Annihilaatio voi tarkoittaa:
Luonnontieteissä
annihilaatio, reaktio, jossa hiukkanen ja sen antihiukkanen törmäävät annihilaatio-operaattori, kvanttimekaanisesta tilasta hiukkasen vähentävä operaattori
Muualla
annihilationismi, kristillinen oppijärjestelmä