La rivière Pembina est un cours d'eau qui coule dans la province du Manitoba au Canada et continue son trajet aux États-Unis dans l'État du Dakota du Nord.
La rivière Pembina prend sa source dans les collines Pembina, situées à l'ouest de la rivière Rouge au Manitoba. La rivière s'écoule vers le sud-est. Elle traverse le village de La Rivière. Elle franchit, plus au sud, la frontière canado-américaine qu'elle longe. Elle traverse la ville de Walhalla, puis continue sa course avant d'aller se jeter dans la rivière Rouge à la hauteur de la ville de Pembina dans le comté de Pembina.
La rivière tient son nom de la plante Pembina que les trappeurs et coureurs des bois canadiens-français francisèrent à partir du nom amérindien des Cris "nîpiniminân « baie d'été ». "Pembina" est une plante connue sous le nom de viorne ou viorne comestible.
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