Malta tiene una larga historia y fue habitada por primera vez en torno al 5900 a. C. Los primeros habitantes eran agricultores, y sus métodos agrícolas degradaron el suelo hasta que las islas se volvieron inhabitables. Las islas fueron repobladas hacia el 3850 a. C. por una civilización que en su apogeo construyó los templos megalíticos, que hoy se cuentan entre los edificios más antiguos que se conservan en el mundo. Su civilización se derrumbó en torno al 2350 a. C., pero las islas fueron repobladas por guerreros de la Edad del Bronce poco después.
La prehistoria de Malta se remonta al año 700 a. C., cuando las islas fueron colonizadas por los fenicios. Éstos gobernaron las islas hasta que cayó en 218 a. C. en manos de la República Romana. La isla fue adquirida por los romanos de Oriente o bizantinos en el , que fueron expulsados por los aglabíes tras el asedio en 870 d. C.. Es posible que Malta estuviera escasamente poblada durante unos siglos, hasta que fue repoblada por árabes en el . Las islas fueron invadidas por el Condado normando de Sicilia en 1091, a lo que siguió una gradual cristianización de las islas. En ese momento, las islas pasaron a formar parte del Reino de Sicilia y fueron dominadas por sucesivos gobernantes feudales, entre ellos los suevos, los aragoneses y, finalmente, los españoles. En 1530, las islas fueron entregadas a los Orden de San Juan, que las gobernaron como estado vasallo de Sicilia. En 1565, el Imperio Otomano intentó tomar las islas en el Gran Asedio de Malta, pero la invasión fue rechazada. La Orden continuó gobernando Malta durante más de dos siglos, y este periodo se caracterizó por un florecimiento de las artes y la arquitectura y una mejora general de la sociedad. La Orden fue expulsada después de que la Primera República Francesa invadiera las islas en 1798, lo que marcó el inicio de la ocupación francesa de Malta.
Tras unos meses de dominio francés, luego del Sitio de Malta (1798-1800) los franceses fueron expulsados en 1800. Malta se convirtió en protectorado británico, pasando a ser colonia de facto en 1813. Las islas se convirtieron en una importante base naval para los británicos, sirviendo como cuartel general de la Flota del Mediterráneo. Durante el último cuarto del se produjeron avances tecnológicos y financieros. En los años siguientes, se creó el Anglo-Egyptian Bank en 1882 y el ferrocarril de Malta comenzó a funcionar en 1883. En 1921, Londres concedió el autogobierno a Malta. Esto dio lugar al establecimiento de un parlamento bicameral compuesto por un Senado (que fue eliminado posteriormente en 1949) y una Asamblea Legislativa elegida. La Colonia de la Corona de Malta fue autónoma en 1921-1933, 1947-1958 y 1962-1964.
Durante la Segunda Guerra Mundial Las fuerzas británicas en Malta fueron fuertemente atacadas por la aviación italiana y alemana, pero los británicos se mantuvieron firmes. En 1942 a la isla se le concedió la Cruz de Jorge, que hoy aparece en la bandera y el escudo de Malta.
En 1964 Malta se convirtió en un reino independiente de la Commonwealth británica, conocido como Estado de Malta, y en 1974 pasó a ser una república. Desde 2004, el país es Estado miembro de la Unión Europea.
Prehistoria de Malta
thumb|400px|Templo en Malta.
La llegada del hombre al Mediterráneo central fue relativamente tardía en comparación con otras zonas del entorno. Parece que Malta no fue ocupada hasta el Neolítico (5200 a. C.). La ocupación provino de los desplazamientos de la vecina Sicilia. Durante este periodo se importaba lava y piedras desde la costa siciliana y se exportaban textiles manufacturados. Los más antiguos signos de enterramiento fueron encontrados en Skorba. Durante la que sería la Edad del Cobre en Sicilia, en Malta floreció la Edad o Era de los Templos, (4000 a. C. - 2500 a. C.) en honor a las grandes construcciones megalíticas que se llevaron a término. Esta civilización autóctona conoció por sus intercambios con Sicilia los metales pero no los usó, llevando a cabo un gran desarrollo en la técnica de elaboración de útiles con la piedra. En la Edad del Bronce las aldeas por vez primera comenzaron a ser protegidas con singulares empalizadas. La llegada del cobre y el bronce permitieron una expansión de los cultivos y un aumento de la población. De 1500 a. C. a 725 a. C. la población abandona las pequeñas aldeas para instalarse sobre las colinas fortificándolas. Los contactos con el exterior aumentan con griegos, micénicos y otros pueblos del este.
Historia megalítica y antigua
Fenicios, griegos, cartagineses y romanos
La llegada de los fenicios ocurrió en torno al año 1000 a. C., que bautizaron la isla principal Malat, que significa refugio seguro, que fue su base para el comercio y para las exploraciones a través del Mar Mediterráneo. En el 736 a. C., los griegos ocupan la isla convirtiéndola en la colonia de Melita, si bien su presencia es poco significativa hasta el periodo helenístico.
Los fenicios habían establecido colonias también en la misma época en Chipre, este de Sicilia y norte de África. La razón de la ocupación no es solo comercial, es también estratégica con respecto a la potencia griega y etrusca.
Las islas pasaron después al control de Cartago (en 400 a. C.) tras declararse las hostilidades con los Griegos. Malta ha asumido su papel de frontera entre otras dos grandes potencias cuando Alejandro Magno hace su aparición. En el 264 a. C. Roma se interesa por las islas y la conquista alrededor del 218 a. C. durante la segunda guerra púnica. Las islas prosperaron bajo el dominio romano y durante ese tiempo fueron consideradas un municipium y un feodorata civitas. Muchos restos de la presencia romana aún existen, atestiguando la cercana relación entre los malteses y los romanos. Malta se convierte en un refugio seguro para la flota Romana en invierno que le permite actuar en el centro del Mediterráneo en todo tiempo. En el 60 d. C., las islas fueron visitadas por San Pablo, que se dice en los Hechos de los Apóstoles que naufragó en las costas en lo que hoy se denomina la Bahía de San Pablo.
Bizantinos y árabes
Después de una breve dominio de los bizantinos en el 533 según relatan las crónicas y un uso para la flota en distintos puertos de Gozo y Malta, además de un probable saqueo de los vándalos, las islas fueron conquistadas por los aglabíes en el 878, inusitadamente más tarde que otras zonas de la costa mediterránea como la Hispania visigoda y ello debido probablemente a su aislamiento y a la dificultad de llegar por mar desde África. La influencia árabe puede ser encontrada en la moderna lengua maltesa, una lengua fuertemente romanizada que originalmente deriva del árabe vernacular. Durante este tiempo sus habitantes se convirtieron al islam para evitar ser esclavizados.
En 1090, los árabes fueron finalmente sustituidos por los normandos de Sicilia al mando de Roger I, después de que Malta volviera a ser cristiana, aunque fue necesaria una segunda expedición en 1127 para el total control del archipiélago con Roger II. Fue en esta época que fue creada la nobleza maltesa. Ésta todavía permanece hoy en día, y hay 32 títulos que todavía se usan, siendo el más antiguo de los Barones de Djar il Bniet y Buqana.
Del al thumb|Sitio de Malta de 1565. Tras la expulsión de los musulmanes en 1248 la lengua árabe y la siciliana convivieron y Malta dependió de diversos señores. A partir de 1373 Malta dispone de una asamblea (Università) propia que dicta sus normas y guardaba, al menos aparentemente, su independencia con respecto a los señores, si bien estaba compuesta por letrados, clérigos y terratenientes. Regulaban el comercio e impartían justicia, así como formaron un grupo de soldados encargados de la defensa de las ciudades. En realidad el modelo no distaba mucho del feudalismo europeo.
Malta mantenía su posición estratégica con respecto a normandos, sicilianos y árabes. Las relaciones comerciales eran fluidas. Estaba en la ruta que partía de Castilla y Aragón hacia el este del Mediterráneo, y entre Génova y el Norte de África (en concreto los puertos de Túnez y Argelia). Durante este tiempo la producción de algodón fue importante, convirtiéndose en una de las principales exportaciones.
El cristianismo fue reintroducido en las islas en 1127 con Roger II. Se extendió rápidamente, aunque no contó con Obispo propio hasta 1366, estableciéndose las primeras órdenes religiosas como los franciscanos en 1372 y los benedictinos. A este establecimiento ayudó la historia de la presencia de San Pablo en la Antigüedad.
A partir de 1282 Malta pasa a formar parte de la Corona de Aragón. Al inicio del periodo el predominio de comerciantes extranjeros en la economía de Italia y de Sicilia meridional era muy pronunciado. Los aragoneses fueron formando también un grupo importante de comercio mientras que los banqueros genoveses facilitaban cuantos créditos pudiera precisar la Corona aragonesa. Tras la unificación del Reino de Castilla y Aragón y la expansión mediterránea de los mismos entre 1500 y 1510, que supuso la conquista de Trípoli, Sfax, Melilla y Orán, la importancia de Malta en la Corona de Nápoles fue mucho menor.
Régimen de los Hospitalarios (1530-1798) thumb|Acta de Donación de las islas de Malta, Gozo y Trípoli a la Orden de San Juan por el Emperador Carlos V in 1530. Malta fue gobernada por los Orden de San Juan como estado vasallo del Reino de Sicilia desde 1530 hasta 1798.
Primeros años thumb|Philippe Villiers de L'Isle-Adam toma posesión de la isla de Malta, 26 octubre de 1530 por René Théodore Berthon. A principios del , el Imperio Otomano comienza a extenderse por la región, llegando hasta el sureste de Europa. El rey español Carlos V temía que si Roma caía en manos de los turcos, sería el fin de la Europa cristiana. En 1522, Solimán I expulsó a los Caballeros Hospitalarios de San Juan de Rodas. Se dispersaron hacia sus comandancias en Europa. En 1530, Carlos V, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, entregó la isla a la Orden de los Caballeros del Hospital de San Juan de Jerusalén a perpetuidad, a cambio del pago simbólico de un halcón cada año.para proteger a Roma de las invasiones del sur. Esta orden monástica militante, fue conocida desde entonces como la Orden de Malta.
Durante los 275 años siguientes, estos famosos "Caballeros de Malta" convirtieron la isla en su dominio e hicieron oficial la lengua italiana. Construyeron ciudades, palacios, iglesias, jardines y fortificaciones, embellecieron la isla con numerosas obras de arte y mejoraron el patrimonio cultural.
La orden de los Caballeros de San Juan se creó originalmente para establecer puestos avanzados a lo largo de la ruta hacia Tierra Santa, con el fin de ayudar a los peregrinos que se dirigían en ambas direcciones. Debido a los numerosos enfrentamientos que se producían, una de sus principales tareas era prestar asistencia médica, y aún hoy la cruz de ocho puntas sigue siendo muy utilizada en ambulancias y organizaciones de primeros auxilios. A cambio de las muchas vidas que salvaron, la Orden recibió muchos territorios recién conquistados que había que defender. Junto con la necesidad de defender a los peregrinos a su cargo, esto dio lugar a la fuerte rama militar de los caballeros. Con el tiempo, la Orden se hizo fuerte y rica. De hospitalarios primero y militares después, estas prioridades se invirtieron. Dado que gran parte del territorio que cubrían se hallaba en torno a la región mediterránea, se convirtieron en notables marinos.