L'administration des douanes françaises se compose : d'une administration centrale implantée depuis 2008 à Montreuil (Seine-Saint-Denis) ; de services à compétence nationale (travaillant sur une ou plusieurs missions particulières mais sur l'ensemble du territoire national) ; de services déconcentrés (à compétence générale mais exerçant sur une partie du territoire).

Organisation du personnel en deux branches La variété des missions et de leur exécution a amené la création de deux branches d'activité aux modalités de gestion très différentes. Il s'agit de la branche des opérations commerciales et administration générale (CO ou CO-AG ou AG/OP-CO, ou parfois OP-CO) et de la branche de la surveillance (SURV ou parfois SU), considéré comme un corps actif de la fonction publique. Très schématiquement, les douaniers CO travaillent en civil et très généralement en « horaires de bureau », alors que les douaniers SU travaillent plutôt (mais pas toujours) en uniforme et en horaires décalés.

Les postes occupés par les douaniers étant soit CO, soit SU, un douanier peut changer de branche à l'occasion d'une simple mutation (sous certaines conditions toutefois, notamment des conditions physiques pour un douanier de la branche CO passant à la branche SU).

Les Opérations commerciales / Administration générale Cette branche est chargée d'une part, comme son nom l'indique, de l'administration générale de la douane. On y retrouve l'essentiel des douaniers travaillant dans l'administration centrale, une partie de ceux travaillant dans les services à compétences nationales et quelques douaniers des services décentralisés.

D'autre part, elle est chargée, dans sa composante « Opérations commerciales », principalement des relations avec les professionnels (dédouanement, régimes économiques, perceptions diverses…) et de la gestion comptable. Enfin, certains douaniers CO sont chargés de missions de contrôle du fret (postal ou express) et travaillent alors en horaires décalés.

Les agents de cette branche ne portent pas l'uniforme et ne sont pas armés pour l'exécution de leurs missions.

La libre circulation, depuis 1993, des marchandises entre États membres de l’Union européenne n’a pas entraîné la disparition de la douane française :

- la France avait aussi des échanges commerciaux avec des pays tiers à l’Union européenne (États-Unis, Canada, Chine, Russie, Japon, Australie, Israël, Suisse... )

- les douanes françaises ne se limitaient pas à un corps de garde-frontières, ni même à un réseau de dédouanement de marchandises déployé sur le territoire national mais constituait une administration fiscale à part entière de longue date.

L'année 1948 marque une étape dans le transfert de certaines attributions en matière de contributions indirectes entre la direction générale des impôts (DGI) et la direction générale des douanes (DGD). Cette dernière est alors renommée et devient la direction générale des Douanes et des Droits indirects (DGDDI).

En 1993, la douane s'est vu confier l’assiette, le contrôle et le recouvrement d'autres impositions jusque-là assurés par la Direction générale des impôts (DGI). Les fonctionnaires de la DGI chargés de la gestion (assiette, contrôle et recouvrement) de ces contributions ont accepté de suivre la mission et sont devenus douaniers. Ils ont été affectés à la branche AG/OP-CO.

La Surveillance Les agents de cette branche portent un uniforme et sont astreints au port de l'arme (sauf dans quelques rares postes).

Administration centrale L'administration centrale, appelée aussi « Direction générale » (DG), comprend 8 sous-directions, composées de bureaux (RH1, JCF2…) et quelques autres services particuliers comme le Cabinet ou le Pôle soutien général. Ses effectifs sont de statut CO.

Sous-directions de la direction générale Sous-direction RH « Ressources humaines et relations sociales ». Sous-direction FIN « Finances et achats ». Sous-direction SI « Systèmes d’information et de télécommunication ». Sous-direction JCF « Affaires juridiques et lutte contre la fraude ». Sous-direction COMINT « Commerce international ». Sous-direction FID « Fiscalité douanière ». Sous-direction STAT (ou DSECE) « Département des statistiques et des études du commerce extérieur ». Sous-direction Réseau.

Autres services

Mission stratégie, prospective, innovation et digital (SPID) Elle a pour vocation d'élaborer la stratégie en lien avec la sous-direction Réseau et d'assurer la coordination de la transformation digitale en lien avec la sous-direction SI.

Inspection des services (IS) Elle a pour vocation d'exercer des missions d'audit interne, et ne s'entend pas comme d'autres services d’inspection (telle que l'inspection générale de la Police nationale).

Délégation aux relations internationales (DRI) Directement rattachée au Directeur général, elle définit la politique d’action internationale, bilatérale et multilatérale, de la direction.

Bureau de la communication (COM) Il est chargé de la communication interne et externe à la douane.

Services à compétence nationale Leur nombre est de 11 (2 sont interministériels, les autres propres à la DGDDI). Le dernier né des services à compétence nationale étant le SAMIA créé en 2020.

Direction nationale garde-côtes des douanes (DNGCD) Basée au Havre, elle est composée de trois services garde-côtes, un sur chaque façade maritime : Nantes pour l'Atlantique - Manche - mer du Nord, Marseille pour la Méditerranée, et une en Martinique pour la zone Antilles-Guyane. À cela s'ajoute un élément nautique à Mayotte, mais n'entrant pas dans le champ de compétences du service à compétence nationale.

Direction nationale du recrutement et de la formation professionnelle (DNRFP) Basée à Tourcoing, chargée du recrutement et de la formation. Elle gère les 2 écoles nationales des douanes (END) françaises située respectivement à : Tourcoing (formation des agents de catégorie A) et La Rochelle (formation des agents de catégories B et C ainsi que les agents recrutés selon des spécialités : maître chien, motocycliste...).

Anciennement, les effectifs de catégorie B et C de la branche AG-OPCO étaient formés à Rouen, leurs homologues de la branche surveillance à La Rochelle.

L'école de Rouen a fermé en 2015 et le de cette année, une session mixte (agents de la branche AG/OPCP et surveillance) a débuté à La Rochelle.

Direction nationale du renseignement et des enquêtes douanières (DNRED) Spécialisée dans la lutte contre la fraude. Elle est composée de 3 directions actives : La Direction des Enquêtes Douanières composée d'agents de la branche CO. La Direction des Opérations Douanières composée d'agents de la branche Su. La Direction du Renseignement Douanier, qui contrairement aux deux autres, ne mène pas d'enquête.

Direction nationale des statistiques et du commerce extérieur (DNSCE) Située à Toulouse. Elle élabore et diffuse les statistiques du commerce extérieur et effectue des travaux statistiques à la demande des entreprises.

Le Service d'Analyse de Risque et de Ciblage (SARC) Rattaché au sous-directeur des affaires juridiques, du contentieux, des contrôles et de la lutte contre la fraude, le SARC est chargé, pour le compte de l'ensemble des services de la direction générale des douanes et droits indirects, des missions suivantes en matière d'avant-dédouanement, de dédouanement et de fiscalité : Il réalise les analyses de risque ; Il détermine des critères nationaux de ciblage qu'il intègre dans les outils informatiques visant à faciliter la réalisation des contrôles ; Il oriente les contrôles et enquêtes et procède à leur dévolution aux services douaniers les plus appropriés en fonction des risques identifiés ; Sur son initiative ou à la demande d'un autre service douanier, il réalise toute étude ou analyse relative à la fraude.

Le Centre Informatique Douanier (CID) Implanté à Osny, service à compétence nationale, il est chargé de la réalisation, de la maintenance et de l'exploitation des nombreux programmes informatiques utilisés par la douane.

L’Office national antifraude En 1999, la loi du a inséré un article 28-1 au code de procédure pénale afin d'attribuer à la douane un pouvoir de police. Cet article 28-1 permet à certains contrôleurs des douanes et à inspecteurs des douanes de recevoir l'habilitation d'officier de douane judiciaire (ODJ). Les ODJ sont désignés par un arrêté signé par le ministre chargé de la Justice et le ministre de l’Économie et des Finances, sur proposition du directeur général des douanes et des droits indirects. Cette habilitation est obtenue par les douaniers après succès à un examen professionnel (épreuves écrites portant sur le droit pénal) et après suivi d'une formation complémentaire à l'école nationale des douanes. Cette habilitation permet aux ODJ d'effectuer des enquêtes judiciaires sur réquisition du procureur de la République ou sur commission rogatoire du juge d'instruction. À l'instar des officiers de police judiciaire (OPJ), ces douaniers sont titulaires d'une décision d'habilitation prise par le procureur général près la cour d'appel du siège de leur fonction. Ils sont placés, pour l'exercice de leurs investigations sous le contrôle de la chambre d'accusation du siège de leur fonction.

Les visites domiciliaires sont parfois appelées « perquisitions administratives » sont effectuées par les autres douaniers (non titulaires de l'habilitation d'ODJ) et elles doivent être autorisées par une ordonnance du juge des libertés et de la détention (JLD). La retenue douanière s’applique aux personnes et aux marchandises (en sûreté des pénalités). Les infractions qui ne sont pas des délits (les contraventions douanières) ne permettent pas de placer une personne en retenue douanière. Les infractions douanières ne peuvent être que contraventionnelles ou délictuelles.

En 2018, il y avait nécessité de lutter contre la fraude fiscale et la délinquance financière qui prive chaque année l'État de recettes importantes. Il fallait aussi répondre à l'indignation des classes défavorisées devant certaines affaires. Le gouvernement a donc promulgué la loi n° 2018-898 du dotant le SNDJ d'une unité fiscale et le transformant en un nouveau service à compétence nationale dénommé Service d'enquêtes judiciaires des finances (SEJF). Son inauguration a eu lieu le à Ivry-sur-Seine en présence du ministre des Finances. Le , ce service est remplacé par l’Office national antifraude (ONAF).

L’ONAF est spécialisé dans la répression des fraudes douanières et fiscales, il réunit au sein d’une même structure les ODJ de l'ancien SNDJ et les nouveaux officiers fiscaux judiciaires (OFJ). Les OFJ sont des fonctionnaires de catégories B et A des finances publiques (contrôleurs et inspecteurs) titulaires d'un diplôme universitaire dans une discipline économique, juridique ou financière (licence ou master), formés au contrôle fiscal à l'école nationale des Finances publiques, ayant une acuité visuelle de 15/10 à chaque œil après éventuelle correction et ayant suivi une formation complémentaire à l'école nationale des douanes (formation en droit pénal et entrainement au tir).

L’ONAF peut être saisi par le parquet national financier (PNF) pour des dossiers nécessitant un haut niveau d'analyse douanière, fiscale et comptable. Il met en commun les cultures douanières et fiscales de fonctionnaires de la DGDDI et de la DGFiP ayant fait leurs preuves à la direction nationale du renseignement et des enquêtes douanières (DNRED), à la direction nationale des enquêtes fiscales (DNEF), à la direction nationale de vérification de situations fiscales (DNVSF) ou à la direction des vérifications nationales et internationales (DVNI).

L’ONAF est placé sous la co-tutelle du directeur général des douanes et des droits indirects et du directeur général des Finances publiques. Le siège de l’ONAF est installé à Ivry-sur-Seine, il comprend 1 unité fiscale et 9 unités douanières.