vignette|upright=1.5|Représentation schématique de la couche cornée de la peau, et du film cutané recouvert d'une communauté de micro-organismes opportunistes commensaux habituels de l'homme, formant le microbiote cutané. thumb|Structure superficielle et micro-relief de la peau (biotope de la microflore externe humaine) thumb|Le dos est l'une des régions du corps qui abrite le plus de bactéries (après les mains, le cuir chevelu et le visage). thumb|Transpiration humaine thumb|Desquamation (ici due à une scarlatine)
Le microbiote cutané humain (ou « microflore » de la peau humaine) est la communauté de microorganismes opportunistes, saprobiontes, souvent symbiotesSansonetti P (2011) La relation hôte-microbiote: une insondable symbiose ?. La lettre du Collège de France, (32), 14-15. et parfois pathogènes qui composent la « flore cutanée ». C'est la partie externe du microbiote de l'organisme humain. De manière générale, la biodiversité bactérienne limite le risque de colonisation de la peau par une bactérie pathogène et constitue une protection contre l'inflammation de la peauHacard, F., Nosbaum, A., Huynh, V. A., Nicolas, J. F., & Bérard, F. (2015). Plus il y a de bactéries différentes, moins il y a d’inflammation: la révolution microbiotique. In Annales de Dermatologie et de Vénéréologie (Vol. 142, pp. S13-S17, janvier 2015). Elsevier Masson (résumé). Une partie du microbiote cutané est partagée avec le microbiote des muqueuses, notamment respiratoiresMichon A.L & Marchandin H (2015) Diversité physiopathologique du microbiote respiratoire. Revue Francophone des Laboratoires, 2015(469), 37-49.
Éléments de description En raison de la taille microscopique des organismes qui la composent, la microflore humaine est invisible à nos yeux. La peau d'un adulte héberge en moyenne 1012 (mille milliards) bactéries (soit par cm2 de peau) de plus de 500 espèces différentes.. La peau supporte et entretient naturellement son propre « micro-écosystème ». Celui-ci se forme à la naissance, puis évolue jusqu'à la mort. Cet « écosystème » est étudié depuis quelques décennies en tant que tel.
Pour partie anaérobieEvaldson G, Heimdahl A, Kager L, Nord CE (1982), The normal human anaerobic microflora. Scand J Infect Dis Suppl. 1982; 35:9-15. et caché dans les profondeurs de la peau, il est encore mal connu, mais on sait que : il est organisé en biofilm et s'alimente à la fois de molécules et de composés excrétés par la peau elle-même, et de composés sécrétés par des communautés de microorganismes plus ou moins symbiotes ; ces organismes sont spécialisés ou opportunistes. Ce sont surtout des bactéries mais aussi des microchampignons, des acariens (dont Demodex brevis et Demodex folliculorum, des micro-nématodes. Ils forment notre « flore cutanée » (commensale et transitoire) ; la composition de cette « flore cutanée » varie selon les individus, leur âge, leur sexe, leurs activités, leur comportement et l'environnement Goller CC, Romeo T, « » Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2008;322: 37- 66] ; cet écosystème cutané est organisé en biofilmAlice de Chalvet de Rochemonteix, Les biofilms et la peau, thèse vétérinaire, École vétérinaire de Maison-Alfort, octobre 2009, sous la direction de Geneviève Marignac (résumé (SUDOC)) ; sa composition et son « épaisseur physique » varient selon l'individu, mais aussi selon les parties du corps ; La microflore du cuir chevelu diffère de celle du visage, du dos, des aisselles, des pieds, des dessous d'ongles ou des organes génitaux, de l'anus Nulle part sur la peau n'existe une flore qui rassemblerait la totalité de la flore cutanée Marples, Mary J. « Life on the human skin » Scientific American 1969;220(1):108. . . Les zones corporelles les plus riches en bactéries sont (par ordre décroissant) : les mains, le cuir chevelu, les aisselles, le front, les membres et le dos. Cette microflore est aérobie en surface de la peau et anaérobie dans ses parties profondes ; cette flore est pour une petite partie en continuité avec celles des muqueuses épithéliales internes qui prolongent la peau à l'intérieur du corps, mais ces muqueuses accueillent surtout d'autres communautés d’organismes, très différentes et qui, pour ce qui du nombre et du volume, constituent la majeure partie du microbiote de l'organisme humain. Ce microbiote « interne » forme également des biofilms qui jouent un rôle essentiel pour la digestion. Une déficience du biofilm de la muqueuse colique joue un rôle dans les maladies inflammatoires de l’intestin Macfarlane S, Dillon JF, « » J. Appl. Microbiol. 2007;102(5):1187- 1196 ; le biofilm cutané doit se renouveler constamment, pour s'adapter à la desquamation Feingold DS, « » Arch. Dermatol. 1986;122:161-163 (résumé) naturelle et à l'érosion différenciée de la peau, ainsi qu'aux pratiques d'hygiène corporelle (qui ne doivent pas être excessives pour protéger les fonctions « barrière » de la peau ni réduire la diversité du microbiote qui protège de l'inflammation) ; chez l'enfant, le biofilm bactérien est d'abord constitué de staphylocoques dont Staphylococcus aureus, très peu de Escherichia coli et corynébactéries. À l’adolescence, cette flore se complète d'autres coques comme les Staphylocoques. Cette microflore joue un rôle dans l'odeur de la peau humaine, qui évolue de la naissance à la mort.
Fonctions du biofilm cutané vignette|Grâce au film lipidique sécrété par les glandes sébacées, la peau est naturellement hydrophobe. Ce film est aussi une source de nourriture pour les bactéries du biofilm cutané. vignette|Le poil est recouvert de son propre biofilm. Il est l'un des accès aux couches profondes de la peau pour des bactéries qui peuvent causer des inflammations (poil incarné) vignette|Réaction inflammatoire de la peau au point de morsure d'une tique vignette|La peau est richement innervée. Le prurit est l'une des manifestations de l'inflammation — qui peut être d'origine allergique. Il est quasiment spécifique à la peau. vignette|Coupe histopathologique d'une dermatite spongieuse (cliniquement : dermatite dyshidrosique)
Le biofilm cutané joue un rôle tantôt positif, tantôt négatif : les micro-organismes qui vivent sur et dans la peau humaine et leur diversité participent au contrôle de l'équilibre qui caractérise une peau « saine ». Ce biofilm commensal ; ils participent à l'apparition des odeurs corporelles qui sont dues essentiellement à des acides gras courts, tels que l'acide caprilique, caprique, valérianique ou l'acide propionique, produits de dégradation des acides aminés et des acides gras à longue chaîne carbonée issus du sébum par les bactéries du genre Brevibacterium et Propionibacterium ; l'acide propionique donne l'odeur de noisette de la peau à basse concentration (typiquement après une douche) ou l'odeur de fromage de la peau sale à forte concentration. (N.B. ces odeurs corporelles varient en fonction du sexe, de l'âge ou du cycle menstruel).. en cas de déséquilibre ou de blessure, le biofilm peut évoluer et conduire à une situation pathologique Hall-Stoodley L, Costerton JW, Stoodley P « » Nat. Rev. Microbiol. 2004;2(2):95-108.. Il est positif pour la cicatrisation et l'homéostasie de la peau. Indirectement, ces bactéries entretiennent notre système immunitaire, stimulent la phagocytose et la production d'anticorps ainsi que de cytokines . De plus la microflore symbiote sécrète des bactériocines, polypeptides bactériens aux propriétés bactéricides et bactériostatiques qui empêchent d'autres bactéries, plus souvent pathogènes (Gram-positives) de coloniser la peau. L'activité bactérienne peut cependant, quand elle est dérégulée, contribuer à empêcher la cicatrisation (plaie chronique) Bjarnsholt T, Kirketerp-Møller K, Jensen PØ « » Rep. Reg. 2008;16(1):2-10. (résumé) ou à l'apparition ou à la perpétuation de diverses dermatoses, d'abcès. Les bactéries du biofilm cutané ne deviennent pathogènes que chez les immunodéprimés (SIDA/VIH, toxicomanes, traitement immunosuppresseur, nouveau-né...), ou parfois chez les patients sains, en cas de rupture de la barrière cutanée ou des muqueuses Otto M, « » Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2008;322:207-28. : blessures, brûlures Ce sont souvent des bactéries de la peau, naturellement plutôt résistantes, qui sont sources de maladies nosocomiales en pénétrant l'organisme via les cathéters, ou par colonisation de zones vulnérables dont l'œil Elder MJ, Stapleton F, Evans E, Dart JK, « » Eye (Lond). 1995; 9 (Pt 1):102-9. (Résumé) ; par exemple, l'endophtalmie provient généralement de bactéries originaires de la peau péri-oculaire ou des cils Zegans ME, Becker HI, Budzik J & O’Toole G, 2002;21:415-420 (résumé) ; le biofilm cutané humain est un sujet d'étude encore émergent Parsek MR, Fuqua C, « Biofilms 2003: » J. Bacteriol. 2004;186:4427-40., mais il y a consensus scientifique sur le fait que
Bactéries Les bactéries semblent jouer un rôle majeur parmi les micro-organismes du biofilm cutané.
Des évaluations quantitatives ont mesuré des populations bactériennes allant jusqu'à plus de cent mille bactéries par centimètre carré de peau. Ce taux varie fortement selon les zones de peau : les zones plus riches en sébum (le visage notamment), accueillent plus d'un million de bactéries par centimètre carré. Ce nombre paraît élevé, mais l'ensemble de ces bactéries tiendraient toutes dans le volume d'un poisTheodor Rosebury. Life on Man: Secker & Warburg, 1969 .
Les bactéries les plus communes sur la peau humaine sont de type Gram-positives et appartiennent principalement à 3 genresChiller K, Selkin BA, Murakawa GJ (2001) Skin microflora and bacterial infections of the skin. J. Investig. Dermatol. Symp. Proc. 6(3): 170-174.
On trouve les bactéries suivantes : Staphylococcus, souvent opportunistes comme Staphylococcus epidermidis, qui constitue plus de 90 % de la flore résidente aérobie présente sur le stratum corneum. D'autres staphylocoques qui ont été trouvés dans le biofilm cutané sont Staphylococcus aureus (commun, trouvé par exemple en portage asymptomatique dans les cavités nasales dans 20 % des casIwatsuki K, Yamasaki O, Morizane S, Oono T (2006) Staphylococcal cutaneous infections : Invasion, evasion and aggression. J. Dermatol. Sci. 42: 203-214 (résumé)) et Staphyloccocus hominis ; Corynebacterium ; Propionibacterium (par exemple Propionibacterium acnes, Propionibacterium granulosum, Propionibacterium avidum). Propionibacterium acnes produit des acides gras issus de la lipolyse du sébum. Ce faisant elle acidifie le milieu cutané, ce qui inhibe la croissance des colonies de Streptococcus pyogenesHentges DJ (1993) The anareobic microflora of the human body. Clin. Infect. Dis. 16 : 175- 180 (Résumé); LactobacillusNielsen ML, Raahave D, Stage JG, Justesen T (1975) Anaerobic and aerobic skin bacteria before and after skin-disinfection with chlorhexidine: An experimental study in volunteers. J. Clin. Path. 28 : 793-797 (résumé); Streptococcus. Les bactéries sont très présentes aussi sur les phanères (cheveux, poils, dessous des ongles). À partir du biofilm qui se forme naturellement sur les poils, elles peuvent pénétrer l'intérieur de la peau (et causer des problèmes inflammatoires en cas d'ongle incarné ou de poil incarné).
Champignons cutanés Ce sont par exemple Malassezia furfur et Candida albicans considérés comme symbiotes de la peau et qui se nourrissent du sébum et de la peau morte ; Ils sont moins présents que les bactéries, mais peuvent causer des mycoses en cas de déséquilibre de l'hydratation ou du pH cutanés. En situation de déséquilibre pathogène de la peau et/ou de son biofilm protecteur, d'autres champignons, saprophytes notamment, peuvent coloniser la peau.
Acariens Les plus typiques et sans doute les moins connus du grand public sont les demodex.