thumb|Logo de la Conférence mondiale sur la biodiversité de Nagoya (2010), associé à la phrase , traduite dans la langue du pays où le logo est utilisé. La biodiversité y est représentée par des origamis qui au Japon sont aussi symboles d'espoir en l'avenir, et le moyen de faire se réaliser un vœu.

Le Protocole de Nagoya sur l'accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation à la Convention sur la diversité biologique, plus communément appelé Protocole de Nagoya sur l'accès et le partage des avantages (APA), est un accord international sur la biodiversité. Il a été adopté par la dixième réunion de la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique des Nations unies, le à Nagoya, au Japon, et est entré en vigueur le CBD (2014), Rapport sur l’état d’avancement du Protocole de Nagoya du 12 octobre 2014..

Il vise un partage juste et équitable des avantages découlant de l'utilisation des ressources génétiques de . Un de ses objectifs est de fournir des outils pour combattre la « Biopiraterie » (l'appropriation illégitime des ressources génétiques et des connaissances traditionnelles autochtones).

Le Protocole de Nagoya est le deuxième protocole à la Convention sur la diversité biologique (CDB, ou Convention de Rio). Il fait suite au Protocole de Cartagena sur la prévention des risques biotechnologiques. Le Protocole de Nagoya ne doit pas être confondu avec le Protocole additionnel de Nagoya–Kuala Lumpur sur la responsabilité et la réparation relatif au Protocole de Cartagena, également adopté lors de la dixième réunion de la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique.

Histoire Au Sommet mondial de 2002 pour le développement durable, les parties ont souhaité agir en faveur d'un régime international négocié promouvant un partage juste et équitable des avantages découlant de l’utilisation des ressources génétiques.

En 2004, le Groupe de travail spécial à composition non limitée sur l’accès et le partage des avantages, créé dans le cadre de la Convention sur la diversité biologique (CDB), a eu mission de négocier ce projet, ce qu'il a fait durant 6 ans. Le Protocole de Nagoya a finalement été adopté le à Nagoya, au Japon, après avoir été préparé par un « projet de décisions pour la réunion de la conférence des parties à la convention sur la diversité biologique »« projets de décisions pour la réunion de la conférence des parties à la convention sur la diversité biologique » = Projet (, version française) de déclaration pour Nagoya., pré-négocié entre les États membres de l'ONU, dont une partie n'a pas été retenue.

Il a été ouvert à la signature (à l'ONU) pour une durée d’un an, du au et entre en vigueur 90 jours après la date de dépôt du de ratification par une Partie à la Convention. En , il comptait 92 signataires dont la France (qui l'a signé en ). Seize pays l'ont signé dans les 8 derniers jours (Cambodge, Tchad, Côte d'Ivoire, Égypte, Salvador, Guinée-Bissau, Honduras, Irlande, Kenya, Liban, Mongolie, Nigeria, République de Moldavie, Sénégal, Thaïlande et Ukraine). En , deux pays l'avaient ratifié (Gabon, Jordanie)Communiqué de presse, Fev 2012. ; en le Rwanda, en les Seychelles et en le Mexique.. En , 131 pays avaient ratifié le Protocole de Nagoya. Celui-ci est entré en vigueur le , après la 50e ratification. Une liste des signatairesCBD, Liste des signataires. est publiée et mise à jour par l'ONU.

Le Fonds pour l'environnement mondial (FEM) a financièrement soutenu l'entrée en vigueur et la mise en œuvre du Protocole. Un million de dollars sont disponibles pour des activités de sensibilisation et de renforcement des capacités via le Secrétariat de la Convention sur la diversité biologique.

Vocabulaire Le mot « utilisation » désigne ici Secrétariat de la Convention sur la diversité biologique, Le Protocole de Nagoya sur l’accès et le partage des avantages , Fiches techniques de la série ABS.. Le mot « avantage » désigne les avantages financiers ( redevances, taxation ou détaxation…), ou non monétaires ou immatériels ( partage des résultats de la recherche, transfert de technologie, de savoir et savoir-faire).

Contenu Il porte sur l’utilisation des ressources génétiques de la planète, les connaissances traditionnelles associées à ces ressources génétiques et aux bénéfices ou avantages découlant de leur utilisationCommuniqué de presse du secrétariat de la convention, intitulé Une nouvelle ère de vie en harmonie avec la Nature est née au Sommet de Nagoya sur la biodiversité; 2010/10/29 (Les citations retenues dans cet article sont les phrases traduites par le secrétariat à partir du texte anglais, à ne pas considérer comme une traduction officielle), et est présenté comme par l'ONU, avec en outre le projet de Article consacré à la conférence de Nagoya, Portail français de la biodiversité, consulté 2010 11 09. Il accorde aux communautés autochtones et locales une reconnaissance des connaissances, innovations et pratiques qu'elles ont développé et .

Le protocole prévoit des et il insiste sur le (…)

Il vise à :

1. améliorer l'accès aux ressources génétiques ; Pour cela les autorités compétences de chaque État doivent veiller, concernant l'accès aux ressources génétiques à :

la sécurité juridique, la clarté et la transparence, produire des règles et procédures justes, non arbitraires et claires en matière de consentement préalable en connaissance de cause et de conditions convenues d’un commun accord, Prévoir la délivrance d’un permis ou de son équivalent (lorsque l'accès est accordé), Créer des conditions propres à promouvoir et encourager la recherche qui contribue à la conservation et l’utilisation durable de la diversité biologique, Prendre dûment en considération les situations d’urgence actuelles ou imminentes qui menacent la santé humaine, animale ou végétale, Tenir compte de l’importance des ressources génétiques liées à l’alimentation et l’agriculture pour la sécurité alimentaire,

2. permettre un partage plus juste et équitable des avantages issus de leur utilisation ou des applications et de la commercialisation ultérieures avec la Partie contractante qui fournit ces ressources : un mécanisme multilatéral mondial de partage des avantages doit traiter le partage des avantages résultant de l’utilisation des ressources génétiques qui se trouvent dans des zones transfrontières (ou là où il n'est pas possible d'obtenir le consentement préalable donné en connaissance de cause), Les avantages partagés (via ce mécanisme) doivent servir à appuyer la conservation et l'utilisation durable de la diversité biologique à l’échelle mondiale, Des obligations spécifiques doivent renforcer la législation de la Partie contractante fournissant des ressources génétiques, et des obligations contractuelles contenues dans les conditions convenues d'un commun accord, constituent une innovation importante du Protocole de Nagoya.

Les Parties contractantes doivent : Prendre des mesures permettant d’assurer que les ressources génétiques utilisées dans leur juridiction ont été obtenues à la suite d'un consentement préalable donné en connaissance de cause et que des conditions convenues d’un commun accord ont été établies, Coopérer en cas de violation présumée des exigences prescrites par une autre Partie contractante, Favoriser des dispositions contractuelles sur le règlement des différends dans les conditions convenues d’un commun accord, Veiller à donner la possibilité de recours dans leur système législatif en cas de différend résultant des conditions convenues d’un commun accord, Prendre des mesures concernant l’accès à la justice, Prendre des mesures pour surveiller l’utilisation des ressources génétiques, notamment en désignant des points de contrôle efficaces à tout stade de la chaîne de valorisation : recherche, développement, innovation, pré-commercialisation ou commercialisation.

Le Protocole de Nagoya prévoit également l’élaboration, la mise à jour et l’utilisation de clauses contractuelles-type, ainsi que de codes de conduite, lignes directrices, meilleures pratiques et/ou normes pour différents secteurs.

Prise en compte des connaissances traditionnelles associées aux ressources génétiques

Selon le Secrétariat de la Convention, « les industries des produits cosmétiques, botaniques et des aliments et boissons utilisent les connaissances traditionnelles associées aux ressources génétiques dans l’élaboration de leurs produits. Les connaissances traditionnelles peuvent orienter les efforts de R&D visant à découvrir les espèces utiles, aider à déterminer leur sécurité et efficacité, et elles sont utilisées dans la commercialisation des produits ».

Le Protocole de Nagoya s’applique également aux connaissances et savoirs traditionnels associées aux ressources génétiques concernées par la Convention sur la diversité biologique, ainsi qu’aux avantages (monétaires et non-monétaires) découlant de leur utilisation. Ainsi, la mise en oeuvre du Protocole permet, par exemple, que « les redevances générées par la commercialisation d’un produit dérivé de ressources génétiques sont partagées entre le fournisseur et l’utilisateur des ressources génétiques et connaissances traditionnelles associées. »

Mécanismes de mise en œuvre Ce sont : La désignation de correspondants nationaux et d’autorités nationales compétentes qui seront , , Le renforcement des capacités d'appui au protocole, sur la base d'une autoévaluation par les pays de leurs besoins et priorités, ceci peut inclure la capacité de :

, , .

Limites ou critiques faites au protocole de Nagoya vignette|Carte des pays impliqués, montrant que quelques pays importants (États-Unis notamment) n'ont pas signé ou ratifié le protocole. thumb|La biologie synthétique pourrait encore compliquer le partage des revenus de l'exploitation biotechnologique de la biodiversité, notamment pour les pays pauvres ou émergents (où l'on compte aussi les pays les plus riches en biodiversité) ; car l'origine des séquences génétiques déposées dans une base de données est souvent mal renseignée.

Outre que certains pays n'en sont pas signataires (en 2016, quatre-vingt-neuf pays ont ratifié le protocole, mais les États-Unis ne font pas partie de ceux-ciKelly Servick (2016) News (BiologyPolicy), Rise of digital DNA raises biopiracy fears Magazine Science ; DOI: 10.1126/science.aal0395), la méconnaissance du patrimoine génétique, la difficulté de le comptabiliser ou d'en estimer la valeur économique réelle ou potentielle rend certaines applications du protocole difficiles.

En particulier, de nombreuses bases publiques et ouvertes de données d'« ADN numérique » (c'est-à-dire de code génétique et non d'échantillons physiques) ne précisent pas (ou de manière imprécise) l'origine géographique des génomes dont proviennent cette information (en 2016 le Brésil, le Pérou et les Philippines ont déjà modifié leur législation en conséquence, et comme la Chine imposent ou vont imposer de stipuler l'origine des séquences génétiques — et pas seulement celle d'un échantillon physique la contenant — dans les demandes de brevet, sous peine de sanctions civiles ou pénales. Mais ce n'est pas le cas pour les États-Unis). Cette précaution ne suffit pas toujours à clarifier les droits, car dans l'océan mondial par exemple, certains organismes marins à large répartition (microbes notamment) ont des séquences génétiques en commun ; quels pays doivent dans ce cas recevoir les bénéfices d'un éventuel brevetage d'une invention utilisant ces gènes ? et que se passe-t-il quand l'organisme a été prélevé dans les eaux internationales ? De plus, trouver et réellement poursuivre en justice ceux qui violent ces lois reste difficile note Margo Bagley (professeur de droit à l'Université d'Atlanta, et auteur en 2015 d'un rapport sur l'ADN numérique, publié par le Think tank Woodrow Wilson International Center for Scholars.