La liste des espèces protégées en Franche-Comté est une liste officielle définie par le gouvernement français, recensant les espèces végétales qui sont protégées sur le territoire de la région Franche-Comté, en complément de celles qui sont déjà protégées sur le territoire métropolitain. Elle a été publiée dans un arrêté du , JORF 179 du 4 août 1992, 10475, NOR ENVN9250168A, sur Légifrance..
Bryophytes
Bryum cyclophyllum (Schwaegr.) B. et S. Calliergon trifarium (Web. et Mohr) Kindb. Campylostelium saxicola (Web. et Mohr) B. S. et G. Cinclidium stygium Sw. Geheebia gigantea (Funck) Boul. Hyocomium armoricum (Brid.) Wijk et Marg. Meesia uliginosa Hedw. Paludella squarrosa (Hedw.) Brid. Splachnum ampullaceum Hedw. Tayloria tenuis (With.) Schimp. Tortella nitida (Lindb.) Broth.
thumb|280px|right|Osmunda regalis Ptéridophytes Adiantum capillus-veneris L. Cheveux de Vénus. Dryopteris remota (A. Braun ex Doll) Druce. Equisetum ramosissimum Desf. Prêle très rameuse. Equisetum variegatum Schl. Prêle panachée. Lycopodium clavatum L. Lycopode en massue. Osmunda regalis L. Osmonde royale. Polystichum setiferum (Forskal) Woynar Polystic à frondes soyeuses. Thelypteris palustris Schott Fougère des marais.
Phanérogames angiospermes Monocotylédones thumb|280px|right|Butome en ombelle, ou jonc fleuri (Butomus umbellatus) Agrostis agrostiflora (Beck) Rausch Agrostide délicate. Baldellia ranunculoides (L.) Parl. Alisma fausse-renoncule. Butomus umbellatus L. Butome en ombelle. Calamagrostis stricta (Timm) Koeler Calamagrostide négligée. Carex cespitosa L. Carex en touffes. Carex depauperata Curt. Carex appauvri. Carex pseudocyperus L. Carex faux-souchet. Corallorhiza trifida Chatel Racine de corail. Crypsis alopecuroides Schrad. Crypsis faux-vulpin. Cyperus michelianus (L.) Kink Souchet de Micheli. Dactylorhiza traunsteineri (Sauter) Soo Orchis de Traunsteiner. Epipactis microphylla (Ehrh.) Swartz Épipactis à petites feuilles. Erythronium dens-canis L. Érythrone dent-de-chien. Festuca amethystina L. Fétuque améthyste. Fritillaria meleagris L. Fritillaire pintade. Gymnadenia odoratissima (L.) Rich. Orchis odorant. Herminium monorchis (L.) R. Br. Herminium. Limodorum abortivum (L.) Swartz Limodore sans feuilles. Muscari botryoides (L.) Miller Muscari en grappe. Najas marina L. Naïade majeure. Najas minor All. Naïade mineure. Nigritella rhellicani Teppner & E. Klein Nigritelle noire. Ophrys apifera Hudson Ophrys abeille. Ophrys sphegodes Miller Ophrys araignée. Orchis laxiflora Lam. Orchis à fleurs lâches. Orchis palustris Jacq. Orchis des marais. Orchis purpurea Huds. Orchis pourpre. Orchis simia Lam. Orchis singe. Platanthera chlorantha (Custer) Reichenb. Orchis vert. Potamogeton acutifolius Link Potamot à feuilles aiguës. Potamogeton alpinus Balbis Potamot des Alpes. Potamogeton compressus L. Potamot à tige comprimée. Potamogeton filiformis Pers. Potamot filiforme. Potamogeton gramineus L. Potamot à feuilles de graminée. Potamogeton praelongus Wulfen Potamot allongé. Pseudorchis albida (L.) Love. Orchis blanc. Rhynchospora fusca (L.) Aiton fil. Rhynchospore brun. Scirpus fluitans L. Scirpe flottant. Scirpus mucronatus L. Scirpe mucroné. Scirpus triqueter L. Scirpe à trois angles. Sparganium angustifolium Michx Rubanier à feuilles étroites. Sparganium minimum Wallr. Rubanier mineur. Spiranthes spiralis (L.) Chevall. Spiranthe d’automne. Stipa pennata L. Stipe penné. Stratiotes aloides L. Ananas d’eau. Streptopus amplexifolius (L.) DC. Streptope à feuilles embrassantes. Triglochin palustris L. Troscart des marais.
Dicotylédones Aconitum anthora L. Aconit anthora. Adenocarpus complicatus (L.) Gay. Adénocarpe plié. Alnus viridis (Chaix) DC. Aulne vert. thumb|280px|right|Androsace lactée (Androsace lactea) Alyssum montanum L. Alysse des montagnes. Androsace lactea L. Androsace couleur de lait. Anemone narcissiflora L. Anémone à fleurs de narcisse. Anthyllis montana L. Anthyllide des montagnes. Arabis stricta Huds. Arabette dressée. Arctium nemorosum Lej. Bardane des forêts. Asperula tinctoria L. Aspérule des teinturiers. Aster alpinus L. Aster des Alpes. Bombycilaena erecta (L.) Smolj. Gnaphale dressé. Bupleurum ranunculoides L. Buplèvre fausse-renoncule. Campanula latifolia L. Campanule à larges feuilles. Campanula thyrsoides L. Campanule en thyrse. Cicuta virosa L. Ciguë vireuse. Circaea alpina L. Circée des Alpes. Circaea intermedia Ehrh. Circée intermédiaire. Coronilla coronata L. Coronille couronnée. Crepis aurea (L.) Cass. Crépide doré. Daphne alpina L. Daphné des Alpes. Daphne cneorum L. Daphné camélée. Descurainia sophia (L.) Webb. Sisymbre sagesse. Dianthus gratianopolitanus Vill. Œillet bleuâtre. Dipsacus laciniatus L. Cardère à feuilles laciniées. Dryas octopetala L. Driade à huit pétales. Elatine triandra Schkuhr Élatine à trois étamines. Empetrum nigrum L. Camarine noire. Epilobium alsinifolium Vill. Épilobe à feuilles d’alsine. Epilobium anagallidifolium Lam. Épilobe à feuilles de mouron. thumb|280px|right|Hottonie des marais (Hottonia palustris) Epilobium durieui Gay Épilobe de Durieu. Euphorbia palustris L. Euphorbe des marais. Euphorbia seguieriana Necker Euphorbe de Seguier. Gentiana acaulis L. Gentiane acaule. Gentiana asclepiadea L. Gentiane asclépiade. Gentiana clusii Perr. et Song. Gentiane de l’écluse. Gentiana pneumonanthe L. Gentiane des marais. Geranium nodosum L. Géranium noueux. Geranium palustre L. Géranium des marais. Helianthemum apenninum (L.) Miller Hélianthème des Apennins. Hepatica nobilis Miller Hépatique à trois lobes. Hieracium scorzonerifolium Vill. Epervière à feuilles de scorsonère. Hornungia petraea (L.) Reichenb. Hutchinsie des pierres. Hottonia palustris L. Hottonie des marais. Hydrocotyle vulgaris L. Ecuelle d’eau. Hypericum richeri Vill. Millepertuis de Richer. Iberis intermedia Guersent Ibéris intermédiaire. Iberis saxatilis L. Ibéris des rochers. Illecebrum verticillatum L. Illecébre verticillé. Inula helvetica Weber Inule de Vaillant. Lathyrus bauhini Genty Gesse de Bauhin. Lathyrus heterophyllus L. Gesse à feuilles différentes. Lathyrus sphaericus Retz. Gesse à fruits ronds. Littorella uniflora (L.) Asch. Littorelle à une fleur. Lonicera caerulea L. Camérisier bleu. Ludwigia palustris (L.) Elliott Isnardie des marais. Myriophyllum alternifolium DC. Myriophylle à fleurs alternées. Nuphar × spennerana Gaudin Nénuphar intermédiaire. Nuphar pumila (Timm.) DC. Nénuphar nain. Oenanthe peucedanifolia Pollich Œnanthe à feuilles de peucédan. Orlaya grandiflora (L.) Hoffm. Orlaya à grandes fleurs. Pedicularis sylvatica L. Pédiculaire des forêts. Pinguicula grandiflora Lam. Grassette à grandes fleurs. Pinguicula reuteri Genty Grassette de Reuter. thumb|280px|right|Scorsonère d'Espagne (Scorzonera hispanica) Pinguicula vulgaris L. Grassette vulgaire. Plantago serpentina All. Plantain serpentin. Potentilla caulescens L. Potentille à tige courte. Potentilla supina L. Potentille couchée. Pulsatilla alpina (L.) Delarbre Pulsatille des Alpes. Pyrola media Swartz Pyrole intermédiaire. Rhamnus pumilus Turra Nerprun nain. Saxifraga granulata L. Saxifrage granulée. Saxifraga sponhemica (Gmel.) Webb. Saxifrage en rosette. Scorzonera hispanica L. Scorsonère d’Espagne. Senecio helenitis (L.) Schinz et Thell. Séneçon à feuilles en spatule. Sison amomum L. Sison amome. Sisymbrium austriacum Jacq. Sisymbre d’Autriche. Sium latifolium L. Berle à larges feuilles. Stellaria palustris Retz. Stellaire des marais. Tanacetum corymbosum (L.) Schultz Tanaisie en corymbe. Telephium imperati L. Téléphium d’Impérato. Thalictrum simplex L. ssp. gallicum (Rouy et Fouc.) Tutin Pigamon de France. Thesium divaricatum Jan ex Mert. et Koch Thésium divariqué. Thesium linophyllon L. Thésium à feuilles de lin. Trifolium striatum L. Trèfle strié. Trinia glauca (L.) Dumort. Trinie glauque. Ulex minor Roth Ajonc nain. Utricularia intermedia Hayne Utriculaire intermédiaire. Utricularia ochroleuca Hartm. Utriculaire jaunâtre. Viola collina Besser Violette des collines. Viola mirabilis L. Violette étonnante.
Notes et références
Franche-Comté Especes vegetales protegees