Le championnat de Suisse de football de Challenge League 2012-2013 a débuté le .
Pour cette saison, le nombre de clubs participant au championnat de Challenge League passe de 16 à 10. Il n'y a eu aucun promu en D2 à l'issue de la saison 2011-2012, ni de relégué, le match de barrage entre le de Super League, le FC Sion, et le de Challenge League, le FC Aarau, s'étant terminé sur le score de 3 à 1 pour les Valaisans (3-0 à l'aller, 0-1 au retour).
À l'issue de la saison 2011-2012, ce ne sont donc pas moins de cinq clubs qui ont été relégués en Première Ligue Promotion (). Il était initialement prévu que six clubs soient relégués, mais à la suite de la faillite du club de Super League Neuchâtel Xamax, le nombre de relégués de Challenge League a été ramené à cinq.
Clubs pour la saison 2012-2013 FC Aarau AC Bellinzone FC Bienne FC Chiasso FC Locarno FC Lugano FC Vaduz FC Wil FC Winterthour FC Wohlen
Classement
Champion de Challenge League et promu en Super League. Relégation en Ligue Promotion. L'AC Bellinzone s'est vu retirer sept points à cause d'irrégularités financières . En outre, le 3 juin 2013, l'Association suisse de football a refusé d'octroyer la licence pour la Challenge League au club. L'AC Bellinzone est donc reléguée en Ligue Promotion.
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