vignette|Premier sceau de la ville de Lyon, 1271.

Lyon, de l'an mil au Moyen Âge tardif, voit la cité suivre avec un temps de retard la plupart des grandes évolutions urbaines de l'Europe médiévale. Son maître, l'archevêque, reste longtemps un seigneur temporel indiscutable, partageant le pouvoir avec le chapitre de Saint-Jean. Le pouvoir bourgeois ne s'y développe qu'avec peine. Le début du marque une césure importante, avec l'entrée définitive de Lyon dans le giron du royaume de France et la prise du pouvoir municipal par les bourgeois laïcs.

Durant cette période, qui va grossièrement de 1000 à 1320, Lyon va évoluer lentement, puis plus rapidement, sur les plans religieux et institutionnels, sous la pression conjuguée de forces internes et externes. La cité sort ainsi d'un certain immobilisme intellectuel et, tout en tombant sous la domination du roi de France, acquiert un régime municipal équivalent à celui des cités environnantes. Cette date de 1320 est clairement un basculement pour l'histoire de la ville. Pour Jacques Rossiaud, « Le traité de 1320 partage historiquement le Moyen Âge lyonnais »..

Topographique et évolution urbaine Organisation de la ville Au cœur du Moyen âge, Lyon est une cité fortifiée dont les limites ne suivent pas entièrement les murailles. La frontière nord de la ville sur la rive droite de la Saône est délimitée par le ruisseau de Charavay, situé aux environs de l'actuelle rue des Tuileries.. La limite sud passe par la Porte vieille. À l'ouest, la limite passe par l'enceinte fortifiée. À l'est, la limite est le Rhône et au nord de la presqu'île, la juridiction des archevêques s'arrêtent aux Vieux fossés. Au-delà se trouvent les terres des seigneurs de Beaujeu.

La rive droite de la Saône Les quartiers situés sur la colline de Fourvière ou à ses pieds sont le noyau historique de la ville. Au Moyen Âge central, cet espace est structuré en quatre quartiers dotés d'une personnalité propre. Ils sont protégés dès les alentours de l'an mil par une clôture, courte muraille de pierre ou de bois sur laquelle on ne sait que peu de choses. Elle est repérée à l'aide des recluseries, qui étaient alors disposées aux portes de la ville, les moines y résidant ayant traditionnellement la garde des entrées des cités..

Au nord, l'église Saint-Paul est entourée du Bourg neuf, où les voyageurs font halte dans une des nombreuses auberges présentes.. Ce quartier s'étire en amont jusqu'à la porte de Lyon, sous Pierre Scize, tenue par la recluserie de Saint-Épipoy. Cette porte perce la clôture de la ville qui devait suivre ensuite le chemin de Montalieu, actuel chemin de Montauban. jusqu'à la porte de Confort et longer ensuite le chemin de Ruer, actuelle montée Saint-Barthélémy, jusqu'à la porte de Ruer.

Plus au sud vient le quartier de la Place du Change, face au pont de pierre. Cette place est de petite dimension, un rectangle irrégulier de 24 × où se tiennent marchands et tables de changeursSur l'activité du change, consulter , et surtout le chapitre « Le change », p. 49-63. Dans ce quartier résident également les bourgeois et les hommes de loi.

vignette|Dessin de Rogatien Le Nail présentant la cloître Saint-Jean à la Renaissance.

Le quartier plus au sud est le cœur religieux de la cité : le cloître Saint-Jean. Ce quartier est clôturé au , partageant la ville sur cette rive en deux.. Vient enfin le quartier Saint-Georges.

Tous ces quartiers sont densément lotis, les maisons sont souvent surpeuplées.

Sur les hauteurs existe à cette époque un bourg regroupé autour des églises Saint-Just et Saint-Irénée. Toujours organisé en suivant les antiques voies romaines de l'Aquitaine et de la Narbonaise, il est protégé depuis le par une première enceinte.. Quand l'abbaye et l'église Saint-Just deviennent un chapitre, il s'émancipe du bourg en construisant un rempart à l'intérieur même du premier, appelé « château Saint-Just »..

La presqu'île Sur la presqu'île, les quartiers sont plus aérés, les rues et les demeures plus récentes. L'ensemble est encore semi-rural à cette époque. Le quartier est structuré par la rue principale qui relie les deux ponts, qui passent par la rue Confort et la rue Mercière. Le quartier de l'abbaye Saint-Pierre est plus anciennement bâti, et sa densité se rapproche de celle que l'on trouve outre Saône.

La ville est limitée au nord de la presqu'île par les fossés de la Lanterne, qui protègent les remparts édifiés au bas des pentes de la pente de Saint-Sébastien (l'actuelle Croix-Rousse). Ces fossés et ses remparts, mentionnés pour la première fois en 1208Cette première mention apparait dans un accord entre l'archevêque Renaud II de Forez et les bourgeois, où le maître de la ville autorise ces derniers à entretenir les fossés., exploitent une dépression naturelle, une ancienne lône. Les fossés ont environ trois mètres de profondeur, ce qui a rendu indispensable l'édification d'un mur de soutènement au pied des murailles..

Évolutions aux vignette|Château de Pierre-Scize.

Durant ces deux siècles, Lyon ne s'agrandit guère, mais se remodèle et se modifie.. Peu portée par les mouvements d'enrichissement de l'artisanat et du commerce, la cité se contente des possessions terriennes de ses maîtres religieux pour se développer. Ceux-ci sont actifs et entament de nombreuses constructions.

Nouveaux édifices Pour sa défense et son développement urbain, Lyon se dote de plusieurs équipements durant cette période.

Le château de Pierre Scize, dont la construction est entamée au début du probablement durant l'épiscopat de Burchard II de Lyon (979-1033), permet de surveiller l'arrivée nord de la ville et la Saône. Vers la fin du , Renaud II de Forez (1193-1226) le rénove et s'y installe durablement. Après lui, les prélats lyonnais en font une demeure régulière.. vignette|gauche|La Manécanterie jouxtant la cathédrale est bâtie au , avant d'être enserrée dans le « Grand cloître ».

Avant d'être dans Pierre Scize, les archevêques sont installés au palais Saint-Jean, rénové entre 1065 et 1076. Après les assauts des Guigues II de Forez en 1162, Guichard de Pontigny (1165-1180) entame la construction d'un rempart autour du quartier canonial de Saint-Jean, qui sera achevé par Jean Belles-mains. Doté de solides murs de d'épaisseur dont certains sont encore visiblesElles sont situées au nord de la cathédrale, dans un jardin archéologique public. Voir le Site du Vieux Lyon ou de l'office du tourisme de la ville. et de deux tours, il était percé de cinq portes dont la plus importante, la « Porte-froc », ou « porte Frau » du latin Porta fratrum, qui signifie la porte des frères, se situe dans l'alignement de l'actuelle rue Saint Jean. L'une d'entre elles mène directement à la Saône, et est nommée la « Porte de Savoie ». Ces portes sont ouvertes chaque matin au troisième coup des matines, et fermées le soir. Cet ensemble religieux est alors nommé le « Grand Cloître ». Il contient la manécanterie, bâtie au .

Début , la construction d'un pont de pierre sur la Saône est entamé. Elle sera achevée sous l'archevêque Humbert de Lyon vers 1076, et permet le développement de la presqu'île. Il part du quartier du Change à celui de Saint-Nizier. Assez étroit (environ ), il supporte dès l'origine sur les premières arches des maisons dotées d'étages, et abritant des boutiques au rez-de-chaussée..

Fin , une clôture, dotée d'un fossé, est édifiée au nord de la Presqu'île, percée de la porte Saint Marcel..

Dans le domaine de l'aménagement urbain civil, il faut noter l'apparition progressive à cette époque de fontaines publiques, qui complètent les puits privés. Dans le même mouvement de maîtrise de l'eau, Lyon se dote à partir du de nombreuses étuves publiques, dont les vertus hygiénistes les font apparaître aux abords des églises, dans les couvents ou près des hôpitaux.

De nombreuses constructions religieuses apparaissent également dans la capitale rhodanienne à cette époque. Les chapelles Sainte Marie et Saint Thomas sont édifiées à Fourvière ; tandis que Notre-Dame de la Platière, une nouvelle collégiale, est fondée sur la rive droite de la Saône.

Mais dans le domaine de l'architecture ecclésiastique, la majeure partie des chantiers ouverts sont des rénovations ou des transformations.

Rénovations du patrimoine religieux lyonnais vignette|Église Saint-Paul.

Beaucoup d'édifices menacent ruine, ne sont plus adaptés ou sont l'objet d'une volonté d'embellissement : l'église de l'île Barbe, rénovée vers 1070 ; l'église d'Ainay., fin ; l'église Saint-Pierre, début ; Saint-Just, dont l'église devenue trop petite est remplacée par une nouvelle, la troisième depuis le , durant les (devenant ainsi la plus grande de la ville après Saint-Jean) ; l'église Saint-Paul, au cours du .

vignette|gauche|Cathédrale Saint-Jean.

Le plus gros chantier est cependant celui de la reconstruction de la cathédrale Saint-Jean, entamée dans les années 1170 par l'archevêque Guichard de Pontigny. La cathédrale change alors de dédicace ; auparavant sous le patronage de saint Étienne, elle est alors dédiée à Saint-Jean Baptiste.. Immense travail, il se poursuit durant les siècles suivants. L'édifice montre le décalage entre les styles adoptés alors en vigueur dans le nord de la France et à Lyon. Alors qu'au milieu du , l'Île-de-France se tourne résolument vers le gothique, les dirigeants religieux lyonnais décident de bâtir une cathédrale romane. Ce n'est qu'en cours de construction, près d'un siècle plus tard, que l'édifice est doté d'attributs gothiques (contreforts en arc-boutant, dentelles de pierre et pinacles). ; cette transition gothique se fait elle-même en deux temps ; d'abord par l'adoption d'un style angevin aux particularités techniques mal maîtrisées, puis dans le choix d'un style gothique plus mature, mais contraint par les travaux déjà engagés..

Avancée urbaine Les seuls quartiers sur lesquels il est possible de distinguer une extension urbaine sont ceux de la Croix-Rousse et de Saint-Paul. À ces endroits, la population qui s'installe est suffisamment importante pour imposer la création de deux nouvelles paroisses..

Le développement du vignette|droite|Façade de la cathédrale Saint-Jean.

Au , la cité grandit de manière visible pour les historiens. Cette croissance se réalise pour l'essentiel sur la presqu'île, qui connaît un lotissement important et plusieurs aménagements.

Le développement de la presqu'île Ainsi, le sol de celle-ci, qui appartient pour la plus grande part à l'abbaye d'Ainay, bénéficie de l'intérêt bien compris des chanoines de cette dernière. De nombreuses terres qui n'étaient que cultivées sont bâties, ce qui fournit aux religieux un revenu supérieur et bien plus régulier que les revenus agricoles qu'ils en tiraient auparavant.. Vers la fin du apparaissent les premières places publiques dont celle de la Platière, vers 1300.

La rive gauche du Rhône, quant à elle, ne bénéficie pas encore d'un quelconque développement urbain, à part quelques points isolés.

Les modifications à l'ouest de la Saône La ville, densément peuplée sur la rive droite de la Saône n'est pas le lieu de construction importante à cette époque. Toutefois, des rénovations lourdes ont lieu.

Au sud-ouest, sur la colline, le bourg Saint-Just - Saint-Irénée voit sa muraille réaménagée. Formant un quadrilatère d'environ un kilomètre de côté, elle est haute de dix à douze mètres, et épaisse de plus d'un mètre. Elle comporte un chemin de ronde crénelé, des archères dans son flanc et une tour carrée tous les cinquante mètres environ. Cette défense est complétée d'un fossé profond et de deux portes, celle de Trion à l'ouest et celle de Saint-Irénée au sud. Le cloître Saint-Just, enserré dans ces propres murailles, dispose lui également d'une porte vers la cité, la porte du Pont-levis. La qualité de cet ensemble fortifié permet de protéger les chanoines de Saint-Jean lors d'émeutes populaires, et de servir de résidence aux papes de passage à Lyon..

Les grands chantiers du siècle