thumb|right|350px|Les 10 États du Soudan du Sud regroupées en 3 provinces historiques soudanaises L'Histoire du Soudan du Sud comprend l'histoire du territoire de l'actuel Soudan du Sud et des peuples qui l'habitent.
Au commencement...
Il existe très peu de documentation sur l'histoire de la région, avant le début de la domination turco-égyptienne sur le Soudan au début des années 1820 et son extension vers le sud dans le courant du .
Avant cette domination, les informations reposent largement sur l'histoire orale. Selon ces traditions, les peuples de langues nilotiques dont les peuples Dinkas, Nuers, Shilluks, et d'autres tribus également nilo-sahariennes dont les Ngbandi, Ngbaka, Mamvu, Lendu, Logo, Moru-Mangbetu, etc. s'installent au Soudan du Sud aux alentours du , précisément dans la région du Nil Blanc, selon les estimations de Samuel Baker qui fut le gouverneur de l'une des provinces du Soudan de l'époque pré-coloniale assimilant des populations antérieures omotiques, de Langues chamito-sémitiques (afro-asiatiques).
Pendant la période du au , les migrations tribales, en grande partie venant de la région de Bahr el Ghazal, et dues à la désertification progressive, portent ces peuples à leurs emplacements modernes.
vignette|Zandeland Un peuple de langue non-nilotique, mais nigéro-congolaise, dénommé Azandé, s'installe dans le Soudan du Sud au : ils forment à l'époque le royaume le plus étendu de la région. Les Azandé sont aujourd'hui la troisième minorité la plus importante au Soudan du Sud. Ils se trouvent principalement dans les États actuels de Bahr el Ghazal occidental et de l'Équatoria-Occidental.
Au , un nouveau peuple dénommé Avungara arrive et soumet les Azandés. La barrière géographique du Bahr-el-Ghazal et la barrière politique des Etats Azandé et Avungara empêchent l'avance de l'Islam vers le sud, et permet aux peuples du Soudan du Sud de conserver leur patrimoine social et culturel et leurs institutions politiques et religieuses. Le pouvoir des Avungaras n'est pas remis en question sous la domination turco-égyptienne et dure jusqu'à l'arrivée des britanniques au Soudan du Sud, à la fin du Metz, Helen Chapin, éd. .
Dès le , en raison de la politique expansionniste de leur roi Gbudwe, les Azandés entretiennent des relations difficiles avec les tribus voisines : les s, Mundus, les Pöjulus et d'autres petits groupes dans le Bahr el Ghazal. Les Azandés, y compris sous la domination des Avungaras, combattent les Français, les Belges et les mahdistes pour conserver leur indépendance. L'Égypte ottomane, sous le règne du Khédive, Ismaïl Pacha (1830-1895), d'abord reconnaît le pays en confiant un commandement à l'explorateur britannique Samuel White Baker, puis investit la région, formant la province d'Équatoria. Au nom de l’Égypte, Samuel White Baker (1821-1893) devient gouverneur de cette nouvelle province dès 1869, suivi par Charles Gordon (1833-1885) en 1874 et par Emin Pacha (1840-1892) en 1878, tous investis du titre ottoman de Pacha.
La révolte mahdiste du début des années 1880 déstabilise cet équilibre et coupe la région de l'Égypte en 1889. Après la guerre des mahdistes, le pays est convoité par les Français, les Britanniques et Léopold II de Belgique jusqu'en 1898. Venus du sud-ouest, les agents de l'État indépendant du Congo occupent l'enclave de Lado (comprenant notamment la région de l'actuel Djouba) au nom du roi Léopold II. Venus du nord et du sud, les Anglais, souhaitant relier leurs positions d'Égypte à celles de l'Afrique de l'Est, choisissent de négocier et obtiennent la restitution de l'enclave à la mort de Léopold II. Venus de l'ouest, les Français, espérant relier l'Afrique-Équatoriale française à leur comptoir de Djibouti, souhaitent eux aussi contrôler ces territoires et envoyèrent une expédition. Cela aboutit à la crise de Fachoda : les Français renoncent à leurs prétentions au profit des Britanniques. Entre 1896 et 1898, les Anglais reconquièrent les territoires des actuels Soudan et le Soudan du Sud. Toutes ces campagnes sont menées par une poignée d'explorateurs et de militaires européens, accompagnés par des centaines, voire des milliers d'Africains qui assurent la logistique, la défense et les offensives.
En , les Anglais établissent le condominium anglo-égyptien du Soudan, incluant l'actuel Soudan et l'actuel Soudan du Sud. Lado retourne à ce territoire en 1910. Le Soudan du sud dès lors va être une colonie périphérique délaissée, enclavée, éloignée du Kenya, où les investissements coloniaux britanniques sont bien plus importants, d'autant plus que en 1919, les Britanniques vont recevoir en mandat de la société des Nations (SDN) la plus grande partie de l'ex-Afrique Orientale Allemande, soit le Tanganyika, avec une vaste zone maritime, avec les ports de Tanga et Dar-es-Salaam. Au Soudan du sud, le manque d'investissement est tout de suite visible : réseau routier pas très étendu, absence de grandes villes, économie et vie de subsistance, problèmes sanitaires endémiques, hôpitaux et dispensaires plus rares en comparaison au Kenya ou à l'Ouganda, etc. Aussi, les colons Européens, et les militaires Britanniques ne sont pas nombreux, ce qui explique l'avancée de l'armée italienne à l'est du Soudan du Sud en 1940. La zone marécageuse du Bar el-Ghazal, ainsi que le climat équatorial, avec un relief très bas, n'incitent pas les Européens à venir, contrairement aux hauts plateaux et reliefs du Kenya, plus tempérés. De plus, la colonisation ne va pas calmer les antagonismes entre les deux grandes ethnies du pays : les Dinkas, et les Nuers. Les accrochages et conflits vont rester fréquents, accentuant un certain climat d'insécurité, particulièrement hostile aussi pour les Européens.
Indépendance du Soudan et première guerre civile soudanaise En 1947, les britanniques tentent de rattacher le Soudan du Sud à l'Ouganda mais ces tentatives sont anéanties par la Conférence de Djouba, qui scelle pour 64 ans l'appartenance du Soudan du Sud au Soudan, d'abord anglo-égyptien puis indépendant à partir de 1956. Mais des dissensions entre le nord du Soudan, à majorité musulmane, et le sud à majorité chrétienne et animiste, sont apparues dès le lendemain de l'indépendance du Soudan anglo-égyptien, car le gouvernement de Khartoum revient sur les promesses d'autonomie au sein d'un État fédéral qu'il a faites aux populations de la région. Une mutinerie d'officiers sudistes déclenche la première guerre civile soudanaise qui dure 17 ans, de 1955 à 1972. Ce premier conflit prend fin à la suite des accords signés à Addis-Abeba en Éthiopie, qui accorde finalement au Soudan du Sud un certain degré d'autonomie.
Seconde guerre civile soudanaise
vignette|Gaafar Nimeiry, président soudanais de 1971 à 1985 En 1983, le colonel Gaafar Nimeiry, au pouvoir à Khartoum depuis son coup d'État de 1969, décide unilatéralement d'étendre au droit pénal, le domaine de la « Charia » (législation religieuse musulmane, aux punitions corporelles sévères incluant des mutilations et la mort), qui était cantonnée depuis la colonisation au droit personnel. Cela déclenche la seconde guerre civile (1983-2005) qui embrasera le pays pendant 22 ans. La rébellion étant menée depuis le début par l'Armée populaire de libération du Soudan (APLS) dirigé par John Garang (1945-2005), un vétéran de la première guerre civile, largement soutenue par les États-Unis. Mais la rébellion sud-soudanaise est elle-même divisée, en proie à des rivalités personnelles et ethniques, notamment entre Dinka et Nuer, et ces tenions provoquent des guerres intestines meurtrières entre factions rebelles sudistes... alt=Photographie de face en couleurs d'un homme noir en costume et chemise noire. Seul le haut de son corps est visible.|vignette|John Garang, leader de la rébellion sud-soudanaise dont la lutte mène à l’indépendance du Soudan du Sud en 2011. Malgré la scission de son mouvement en 1991, John Garang maintient la lutte contre le régime de Khartoum qui, après le coup d'État du général Omar el-Bechir (1944-) en 1989, s'orienta de plus en plus vers l'idéologie islamiste. Ce conflit sanglant (2 millions de morts recensés) provoque le déplacement de 4 millions de civils et désorganise la production vivrière au point de déclencher une terrible famine en 1998.
Indépendance du Soudan du Sud
Accords de paix ouvrant la voie à l'indépendance Le processus de paix dans la seconde guerre civile soudanaise s'enclenche au début des années 2000, à la suite de fortes pressions des États-Unis sur la junte militaire au pouvoir.. Le président soudanais Omar el-Bechir, qui avait accueilli le terroriste islamiste Oussama ben Laden à Khartoum entre 1992 et 1996, se retrouve sous la menace d'une intervention militaire américaine après les attentats du 11 septembre 2001. alt=Photographie en couleurs d'un homme noir en uniforme militaire vert paré de décorations, portant un béret rouge. Seul le haut de son corps est visible|vignette|Omar el-Béchir, à la tête du Soudan de 1989 à 2019. Craignant pour sa survie, il accepte une paix très favorable à la rébellion sudiste lui accordant une autonomie, notamment législative (non-application de la Charia), un partage équitable des revenus du pétrole, et une participation aux décisions politiques du Soudan.. 28% des sièges au Parlement de Khartoum et 28% des portefeuilles au gouvernement soudanais, ainsi que la vice-présidence, sont réservés à des sud-soudanais. alt=Bulletin de vote proposant deux choix : une main seule ouverte, et deux mains jointes.|vignette|Bulletin de vote utilisé lors du référendum pour l'indépendance du Soudan du Sud en janvier 2011. Un référendum pour l'indépendance du Soudan du Sud est également promis par ce traité, mais celle-ci n'est alors souhaitée par aucun des signataires. Ni Omar el-Béchir qui y perdrait la quasi-totalité des ressources pétrolières du Soudan, ni John Garang, satisfait de cet accord, et conscient des difficultés d'établir des institutions étatiques robustes, fiables, et acceptées par une population divisée.. Le 9 juillet 2005, il affirme sa loyauté au Soudan en déclarant : .. alt=Photographie de face en couleurs d'un homme noir en costume et cravate portant un chapeau de cowboy. Seul le haut de son corps est visible.|vignette|Salva Kiir, président du Soudan du Sud depuis 2011 Mais sa mort trois semaines plus tard bouleverse ses ambitions d'un Soudan unifié, pluraliste, et pacifié. Son bras droit Salva Kiir, qui lui succède à la tête de la région autonome du Soudan du Sud et à la vice-présidence du Soudan, choisit la voie du séparatisme. Pourtant, sa personnalité comme ses choix de gouvernance confirment les craintes de John Garang. L'ancien ambassadeur de France au Soudan Michel Raimbaud décrit ainsi son manque de légitimité : . En janvier 2011, celle-ci, qui considère ce référendum comme une fenêtre d'opportunité étroite et historique de s'émanciper de la tutelle de Khartoum, vote très majoritairement pour la sécession..
Un conflit reprend brièvement entre l'armée soudanaise et les rebelles de l'APLS (Armée populaire de libération du Soudan), du au , pour le contrôle de la région frontalière d'Abiyé, revendiquée par les deux parties. Elle est finalement démilitarisée, restant sous le contrôle du Soudan et d'une force éthiopienne de maintien de paix sous l'égide de l'ONU.
Guerre civile sud-soudanaise
Si le Soudan du Sud récupère l'essentiel des ressources pétrolières de l'ancien Soudan, il se retrouve dans le même temps enclavé et sans accès à la mer, dépendant de son voisin soudanais du nord par où transitent les pipelines pour exporter son pétrole.. Une dépendance réciproque, puisque le transit du pétrole sud-soudanais vers la mer est devenu une source de revenus aussi essentielle pour Khartoum. En interne, au lieu d’être une bénédiction, ces ressources attisent les convoitises de ses responsables politiques et exacerbent leurs rivalités..