ir a recibir un documento importante relacionado con el tratado de paz entre Konoha e Iwagakure. Sabiendo que Kakashi todavía se encontraba traumatizado por la muerte de Rin, Minato envió a Guy y a un grupo de ANBU como respaldo por si un incidente ocurría, demostrándose más adelante que esto fue una movida inteligente, ya que Kakashi fue atacado en el camino por varios shinobis, pero fue incapaz de defenderse por su trauma, además de que sufrió hiperventilación durante la batalla. Más tarde, Minato visitó a Kakashi en el hospital y decidió promoverlo a ANBU con la intención de que trabajara directamente bajo su tutela y pudiese tenerlo supervisado. Posteriormente, en algún momento durante su reinado, Minato les enseñó el Jutsu del Dios Trueno Volador a sus guardias para facilitarles las tareas que él les encomendaba. miniaturadeimagen|407x407px|Cosplay de Minato Namikaze en AniManGaki 2014.
Minato y Kushina
Más tarde Kushina quedaría embarazada y, luego de leer el libro de Jiraiya, donde el personaje principal se llamaba Naruto, Minato dijo que el protagonista era igual que Jiraiya. Fue entonces cuando Minato reveló que él y Kushina querían que su hijo fuera un shinobi como el del libro, y por eso decidieron ponerle el nombre de "Naruto". Minato señaló que Jiraiya sería el padrino de Naruto y este le preguntó si estaba seguro de que querría eso. Minato dijo que Jiraiya era un buen ejemplo para todos ellos y que no podía pensar en un shinobi mejor que él.
El día en que Naruto iba a nacer el Tercer Hokage preparó un lugar secreto fuera de la aldea para que se hiciera allí el parto. En el parto el sello que mantenía a Kurama dentro de Kushina se debilitaría así que él estaría allí para evitar que el zorro escapase. Durante el parto le pregunta a Biwako si Kushina se encuentra bien ya que nunca había sentido tanto dolor y esta le dice que no entre en pánico, esa es la razón por la que una mujer tiene hijos, los hombres no pueden manejar el dolor.
Inmediatamente después del parto Obito entra al cuarto matando a Biwako y a Taji. Captura a Naruto, lo tira al aire y cuando está a punto de clavarle un kunai Minato rápidamente lo salva, pero se da cuenta de que la sabana que cubría a Naruto está llena de sellos explosivos así que la tira y escapa usando su técnica de teletransportación llevando a Naruto a un lugar seguro. Mientras tanto Obito extrae al Kurama de Kushina y lo domina con su Mangekyo Sharingan, haciendo que ataque la aldea. Minato vuelve por Kushina y la lleva junto a Naruto, luego se pone su traje de Hokage y se prepara para detener el ataque.
Minato se dirige a las estatuas de los Hokages para evitar el ataque de Kurama, el cual fue invocado en medio de la aldea por Obito. Después de haber desviado el ataque de la Biju-dama de Kurama con su jutsu espacio-tiempo, Obito aparece detrás de él, intentando llevarse a Minato a otra dimensión con su Kamui para que no interfiriera, aunque este último consigue escapar al bosque, siendo seguido por Obito. Entonces Minato empieza a pelear contra el enemigo dejando en las manos de Hiruzen y los otros shinobis de Konoha a Kurama, hasta que Minato logra vencer a Obito con su Rasengan y colocar un sello contrato en Obito haciendo que perdiera el control sobre Kurama, causando que Obito obtara por escapar del lugar, no sin antes advertirle que algún día Kurama volvería a estar bajo su control. Luego este se retira a las afueras de Konoha donde todos los ninjas de la aldea intentaban detener al enfurecido Kurama, pero la bestia es inmovilizada por la invocación de Minato, Gamabunta, para detener el ataque del zorro y llevarla a otro lugar. La lucha prosiguió en el lugar donde se encontraba Kushina y Naruto, en donde su esposa intentaba devolver a Kurama de nuevo a su cuerpo con lo último de su chakra para poder morir con él.
Minato al ver la decisión de su esposa, se pone en un principio triste, pero después decide utilizar un poderoso pero mortal jutsu de sellado conocido como el Sello Mortal de la Parca para encerrar la mitad yin de Kurama y sellaría en sí mismo a costo de su propia muerte. Luego de activar este jutsu, el Shinigami se manifiesta detrás de él y la mano de la Parca sale de su cuerpo tomando parte yin del chakra de Kurama y la sella dentro de su cuerpo, causando que la bestia disminuyera de tamaño considerablemente. Después de eso, él invoca un trono de ceremonia, donde coloca a su hijo para poder sellar la parte yang de Kurama usando el jutsu Sello de 8 Trigramas. Sin embargo Kurama consiente de lo que trataba de hacer, atacó rápidamente al pequeño Naruto, pero es detenido por Minato y Kushina, los cuales son atravesados por las gigantescas garras de Kurama, evitando que el pequeño Naruto fuera alcanzado por estas. Antes de empezar el proceso de sellado, Minato invoca al sapo Gerotora para poder escribir la llave del sello y le ordena dárselo a su maestro Jiraiya. Al final, Kurama es sellado dentro de Naruto junto con el poco chakra de Kushina y Minato (con la idea de que estos se activaran más a delante), causando la muerte de ambos.
Legado
El último deseo de Minato era que la Aldea Oculta de la Hoja viera a Naruto como un héroe que había ayudado a derrotar a Kurama, pero en lugar de eso los habitantes de la aldea lo trataron como un monstruo todo esto a raíz de lo que les hizo el zorro. Sin embargo, solo unos pocos habitantes del pueblo honraron su deseo, entre los que estaban: el Tercer Hokage, Hiruzen Sarutobi, quien estuvo presente cuando Kurama fue sellado, otro que también lo sabía posiblemente es Shikaku Nara, padre de Shikamaru Nara, debido a que este conocía a Minato y sabía que él y Kushina iban a tener un hijo, otra que aunque no lo sabía aún era Hinata Hyuga, la hija de Hiashi Hyuga, ya que está al principio no era consciente de la existencia de Kurama, ya que los miembros de la rama principal solo le decían que se mantuviera alejada de Naruto, otro que también conocía la verdad era Jiraiya, ya que él fue maestro de Minato y finalmente Tsunade Senju, quien sabía desde el principio que Naruto era el jinchuriki de Kurama. Durante el transcurso de la serie, Naruto es capaz de cambiar la forma en que los aldeanos lo ven, pero al mismo tiempo, debe luchar contra Kurama que está sellado dentro de él. Naruto nunca supo quiénes eran sus padres durante su infancia, pues Hiruzen tenía la sensación de que era mejor que el mundo no supiera quién era el padre de Naruto todo esto con tal de protegerlo de posibles intentos de secuestro o de asesinatos, con la excepción de unas pocas personas.