Lyon au haut Moyen Âge, héritière de la Lugdunum impériale et ancienne métropole de la Gaule romaine, est une cité au poids politique encore notable, en tant que capitale du royaume burgonde, et un centre religieux important. Par la suite, sous la domination franque, son rôle se réduit, en même temps que sa population. La renaissance carolingienne touche la cité par l'entremise d'Agobard et Leidrade. Jusqu'à l'an mille, elle reste la capitale intermittente de trois successifs dont la dernière dynastie s'éteint en 1032.
De l'empire romain aux royaumes burgonde et franc
Durant les premiers siècles du Moyen Âge, Lyon passe sous la domination burgonde, puis franque, tout en restant, de fait, très autonome. Le vrai maître de la ville, dès cette époque, devient l'archevêque. Cette période est mal connue, les sources disponibles étant lacunaires.
Structure de la ville
Bâti civil La connaissance de la forme de la ville entre le et le est très parcellaire. Les textes, centrés sur les aspects religieux, fournissent peu d'éléments. L'archéologie a fait des découvertes nombreuses dans les années 1960 - 1970 pour ce qui concerne l'architecture religieuse, mais elles ont très peu fourni d'informations sur les édifices civils. Le seul élément assuré est que la cité se réduit dès l'effondrement de l'Empire romain aux deux rives de la Saône. Ainsi, de nombreuses parties de la cité romaine se vident de leurs habitants, notamment Fourvière, ou les quartiers autour des actuelles places de la Bourse, de la République ou des Terreaux. L'occupation humaine se maintient toutefois dans la zone de la place des Célestins et de l'église Saint-NizierCatherine Arlaud (dir.), J.-M. Pujol, S. Savay-Guerraz et A. Vérot-Bourrély (col.), Lyon, les dessous de la presqu'île Bourse-République-Célestins-Terreaux : sites Lyon parc auto, Lyon, ministère de la Culture et de la Communication, Direction régionale des affaires culturelles, Service régional de l'archéologie, 2000 (Documents d'archéologie en Rhône-Alpes. Série lyonnaise, 8), 103 à 116. (lire en ligne) . Toutefois, cette réduction ne signifie pas la disparition des techniques de construction et l'on continue sous les burgondes à construire des sols en mortier de tuileau, à utiliser des tuyaux de plomb ou à réaliser des salles chauffées, telle la salle d'audience épiscopale.
Les techniques de construction employées lors de la seconde partie du et par la suite évoluent sous l'influence franque. Les techniques romaines disparaissent progressivement, telles les thermes, les salles chauffées ou l'usage de la chaux. À la place, les murs sont désormais liés à l'argile et les habitations deviennent petites, en bois et proche de celles des francs.
Bâti religieux Lyon se dote, dès les premiers temps chrétiens, de nombreux édifices religieux. Au Haut Moyen Âge, ces édifices sont le groupe cathédral, les basiliques cémétériales et des monastères ou cloîtres de chanoines.
Comme l'a montré Jean HubertArts et vie sociale de la fin du monde antique au Moyen Âge , Genève, Droz, 1977, (Mémoires et documents / Société de l'école des chartes ; 24), pages 105 à 170, les groupes cathédraux en Gaule comprennent généralement deux églises et un baptistère. À Lyon, ce groupe situé au centre de la ville est composé des églises Saint-Jean et Sainte-Croix, et d'un baptistère dédié à saint Étienne. L'église cathédrale décrite par Sidoine Apollinaire est Saint-Jean, dont le vocable ne nous est connu qu'à l'époque de Charlemagne, par un rapport de Leidrade.
Comme la plupart des cités chrétiennes de cette époque, les basiliques cémétériales sont situés à l'extérieur de la ville. Elles sont fondées aux . Ces édifices servent de lieu de culte et de vénération des reliques des saints locaux, et aussi de sépultures pour les fidèles souhaitant reposer près du corps des saints (« ad sanctos »). Parmi eux, il y a l'église Sainte-Eulalie, fondée par Sacerdos au , et couplé à un monastère de religieuses. Il change de vocable pour prendre celui de Saint-Georges. À l'origine, ces bâtiments disposent bien évidemment à l'époque d'un autre vocable que celui donné après l'ensevelissement des évêques confesseursIl s'agit d'évêques fondateurs de leur église qui y sont enterrés. Ainsi l'église des Macchabées devient Saint-Just et Saint-Jean devient Saint-Irénée. Les nécropoles disparaissent progressivement au et les morts sont alors enterrés avec les vivants
À Lyon et dans ses alentours, il existe plusieurs formes de vie monastique. La tradition érémitique est représentée par les moines de l'île Barbe. L'idéal bénédictin aurait été repris par les moniales de Saint-Pierre. Les autres, enfin, s'occupent des cultes funéraires, tels ceux du monastère fondé par Grinius près de Vienne ou ceux signalés par Sidoine Apollinaire à Saint-Just. Cette dernière forme de vie communautaire évolue à l'époque carolingienne pour devenir des chanoines.
De la domination burgonde à la domination franque vignette|droite|Le royaume burgonde au .
Lyon, capitale du royaume burgonde En 443, des tribus germaniques burgondes sont installées comme fédérées en Sapaudie par le général romain Aetius après la victoire de ce dernier contre leur roi Gondicaire et la destruction de leur royaume situé près du Rhin. Les élites lyonnaises soutiennent en 455 les Burgondes qui soutiennent alors Eparchus Avitus, noble arverne proclamé empereur. Toutefois, ce dernier est éliminé l'année suivante et son successeur Majorien, pour reprendre l'autorité sur Lyon envoie des Francs assiéger la ville, qui se rend avec des livraisons d'otages. Après l'exécution de Majorien, les Burgondes reprennent le pouvoir à Lyon, le véritable maître de Rome le patrice Sigismer étant le beau-frère du roi burgonde Gundioc. Les rois burgondes portent le titre de maître de la milice des Gaules et s'insèrent dans une structure sociale encore pleinement romaine. La présence à Lyon de la cour royale permet d'assurer une activité importante, liée à l'activité des élites au pouvoir. Ainsi, l'atelier monétaire impérial continue de produire de la monnaie, les curiales continuent de percevoir les impôts de la cité et à procéder aux dépenses édilitaires. Tout autour de la cour, les familles sénatoriales romaines disposent toujours de leurs propriétés rurales et de leur main d'œuvre servile.
Ces Burgondes étendent leur domination lors de la désintégration de l'Empire d'Occident et, dans les années 470-474datation établie par Alfred Coville Recherches sur l'histoire de Lyon, 1928, et validée par la suite par Jean-François Reynaud., font de Lyon l'une des capitales de leur royaume avec Genève et ViennePour plus de détails, consulter : et . Peu nombreux, ils sont rapidement assimilés par la noblesse gallo-romaine lyonnaise, au travers de nombreux mariages. Ariens, ils construisent une cathédrale vouée à leur culte, mais entretiennent de bons rapports avec les chrétiens. Un certain nombre se convertissent d'ailleurs au christianisme. Ils conservent pour eux-mêmes leur propre loi, la loi Gombette.
Le clergé lyonnais a pleinement participé à l'élaboration d'une conscience burgonde. Le premier élément de mise en œuvre d'une unité spirituelle burgonde est l'ordonnancement des martyrs locaux au sein d'une construction pieuse centrée sur Lyon. Le récit ainsi construit affirme que Saint Irénée a envoyé les figures fondatrices de nombreux diocèses : Autun, Chalon, Langres, Dijon, Besançon et Valence. Cette légende permet d'unir religieusement tout le nord du royaume burgonde ; avec Lyon comme point central. De la même manière, la fondation du sanctuaire burgonde de Saint-Maurice d'Agaune dans le Valais voulue par Sigismond est fortement liée à Lyon, comme à Vienne, l'autre capitale burgonde. Eucher a écrit la passio de Saint Maurice. En 515, Viventiole assiste à la consécration de l'église. Enfin, le monastère de l'Île-Barbe fait partie des quatre choisis par Sigismond pour former la première communauté de Saint-Maurice d'Agaune.
Lyon sous les Francs vignette|Les royaumes francs en 511. En 534, les fils de Clovis intègrent facilement ce royaume sous la domination franque, les Burgondes étant trop peu nombreux et divisés pour résister. Les rois francs suivants se disputent le royaume de Bourgogne. Lyon se retrouve le plus fréquemment en possession du roi de Neustrie. Lyon ne semble pas avoir subi de lourds dommages de ces prises de pouvoir, mais la cité perd tout pouvoir politique direct. La capitale du duché est à Chalon-sur-Saône. La ville continue toutefois de disposer d'une certaine influence politique, certains de ces évêques étant proches des rois mérovingiens et ayant un rôle à leur cour. Ainsi, Sacerdos est conseiller du roi Childebert, Priscus de Gontran. Par ailleurs, Aregius est envoyé comme ambassadeur de Thierry II auprès du roi Wisigoth Wittéric.
Coupée partiellement des réseaux qui l'ont toujours connecté au sud de l'Europe, Lyon s'étiole en devenant partie prenante d'un royaume septentrional pour elle. La disparition de la cour royale diminue et restreint les échanges à la région proche. Le commerce lointain se restreint progressivement aux seuls marchands venant du nord. La perte d'importance de Lyon se voit également dans le tarissement des frappes monétaires.
Il semble que la peste justinienne frappe également la population lyonnaise, la réduisant significativement. La cité rhodanienne conserve toutefois un grand prestige religieux. vignette|gauche|Les royaumes francs en 628. La période de la domination franque est très mal connue. Les quelques textes des qui nous sont parvenus sont essentiellement religieux. Plus encore, la période centrale du ne nous a laissé aucune information sur les évêques, dont nous n'avons que les nomsSur ces périodes obscures, la référence, même datée, reste : Alfred Coville, Recherches sur l'histoire de Lyon ; du au (450-800), Éditions Auguste Picard, 1928, Paris, 560 p..
Au début du , les puissances musulmanes ibériques prennent possession d'un territoire important au nord des Pyrénées. 'Anbasa, maître de la Septimanie jusqu'à Nîmes, remonte le Rhône et pille plusieurs villes jusqu'à AutunPhilippe Sénac, « Présence musulmane en Languedoc » in Islam et chrétiens du Midi, Cahier de Fanjeaux, , 2000, . Le chef militaire meurt dans l'opération et l'armée se replie avec le butin, laissant une garnison à Lyon. Aucun texte n'indique de pillage particulier durant ces évènements, et l'archéologie n'a rien non plus découvert qui atteste d'un évènement destructeur lié à cet épisode. En 733, Charles Martel se lance dans une campagne destinée à la fois à combattre les Sarrasins et à imposer son autorité sur le royaume de Bourgogne. Son armée passe cette année par Lyon, indiquant donc qu'il n'y a plus à cette date d'armée musulmane dans la ville. Son raid vise également à se rendre réellement maître de ce territoire, en atteste son retour en 736 pour mater les Lyonnais.
Cette période où la région n'est plus du tout maîtresse de son destin, en témoigne le pillage de 761 par le comte d'Auvergne Blandin, n'est cependant pas une éclipse politique totale. En effet, certains Lyonnais parviennent encore à atteindre des responsabilités importantes tel Syagrius, abbé de Nantua et présent au sacre de Pépin par Étienne II en 754.