Está documentada la existencia de órgano en la Basílica de la Seo de Manresa desde el año 1506. El primer organista titular es del año 1562. El Capítulo de la Seo elige el cargo de organista. El órgano actual de la Seu de Manresa es obra de Silvio Puggina, genovés que junto con Joan Rogent fundaron la Fábrica de Órganos Nuestra Señora de Montserrat en 1925. Es un instrumento de estética romántico-clásica que proviene de la Basílica de Montserrat y se instaló en la Seo en 1958, siendo inaugurado por el capuchino Robert de la Riba el 18 de enero de 1959.

Los organistas titulares documentados son: Miquel Aymerich del Bosch, 1562-1585 Agustí Vinyes, 1585-1595 Martí Padró, 1595 Maurici Casanovas, 1596-1597 Joan Novial, 1597-1598 Pere Gil, 1598-1603 Josep Sabater, 1603-1616 Jaume Bena, 1616-1635 Francesc Fadre, 1635-1660 Jaumre Sirosa, 1660-1665 Esteve Llor, 1665-1668 Josep Dulachs, 1668-1705 Francesc Espelt, 1705-1712 Josep Monjo, 1712-1713 Anton Serra, 1713-1715 Josep Fortet, 1715-1716 Aleix Muntada, 1716-1720 Josep Fortet, 1720-1726 Sebastià Viladrosa, 1726-1768 Ramon Petzí, 1768-1816 Mariano Matarrodona, 1816-1865 Eudald Pla, 1959-1960 Josep Maria Massana, 1960-1984 Josep Maria Riubrogent, 1984-1994 Josep Maria Basiana Cornet, 1994-1997 Jordi Franch Parella, 1997- actualidad (2025)

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