Indonesia es un archipiélago formado por más de diez mil islas, de las que 8.844 tienen nombre y 922 están habitadas. Comprende cinco islas principales: Sumatra, Java, Borneo, Célebes y Nueva Guinea, dos grupos mayores de islas: las islas menores de la Sonda y las islas Molucas, y sesenta grupos más pequeños de islas. Cuatro de las islas son compartidas con otros países: Borneo con Malasia y Brunéi; Sebatik, al noroeste de Kalimantan, con Malasia; Timor con Timor Oriental, y las recién divididas provincias de Papúa y Papúa Occidental comparten la isla de Nueva Guinea con Papúa Nueva Guinea.
Una extensión de agua relativamente abierta (formada por los mares de Java, Flores y Banda) divide la mayor parte de las islas de Indonesia en dos hileras desiguales de islas: al sur, las islas (comparativamente largas y estrechas) de Sumatra, Java y Timor entre otras, y al norte, Borneo, islas Célebes, el archipiélago de las Molucas y Nueva Guinea.
Relieve Una cadena de montañas volcánicas, que alcanza altitudes superiores a los 3.700 m, se extiende de oeste a este, a través de las islas meridionales desde Sumatra hasta Timor. Los puntos más elevados de esta cadena son el Kerinci (3.800 m) en Sumatra, y el Semeru (3.676 m), en Java. Cada una de las islas septentrionales principales tiene una masa montañosa central y llanuras en torno a la costa. Puncak Jaya (5.030 m), en la cadena montañosa Surdiman de Irian Jaya, es la cima más elevada del país. Las zonas con mayor extensión de tierras bajas son Sumatra, Java, Borneo e Irian Jaya. Durante siglos las periódicas erupciones volcánicas de los numerosos volcanes activos han depositado ricos suelos en las tierras bajas, sobre todo en Java. Muchos volcanes de Indonesia continúan activos y también se producen terremotos en la zona. Uno de los más destructivos fue el terremoto del océano Índico de 2004, con epicentro cerca de Sumatra, que afectó a toda la cuenca del océano Índico y provocó la muerte de más de 200.000 personas.
Geología thumb|280px|Placa de la Sonda en Indonesia Las islas principales de Sumatra, Java, Madura y Kalimantan se apoyan sobre la placa de la Sonda y se agrupan, junto con Sulawesi, en las islas mayores de la Sonda. En el extremo oriental de Indonesia se encuentra Nueva Guinea, que yace sobre la placa Australiana. La profundidad marina en las placas de Sonda y Sahul tiene una media de 300 m o menos. Entre estas dos placas tectónicas se encuentran Sulawesi, las islas menores de la Sonda y las islas Molucas, las cuales forman un segundo grupo de islas con una profundidad en los mares que las rodean de hasta 4500 m. La isla de Sulawesi se halla sobre tres placas separadas, la placa del Mar de Banda, la placa del Mar de las Molucas y la placa de Sunda o de la Sonda. La actividad sísmica y volcánica es elevada en la parte norte, evidenciada por las formaciones volcánicas en la provincia de Célebes Septentrional en el norte de Sulawesi y el arco de islas entre las que se hallan las islas Sangihe y las islas Talaud, al sudoeste de la fosa de Filipinas.
Las islas menores de la Sonda consisten en dos hileras de islas que se estiran hacia el este desde Bali hacia el sur de Molucas. El arco interior de las islas menores de la Sonda es la continuación del cinturón alpino de montañas y volcanes que se extiende desde Sumatra a través de Java, Sumatra y Flores, y desaparece en las volcánicas islas de Banda, las cuales, junto con las islas Kai, las islas Tanimbar y otras islas pequeñas del mar de Banda son típicos ejemplos de la mezcla Wallacea de plantas y animales de Asia y Australasia. El arco exterior de las islas menores de la Sonda es una extensión geológica de la cadena de islas occidental de Sumatra que incluye Nias, Mentawai y Enggano. Esta cadena resurge en las islas menores de la Sonda en las abruptas montañas de las islas de Sumba y Timor. thumb|280px|Mapa tectónico del arco de Banda Las islas Molucas son geológicamente de las más complejas de las islas indonesias, formada por cuatro placas tectónicas. Están localizadas en el nordeste del archipiélago, rodeadas por el mar de Filipinas al norte, Papua al este y las islas menores de la Sonda al sudoeste. Las islas mayores, Halmahera, Seram y Buru se elevan abruptamente desde un profundo mar y tienen una vegetación Wallacea única. Apenas hay llanuras costeras. Al sur se halla el mar de Banda. La convergencia entre la placa del mar de Banda y la placa Australiana crea una cadena volcánica llamada Arco de Banda.Carter, D. J., Audley-Charles, M. G. & Barber, A. J. Stratigraphical analysis of island arc-continental margin collision in eastern Indonesia. J. Geol. Soc. Lond. 132, 179�189 (1976).Hamilton, W. Tectonics of the Indonesian Region Vol. 1078 (US Geol. Soc. Prof. Pap., 1979).
Los geomorfólogos creen que la isla de Nueva Guinea es parte del continente australiano, ya que ambos están sobre la placa de Sahul y estaban unidos por tierra durante el último periodo glacial. El movimiento tectónico de la placa de Australia ha creado elevadas montañas que forman una cadena en el centro de la isla de este a oeste y cálidas llanuras aluviales a lo largo de las costas. La Cordillera Central discurre a lo largo de 650 km de este a oeste, formando una espina dorsal entre el norte y el sur de la isla. Debido a estos movimientos, Nueva Guinea experimenta numerosos terremotos y tsunamis, especialmente en las partes norte y septentrional.MG Audley-Charles, 1986, "Timor–Tanimbar Trough: the foreland basin of the evolving Banda orogen", Spec. Publs int. Ass. Sediment, 8:91–102
Tectónica y vulcanismo La mayor parte de las grandes islas son montañosas, con picos que oscilan entre 2.000 y 3.000 m sobre el nivel del mar en Sumatra, Java, Bali, Lombok, Sulawesi y Seram. Las cimas más altas del país se encuentran en las montañas Jayawijaya, en Nueva Guinea, y en las montañas Sudirman, en Papúa. El pico más alto, el Puncak Jaya, de 4.884 m, se encuentra en las montañas Sudirman. Una fila de volcanes se extiende desde Sumatra a las islas menores de la Sonda, y entonces realiza un giro hacia las islas Banda de las Molucas, al nordeste de Sulawesi. De los 400 volcanes, unos 150 están activos. Dos de las más violentas erupciones en tiempos históricos han tenido lugar en Indonesia; en 1815, una erupción en el monte Tambora, en Sumbawa, mató a 92.000 personas, y en 1883, el Krakatoa mató a 36.000. Mientras la ceniza volcánica resulta ser muy positiva para la agricultura, el riesgo de erupciones y terremotos hace que las condiciones sean impredecibles en muchas zonas.
Indonesia tiene una actividad tectónica y volcánica relativamente elevadas. Yace sobre la convergencia entre las placas de Eurasia, Indoaustraliana, Pacífica y del mar de Filipinas. La megafalla de Sonda es una falla de 5.500 km de longitud localizada frente a las costas sur de Sumatra, Java y las islas menores de la Sonda, donde la placa Índica empuja hacia el nordeste subduciendo la placa de Sonda. El movimiento tectónico en esta placa es responsable de la creación de la fosa de la Sonda o de Java y las cordilleras a través de Sumatra, Java y las islas menores de la Sonda. En la vecindades de la falla se producen numerosos grandes terremotos, como el terremoto del océano Índico de 2004. El monte Merapi, situado en la porción de Java de la megafalla, es el volcán más activo de Indonesia y es conocido como uno de los Volcanes de la Década, debido al riesgo que supone para las pobladas áreas vecinas.
La parte norte de Sulawesi y las islas Molucas yacen en la convergencia de la placa de la Sonda y la placa del Mar de las Molucas, dando lugar a una activa región tectónica con cadenas volcánicas como las de las islas Sangihe y Talaud. El norte de las Molucas y el oeste de Nueva Guinea se hallan en la convergencia de las placas Cabeza de Pájaro, mar de Filipinas y de las Carolinas. También es una activa región volcánica, con el terremoto de Papúa de 2009, de categoría 7,7 Mw como el terremoto más reciente de la región.
Recursos naturales thumb|280px|Bali. El rico suelo volcánico de Indonesia es ideal para el desarrollo de los cultivos; los bosques se extienden por su superficie y cubren aproximadamente dos tercios del territorio.
Los principales recursos del país son el estaño, la bauxita, el petróleo, el gas natural, el cobre, el níquel y el carbón; también cuenta con pequeñas cantidades de plata, diamantes y rubíes. La pesca es abundante y del mar se obtienen también perlas, conchas (carey) y agar, una sustancia que se extrae de las algas.
Clima thumb|280px|Mapa de Köppen de clima de Indonesia. En azul oscuro, ecuatorial; en azul medio, monzónico, y en azul más claro, seco de sabana
Las cálidas aguas alrededor de Indonesia y el hecho de poseer cerca de un millar de islas a lo largo del ecuador, entre el Sudeste Asiático y Australia, con más de 5000 km de oeste a este, proporcionan un clima suave y ecuatorial, cálido y húmedo todo el año, con tormentas o chaparrones que a veces causan inundaciones. Las temperaturas promedio son de 28 °C a lo largo de las planicies costeras y de 23 a 26 °C en las montañas del centro de las islas. La humedad relativa oscila entre el 70 y el 90%. Los vientos son moderados, el monzón, en general, sopla del sudoeste entre junio y septiembre, y del nordeste entre diciembre y marzo. Los tifones y las tormentas rara vez son un peligro, las corrientes entre las islas son el mayor riesgo para la navegación, especialmente en el estrecho de Lombok.
Dependiendo del lugar, hay una época más o menos seca. El día dura 12 horas todo el año, pero en las zonas montañosas, muy nubosas, apenas se ven los rayos del sol. thumb|280px|Ciudad de Bogor, con el monte Salak al fondo. Las lluvias son más abundantes en la costa y las vertientes occidentales de Sumatra, las laderas meridionales del oeste de Java, casi todo Borneo (excepto el sudoeste) y gran parte del oeste de Nueva Guinea Occidental. En el sudoeste de Sumatra caen en torno a 4.000 mm al año, y entre octubre y diciembre caen más de 400 mm cada mes. En Padang, capital de Sumatra Occidental, con una temperatura media anual de C, con máximas de 27,C y mínimas todo el año de 22,C, con una variación mínima de 1 grado entre estas variables, caen 4.040 mm, con un mínimo de 200 mm en septiembre y 500 mm en noviembre.¡, superando los 400 mm entre octubre y noviembre.
En Borneo, el clima también es muy húmedo, y resulta difícil encontrar un mes en que caigan menos de 250 mm. Sin embargo, hace más calor. En Kalimantan caen entre 2.500 y 3.200 mm, pero en Pontianak, por ejemplo, las temperaturas oscilan entre los 32-C de media de las máximas y los C de media de las mínimas.
Llueve menos al norte de Sumatra, sudeste de Borneo, extremo norte de Sulawesi, islas Maluku y la parte más occidental de Nueva Guinea, con clima subecuatorial o tropical de sabana (según Köppen(, ya que hay una parte del año en que no se superan los 100 mm mensuales. En Banda Aceh, al norte de Sumatra, caen unos 2.000 mm al año, con dos periodos de unos 100 mm mensuales entre junio y agosto y febrero y marzo. En el norte de Sulawesi, esto sucede entre julio y septiembre, pero en las islas Maluku, se invierte la situación, con más de 400 mm esos meses y en torno a 100 mm de octubre a febrero. En la capital de las Molucas, Ambón, caen 2.615 mm al año, en junio y julio se superan los 400 mm, y entre octubre y febrero apenas se superan los 100 mm.