thumb|Airlangga, roi de Janggala (est de Java) au , fils d'un prince balinais thumb|I Gusti Ngurah Rai (1917-1946), Balinais et Héros national d'Indonésie Lhistoire de Bali couvre une période s'étendant du Paléolithique à nos jours. Elle est nécessairement liée à celle des îles voisines et plus généralement, de l'archipel indonésien. En particulier, Bali a une histoire commune avec l'Est de Java au moins à partir du , avec l'avènement du roi Airlangga dont le père, le prince Udayana, était balinais, jusqu'à 1770, date à laquelle le dernier prince de Blambangan, vassal des rois balinais, se convertit à l'islam sous la pression des Hollandais de la VOC, qui souhaitait soustraire l'est de Java à l'influence balinaiseM. C. Ricklefs, A History of Modern Indonesia since c. 1200.
Préhistoire et Protohistoire : du Paléolithique à l'âge du bronze Occupations paléolithique et mésolithique Située dans l'archipel des îles de la Sonde, Bali (petites îles de la Sonde) fut reliée à Java (grandes îles de la Sonde) de nombreuses fois au cours de son histoire. Aujourd'hui, les deux îles ne sont séparées que par les du détroit de Bali.
L'ancienne occupation de Java elle-même est accréditée par la découverte de l'homme de Java, daté entre 1,7 et 0,7 million d'années, l'un des premiers spécimens connus de l'Homo erectusHaer, p.32. Bali fut également habitée à l'époque paléolithique (1 million à 200 000 ans avant notre ère), occupation attestée par la découverte d'anciens outils comme des haches, trouvées dans les desa de et Notice du Archaeology: Indonesian perspective Truman Simanjuntak p.163.
Selon les estimations, on pense que des migrations de l'homme moderne ont lieu d'Asie vers l'Australie entre et avant le présent. À l'époque en effet, avec la dernière glaciation, le niveau de la mer était beaucoup plus bas qu'aujourd'hui. Ces migrations constituent le premier peuplement de ce qui est aujourd'hui l'archipel indonésien. Une période mésolithique (jusqu'à avant notre ère) est ainsi identifiée à Bali, caractérisée par des restes de nourriture provenant de la cueillette et de la chasse. Cette période donne des outils plus sophistiqués, comme des pointes de flèches ou des outils en os d'animaux ou de poissons. Les habitants vivaient dans des grottes provisoires comme celles trouvées sur les collines de dans le kabupaten de Badung, comme les grottes de Selanding et Karang Boma
Néolithique : les migrations austronésiennes (3000-600 avant notre ère)
Il y a environ ans, des populations migrent des régions côtières de la Chine du Sud vers l'île de Taïwan. Il y a ans, des groupes commencent à migrer de Taïwan vers les Philippines. Plus tard, de nouvelles migrations ont lieu des Philippines vers le sud et l'archipel indonésien. Ces populations parlent des langues austronésiennes, dont on considère désormais que le berceau est Taïwan. Ces nouveaux arrivants apportent à l'archipel indonésien une culture néolithique caractérisée par les technologies de la navigation et de la culture du riz. Leurs outils comprennent de herminettes rectangulaires et des poteries au décor rouge.
Les forêts et les jungles sont défrichées pour l'établissement des cultures et des villages. Ces nouveaux habitants fabriquent aussi des objets tressés. Un petit bateau est également trouvé. Leurs habitudes culinaires comprennent la consommation du porc et la mastication du betelHaer, p. 33. Ils semblent s'être concentrés sur le culte des montagnesBarski, p. 45. Ils enterrent certains de leurs morts les plus prestigieux dans des sarcophages en pierre ovale, sculptés de têtes humaines ou de figures zoomorphes. Les corps sont toujours déposés dans la position du sommeil ou repliés en deux ou trois pour être plus compacts.
Un important site archéologique du Néolithique se trouve à Cekik (au nord-ouest du kabupaten de Jembrana et au sud du kelurahan de Gilimanuk). Ces mêmes Austronésiens ont sans doute poursuivi leur expansion vers l'est et occupé les îles de Mélanésie et de Polynésie il y a environ ans. Les traits culturels de cette période sont encore visibles dans la culture balinaise d'aujourd'hui, la reliant aux cultures du Sud-est asiatique et de l'océan Pacifique.
Âge du bronze : l'arrivée de la culture Dong Son (600 avant notre ère - 800) Une période de l'âge du bronze fait suite, d'environ 600 avant notre ère à 800. Entre les , l'île de Bali acquiert les techniques métallurgiques Dong Son qui se sont propagées depuis le Nord du Viêt Nam.
Ces techniques consistent à couler des modèles sophistiqués dans des moules comportant des spirales ou des motifs anthropomorphes. Des fragments de moules trouvés dans le pura du desa de Manuaba, dans le kabupaten de Gianyar, ont permis de supposer que ces outils étaient fabriqués localement plutôt qu'importés La matière première nécessaire pour obtenir du bronze (le cuivre et l'étain) a cependant dû être importée, n'existant pas sur Bali.
De nombreux outils et armes sont réalisés (haches, instruments de cuisine, bijoux) et des tambours de cérémonie de cette période sont également trouvés en abondance, comme la Lune de Pejeng, le plus grand tambour de cérémonie découvert dans le Sud-Est asiatique, daté d'environ 300 avant notre èrePour la date : Haer, p.195.
Les sarcophages en pierre sont encore en usage durant cette période, à l'intérieur desquels ont été découverts des artefacts en bronze.
La période classique
L'indianisation thumb|La charte de Blanjong L'anthropologue allemand Martin Ramstedt du Max-Planck-Institut für ethnologische Forschung rappelle que l'« hindouisme » était inconnu dans l'archipel jusqu'à ce que des orientalistes et des théosophes européens le « projettent » sur les cultures javanaise et balinaise. Au en effet, des savants européens construisent un hindouisme « religion mondiale. » Des savants allemands, britanniques et hollandais voyaient des traces d'hindouisme et de bouddhisme « indien » dans la littérature en vieux-javanais ainsi que dans des ruines qui venaient d'être découvertes à Java et à Bali. Les Occidentaux qualifièrent Bali de « dernière enclave hindoue dans l'archipel », alors que jusque-là, les Balinais se considéraient comme les héritiers de Majapahit et ne connaissaient même pas le terme « hindouMartin Ramstedt, « Relations Between Hindus in Modern Indonesia and India », IIAS Newsletter Online No. 23. »
Des fouilles menées en 1987-1989 par l'université Udayana et le Centre national de la recherche en archéologie indonésien sur le site de Sembiran dans le Nord de Bali, ont révélé l'existence d'échanges commerciaux qui remonteraient à la fin du dernier millénaire avant l'ère chrétienne. Ces fouilles ont produit des restes de poterie du type Arikamedu, un site archéologique du Sud de l'Inde. D'autres restes ont ensuite été trouvés sur le site de Pacung, situé non loin de SembiranI. Wayan Ardika, Peter Bellwood, I Made Sutaba, Kade Citha Yuliati, "Sembiran and the first Indian contacts with Bali: an update", mars 1997. L'analyse de l'ADN d'une dent trouvée parmi ces restes suggère la présence d'un commerçant indien à Bali à la fin du dernier millénaire avant l'ère chrétienneJ. S. Lansing, A. J. Redd, T. M. Karafet, J. Watkins, I W. Ardika, S. P. K. Surata, J. S. Schoenfelder, M. Campbell, A. M. Merriwether et M. F. Hammer1, "An Indian trader in ancient Bali?", Antiquity, vol. 78, No. 300, pp. 287–293, 2004. Des chercheurs de l'université de Western Sydney doutent toutefois que la présence d'Indiens à Bali remonte à 150-, comme l'ont suggéré les auteurs de cet article. Ces chercheurs mettent le doigt sur les faiblesses de l'argumentation de l'analyse de cette dentRonald McLauchlan et Richard G. Thomas, "Indian traders in ancient Bali: a reconsideration of the evidence", Antiquity, vol. 80, No. 307, mars 2006.
L'archéologie montre en tout cas qu'aux et IIe siècles de notre ère, la côte nord de Bali est située sur une grande route commerciale maritime par laquelle les épices des Moluques et le santal des Petites îles de la Sonde sont acheminés vers l'ouest. Bali fait partie d'un réseau de communautés marchandes vishnouites qui inclut l'isthme de Kra dans le sud de l'actuelle Thaïlande (province de Nakhon Si Thammarat) et Kuala Selinsing et le nord de l'actuelle Malaisie (État de Perak) et le sud du Vietnam (province de Quang Nam), le sud de Sumatra et Batujaya dans l'ouest de Java, connecté aux grandes routes maritimes reliant la mer de Chine du Sud, la mer de Java et l'océan IndienPierre-Yves Manguin, "Southeast Sumatra in Protohistoric and Srivijaya Times: Upstream-Downstream Relations and the Settlement of the Peneplain", From Distant Tales: Archaeology and Ethnohistory in the Highlands of Sumatra (Dominik Bonatz, John Miksic, J. David Neidel et Mai Lin Tjoa-Bonatz éds.), Cambridge Scholars Publishing, Newcastle upon Tyne (2009), p. 438 à 440.
La période historique ancienne est définie par l'apparition, sous la forme de tablettes d'argile portant des inscriptions bouddhistes, des premiers documents écrits à Bali. Ces inscriptions bouddhistes, trouvées sur l'argile de petites figurines stūpa appelées sont les premières inscriptions écrites connues à Bali et datent d'autour du . Certaines de ces stupikas ont été trouvées dans le kabupaten de Gianyar, aux desa de Pejeng, Tatiapi et Blahbatuh.
Cette période est associée à l'arrivée du bouddhisme et de l'hindouisme dans l'île de Bali. Le plus ancien texte balinais connu est la () , datée de 836 de l'ère Saka, c'est-à-dire 914 de l'ère commune, qui se trouve dans le village de Sanur sur la côte sud de Bali. Rédigée au nom d'un prince du nom d'Adhipatih , elle est écrite en vieux balinais et en sanskrit, la langue des textes sacrés de l'Inde, dans deux écritures, le devanagari indien et l'écriture balinaise (qui était à la fois celle utilisée pour écrire le balinais et le sanskrit)Haer, p. 275. Elle mentionne également le nom d'un lieu nommé Walidwipa, c'est-à-dire "l'île de Bali". Blanjong était probablement un port marchand. La charte témoigne des relations entre Bali et la du centre de Java. Elle est datée selon le calendrier de l'ère SakaThe people of Bali Angela Hobart p.24. Selon l'inscription, Sri Kesari était un roi bouddhiste de la dynastie Sailendra dirigeant une expédition militaireBali handbook with Lombok and the Eastern Isles by Liz Capaldi, Joshua Eliot p. 98 pour établir un gouvernement bouddhiste Mahayana à BaliBali & Lombok Lesley Reader, Lucy Ridout p. 156.
Le temple de Goa Gajah date de la même période et montre une combinaison d'iconographie bouddhiste et hindouiste (shivaïte).
Relations avec la Chine Les pièces de monnaie chinoises appelées kepeng sont en usage à Bali depuis le . Le traditionnel Barong est supposé avoir été inspiré par le dragon chinois. On a ainsi trouvé à Blanjong des céramiques de la dynastie TangNi Luh Sutjiati Beratha et I Wayan Ardika, "Interreligious Relationships between Chinese and Hindu Balinese in Three Villages in Bali", in C. Philipp E. Nothaft, Between Harmony and Discrimination: Negotiating Religious Identities within Majority-Minority Relationships in Bali and Lombok, Koninklijke Brill, Leyde (2014), p. 258.Au , le roi Jayapangus de Bali est connu pour avoir épousé une princesse chinoise.
La période javanaise