Taiwaninsaaren kirjoitetun historian ajanjakso on lyhyt: Taiwaninsaaresta on tarkkaa tietoa vasta Ming-dynastian ajalta lähtien, jolloin kauppareitit alkoivat kulkea saaren sivuitse. Aasiasta saatavat tuotteet houkuttelivat saarelle myös eurooppalaisia, jotka kutsuivat saarta nimellä Formosa. Saari joutui 1600-luvulla ensin espanjalaisten ja myöhemmin hollantilaisten valtaan. Eurooppalaisten hallinnassa saaresta tuli osaksi ulkomaailman kanssa käytävää kauppaa ja se alkoi kehittyä nopeasti. Eurooppalaiset rohkaisivat myös han-kiinalaista väestöä muuttamaan saarelle.
Ming-dynastian kukistumisen jälkeisessä myllerryksessä Ming-vallalle lojaalit Koxingan johtamat sotilasjoukot ajoivat hollantilaiset saarelta vuonna 1662. Hollantilaisvaltaa seurannut Koxingan jälkeläisten johtama dynastia oli ensimmäinen Taiwanin itsenäinen hallinto. Taiwanin itsenäisyyden aikaa kesti vain vuoteen 1683 saakka, jolloin Qing-dynastia valtasi saaren. Qing-dynastia hallitsi saarta seuraavat kolmesataa vuotta. Ajanjakso on saaren historiassa ainoa, jolloin saarella on pitänyt valtaa manner-kiinalainen hallinto. Qing-dynastian vallan murentuessa 1800-luvun lopulla Japani valloitti Taiwanin. Japanilaisvaltaa saarella kesti toisen maailmansodan loppuun saakka.
Toista maailmansotaa seuranneen Kiinan sisällissodan tuloksena Kiinan tasavaltalaishallinto vetäytyi Taiwaninsaarelle, ja mantereelle jäi valtaan Kiinan kansantasavallan kommunistinen hallinto. Valtasuhteita ei ole vieläkään ratkaistu. Epäselvästä tilanteesta huolimatta Taiwan on noussut yhdeksi maailman kehittyneimmistä maista.
Esihistoria Myöhäisellä pleistoseenikaudella Taiwaninsaari oli yhteydessä mantereeseen. Noin 10 000 vuotta sitten merenpinta nousi ja Taiwanista muodostui saari. Varhaisimmat ihmisasutuksen merkit Taiwaninsaarella on ajoitettu 20 000-30 000 vuoden taakse. Tämän varhaisen Changpin-kulttuurin ihmiset asuivat luolissa rannan tuntumassa ja saivat elantonsa kalastuksella. He käyttivät kivityökaluja, mutta heillä ei ollut maanviljelystaitoa, eivätkä he tunteneet keramiikkaa. Changpin-kulttuurin ajanjakso päättyi noin 5 000 vuotta sitten.
Noin 6 000 vuotta sitten mantereelta tulleet maahanmuuttajat aloittivat Taiwanilla neoliittisen kauden. Noin 4 700 vuotta sitten keramiikan valmistus tunnettiin saarella ja maanviljelystaito saapui noin 4 000 vuotta sitten. Saarelta on löydetty tältä ajanjaksolta peräisin olevia keraamisia esineitä. Aikakauden ihmiset saivat ravinnokseen meren antimia, kaloja ja simpukoita, joiden kuoria käytettiin myös työkaluina ja koristeina. Lisäksi heidän elantonsa koostui metsästyksestä ja keräilystä, ja he kasvattivat myös riisiä. Heidän merenkulkutaidostaan ei ole tarkkaa tietoa, mutta uskotaan että he osasivat suunnistaa tähtien perusteella ja tiesivät, miten hyödyntää merivirtoja ja kausiluonteisia tuulia purjehdusta varten. Heillä on saattanut olla myös erinomainen sukellustaito ja hyvä tietämys meriekologiasta, kuten kalojen ja vuoroveden käyttäytymisestä.
Rautakausi alkoi Taiwanilla noin 2 000 vuotta sitten, jolloin rautaesineet korvasivat vähitellen kiviesineet. Saarella vieraili myös ulkomaalaisia merenkävijöitä. Heidän mukanaan saarelle saapui kulta, hopea, pronssi, lasi ja akaatti, joita käytettiin koriste-esineinä. Vieraat esineet kertovat varhaisesta merentakaisesta kaupankäynnistä.
Varhaiset asukkaat kuuluivat samaan austronesialaisia kieliä puhuneisiin kansakuntiin, kuin kaakkoisaasialaiset. On myös esitetty, että Taiwan on austronesialaisten kansojen alkukoti, mistä he ovat levinneet muualle Kaakkois-Aasiaan. Taiwanin alkuperäiskansojen muodostama yhteiskunta oli melko eristetty ja alkeellinen. Yhteiskunnallisesti he elivät hajallaan eivätkä he olleet poliittisesti järjestäytyneitä. Vielä 1500-luvulla eurooppalaisten saapuessa saarelle heimoyhteiskunnat olivat hyvin alkeellisia.
Varhaiskeskiaika Taiwan oli hyvin eristynyt saari vielä 1500-luvulla eurooppalaisten saapuessa saarelle. Saaresta tiedettiin hyvin vähän jopa sen naapurissa Kiinassa. Kiinalaisten hovien asiakirjoissa on Taiwaniin viittaavia tietoja, jotka ovat peräisin 200-luvulta. Tuolloin Wu-kuningaskunnan keisari lähetti retkikunnan tutkimaan saarta. Seuraava retkikunta lähetettiin Sui-dynastian aikana lähes 400 vuotta myöhemmin, vuonna 605. Retkikunta toi mukanaan mantereelle Taiwanin alkuperäisasukkaita ja opetti näille kiinan kieltä.
Meritse käytävä kauppa Kiinan kaakkoisrannikolla lisääntyi Tang-dynastian aikana, vuosina 618–907, mutta kauppiailla ei juuri ollut intressejä Taiwaninsaarta kohtaan. Kiinalaisten asuttamia siirtokuntia saarella oli jo ennen 1100-lukua. 1200-luvulla han-kiinalaiset kalastajat alkoivat asuttaa Taiwanin vieressä sijaitsevia Peskadoreja, mutta he kohtasivat taiwanilaisten alkuasukkaiden vihamielisyyden. Kiinteämmin saari kuului kiinalaisvaltaan vasta 1500-luvulla Ming-dynastian aikana. Ming-kaudella säännölliset kauppareitit alkoivat kulkea saaren ohitse ja kiinalaisten, japanilaisten ja kaakkoisaasialaisten merenkävijöiden kiinnostus saarta kohtaan kasvoi. Yksikään ulkovalta ei kuitenkaan pitänyt saarella lainkäyttövaltaa, jolloin siitä muodostui tukikohta merirosvoille ja kalastajille, sekä myös kauppiaille, jotka saattoivat käydä kauppaa vapaasti.
Ming-dynastia kielsi merenkulun saaren lähistöllä yrittääkseen näin estää japanilaisten merirosvojen toiminnan. Joillekin ulkomaisille kauppiaille, kuten Okinawan saarelta oleville Ryukyun kuningaskunnasta kotoisin oleville kauppiaille, annettiin etuoikeus käydä kauppaa Taiwaninsaarella. Vastineeksi okinawalaiset hallitsijat maksoivat Ming-dynastialle vasalliveroa. 1500-luvulla okinawalaisten vaikutus Taiwanilla alkoi vähentyä, ja samalla ulkomaailma alkoi huomioida saaren kauppareitillä matkalla Japaniin. Ming-dynastia kumosi merenkulkukiellon 1500-luvun lopulla, jolloin Taiwanin merkitys kauppiaiden ja kalastajien tukikohtana kasvoi.
Espanjan ja Hollannin Formosa Portugalilaiset olivat ensimmäiset eurooppalaiset, jotka purjehtivat Taiwaninsalmen läpi, vuonna 1517. He eivät pysähtyneet kuitenkaan Taiwanilla, eivätkä vaatineet sitä itselleen. Aluksen lokiin saarta oli kuvattu sanoilla ilha formosa, mikä tarkoittaa kaunista saarta portugalin kielellä. Formosasta tuli myöhemmin länsimainen termi Taiwanille. Toyotomi Hideyoshin hallitsema Japani osoitti kasvavaa mielenkiintoa Taiwaniin 1500-luvun lopulla. Japanilaisvaltaan saari ei kuitenkaan päätynyt, mutta joitakin japanilaisia kauppiaita alkoi asuttaa saarta.
right|thumb|Taiwan oli 1600-luvulla jaettu hollantilaisten (magenta) ja espanjalaisten (vihreä) alueisiin. Lisäksi saarella oli alkuperäisasukkaiden Middagin kuningaskunta (oranssi). Hollannin Itä-Intian kauppakomppanian oli perustanut kauppatukikohtansa Bataviaan, nykyiseen Jakartaan vuonna 1598. Hollantilaiset yrittivät laajentaa merentakaista kauppavaltaansa ja he saapuivat Taiwanin länsipuolella sijaitseville Peskadoreille vuonna 1622. Ming-dynastia ajoi heidät kuitenkin pois ja hollantilaiset perustivat Fort Zeelandian linnakkeen Taiwanin rannikolle. Espanjalaiset olivat perustaneet oman tukikohtansa Luzonin saarelle vuonna 1571 ja hollantilaisten uusi tukikohta häiritsi heidän kauppareittiään Kiinan ja Filippiinien välillä. Espanjalainen retkikunta lähetettiin Taiwanille vuonna 1626 miehittämään Pohjois-Taiwan ja hollantilaiset ajettiin pois. Pian sen jälkeen muuttivat pois myös japanilaiset uudisasukkaat. Hollantilaiset jäivät asuttamaan saaren eteläosia ja kahden eurooppalaisen merivallan vastakkainasettelu oli väistämätöntä. Hollantilaiset yrittivät karkottaa espanjalaiset saarelta useaan otteeseen. Vuonna 1642 hollantilaisretkikunta hyökkäsi espanjalaisten linnoituksiin Pohjois-Taiwanilla, ajaen espanjalaiset pois saarelta. Tämä jätti hollantilaiset ainoaksi hallitsevaksi vallaksi Taiwanilla. Saarta hallitsi Hollannin Itä-Intian kauppakomppania, joka loi pohjan yhä laajenevalle kaupankäynnille Taiwanin lähivesillä.
left|thumb|Hollantilaisten perustama Fort Zeelandia 1600-luvulla. Hollantilaisten valta Taiwanilla ei kestänyt montaa vuosikymmentä, mutta hollantilaisvallan aika on vaikuttanut suuresti maan historiaan. Sokeri oli kansainvälisillä markkinoilla arvokas hyödyke ja huomatessaan Taiwanin maaperän ja ilmaston olevan sokeriruo'olle suotuisa, hollantilaiset aloittivat saarella tuottoisan sokerintuotannon. Taiwanin alkuperäisasukkaat eivät olleet aiemmin viljelleet sokeriruokoa ja hollantilaiset kannustivat kiinalaisia muuttamaan saarelle maataloustyöhön. Vaikka kiinalaiset eivät olleet lojaaleja hollantilaisten vallalle, heidän saapumisensa Taiwanille aiheutti maataloustuotannon nopean kasvun. Riisistä tuli myös merkittävä viljelykasvi, jotta sitä ei enää olisi tarvinnut tuoda Taiwanille muualta. Riisi ja sokeri tulivat olemaan saaren tärkeimmät maataloustuotteet seuraavat 300 vuotta.
Hollantilaiset olivat Taiwanilla puhtaasti kaupallisista syistä ja hallinnollista henkilöstöä oli vähän, heitä tuki pieni tuhannen miehen vahvuinen armeija. Saaren hallintoa pitivät käsissään lähetyssaarnaajat, jotka yrittivät levittää kristinuskoa Taiwanin alkuperäisasukkaiden keskuuteen. Espanjalaisten ja hollantilaisten läsnäolo Taiwanilla toi saaren vahvasti mukaan kansainväliseen kauppaan.
Hollantilaisten valtakaudella Taiwanin alkuperäisasukkaiden määrä oli vielä huomattavasti suurempi kuin kiinalaisväestön määrä. Vuoteen 1650 mennessä han-kiinalainen väestö Taiwanilla oli jo yli 30 000, kun hollantilaisia oli alle 2 000. Kiinalaisilla oli hyvin vahva kulttuurinen identiteetti ja he tunsivat kansallista arvokkuutta, eivätkä he hyväksyneet hollantilaisten määräysvaltaa ja heidän raskaita verojaan. Vastakkainasettelu oli väistämätön ja vuonna 1652 puhkesi johtajansa mukaan nimetty Guo Huaiyin kapina, jossa kiinalaiset yrittivät ajaa hollantilaiset saarelta. Hollantilaiset liittoutuivat alkuperäisasukkaiden kanssa ja 4 000 kiinalaista surmattiin. Kapina kukistettiin, mutta tapauksen jälkeen hollantilaiset ja kiinalaiset suhtautuivat toisiinsa entistä epäluuloisemmin.
Merirosvojen tukikohta
Kaupankäynnin kasvu Itä-Aasiassa johti väistämättä myös merirosvouksen laajenemiseen. Taiwanin alkuperäisväestöllä ei ollut koko saaren kattavaa organisoitua yhteiskuntaa, eivätkä he kyenneet puolustautumaan, joten merirosvoille Taiwan oli helppo kohde perustaa tukikohta. Fujianin ja Zhejiangin alueet Etelä-Kiinan rannikolla kärsivät 1200-1500 -luvuilla merirosvojen ryöstöretkistä, ja vaikka Ming-dynastian aikana olot saattoivat olla toisinaan vakaat, jotkin rannikon johtavat suvut tekivät yhteistyötä merirosvojen kanssa suurempien voittojen saamiseksi. Vuonna 1564 merirosvot pakenivat ryöstöretken jälkeen Taiwaniin Keelungin alueelle, pakottaen samalla alkuasukkaat muuttamaan saaren itäosiin.
Ming-dynastia ei kyennyt lopettamaan merirosvousta, jotka olivat myös ryhtyneet tekemään pieniä hyväntekeväisyystöitä Kiinan rannikkoseuduilla tukikohdastaan Taiwanilta käsin, saadakseen näin suosiota tavallisten ihmisten keskuudessa. Vuonna 1628 Ming-dynastia tarjoutui tekemään yhteistyötä merirosvopäällikkö Zheng Zhilongin kanssa, minkä tämä hyväksyi. Zheng Zhilongin joukot partioivat rannikkovesillä ja hänen johdollaan muut merirosvojoukkiot kukistettiin. Hän keräsi huomattavan omaisuuden ja suurta kunniaa Ming-hovissa, nousten näin hyvin vaikutusvaltaiseksi hahmoksi Itä-Aasiassa. Hän pystyi onnistuneesti toimimaan samanaikaisesti virkamiehenä, kauppiaana ja merirosvona. Ansioidensa vuoksi Ming-dynastian prinssi myönsi Zheng Zhilongille ja hänen pojalleen Zheng Chenggongille kuninkaallisen arvonimen.