thumb|alt=Dessin ancien représentant un lémur catta mangeant un fruit, avec une vue de profil de la tête et du corps.|Le Lémur catta a été un des premiers lémuriens décrits et classés par Carl von Linné en 1753.

La commence en 1753, lorsque Carl von Linné commence à les classifier et reste controversée jusqu'à aujourd'hui, avec environ 70 à 100 taxons (espèces et sous-espèces) reconnus, selon l'acception du terme « espèce ». Ayant connu leur propre évolution en toute indépendance sur Madagascar, les lémuriens se sont diversifiés pour occuper de nombreuses niches écologiques normalement occupées par d'autres types de mammifères. Ils comprennent les plus petits primates au monde et, autrefois, en comprenaient certains des plus grands. Depuis l'arrivée de l'Homme sur l'île, il y a environ , les lémuriens n'occupent plus que près de 10 % de l'île et nombre d'entre eux sont menacés d'extinction. Les préoccupations sur la conservation de lémuriens ont affecté leur taxonomie, le statut d'espèce distincte prodiguant une attention accrue sur leur conservation par rapport à celui de sous-espèce.

Au cours des 10 à 20 dernières années, il y a eu une forte augmentation du nombre d'espèces et de sous-espèces reconnues de lémuriens à la fois par la découverte de nouvelles espèces et le passage de sous-espèces existant au niveau d'espèce à part entière. Actuellement, il existe environ ou sous-espèces de lémuriens vivants, divisées en cinq familles et quinze genres. Si on y incluait les lémuriens éteints, trois familles, il faudrait y ajouter huit genres et dix-sept espèces de plus. L'augmentation récente du nombre d'espèces est due à la fois à une amélioration des analyses génétiques et à une volonté accrue en matière de conservation ayant encouragé la protection de populations de lémuriens isolées et distinctes. Certains membres de la communauté scientifique n'appuient pas ces changements taxonomiques, préférant estimer le nombre d'espèces actuelles de lémuriens à 50.

C'est l'amélioration de la connaissance de la relation entre l'aye-aye et le reste des lémuriens qui a eu le plus d'impact sur la taxonomie des lémuriens au niveau de la famille et au-dessus. L'analyse génétique de cette relation a également clarifié la phylogénie de lémuriens et conforté l'hypothèse que les lémuriens sont arrivés à Madagascar sur des radeaux à la dérive. Malgré l'accord général sur la phylogénie, la taxonomie est encore débattue.

Historique

Depuis leur arrivée sur Madagascar, les lémuriens ont diversifié tant leur comportement que leur morphologie. Ils ont rivalisé en diversité avec les singes retrouvés dans le reste du monde, notamment lorsque l'on prend en compte les lémuriens récemment éteints. Allant de la taille du microcèbe de Mme Berthe, le plus petit primate du monde, à celle du aujourd'hui disparu , les lémuriens ont évolué vers des moyens de locomotion diversifiés, différents niveaux de complexité sociale, et des adaptations originales aux conditions climatiques locales. Ils sont allés occuper de nombreuses niches ailleurs occupées par des singes, des écureuils, des pics, et de grands ongulés. En plus d'une incroyable diversité entre familles de lémuriens, on trouve également une grande diversification parmi des lémuriens étroitement apparentés.

L'arrivée de l'homme sur l'île, il y a de à , a eu des répercussions importantes, non seulement sur la taille des populations de lémuriens, mais aussi sur leur diversité. En raison de la destruction de leur habitat et de la chasse, au moins 17 espèces et 8 genres ont disparu et toutes les autres espèces ont vu leur population diminuer. Historiquement, les lémuriens ont occupé à travers toute l'île une grande variété d'habitats, comme les forêts sèches de feuillus, les forêts de plaine, les fourrés d'épineux, les forêts sub-humides, les forêts de montagne et la mangrove. Aujourd'hui, la totalité des lémuriens n'occupe plus que 10 % de l'île, soit . La plupart des forêts et des lémuriens restants se trouvent à la périphérie de l'île. Le centre de l'île, les Hauts-Plateaux, a été transformé par les premiers colons en rizières et prairies par le biais d'abattis-brûlis, connus localement sous le nom de « tavy ». L'érosion qui appauvrit le sol, la régénération cyclique des forêts et les brûlis ont fait que la forêt a progressivement fini par ne plus repousser. En 2008, 41 % de tous les taxons de lémuriens étaient menacés d'extinction tandis que 42 % ont été classés sur la Liste rouge de l'UICN comme « données insuffisantes ».

Aperçu sur la classification taxonomique et phylogénétique

Dans son premier volume de paru en 1753, Carl von Linné, le fondateur de la nomenclature binominale classique, a créé le genre '' pour y inclure trois espèces : (le Loris grêle, maintenant connu sous le nom de ), (le Lémur catta) et (le Colugo des Philippines, maintenant connu sous le nom de ). Bien que le terme « lémuriens » ait été apparemment d'abord destiné aux loris, il a été rapidement appliqué aux primates endémiques de Madagascar qui sont connus depuis comme des lémuriens. Le nom dérive du terme latin , qui fait référence aux « esprits des morts » de la mythologie romaine. Linné était familier des habitudes nocturnes et de l'aspect fantomatique des lémuriens et des loris, ainsi que de leurs mouvements silencieux la nuit, de leurs yeux réfléchissant la lumière et de leurs cris fantomatiques. Il peut également avoir eu connaissance que certains peuples malgaches avaient des légendes faisant des lémuriens les âmes de leurs ancêtres. Familier des œuvres de Virgile et d'Ovide, il a vu là une analogie qui cadrait avec son schéma de dénomination et Linné a adapté le terme lémurien pour désigner les primates nocturnes.

Depuis la première classification taxonomique des lémuriens en 1758 par Carl von Linné, de nombreux changements y ont été apportés. Dans l'ordre des Primates, les scandentiens ont été considérés comme les primates primitifs, des prosimiens proches des lémuriens, jusque dans les années 1980. Les dermoptères, parfois considérés à tort comme des « lémuriens volants », étaient autrefois considérés comme des primates proches des lémuriens, mais ils ont été ensuite reclassés comme des proches parents des chauves-souris et, plus récemment, ont été remis comme des proches parents des primates mais au sein de leur propre ordre, les Dermoptera. Les primates, ainsi que leurs parents les plus proches, les scandentiens, les dermoptères et les plésiadapiformes éteints depuis longtemps, forment le clade non classé des dans les Euarchontoglires. En outre, tous les qui, à l'origine, avaient été placés par Linné dans le genre des lémuriens ont depuis été déplacés soit dans leur propre infra-ordre, les lorisiformes, soit dans leur propre super-famille, les dans l'ordre des lémuriformes.

Pour les primates malgaches, les nomenclatures taxonomiques ont proliféré dans les années 1800, avec l'aide de taxonomistes comme Albert Günther et John Edward Gray, et des naturalistes et explorateurs, comme Alfred Grandidier et Alphonse Milne-Edwards. La nomenclature taxonomique de lémuriens n'a été réglée que des décennies plus tard, lorsque Ernst Schwarz la normalisa en 1931. Il a fallu attendre les années 1990 pour que cette nomenclature connaisse une nouvelle vague de changements.

Classification supragénérique Depuis le , la classification des lémuriens au-dessus du niveau du genre a connu de nombreux changements. Les premiers taxonomistes ont proposé plusieurs classifications pour les lémuriens mais, dans l'ensemble, ils ont séparé les des autres lémuriens et placé l'aye-aye dans son propre groupe ; certains ont classé les lémurs nains et les microcèbes avec les galagos. En 1915, William King Gregory a publié une classification qui a généralement été admise pendant les décennies suivantes. Il a placé tous les lémuriens dans une « série » les lémuriformes et les a répartis en trois familles : , et (comprenant les et les ). La classification de 1945 de George Gaylord Simpson a placé les scandentiens et aujourd'hui disparus (tous deux classés hors des primates) à l'intérieur des lémuriformes et classé les familles fossiles des et des dans une super-famille des avec la plupart des lémuriens.

Bien que les scandentiens, les plésiadapidés et leurs proches ne soient plus considérés comme étant étroitement apparentés aux lémuriens, des désaccords persistent sur la classification des lémuriens et des groupes connexes, conduisant à deux classifications entrant en concurrence au niveau des infra-ordres et des super-familles de . Colin Groves, dans son édition de 2005 de son , classe les strepsirrhiniens actuels en trois infra-ordres et deux super-familles. Il place l'aye-aye dans son propre infra-ordre, distinct de deux autres : les lémuriformes et les lorisiformes. Ce placement des ayes-ayes a reçu peu de soutien dans la littérature académique et, plus récemment, Mittermeier, Groves et d'autres éditeurs ont ignoré ce modèle de classification. Une autre classification traite les infra-ordres et les super-familles différemment, mais en utilisant le même arbre phylogénétique général. Elle classe tous les strepsirrhiniens actuels dans le même infra-ordre, les loris et les lémuriens étant répartis dans des super-familles distinctes.

+ Deux classifications des en infra-ordres et super-familles 3 infra-ordres, 2 super-familles 1 infra-ordre, 2 super-familles Ordre Sous-ordre : prosimiens autres que les tarsiers Infra-ordre : Aye-aye Infra-ordre Super-famille Famille Super-famille Famille (éteint) Famille Famille Famille Famille (éteint) Famille (éteint) Infra-ordre : galagos et loris Sous-ordre : tarsiers, singes Ordre Sous-ordre : prosimiens autres que les tarsiers Infra-ordre Superfamille : lémuriens Famille (éteint) Famille Famille : Aye-aye Famille Famille Famille Famille (éteint) Famille (éteint) : Super-famille : galagos et loris Sous-ordre : tarsiers, singes

La classification des lémuriens a suscité plusieurs débats approfondis. Les plus importants d'entre eux ont porté sur la place controversée de l'aye-aye, et ce depuis son introduction dans les systèmes de classification occidentale en 1782 et encore jusqu'à récemment en 2007. Élément charnière de par ses caractéristiques morphologiques et moléculaires, il a eu de profondes influences sur les théories scientifiques. Opposé à la théorie de Darwin sur la sélection naturelle, Richard Owen affirme en 1863 que les caractéristiques de l'aye-aye, comme ses incisives à croissance continue et son long doigt majeur très flexible parfaitement adaptés à la recherche de nourriture par extraction, ne pouvaient pas avoir évolué progressivement par sélection naturelle. Plus récemment, le placement de l'aye-aye au sein de l'ordre des primates a posé problème pour l'hypothèse de la dispersion par radeau et leur colonisation de Madagascar. Si cette espèce ne forme pas un groupe monophylétique avec le reste des lémuriens, il faudrait des colonisations multiples pour expliquer la distribution actuelle des primates (non humains) sur Madagascar.

thumb|left|alt=Un aye-aye (un primate lémuriforme avec une grande tête, de grandes oreilles et de grands yeux, une fourrure noire et rêche, une queue longue et broussailleuse, avec des mains dont le doigt médian est étonnamment long et fin) perché sur une branche.|L'aye-aye est traditionnellement difficile à classer en raison de son aspect original.