CQE est un sigle qui peut signifier : , une certification attribuée par la ;  contrôle de qualité externe, en biologie, il s'agit d'un échantillon inconnu à analyser, adressé par un organisme indépendant (Laboratoire National de la Santé, firmes commerciales, organismes interprofessionnels), pour s'assurer que les techniques utilisées par le laboratoire donnent les résultats attendus. Il existe aussi des contrôles de qualité internes. Ces échantillons sont des témoins connus permettant de valider la technique utilisée lors de l'analyse des échantillons inconnus.