Le virus d'Oropouche (Oropouche orthobunyavirus, OROV), nom scientifique , est une espèce d'arbovirus de la famille des (genre ), découvert en 1955. Il circule en Amérique centrale et en Amérique du Sud à partir de la forêt amazonienne.
Ce virus, transmis par des insectes hématophages, est responsable de la fièvre d'Oropouche, une maladie généralement de bon pronostic (guérison spontanée sans séquelles) mais dont la virulence parait s'accroître depuis les années 2020.
Historique La fièvre et le virus doivent leur nom au village Vega de Oropouche sur le fleuve Oropouche, situés dans la région de Sangre Grande (Trinité-et-Tobago). La maladie est signalée pour la première fois en 1955 chez un travailleur forestier du village. Le virus est isolé du sang du patient par inoculation intracérébrale à la souris de laboratoire au .
En 1960, d'autres souches de virus OROV sont isolées à partir de moustiques Coquillettidia venezuelensis à Trinidad, et au Brésil à partir du sang de paresseux à trois doigts (Bradypus trydactillus) et du moustique Ochlerotatus serratus. La première épidémie d'OROV au Brésil est signalée en 1961.
En 1982, le principal vecteur responsable de la transmission épidémique est identifié comme étant le moucheron piqueur Culicoides paraensis.
À la fin du , le virus est signalé dans plusieurs pays d'Amérique du sud, d'Amérique centrale et des Caraïbes. En 2010, le génome viral d'OROV est complètement séquencé, et dans les années qui suivent son mode évolutif par réassortiment génétique est analysé.
Description Classification OROV appartient au genre Orthobunyavirus, représentant 129 virus en 2023 correspondant à 18 sérogroupes différents. OROV fait partie du sérogroupe Simbu qui compte 25 virus. Avec les nouvelles méthodes de génétique moléculaire, le sérogroupe Simbu a été divisé en deux sous-clades phylogénétiques A et B, OROV appartenant au sous-clade A.
En 2017, quatre lignées d'OROV ont été identifiées : les génotype (Trinidad), (Pérou), (Panama), (Amazonie). Ces quatre génotypes sont présents au Brésil, ce qui suggère une émergence récente à partir de l'Amazonie brésilienne. Cependant cette classification parait insuffisante pour catégoriser de nouvelles séquences virales, et en 2025, un nouveau système standardisé parait nécessaire pour suivre l'évolution d'OROV, la dynamique de sa transmission et pour coordonner les réponses de santé publique des pays concernés.
Structure vignette|Schéma d'un orthobunyavirus. Comme les autres orthobunyavirus, l'OROV est un virus à ARN entouré d'une enveloppe lipidique, grossièrement sphérique ou ovoïde de 80 à 110 ou 120 nm de diamètre à symétrie hélicoïdale. Son enveloppe dérive de la membrane cellulaire de l'hôte en étant garnie de spicules formés de deux glycoprotéines (Gc et Gn) fonctionnant comme des protéines transmembranaires
Le génome d'OROV se compose de trois segments d'ARN simple brin, enroulés en sens négatif, le grand (L Large), le moyen (M Medium), le petit (S Small). Le segment L est programmé pour encoder une grande protéine, une polymérase ARN-dépendante, indispensable pour la réplication du génome ; le segment M encode une polyprotéine qui se clive en deux glycoprotéines virales de surface (Gc et Gn) et une protéine non structurale dite NSm dont la fonction exacte est mal connue mais qui pourrait jouer un rôle dans l'assemblage du virus ; le segment S encode la protéine de nucléocapside (N) et la protéine non structurale dite NSs laquelle serait un facteur de virulence interférant avec les réponses antivirales de l'hôte.
Réplication La réplication, l'assemblage et la libération d'OROV restent encore mal connues. Les glycoprotéines de surface Gc et Gn sont des protéines transmembranaires synthétisées dans le réticulum endoplasmique, pour être transportées dans l'appareil de Golgi dans des vésicules (COat Protein complex II), ce qui nécessite aussi des protéines membranaires provenant de l'hôte. La réplication virale s'effectue dans le cytoplasme, où les différents composants migrent vers la membrane plasmique où ils sont assemblés en nouveaux virions avant d'être relâchés.
En tant que virus à génome segmenté, OROV est susceptible d'évoluer par recombinaison. Ces recombinaisons se produisent lorsqu'une cellule-hôte est co-infectée par plusieurs virus, ces virus peuvent échanger des segments, ce qui donne naissance à de nouvelles souches virales recombinées. vignette|Paresseux à trois doigts (Bradypus tridactylus) dans un parc animalier de Manaus (Brésil). Cycles épidémiologiques Le virus OROV circule dans la nature en deux cycles distincts : le cycle sylvatique et le cycle urbain. Comme les autres arbovirus, il nécessite un arthropode servant de vecteur et un vertébré servant de réservoir.
Cycle sylvatique Le vecteur exact démontré reste inconnu. Occasionnellement, OROV a été isolé de moustiques forestiers comme Ochlerotatus serratus et Coquillettidia venezuelensis.
En milieu rural ou forestier, les hôtes vertébrés sont le paresseux à trois doigts, des primates non-humains (Callithrix penicillata, Sapajus appela, Alouatta caraya), des rongeurs du genre Proechymis et des oiseaux (passereaux, columbidae). vignette|Moustique Culex quinquefasciatus se gorgeant de sang. Cycle urbain Le cycle urbain est un cycle humain épidémique. Les animaux domestiques ne paraissent pas impliqués dans le maintien d'un cycle urbain, quoique les poulets ont été suspectés comme hôtes amplificateurs lors de poussées épidémiques. L'humain est probablement le seul hôte vertébré faisant le lien entre cycle sylvatique et cycle urbain : il se contamine en forêt et revient infecté en zone urbaine.
Les arthropodes vecteurs en zone urbaine sont principalement le moucheron piqueur Culicoïdes paraensis (diptère hématophage de la famille des ) et accessoirement le moustique Culex quinquefasciatus.
Pouvoir pathogène Le virus OROV est transmis par piqûre d'insecte vecteur. La virémie est maximum deux à quatre jours après les premiers symptômes. OROV est un virus neurotrope, infectant les macrophages et susceptible d'envahir le système nerveux central par voie neuronale ou sanguine en traversant la barrière hémato-encéphalique (d'où méningite ou encéphalite). Le virus est retrouvé dans le liquide cérébrospinal.
Par voie sanguine, il peut infecter les cellules hépatiques (notamment les cellules de Kupffer) et traverser la barrière placentaire (d'où atteintes fœtales chez la femme enceinte).
La plupart des personnes infectées présentent un syndrome grippal de quelques jours, parfois avec rechutes, et guérissent spontanément. Dans 20 à 30 % des cas, il existe des manifestations neurologiques, la maladie peut persister deux à quatre semaines, et après guérison il n'y a pas de séquelles à long terme. Toutefois, depuis 2024, des cas de décès sont signalés chez des personnes avec comorbidités, ainsi que des cas de morts fœtales, ce qui pourrait indiquer une virulence accrue des souches virales en circulation.
Pour la maladie, le traitement et les facteurs d'émergence, voir :
Diagnostic de laboratoire Indications Les manifestations cliniques de la fièvre d'Oropouche ne sont pas spécifiques : elles sont le plus souvent commune aux autres arboviroses (fièvre aigüe d'origine indéterminée).
Dès lors le diagnostic est surtout biologique, par exemple identification du virus dans le liquide cérébrospinal lorsque la maladie se manifeste comme une méningite. Un grand nombre d'épidémies de fièvre Oropouche ont été détectées de façon rétrospective par des études de séroprévalence pour maladies fébriles indéterminées en Amérique du Sud.
Techniques Les techniques classiques d'isolement du virus OROV sont l'inoculation au souriceau nouveau-né ou à partir de culture cellulaire (cellules Vero).
Les tests sérologiques sont principalement la recherche d'IgM spécifiques pour le diagnostic précoce et d'IgG (retrouvé dans le sérum des convalescents) pour les enquêtes épidémiologiques (méthode ELISA).
Les techniques de biologie moléculaire (comme la RT-PCR) sont de plus en plus utilisées pour détecter la présence du génome viral dans le sang ou des biopsies. Ces techniques doivent être affinées pour la détection spécifique de nouveaux virus réassortis.
Épidémiologie vignette| redresse=1.5| Propagation du virus d'Oropouche en Amérique centrale et en Amérique du Sud de 1955 à 2016. 1: Trinité-et-Tobago, 1955 (un cas) ; 2 : Belém (Pará, Brésil), première épidémie de 1961 (), épidémie de 1979-1980 (> ) ; 3 : Bragança (Pará, Brésil), épidémie de 1967 () ; 4 : Santarém (Pará, Brésil), épidémie de 1975 () : 5: Manaus (Amazonas, Brésil, épidémie de 1980-1981 () ; 6 : Panama, première épidémie de 1989 (pas de données) ; 7 Ariquemes et Ouro Preto do Oeste (Rondônia, Brésil), épidémie de 1991 () ; 8 : Iquitos (Pérou), première épidémie de 1992 (cinq cas confirmés) ; 9 : Magalhães Barata et Maracanã (Pará, Brésil), épidémie de 2006 () ; 10 : Cuzco (Pérou), dernière épidémie signalée en 2016 (). Depuis sa découverte à Trinité-et-Tobago en 1955, la circulation du virus a été mise en évidence au Brésil, d'abord dans le nord du pays (état de Pará) en 1961 puis dans d'autres régions du Brésil. En dehors du Brésil, des épidémies sont signalées au Panama (1989), au Pérou (1992).
À partir des années 2000, le virus est aussi détecté en Équateur, en Colombie, en Bolivie et en Argentine
En , compatibles avec le virus d'Oropouche ont été détectés dans le village de Saül (centre de la Guyane française), dont 7 confirmés par RT-PCR. Avec un nombre d'habitants compris entre 50 et 80 à cette date, le taux d'incidence dans ce village pourrait avoisiner les 50 à 70 %.
Début on observe une recrudescence de la prévalence du virus, avec déjà au Brésil (contre 836 pour toute l'année 2023). La Bolivie, la Colombie et le Pérou connaissent également une hausse. Traditionnellement endémique du bassin amazonien, le virus est désormais présent parmi des populations éloignées de la forêt tropicale et proches de grands centres urbains. En , Cuba signale ses premiers cas..
En , un cas est détecté en France à la suite d'un voyage au Brésil. En , Santé Publique France publie un rapport qui mentionne l'inquiétude pour la région Antilles-Guyane concernant le virus d'Oropouche.
Notes et références
Voir aussi Articles connexes Elliovirales Diptère hématophage Arbovirus Institut Pasteur
Liens externes
site INVS site livestrong.com site du CDC
Oropouche Orthobunyavirus oropoucheense