Según la historiografía ecuatoriana, se denominaría Gobierno de Caráquez o Gobierno de La Canoa a todos los territorios de la zona norte de Manabí en tiempos de la dominación española en América, a partir del año 1562 hasta 1824. Dichos gobiernos se ubicaron en la región litoral de la Real Audiencia de Quito, cuya jurisdicción sobre ellos fue producto de su anexión dentro de lo que se conoce como la Conquista del Perú, localizados como parte de la Provincia de Puerto Viejo y señoríos de la provincia de Coaque en la Gobernación de la Nueva Castilla hacia 1529; seguidamente hasta la creación del Virreinato del Perú en 1542. Posteriormente estos territorios fueron incorporados al Virreinato de la Nueva Granada tras su creación en 1717, anulación en 1723 y restauración en 1739. Todas sus comarcas y poblados indígenas y mestizos desde siempre se sujetaron territorialmente a la Real Audiencia de Quito y legalmente asumían y obedecían disposiciones del Corregimiento de Quito con sede judicial y política en la ciudad de San Francisco de Quito.
Originalmente la unidad territorial de estos gobiernos comprendieron lo que es ahora la zona norte de la provincia de Manabí como eje geográfico principal, tuvieron también la jurisdicción en la mayor parte de la provincia de Santo Domingo de los Tsáchilas y en parte poseyeron linderos en el norte de las provincias de Los Ríos y Guayas además de varios extremos sur de la actual provincia de Esmeraldas, y por ello se llega a deducir que sus prontas anulaciones y fracasos institucionales provocaron para futuro el nacimiento de nuevas disputas limítrofes internas en el Ecuador actual, que de hecho fueron iniciadas por las deficientes delimitaciones geográficas y vacíos jurídicos que tuvieron estos antiguos e inconsecuentes gobiernos efímeros.
Gobierno y Tenencia de Caraquéz
Conquista y pacificación izquierda|miniaturadeimagen|195x195px|Pedro de Alvarado La llegada de los conquistadores a la provincia de Manabí ocurrió en 1526, seis años de la fundación de Santiago de Quito. El primer contacto se llevó a cabo con los indígenas de dichas regiones como sería Esmeraldas, cuando Bartolomé Ruíz de Estrada, parte de los trece de la fama, fundaría San Mateo, o Francisco Pizarro en la Isla Puná durante la famosa batalla de Puná. En las costas de Manabí desembarcaría Pedro de Alvarado quien enfrentaría a los poblados indígenas y conquistaría la ciudad que ahí se encontraba, esto con el fin de que después de haber conquistado Centroamérica, Alvarado escuchó de la caída del incario y la posibilidad de fundar nuevas ciudades en el norte del imperio. Por esta razón hubo una competencia entre Almagro y Alvarado por el establecimiento y fundación de las ciudades para tener prevalencia jurídica sobre las recompensas que posteriormente reclamarían a la corona.
La segunda conquista, ahora pacificación, de Caráquez fue tras haber ocurrido el primer contacto en 1526 se dio mediante efectos en una etapa cúspide causada por el forzado prestigio militar de la Monarquía Católica a nivel continental como un éxito a largo plazo, pero que con la avaricia y la falta de humildad y paciencia por parte de la creciente sociedad española radicada en América les hizo interpretar aquello, tras no haber podido encontrar lo ansiado y pensado obsesivamente con las esperadas riquezas, hasta condenar la expedición al fracaso total, cuyo tiempo de ocaso fue tras no mantener intangibles y ordenadas a las poblaciones vecinas de los pocos pueblos habitados con estructura orgánica y asimismo dejando en estos con el sometimiento a los indígenas una intranquilidad profunda señalada como condena al destierro y suplicio de la vida nómada en las selvas lejanas de la costa, donde asimismo desarrollaron otro tipo de vida ligado a la agricultura y a la anarquía desde lo lejos del pragmático dominio de la Corona Española y las instituciones que la representaban.
Gobierno de Caráquez izquierda|miniaturadeimagen|188x188px|Diego López de Zúñiga El inicio del Gobierno como entidad jurídica se llevó a cabo cuando el IV Conde de Nieva Don Diego López de Zúñiga y Velasco también conocido como el Conde de Nieva mientras era el Virrey del Perú envió misiones tanto religiosas como civiles para que se creara el Gobierno de Caráquez. Esta entidad jurídica sin embargo tendría una existencia de tres décadas antes de que se lleve a cabo su supresión, cuando el virrey García Hurtado de Mendoza IV Marqués del Cañete lo eliminaría y de a poco anuló sus autoridades seculares para que en la posteridad el cargo disminuyese a menor jerarquía territorial ante la dirigencia de un Alcalde Mayor y desde 1768 con mandato de teniente. El llamado Gobierno de Caráquez, es el antecedente jurídico-institucional más complejo a nivel cronológico, debido a la poca documentación existente respecto de sus conformaciones nativas, pero históricamente flexible y amplio acerca de la presencia autonómica en los actuales territorios de lo que se conoce hoy como zona norte de Manabí, por ello el historiador Juan de Velasco no solo cita la existencia de esta entidad en la época precolombina como Reino de los Caras sino que en la posteridad al proceso de la Conquista del Perú, asimismo se nos refiere a una entidad jerárquico-social creada por iniciativa de la administración española de Lima y constituida formalmente por el interés de los primeros virreyes del Perú para hacer fácil el control y comunicación de las costas quiteñas y conexiones con Lima y otros puertos; pero sin imaginarse que aquella empresa de reconquista fracasaría en menos de tres décadas y que, de a poco, todos los puertos que se tuvieron en proyecto construirse fueron anulados para beneficiar únicamente a la corona y a las autoridades políticas, mercantiles, edilicias y aduaneras de Guayaquil, tomándose de a poco todas estas argumentaciones históricas para complementar la existencia autonómica de la zona norte de Manabí. Estos gobiernos tuvieron su sede en la actual población porteña de Bahía de Caráquez, aunque también se estableció en el poblado vecino de Canoa, localidad que tuvo desde la sexta década de la etapa diesiochesca su sede distributiva con residencia de derecho a un establecimiento que conformaban corporativas junta de vecinos y desde sus inicios era administrado en el ámbito político desde la costa hacia su parte oriental; que por aquellos tiempos eran territorios vírgenes de límites inexplorados, en la supremacía dirigente se encontraba bajo el mando de un lugarteniente. Durante su creación, los límites del gobierno incluían los siguientes territorios con referencia a las provincias actuales de la república de Ecuador.
Dentro de los cantones actuales que forman parte de la provincia de Manabí se encuentran: Bolívar, Chone, El Carmen, Flavio Alfaro, Junín, San Vicente, Pedernales, Jama, Sucre, Tosagua. La Manga del Cura en su integridad territorial; según el propio Pedro Vicente Maldonado en su mapa de 1750, trazando una línea paralela distribuye parte de este tramo para los gobiernos de Caraquez y la Tenencia de Puerto Viejo desde que ambas jurisdicciones nacieron como ciudades con territorios incorporados en la Audiencia de Quito. Lo que evidencia que la dicha jurisdicción hoy en disputa pertenece a la provincia de Manabi por muchas alegaciones de gran valides, tales como el derecho territorial histórico del Uti possidetis iure, recordemos que mientras Puerto Viejo se fundó en la costa Guayaquil lo hizo en la serrania, los límites iniciales de esta ciudad manabita (antes de la creación de los Gobiernos de la Bahía de Caraquez) llegan a incluir todo el luengo de costa desde la provincia de Santa Elena, hasta la Ciudad de Pasto en el norte, exclusive las montañas altas de la serranía que era el término de esta jurisdicción colonial por el lado Este. Otro motivo relevante es porque sus habitantes son descendientes en su mayoría de personas oriundas de los cantones manabitas con los que limita dicha franja geográfica, a la cual los accesos son visiblemente definidos. La única manera debatible con la cual se apelaría la integridad manabita de este lugar, es la consulta de sus habitantes, como libre determinación de los pueblos para decidir de quienes se sentirían más cercanos o identificados. Fragmentos y bandas territoriales de los cantones Valencia y Buena Fe de la provincia de Los Ríos. Según Juan de Velasco por este lado el Gobierno limitaba con el corregimiento de Latacunga lo que actualmente comprende la provincia de Cotopaxi y se llega a la conclusión de que era una banda de territorios cuyos límites surorientales se determinaban donde empezaban las montañas de la Cordillera occidental de Los Andes. Fragmentos territoriales del Sur de la provincia de Esmeraldas, que son poblados y territorios que todavía no se han estudiado profundamente para no entrar en detalles históricos incorrectos e imprecisos, pero aun así las descripciones de Juan de Velasco y sobre la Gobernación de Guayaquil, en diferentes épocas citan que específicamente el Gobierno de Caráquez empezaba desde el Cabo San Francisco delimitada mediante una línea simétrica triangular descendente con vista al océano, pero cuando se refieren a la Gobernación como Partido de La Canoa, citan de forma diferente que el límite definitivo empieza desde la Bahía de Cojimíes con línea ondulada descendente hacia abajo hasta definir el límite Este con la cordillera de la Sierra ecuatoriana. Mientras que en el lado sur los límites costaneros de Caráquez culminaban en las actuales playas de Chirije en el actual cantón Sucre. Fragmentos territoriales de la provincia de Santo Domingo de los Tsáchilas, Según Juan de Velasco el Gobierno de Caraquez limitaba con Quito cuando empezaba la Cordillera occidental de los Andes. Fragmentos territoriales de los cantones El Empalme y Balzar, en la provincia del Guayas incluyendo el embalse Daule Peripa. Fragmentos territoriales del cantón Pichincha
Tenencia de Caráquez miniaturadeimagen|201x201px|Hernando de Santillán Presidente de la Real Audiencia de Quito desde 1564 hasta 1571 Por su parte este primer periodo (1562-1590) fue denominado en manera original con el reconocimiento de Tenencia Civil de Caráquez, Provincia de Caráquez, Reino de Caráquez o Tenencioa de Carán, citado en otras versiones históricas como Gobierno de Caras o Gobierno de Cara fue una pequeña entidad territorial ultramarina indiana, fragmentaria e integrante del Imperio Español en lo que por entonces era denominado como las Indias, con lo cual adquirió nativo derecho de administración propia. Este Organismo durante el conservó su categoría original de Tenencia de Su Majestad Católica en las gobernaciones de Nueva Castilla y la de Quito, de lo que sirvió para designar el título de la referencia adquirida para la historia ecuatoriana y supuso el primer intento de consolidar el surgimiento de pueblos y villas en su territorio hasta ocurrido su declive institucional y demográfico en la determinación existencial de diferentes tiempos no fijos. En las postrimerías tanto los de Lima como de Santa Fe, adujeron que era arriesgado y costoso mantener un gobierno en aquellos territorios argumentando las mismas situaciones y circunstancias que definieron los primeros virreyes del Perú para esterilizar el Gobierno de Caráquez definitivamente. Su autoridad la ejerció el gobernador de Caráquez que a su vez se le asignaba la administración y dirigencia política de las otras poblaciones importantes como Chone, Jama, Canoa y Tosagua.