L'AJ Auxerre joue lors de la saison 2012-2013, sa première saison en deuxième division après avoir été relégué lors de la saison 2011-2012. Gérard Bourgoin dispute sa deuxième saison en tant que président, et un nouvel entraîneur arrive au club, Jean-Guy Wallemme, après avoir fait un intérim de dix matchs lors de la saison précédente. Cette saison voit le club s'engager dans trois compétitions que sont la Ligue 2, la Coupe de France et la Coupe de la Ligue.
Avant-saison
L'AJA commence sa première saison en ligue 2 depuis 33 ans. Avant même le début du championnat, Auxerre est menacé de relégation administrative par la DNCG à la suite d'un énorme déficit. Le club est donc obligé de se séparer de ses meilleurs joueurs en plus des joueurs en fin de contrat. Ainsi, Delvin Ndinga est vendu 4 millions d'euros (+ 2 de bonus) a l'AS Monaco.
De nombreux cadres devraient donc quitter la Bourgogne cet été pour alléger la masse salariale et rapporter de l'argent au club (qui avait budgétisé pour 11 millions de recettes concernant les transferts). Par exemple, Alain Traoré, courtisé par Arsenal, Willy Boly, par des clubs anglais et italiens, ou encore Georges Mandjeck. Omar Kossoko, et Issam Jemâa sont libérés par le club, à la suite d'un refus d'une baisse de 50 % de leurs salaires.
L'entraîneur Jean-Guy Wallemme met huit joueurs à l'essai pour les remplacer : deux Gabonais (Rémy Ebanega et Henri Ndong), Marko Maric, Marco Ramos, Terence Makengo, Jamel Aït Ben Idir, Olivier Davidas, et Juanma Hernández. Olivier Davidas n'est finalement pas conservé, les deux gabonais sont recrutés, et Terence Makengo est prêté par l'AS Monaco, 1 an, sans option d'achat. Le , Gérard Bourgoin annonce que Cédric Hengbart, Adama Coulibaly, Olivier Sorin, et Anthony Le Tallec restent à l'AJA. Après plusieurs reports de la décision de la DNCG, celle-ci confirme qu'Auxerre jouera bien en Ligue 2 cette saison. Le les signatures de Henri Ndong (3 ans) et Rémy Ebanega (2 ans) sont officialisésAuxerre signe Ebanega Ndong sur le10sport.com..
À la suite des incidents survenus le lors de la dernière journée de Ligue 1, le club se voit convoqué par la commission de discipline de la LFP où il est condamné à quatre matchs à huis clos dont deux avec sursisLFP: les incidents d'Auxerre-Montpellier jugés jeudi. L'appel effectué à la commission supérieure d'appel de la FFF confirmant cette décisionAuxerre : Huis clos confirmé en appel, l'AJA saisit le conseil de conciliation du CNOSF qui ramène la sanction à quatre matchs à huis clos dont trois avec sursisUn seul match à huis clos pour Auxerre.
Transferts
NomNationalitéTransfertProvenance/DestinationDivision ArrivéesRémy EbanegaAuxerre signe ebanega et ndong sur le10sport.com. Consulté le 13 juillet 2012.TransfertUS Bitam D1 GabonaiseHenry NdongTransfertUS Bitam D1 GabonaiseMarco RamosMarco Ramos va rejoindre l'AJA sur lyonne.fr. Consulté le 27 juillet 2012.TransfertSC Braga Liga ZON SagresFins de ContratHugo ColaceHugo Colace signe 1 an sur léquipe.fr. Consulté le 30 août 2012.Fin de contratEstudiantes Tecos Liga de AscensoRetours de prêtSteeven LangilRetour de prêtCS Sedan Ligue 2Maxime BourgeoisRetour de prêtLB Châteauroux Ligue 2Vincent AcapandiéRetour de prêtAC Arles-Avignon Ligue 2Jung Jo-GookRetour de prêtAS Nancy-Lorraine Ligue 1Issam JemâaRetour de prêtStade brestois Ligue 1PrêtsTerence MakengoYonne républicaine, édition du 7 juillet 2012.Prêt sans option d'achat (1 an) AS Monaco Ligue 2 DépartsDelvin NdingaDelvin Ndinga s'engage avec l'ASM-FC sur asm-fc.com. Consulté le 3 juillet 2012.Transfert (4,5M€+2M bonus) AS Monaco Ligue 2Roy ContoutRoy Contout signe a Sochaux sur football.fr. Consulté le 14 juillet 2012.Transfert (1,2 million) FC Sochaux Ligue 1Omar Kossoko Départ libre Inconnu Issam JemâaJemaa signe au Koweït Départ libre Koweït SC Kuwaiti Premier LeagueJung Jo-GookJung Jo Gook quitte l'AJA sur eurosport.fr. Consulté le 3 juillet 2012.Jung Jo-Gook (ex-AJA) à Séoul sur lequipe.fr. Consulté le 6 juillet 2012. Départ libre FC Séoul Championnat de Corée du SudAlain Traoré sur lyonne.fr. Consulté le 22 juillet 2012.Transfert (5 millions avec bonus)FC Lorient Ligue 1Dieylani FallFall (AJA) signe à Amiens sur lequipe.fr. Consulté le 4 septembre 2012.Transfert (inconnu)Amiens SC NationalAnthony Le TallecAnthony Le Tallec d'accord avec VA sur lequipe.fr. Consulté le 4 septembre 2012.Transfert (inconnu)Valenciennes FC Ligue 1Hugo Roberto ColaceColace quitte Auxerre sur sport24.com. Consulté le 16 novembre 2012. Départ libre Inconnu InconnuFins de ContratStéphane GrichtingGrichting aux Grasshoper sur lequipe.fr. Consulté le 3 juillet 2012. Fin de Contrat Grasshopper Club Zurich Super LeagueSimon PontdeméFin de Contrat Inconnu Jérémy BerthodAuxerre, Berthod : je suis ambitieux sur topmercato.com. Consulté le 5 juillet 2012.Fin de Contrat Inconnu Kamel ChafniChafni et Benschop à Brest sur lequipe.fr. Consulté le 4 juillet 2012.Fin de Contrat Stade brestois Ligue 1Édouard CisséCissé va partir sur sport24.com. Consulté le 3 juillet 2012.Fin de Contrat Inconnu Dariusz DudkaAJA : Bourgoin : « Un latéral gauche et deux attaquants » sur le10sport.com. Consulté le 14 juillet 2012.Fin de Contrat Levante UD Liga BBVAOgou AkichiFin de Contrat Inconnu Retours de prêtBen Sahar Retour de prêt Espanyol de Barcelone Liga BBVAPrêtsYonathan Del ValleYonathan del Valle jugo su primer amistoso sur liderendeportes.com. Consulté le 19 juillet 2012.PrêtRio Ave FC Liga ZON Sagres
NomNationalitéTransfertProvenance/DestinationDivision DépartsDennis OliechOliech à Ajaccio sur sport24.com. Consulté le 23 janvier 2013.Transfert (inconnu)AC Ajaccio Ligue 1Soualiho MeïtéMeïté (Auxerre) à Lille en juin sur lequipe.fr. Consulté le 10 février 2013.Transfert (inconnu)Lille OSC Ligue 1 ArrivéesSoualiho MeïtéPrêtLille OSC Ligue 1
Matchs amicaux
L'AJA reprend l'entraînement le , suivi d'un stage à Peisey-Nancroix (Savoie) du 24 au , et d'un autre stage a Saint-Jean-de-Monts (Vendée). 7 joueurs sont mis à l'essai par Jean Guy Wallemme, dans l'ordre suivant : Marko Maric, Rémy Ebanega, Henry Ndong, Olivier Davidas, Terence Makengo, Marco Ramos et Jamel Aït Ben Idir. Ces joueurs jouent notamment lors du premier match de l'AJA contre le FC Lausanne-Sport.
Date Adversaire Lieu Résultat Buteurs pour l'AJA FC Lausanne-Sport (Super League) Pont-de-Chéruy 15px 0 - 1 Haller UNFP Avallon 15px 0 - 1 Haller Angers SCO (Ligue 2) Saumur 15px 1 - 3 Le Tallec FC Nantes (Ligue 2) La Baule 15px 1 - 0 Clermont Foot (Ligue 2) Decize 15px 4 - 0 Makengo Traoré Le Tallec Acapandié FC Metz (National) Auxerre 15px 1 - 0 Le Tallec US Orléans (National) Auxerre 15px 1 - 3 Makengo Paris FC (National) Auxerre 15px 2 - 0 Bourgeois Sanogo
Effectif de la saison 2012-2013
Notes : L'âge indiqué correspond à celui du joueur à la date du . : joueur transféré par l'AJ Auxerre lors du mercato hivernal. : joueur prêté à l'AJ Auxerre lors du mercato hivernal.
Saison thumb|right|Supporters auxerrois lors du match Lens - Auxerre (1-0), le , au Stade Félix-Bollaert-Delelis.
Auxerre commence sa saison par un match de Ligue 2 à huis clos contre le Nîmes Olympique. L'absence de public ne l'empêche pas de s'imposer 2-0Foot - Ligue 2 : Auxerre - Nîmes : 2-0 sur lequipe.fr.. Pour la , l'AJA ne parvient pas à rééditer cette performance puisqu'elle s'incline 3-1 face au SM CaenCaen domine Auxerre sur sport24.com. Pour le premier tour de Coupe de la Ligue le , l'AJ Auxerre doit faire un déplacement difficile au Stade de la Licorne pour y affronter le Amiens SCCalendrier 1er tour de la Coupe de la Ligue sur lfp.fr. Consulté le 8 août 2012.. L'AJ Auxerre remporte le match 2 buts à 1, notamment grâce au premier but de son jeune milieu de terrain de 18 ans : MeïtéCoupe de la Ligue: AmiensS.C.-A.J.Auxerre:1-2 sur aja.fr. Consulté le 8 août 2011.. Le week-end suivant, le club ajaïste enchaîne avec une victoire à domicile en championnat contre le CS SedanAuxerre-Sedan : 1-0 sur lequipe.fr. Consulté le 11 août 2011., ce qui lui permet de monter à la . Le réalise sa troisième victoire en trois matchs dans son stade de l'Abbé-Deschamps. Les ajaïstes reviennent alors à la du classement : l'attaquant Le Tallec a marqué ses et de la saison, ses quatre buts ont d'ailleurs été inscrits à domicileMonaco prend ses aises sur lequipe. Consulté le 24 août 2012.. Quatre jours plus tard, le a lieu le premier derby bourguignon pour le de la Coupe de la Ligue, où l'AJ Auxerre reçoit le de Ligue 2, le Dijon FCO ; le match tourne à l'avantage de l'équipe icaunaise qui enregistre sa quatrième victoire en quatre matchs au stade de l'Abbé-Deschamps cette saisonMonaco déroule, Tours éliminé sur lequipe.fr. Consulté le 29 août 2012.. Quelques jours avant la fin du mercato, l'argentin Hugo Roberto Colace signe un contrat d'un an avec Auxerre.
Le club ajaïste obtient sa première victoire de la saison à l’extérieur le à Dijon contre le Dijon FCO ; la dernière victoire de l'AJ Auxerre en déplacement datait du et d'un match sur la pelouse du… Dijon FCOAuxerre : un derby et ça repart sur lequipe.fr. Consulté le 27 octobre 2012..
Le , Jean-Guy Wallemme quitte le club d'un commun-accord et est remplacé le soir-même par Bernard Casoni.
Lors de la trêve hivernale, les joueurs auront un match amical face à l'Us Orléans le .
Ligue 2