vignette|260px|Une salle de la collection égyptienne du Musée des Beaux-Arts de Lyon en 2010.
L’Égypte antique constitue le thème principal du département des Antiquités du Musée des Beaux-Arts de Lyon et la collection égyptienne qu'il détient est la plus grande de France après celle du Musée du Louvre. Sur les treize salles que compte le département, l'Égypte en occupe neuf. Cette place s’explique par l’importance historique de l’égyptologie à Lyon, animée par des hommes tels que Victor Loret, dont la famille a fait don au musée en 1954 de plus d'un millier d'objets. Dès 1895, le Musée du Louvre fournit près de quatre cents objets (vases à onguent, figurines funéraires, etc.) pour constituer le fonds du département ; d'autres objets (vases canopes, éléments de parure, ainsi que des tissus de la nécropole d'Antinoé) complètent ce dépôt quelques années plus tard, augmenté, en 1936, d'objets provenant du village des artisans de Pharaon à Deir el-Médineh.
Les presque deux mille six cents pièces de la collection égyptienne conservées au Musée des Beaux-Arts de Lyon, présentées dans neuf salles, sont exposées le long d'un parcours à la fois thématique et chronologique. Les points forts de la collection sont la vitrine des sarcophages (avec notamment le cercueil d'Isetemkheb, datant de la ) et les portes de et du temple de Médamoud, ramenées par le Lyonnais Alexandre Varille en 1939 et offertes au musée par l'Institut français d'archéologie orientale. À côté de ces chefs-d'œuvre et d'autres pièces exceptionnelles, de nombreux objets donnent un aperçu de la vie quotidienne en Égypte antique.
Historique des collections vignette|Statuette du Nil-divin Hâpy, aux formes androgynes. Basse époque. Vers 664-332 AEC). Bronze, H. 20,9 cm. Pièce acquise au par la municipalité de Lyon. Dès l'origine du musée, le premier directeur François Artaud introduit dans les collections des éléments d'antiquité égyptiennes, sans que cela soit alors un axe fort. Ces collections s'enrichissent lentement en même temps que les autres antiquités. Un tournant est pris à partir des années 1960 avec l'arrivée des pièces d'égyptologie du Musée Guimet puis dans les années 1990 - 2000 des fonds de l'institut d'égyptologie de l'. Les fonds d'égyptologie, qui ne formaient auparavant qu'un ensemble limité au sein d'une collection encyclopédique, deviennent l'élément principal de la section antiquité du musée.
Les premières collections du musée Dès l'ouverture du musée, quelques éléments d'égyptologie ornent les collections. Au et surtout au , des amateurs éclairés rassemblent à Lyon des pièces venues d'Égypte et les présentent dans des cabinets de curiosité. Ainsi, le Collège de la Trinité possède un cabinet des antiques où sont recensés en 1764 plusieurs objets égyptiens. La municipalité rassemble également quelques objets, dont la figure en bronze d'Isis allaitant ou la rare représentation du Nil-divin Hâpy. En 1794, ces deux ensembles sont réunis après les confiscations révolutionnaires.
Le premier directeur du Musée des Beaux-Arts, François Artaud, en archéologue passionné, obtient de la municipalité le versement définitif des deux collections et il en tire un ouvrage descriptif en 1816 : Le cabinet des antiques du musée de Lyon dans lequel il décrit 172 antiquités. Artaud est en contact avec plusieurs personnalités liées à l'égyptologie dont Giuseppe Passalacqua, qui offre au musée plusieurs textiles, avec Auguste de Forbin et Jean-François Champollion, qui vient au musée en 1828 et relate son admiration pour la figurine du Nil-divin Hâpy. Champollion donne également de nombreuses pièces au musée lyonnais. Enfin, Artaud constitue lui-même une collection de pièces égyptiennes, qu'il vend à la ville en 1835notice historique sur le site officiel du musée.
Durant le Durant la première moitié du , l'engouement pour les antiquités égyptiennes est grande en France. À Lyon, plusieurs collections privées se forment, dont certaines rejoindront les établissements publics. Parmi elles se trouvent celle d'Ambroise Marie Comarmondnotice sur cths.fr, dont l'ensemble en 1839 compte . De nombreux dons et legs enrichissent notablement le musée dont ceux de Chenavard et Rey en 1844, d'Aimé Bruyas en 1848 ou celui de Jacques-Amédée Lambert en 1850.
1939 : Arrivée des portes ptolémaïques vignette|Portes du temple de Médamoud dédié au dieu Montou.Grès H. 380 ; l. 360 ; P. 300 cm. Édifiées sous , royaume lagide (époque ptolémaïque) En 1939, l'Institut français d'archéologie orientale du Caire offre au Musée des Beaux-Arts deux grandes portes ptolémaïques. Elles viennent du temple de Montou à Médamoud et font partie des fondations du pylône. Ce don fait suite à l'intervention de d'Alexandre Varille, ancien élève de Victor Loret.
1969 : entrée des collections égyptiennes du musée Guimet vignette|gauche|Ferdinand Luigini. Portrait d'Émile Guimet dans son musée, 1898, huile sur toile. En 1969, une partie des collections d'égyptologie du Musée Guimet est transférée au Musée des Beaux-Arts.
Émile Guimet entame sa collection à la suite d'un voyage en Égypte réalisé en 1865 qui est pour lui une révélation, notamment le Musée de Boulaq. En parallèle de son activité industrielle, il achète de grandes quantités d'objets, asiatiques et égyptiens principalement. Toutefois, les nombreux objets qu'il achète dans la première partie de sa vie d'égyptologue amateur ne font jamais l'objet de catalogage et il est difficile de les identifier. En 1874, il mentionne sans précision plus de égyptiennes dans sa maison de Fleurieu dans une lettre à François Chabas, mais il possédait visiblement bien plus que ce qu'il indique.
Il monte un musée à Lyon pour exposer ses collections en 1879 qu'il nomme « musée des religions ». Déçu par la faible fréquentation et non soutenu par la municipalité, il le ferme et envisage le transfert des collections vers le musée parisien qui ouvre en 1889.
Les collections lyonnaises sont finalement envoyées dans le nouveau Musée Guimet lyonnais en 1913, boulevard des Belges. Dans un bâtiment contigu le muséum d'histoire naturel, qui reçoit des collections à l'étroit issues du musée des Beaux-Arts, ouvre en 1914 ; deux collections d'archéologie sont ainsi présentes côte-à-côte. À cette époque Guimet soutient toujours passionnément l'archéologie et il acquiert de nombreuses pièces. Il reçoit en dépôt du musée Guimet parisien des stèles et bas-relief, du Louvre des sarcophages et de nombreux objets issus de fouilles de Raymond Weill opérées à Zaouiyet el-Mayetin, à Tounah el-Gebel, à Gournah ou qu'il a acheté à Assiout. De très nombreux objets venus de fouilles d'Aldolphe Reinach et Raymon Weill en 1910 et 1911 à Coptos accrurent encore significativement les collections.
Années 1990 et 2000 : entrée des fonds de l'institut d'égyptologie vignette|upright|left|Victor Loret À partir de 1987, les mutations successives qui ont lieu à l'université menacent les collections de l'institut d’égyptologie Victor-LoretSite officiel de l'institut d'égyptologie de Lyon. Devant le manque de réactivité de la direction de l'université devant ce problème, les responsables des collections lui proposent et obtiennent qu'elles soient transférées au Musée des Beaux-Arts de Lyon. L'opération se déroule en quatre étapes, en 1988, en 1990, en 1995 et enfin en 2001. Finalement, c'est l'ensemble de la collection qui se retrouve de nos jours au musée.
L'Égyptologie scientifique débute à Lyon en 1879 avec l'ouverture d'un cours à l'Université publique avec comme professeur Eugène Lefébure. C'est en 1887 que Victor Loret prend sa suite, partageant comme lui sa carrière entre des études sur le terrain et ses cours lyonnais. Il estime qu'un enseignement ne peut être efficace qu'avec l'appui d'éléments matériels ; c'est pourquoi il convainc les autorités du Louvre de fournir en dépôt un ensemble de de toutes les époques ; il s'en sert pour illustrer et compléter ses cours. Ce premier ensemble d'importance provient en partie du legs Durand de 1824 et de la collection Clot Bey acquise en 1852.
Son successeur Maurice Alliot obtient un second dépôt du Louvre en 1936. Celui-ci concerne du Nouvel Empire venues pour l'essentiel de fouilles auxquelles Alliot avait participé à Thèbes-ouest. L'ensemble de ces pièces, ainsi que de nombreuses suivantes, enrichissent alors les fonds de l'institut d'égyptologie de l'université. Durant les bombardements de 1944, quelques pièces sont détruites. Le successeur de Maurice Alliot, François Daumas prend ses fonctions en 1954 et réussir à faire aboutir une importante donation de la collection Maspero, dont il connaissait la famille. Cette collection, très importante, n'était ni classée ni inventoriée et son exploitation pris plusieurs années. Durant les évènements de Mai 68, les émeutes mettent gravement en danger les collections, quelques pièces sont volées ou détruites.
Les collections permanentes Les collections permanentes du musée des Beaux-Arts de Lyon présentent une vue très riche de la société égyptienne antique durant ses millénaires d'existence. Le parcours présenté depuis la rénovation des années 1995 est chronologique et thématique.
Salle 1 - la vie au-delà de la mort
Plongée dans la pénombre, la première salle fait découvrir les pratiques funéraires des anciens Égyptiens, la momification et les cartonnages à travers une belle collection. Plusieurs ensembles captent l'attention. Plusieurs cercueils, certains très colorés, et plus ou moins couverts de hiéroglyphes. Ils sont accompagnés des vases canopes qui renfermaient les viscères du défunt, de plusieurs centaines d'ouchebtis (figurines, souvent en faïence bleue ou verte) et plus d'une centaine d'amulettes.
Dans la même salle un fragment de voûte d'un tombeau évoque la « demeure d'éternité », selon la conception égyptienne du tombeau, couvert de beaux hiéroglyphes. Ceux-ci sont réalisés par la technique traditionnelle en Égypte de l'incise. La technique du bas-relief consiste, à l'inverse, à dégager les formes en retirant tout ce qu'il y a autour ; ici on dégage la forme seule. Le texte comporte des extraits d'un formulaire d'hymnes royaux évoquant les passages diurnes et nocturnes du soleil. La disparition du soleil, le dieu Rê, étant lu comme son séjour nocturne dans le monde souterrain des morts, la transition vers l'au-delà se faisait sur ce modèle mythique. Par ailleurs, ce tombeau d'un vizir de la correspond à une période où le pouvoir était occupé par de puissantes familles d'origine libyenne, faisant suite à la période où le pouvoir était assumé par une puissante famille d'origine nubienne, au royaume de Koush. L'histoire de l'Égypte appartient pleinement à celle de l'Afrique.
Salle 2 - le divin et les rites vignette|upright=0.6|Buste de mutilé
Cette salle, tout en longueur, accueille les portes de et du temple de Montou de Médamoud. Celle de est incomplète, mais conserve une partie de sa polychromie d'origine, alors que celle de son successeur est mieux conservée.
Les autres blocs que l'on découvre, une fois passée la porte de , proviennent du site de Coptos : huit sont datés du règne du pharaon (Moyen Empire) et ont été extraits par Raymond Weill et Adolphe Reinach des fondations du mur pylône du temple de Min en 1910. Les autres blocs datent de la fin de l'époque ptolémaïque, dont certains du règne de (Cléopâtre).
Même si la statuaire pharaonique est très peu représentée au musée, le buste de au visage martelé est clairement significatif de la puissance attribuée aux images. Leur efficacité est détruite par le martelage rituel systématique du visage sculpté afin d'atteindre la puissance du monarque, même mort depuis longtemps mais supposé agissant par ses effigies..
Salle 3 - le culte du divin On accède à cette salle par la porte de . Au centre, on découvre un support de barque ou de statue datant du règne de , trouvé à Coptos, tout comme trois fragments de bas-reliefs de la .