thumb|225px|Pallokenttä Copánin rauniokaupungissa. Hondurasin historia alkoi noin 10 000 vuotta sitten, kun ensimmäiset asukkaat tulivat alueelle. Mayat saapuivat Hondurasiin 400-luvulla ja loivat alueen ensimmäisen korkeakulttuurin. Copánin kaupunki oli merkittävä mayakeskus, joka kuitenkin hylättiin mayojen huippukauden aikana. Vuonna 1502 Kristoffer Kolumbus saapui Hondurasin rannikolle ja antoi sille sen nykyisen nimen. Espanjalaiset asuttivat Hondurasin vähitellen. Alueelta löydettiin kultaa ja hopeaa 1530-luvulla, minkä jälkeen espanjalaiset vakiinnuttivat asemansa Hondurasissa. Vuosisadan lopulla kaivosteollisuus taantui ja alue ajautui rappiolle.
Englantilaiset merirosvot ja siirtolaiset aiheuttivat epävakautta 1600- ja 1700-luvuilla. Lontoon sopimus 1786 myönsi rannikkoalueet espanjalaisille, mutta pian tämän jälkeen Hondurasissa alkoivat levitä itsenäistymisajatukset. Keski-Amerikan tasavallat itsenäistyivät Espanjasta vuonna 1821 ja liittyivät pian tämän jälkeen Meksikon keisarikuntaan, josta erosivat 1823, ja perustivat Keski-Amerikan liittotasavallan. Liittotasavalta kaatui sisäisiin erimielisyyksiin, ja Honduras itsenäistyi 13. marraskuuta 1838.
Hondurasin itsenäisyyden aikaa ovat luonnehtineet useat vallankaappaukset. Vallasta ovat taistelleet kaksi poliittista liittoumaa, konservatiivit ja liberaalit. Lisäksi Hondurasin rajanaapurit Guatemala, El Salvador ja Nicaragua ovat useasti puuttuneet Hondurasin sisäisiin asioihin. Hondurasista tuli 1900-luvun alussa niin sanottu banaanitasavalta, kun yhdysvaltalaiset banaaniyhtiöt United Fruit Companyn johdolla tulivat maahan. Ne vaikuttivat runsaasti Hondurasin politiikkaan ja talouteen 1950-luvulle asti. Pian tämän jälkeen Hondurasin asevoimat kaappasivat ensimmäisen kerran oma-aloitteisesti vallan ja asettivat maan johtoon Oswaldo López Arellanon johtaman sotilasjuntan.
Juntan aikakaudella 1969 Honduras kävi El Salvadoria vastaan lyhyen jalkapallosodan, joka vaurioitti maiden taloutta. Honduras palasi siviilihallintoon vuonna 1981, kun Roberto Suazo Córdova valittiin uudeksi presidentiksi. Samaan aikaan maassa oli yhdysvaltalaisia sotilasyksiköitä, jotka kouluttivat elsalvadorilaisia sotilaita ja niin sanottuja contria vastustamaan vasemmiston leviämistä. Vuosikymmenen lopulla Iran-Contra-skandaalin jälkeen contrat ajettiin maasta. Hondurasissa alkoi 1990-luvulla Carlos Roberto Reinan aikakaudella yhteiskunnan demilitarisointi, ja asevoimatkin siirrettiin siviilijohtoon. Maan muutenkin heikko talous koki kovan takaiskun vuonna 1998, kun hurrikaani Mitch iski maahan. Manuel Zelaya alkoi viedä Hondurasia vasemmalle, ja hänet syrjäytettiin 2009. Honduras suljettiin vähäksi aikaa kansainvälisestä yhteistyöstä, mutta pääsi taas mukaan Porfirio Lobo Sosan voitettua vaalit, joita kuitenkin osa valtioista piti laittomina.
Varhaishistoria thumb|225px|Mayojen eteläiset alueiden itäiset osat, mm. Copán kuuluvat nykyiseen Hondurasiin. Honduras sijaitsee Väli-Amerikassa, joten monet varhaiset Pohjois- ja Etelä-Amerikan välillä kulkeneet heimot ovat todennäköisesti kulkeneet sen alueen kautta, ja osa on todennäköisesti myös asuttanut Hondurasia. Varhaisimmat asukkaat saapuivat yli 10 000 vuotta sitten. He asuivat luultavasti luolissa tai yksinkertaisissa asumuksissa ja olivat metsästäjiä. Tuhansia vuosia myöhemmin maanviljelystaito saapui alueelle, ja ensimmäinen viljakasvi oli todennäköisesti maissi.McGaffey & Spilling, s. 24–25. Vanhimmat tunnetut todisteet Hondurasin asukkaista ovat 6 000–8 000 vuotta vanhat kivityökalut, jotka löytyivät La Esperanzan läheltä 1962. Ensimmäiset asukkaat olivat todennäköisesti Pohjois-Amerikan paleointiaaneja.
Mayat saapuivat Hondurasin alueelle 400-luvulla. Jukatanin niemimaalta ja Guatemalasta tulleet mayat asuttivat erityisesti Motaguajoen laaksoa Hondurasin länsiosissa. Mayat rakensivat laajan tieverkoston, joka ulottui Meksikon keskiosiin saakka. Hondurasilaisesta Copánin kaupungista tuli mayojen tähtitieteellisten tutkimusten, matematiikan ja taiteen keskus.Chandeler & Prado, s. 31.
Copán oli suurimmillaan mayojen kultakauden loppuvaiheessa, jolloin siellä asui kaikkiaan noin 30 000 ihmistä. Kaupungin tuottamia maanviljelystuotteita ja vaatteita levisi kauppareittejä pitkin itäiseen Hondurasiin ja Meksikon keskiosiin saakka. Copán rappioitui kuitenkin vuoden 822 jälkeen ja jäi raunioiksi. Mayakulttuurin romahduksen syitä ei tiedetä, mutta arvellaan, että Copánin romahdukseen saattoivat vaikuttaa maatalouskatastrofit, hallitsematon väestönkasvu, ulkopuoliset valloittajat tai sisäiset ristiriidat. Vaikka mayojen papit ja hallitsijat jättivät kaupungin, sinne jäi kuitenkin paljon alempien luokkien väestöä. Kaupungin asukasluku oli vuonna 900 enää alle 5 000.Leonard, s. 15–16. Hondurasin alue ajautui monien kilpailevien heimojen haltuun. Sinne ei syntynyt hallitsevaa voimaa, vaan heimot taistelivat keskenään vallasta. Espanjalaiset onnistuivatkin valtaamaan alueen liittoutumalla toisten heimojen kanssa ja alistamalla toiset.
Mosquitian sademetsän keskellä sijaitsee tuntemattomalle kansalle kuuluneen suurkaupungin rauniot, joiden arvioidaan olevan peräisin ajanjaksolta 1 000–1 400 jaa. Vuonna 2015 julkistetun löydön yhteydessä on hylätty ajatus legendaarisesta Ciudad Blancasta, sillä kyse on useista kaupungeista ja kokonaisesta kulttuurista.
Espanjalaisvalta Valloittaminen thumb|225px|left|Cristóbal de Olid perusti Hondurasin ensimmäisen espanjalaiskaupungin Triunfo de la Cruzin 1524. Kristoffer Kolumbus saapui Hondurasiin vuonna 1502 ja antoi maalle nimen sen syvien rannikkovesien mukaan (, 'syvyys'). Kolumbus nousi maihin lähellä nykyistä Trujilloa 14. elokuuta. Sitä ennen hän oli kohdannut ensimmäisen kerran Amerikan mannermaan asukkaita, kun hän oli havainnut Islas de la Bahían alueella kanootillisen intiaanikauppiaita, jotka olivat todennäköisesti mayojen jälkeläisiä. Kolumbus ei tutkinut Hondurasin rannikkoa kovinkaan tarkasti, mutta nimesi muutamia paikkoja: maan lisäksi myös Guanajan saaren ja Gracias a Diosin niemen.
Espanjalaiset jättivät Hondurasin alueen rauhaan parin vuosikymmenen ajan. Heidän tutkimusmatkansa suuntautuivat pääasiassa Meksikoon, Panamaan ja Karibialle, mutta Hernán Cortésin tutkimusmatka asteekkien sydänmaille lisäsi jälleen kiinnostusta myös Keski-Amerikkaa kohtaan. Monet keskenään kilpailevat retkikunnat kiinnostuivat myös Hondurasin alueesta. Gil González Dávila löysi Fonsecanlahden 1523 ja nimesi sen piispa Juan Rodríguez de Fonsecan mukaan. Meksikosta saapui Cortésin organisoimia retkikuntia. Cristóbal de Olidin johtama retkikunta perusti ensimmäisen espanjalaisen asutuskeskuksen Hondurasiin 3. toukokuuta 1524.McGaffey & Spilling, s. 26. Sen nimeksi tuli Triunfo de la Cruz. Olid julisti siirtokunnan itsenäiseksi, mutta alue palautui Espanjalle, kun Olid tapettiin. Cortés matkusti itse Hondurasiin 1525 ja siirsi päämajan Trujilloon. Hän onnistui rauhoittamaan siirtokunnan hetkeksi, mutta hänen palattuaan huhtikuussa 1526 Meksikoon espanjalaiset jatkoivat keskinäistä nahinointiaan.
215px|thumb|Piirros lencajohtaja Lempirasta. Hondurasin ensimmäinen kuvernööri Diego López de Salcedo saapui maahan lokakuussa 1526 ja rauhoitti tilanteen. Silti alkuperäisasukkaat, jotka olivat tehneet rauhan Cortésin kanssa, nousivat usein kapinaan Lopez de Salcedon aikana. Hän pyrki laajentamaan määräysvaltaansa Nicaraguaan, minkä takia nicaragualaiset vangitsivat hänet. Pian tämän jälkeen Hondurasin ja Nicaraguan rajoista sovittiin ja López de Salcedo vapautettiin.
Honduras oli 1530-luvun alussa sekasortoisessa tilassa, sillä espanjalaiset taistelivat keskenään ja alkuperäisasukkaat kapinoivat. Lisäksi alkuperäisasukkaiden määrä väheni radikaalisti, sillä heitä menehtyi paljon sairauksiin ja heitä vietiin orjiksi Karibian saarille. Espanja jakoi siirtokuntansa kahteen piirikuntaan rauhoittaakseen oloja.Dendinger, s. 38. Higueras käsitti alueen länsiosan ja Honduras muut alueet. Väkiluku jatkoi silti vähenemistään, ja käytännössä vain Pedro de Alvaradon väliintulo pelasti Higuerasin. Hän oli kiinnostunut alueen mahdollisista kultaesiintymistä ja onnistui muutamien guatemalalaisten apureidensa kanssa luomaan tuottoisan kaivosteollisuuden, jonka keskukseksi kehittyi Graciasin kaupunki.
Kullan ja hopean löytyminen houkutteli maahan uusia siirtolaisia, jotka pakottivat paikallisia asukkaita työskentelemään kaivoksissa. Se johti 1537 laajaan kapinaan, jota johti nuori lencajohtaja Lempira. Hänen innoittaminaan monet muutkin ryhmät alkoivat kapinoida. Espanjalaiset murhasivat Lempiran 1538 rauhanneuvotteluiden aikana ja pystyivät kukistamaan kapinan pian sen jälkeen.Chandler & Prado, s. 41. Lempiran kapinaa seurasi kuitenkin useita pienempiä levottomuuksia, jotka espanjalaiset kukistivat raa'asti, minkä seurauksena alkuperäisasukkaiden määrä väheni nopeasti. Heitä oli vuonna 1539 arviolta 15 000 ja kaksi vuotta myöhemmin enää vain 8 000. Suurin osa alkuperäisasukkaista jaettiin niin kutsutun encomiendan mukaan. Järjestelmässä alkuperäisasukkaat sijoitettiin kyliin, joita yksittäiset uudisasukkaat, encomenderot hallitsivat. Encomenderoiden tehtävänä oli jakaa kyläläisille kristillistä opetusta ja kerätä veroja kruunulle. Vastapainoksi he saivat käyttää alkuperäisasukkaita rajoitetuissa työtehtävissä. Työvoimapulan takia Hondurasiin alettiin tuoda afrikkalaisia orjia 1540-luvulla.
Siirtomaa-aika Espanjalaisasutus levisi Hondurasissa 1540-luvulla, kun espanjalaisten keskinäiset kiistat loppuivat ja Hondurasiin nimettiin ensimmäinen piispa.McGaffey & Spilling, s. 27. Honduras vaurastui ja sen merkitys Keski-Amerikassa kasvoi, minkä ansiosta Graciasiin perustettiin 1544 hallintokeskus eli audiencia. Honduras ei kuitenkaan pystynyt kilpailemaan poliittisesti suurempien keskusten kanssa. Graciasin audiencia siirrettiin 1549 Guatemalan Antiguaan, ja Hondurasista tuli Guatemalan maakunta.Dendinger, s. 41.
Kaivosteollisuus oli Hondurasin pääelinkeino, minkä lisäksi harjoitettiin jonkin verran karjankasvatusta. Samaan aikaan espanjalaiset levittivät omaa kulttuuriaan ja pakottivat kaikkia käyttämään espanjaa. Uudet tavat alkoivat sekoittua perinteisiin tapoihin. Kaivosteollisuus alkoi rapistua 1560-luvulla ja Hondurasin taloudellinen merkitys väheni nopeasti. Talous elpyi välillä, kun sisämaasta löytyi uusia hopeaesiintymiä 1569, ja löytö johti myös Tegucigalpan perustamiseen. Hopeatuotanto oli huipussaan 1584, mutta sen jälkeen talous taantui jälleen. Uusia kaivauksia vaikeuttivat usein kuitenkin raha- ja työvoimapula, vaikea maasto, malmisuonten pienuus ja byrokraattiset ongelmat. Hondurasista oli tullut 1600-luvulle tultaessa köyhä, takapajuinen ja huonosti hoidettu alue.
thumb|215px|Fortaleza de San Fernando Omoassa. Ongelmia Hondurasissa aiheuttivat myös englantilaiset merirosvot, jotka alkoivat 1500-luvun lopulla hyökkäillä maan rannikkoseudulle. Hondurasin merkittävimpiin kuulunut satamakaupunki Trujillo tuhoutui hyökkäyksessä 1643 ja oli sen jälkeen hylättynä lähes vuosisadan ajan. Englantilaiset uhkasivat lisäksi espanjalaisten herruutta perustamalla siirtokuntia rannikkoseudulle ja Islas de la Bahía -saaristoon. He saivat apua intiaanien ja afrikkalaisten jälkeläisiltä, zamboilta ja miskitoilta. Samaan aikaan Hondurasin hallitseminen oli vaikeutunut, sillä hyvien satamien puutteen takia alue oli eristyksissä. Lisäksi vain Comayaguassa ja Tegucigalpassa asui yli 100 espanjalaista uudisasukasta. Espanjalaiset yrittivät siirtää intiaaneja työvoimaksi Tegucigalpaan, mutta laittomat muutot ja korruptio heikensivät kaivosteollisuuden tuottoa.