Kakkosen kausi 1999 oli Suomen jalkapallon kolmanneksi korkeimman sarjatason kausi. Kausi pelattiin neljässä 12 joukkueen lohkossa kaksinkertaisena sarjana. Lohkovoittajat nousivat suoraan Ykköseen. Sijoille 11–12 sijoittuneet putosivat suoraan Kolmoseen.
Ykköseen nousivat suoraan Rakuunat Lappeenrannasta, Tervarit Oulusta, Åbo IFK ja FC Hämeenlinna.
Etelälohko
Itälohko
Länsilohko
Pohjoislohko
Lähteet
Luokka:Kakkosen kaudet Luokka:Vuoden 1999 jalkapallo