Cette page présente une liste de bactéries qui sont les agents étiologiques d'infections bactériennes humaines. Le critère de classification principal est la coloration par la méthode de Gram. D'autres critères sont pris en compte à un second niveau de classement : morphologie à type de bacille ou de cocci, métabolisme aérobie ou anaérobie (pris ici au sens d'anaérobie strict) etc.
Lorsque plusieurs espèces du même genre présentent une pathogénicité chez l'être humain le nom du genre est suivi de l'abréviation « spp.» (lat. species plurimae) et une ou plusieurs espèces pathogènes représentatives sont citées. Lorsqu'une seule espèce pathogène est connue (ou prédomine très largement sur la pathogénicité des autres espèces du même genre) son nom binomial est indiqué in extenso.
Bactéries Gram positives
La plupart sont des cocci aérobies bien que certains bacilles et/ou anaérobies Gram positifs jouent un rôle important en pathologie humaine.
+ Bactéries Gram positives Gram+ aérobies Gram+ anaérobies
Bacilles Listeria monocytogenes : agent de la listériose
Corynebacterium avec notamment : C. diphtheriae : agent de la diphtérie C. minutissimum : agent de l'érythrasma C. ulcerans (infections du pied diabétique)
Bacillus spp. avec notamment : B. anthracis : agent de la maladie du charbon B. cereus (intoxications alimentaires)
Erysipelothrix rhusiopathiae : agent du rouget du porc
Tropheryma whipplei : agent de la maladie de Whipple
Nocardia spp. dont N. asteroides et N. brasiliensis : agents des nocardioses
Clostridium spp. avec notamment : C. tetani : agent du tétanos C. botulinum agent du botulisme C. perfringens : agent de la gangrène gazeuse Clostridioides difficile (anc. Clostridium difficile) : agent de la colite pseudomembraneuse
Cutibacterium acnes (anc. Propionibacterium acnes) : impliqué dans l'acné
Actinomyces israelii : agent de l'actinomycose
Cocci Staphylococcus spp. (Staphylocoques) avec notamment : S. aureus : Staphylocoque doré groupe des Staphylocoques à coagulase négative (SCN) dont : S. epidermidis (infections cutanées, endocardites) S. saprophyticus (infections urinaires)
Streptococcus spp. (Streptocoques) avec notamment : S. pneumoniae : Pneumocoque (infections pulmonaires) S. pyogenes : Streptocoque bêta-hémolytique du groupe A (SBHA) S. agalactiae : Streptocoque du groupe B S. dysgalactiae : Streptocoque du groupe C groupe des Streptocoques dits « viridans » (pathogènes occasionnels) : S. anginosus et apparentés S. mitis et apparentés S. sanguinis et apparentés S. salivarius et apparentés S. mutans et apparentés
Enterococcus spp. (Entérocoques) avec notamment : E. faecalis E. faecium
Micrococcus
Peptostreptococcus spp. (infections digestives, pulmonaires, cérébrales, cervicofaciales)
Peptococcus spp.
Bactéries Gram négatives
La plupart sont des bacilles aérobies bien que certains cocci et/ou anaérobies Gram négatifs jouent un rôle important en pathologie humaine.
+ Bactéries Gram négatives Gram– aérobies Gram– anaérobies
Bacilles Famille des Enterobacteriaceae (Entérobactéries) : souches pathogènes de Escherichia coli : E. coli entéropathogènes ou EPEC (gastroentérites du nourrisson) E. coli entérotoxinogènes ou ETEC (syndromes cholériformes) E. coli entéroinvastifs ou EIEC (syndromes dysentériques) E. coli entérohémorragiques EHEC (colites hémorragiques et SHU) Salmonella enterica subsp. enterica avec notamment : sérotype Typhi : agent de la fièvre typhoïde sérotype Paratyphi : agent des fièvres paratyphoïdes sérotypes Typhimurium, Enteritidis etc. (salmonelloses non typhiques) Shigella spp. (dysenteries bacillaires ou shigelloses) Yersinia spp. avec notamment : Y. pestis : agent de la peste Y. enterocolitica (entérites) Y. pseudotuberculosis (adénites mésentériques) Klebsiella spp. (infections pulmonaires, urinaires etc.) Enterobacter spp. (infections nosocomiales) Serratia marcescens (infections nosocomiales) Proteus spp. (infections urinaires)
Pseudomonas spp. dont P. aeruginosa (infections nosocomiales)
Groupe HACCEK (endocardites à hémocultures négatives) : Haemophilus spp. dont H. influenzae Aggregatibacter spp. dont A. actinomycetemcomitans Cardiobacterium spp. dont C. hominis Capnocytophaga spp. dont C. canimorsus Eikenella corrodens Kingella spp. dont K. kingae
Campylobacter avec notamment : C. jejuni et C. coli (entérites) C. fetus (bactériémies, thrombophlébites)
Helicobacter pylori (ulcères gastroduodénaux, gastrites)
Vibrio spp. avec notamment : V. cholerae : agent du choléra V. parahaemolyticus (gastroentérites sévères) V. vulnificus (dermohypodermites et bactériémies)
Bordetella pertussis : agent de la coqueluche
Legionella pneumophila : agent de la légionellose
Bactéries à transmission zoonotique par inoculation (morsures, griffures animales) : Pasteurella spp. dont P. multocida : agent de la pasteurellose Bartonella spp. dont B. henselae : agent de la maladie des griffes du chat Francisella spp. dont F. tularensis : agent de la tularémie Ehrlichia spp. dont E. chaffeensis et E. ewingii : agents des ehrlichioses Anaplasma phagocytophilum : agent de l'anaplasmose humaine
Bacteroides spp. dont B. fragilis (abcès, péritonites, bactériémies)
Fusobacterium spp. avec notamment : F. necrophorum : agent du syndrome de Lemierre F. nucleatum et F. polymorphum (maladie parodontale)
Porphyromonas spp. dont P. gingivalis (gingivites)
Prevotella spp. (infections gynécologiques, pulmonaires, DHBN cervicofaciales)
Cocci Neisseria spp. avec notamment : N. meningitidis (Méningocoque) N. gonorrhoeae (Gonocoque)
Moraxella catarrhalis (infections ORL)
Veillonella spp. dont V. parvula (endocardites, ostéomyélites)
Bactéries non colorables par la méthode de Gram
Certaines bactéries pathogènes ne sont pas colorées efficacement par la méthode de Gram et nécessitent le recours à d'autres techniques d'identification. Leur paroi a généralement une structure très différente de celle des bactéries colorables en Gram.
+ Bactéries non colorables par la méthode de Gram Classe Ordre Famille Genres & espèces
Spirochètes Spirochaetes Spirochaetales Spirochaetaceae Treponema spp. avec notamment : T. pallidum : agent de la syphilis T. pertenue : agent du pian T. carateum : agent de la pinta
Borrelia spp. avec notamment : B. burgdorferi : agent de la maladie de Lyme B. recurrentis, B. duttoni etc. : agents des fièvres récurrentes infectieuses
Leptospiraceae Leptospira spp. dont L. interrogans : agent de la leptospirose
Mollicutes Mollicutes Mycoplasmatales Mycoplasmataceae Mycoplasma spp. avec notamment : M. pneumoniae (pneumopathies atypiques) M. hominis (vaginoses) M. genitalium (IST) Ureaplasma spp. dont U. urealyticum (IST)
Mycobactéries Actinobacteria Actinomycetales Mycobacteriaceae Mycobacterium spp. avec notamment : Mycobactéries du complexe tuberculosis avec notamment : M. tuberculosis : agent de la tuberculose humaine M. africanum et M. bovis : occasionnellement impliquées dans la tuberculose humaine M. leprae et M. lepromatosis : agents de la lèpre Mycobactéries dites « atypiques » : M. ulcerans, M. marinum, M. abscessus etc.
Intracellulaires strictes Chlamydiae Chlamydiales Chlamydiaceae Chlamydia spp. avec notamment : C. pneumoniae (pneumopathies atypiques) C. trachomatis : agent du trachome et de la LGV C. psittaci : agent de la psittacose
Alphaproteobacteria Rickettsiales Rickettsiaceae Rickettsia spp. avec notamment : groupe typhus : R. prowazekii : agent du typhus épidémique R. typhi : agent du typhus murin groupe des fièvres boutonneuses dont : R. akai : agent de la rickettsiose vésiculeuse R. africae : agent de la fièvre à tique africaine R. conorii : agent de la fièvre boutonneuse méditerranéenne R. rickettsii : agent de la fièvre pourprée des montagnes rocheuses
Gammaproteobacteria Legionellales Coxiellaceae Coxiella burnetii : agent de la fièvre Q
Bactéries intracellulaires
Cette catégorie recoupe la classification par la méthode de Gram. Elle peut avoir un intérêt clinique dans le sens où les bactéries intracellulaires sont souvent sensibles aux mêmes antibiotiques.
On distingue habituellement des bactéries intracellulaires : strictes ou obligatoires : leur survie et leur multiplication ne sont possibles qu'à l'intérieur d'une cellule-hôte eucaryote facultatives : leur survie et leur multiplication peuvent avoir lieu à l'intérieur ou à l'extérieur d'une cellule-hôte eucaryote.
+ Bactéries intracellulaires
Intracellulaires strictes Intracellulaires facultatives
Bacilles Gram négatifs aérobies : Ehrlichia spp. Anaplasma phagocytophilumRikihisa Y (2010 May) : Anaplasma phagocytophilum and Ehrlichia chaffeensis: subversive manipulators of host cells. Nat Rev Microbiol. 8(5):328-39. doi: 10.1038/nrmicro2318
Non colorables en Gram : Mycobacterium leprae Chlamydia spp. Rickettsia spp. Coxiella burnetii
Bacilles Gram positifs aérobies : Listeria monocytogenes Tropheryma whippleiDutly F, Altwegg M (2001 Jul) : Whipple’s Disease and “Tropheryma whippelii”. Clin Microbiol Rev. 14(3):561-583. doi: 10.1128/CMR.14.3.561-583.2001
Bacilles Gram négatifs aérobies : Salmonella enterica subsp. enterica Yersinia spp. Legionella pneumophila Bordetella pertussisCafiero JH et al. (2018 Aug 30) : A Bordetella pertussis MgtC homolog plays a role in the intracellular survival. PLoS One. 13(8):e0203204. doi: 10.1371/journal.pone.0203204 Bartonella spp. Francisella spp. Brucella spp.
Non colorables en Gram : Mycobacterium tuberculosis Mycoplasma spp.
Voir aussi Notes et références « E. Pilly – Maladies infectieuses et tropicales », ouvrage du Collège des universitaires de Maladies Infectieuses et Tropicales (CMIT), 2016, 25ème édition (Alinéa Plus)
Articles connexes Liste de bactéries pathogènes pour l'être humain Liste de maladies infectieuses Contrôle des infections
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