Échelle chronologique du Moyen Âge maltais
Le Moyen Âge maltais fait suite à l'Antiquité de Malte.
Pour certains auteurs, la période de 395 à 870 fait partie du Haut Moyen Âge et pour d’autres de l’Antiquité tardive. La période 455 à 533 est souvent déduite de l'histoire de la Sicile, elle n'est pas attestée dans l'histoire de Malte et mal renseignée dans l'histoire de l'empire byzantin. Avec la conquête de Malte par la dynastie Aghlabide commence une période que les historiens considèrent unanimement comme le Moyen Âge de Malte.
395 à 455 présence de l'empire byzantin 455 à 533 période barbare milieu du : présence vandale possible fin du à 533 : présence gothique possible 533 à 870 période byzantine 870 à 1091 période arabe 1091 à 1530 période féodale 1091 à 1194 domination normande 1194 à 1530 présence du Saint-Empire romain germanique 1194 à 1266 possession des Hohenstaufen 1266 à 1282 possession des Angevins 1282 à 1530 possession des Aragonais
C'est la donation de l'archipel maltais par Charles Quint (héritier des possessions aragonaises) qui met fin au Moyen Âge maltais et ouvre la période de l'histoire moderne de Malte.
Les invasions barbares : 455-533 On peut déduire d'une note de Victor de Vita que les Vandales de Genséric conquièrent Malte avec les autres îles de Méditerranée occidentales entre 455 et 476. Malte pourrait ensuite avoir été cédé à Odoacre, roi d'Italie en échange d'un tribut. Après la dernière victoire de Théodoric le Grand sur Odoacre en 493, Malte passe sans doute sous la domination des Ostrogoths.
Ces annexions barbares ne sont déduites cependant que de faibles indices et de l'hypothèse que Malte ait suivi le sort de la Sicile. Il est également possible que l'archipel ait été épargné et soit resté dans le giron de l'empire byzantin.
Domination byzantine : 533-870
Quoi qu'il en soit, le débarquement à Malte et Gozo du général byzantin Bélisaire en 533 ramène l'archipel sous la domination de l'Empire Romain d'Orient: .
En 637, Théodore, un neveu de l'empereur de Byzance Héraclius qui avait comploté contre lui est envoyé en prison à Gaudomelete (signifiant probablement Gozo de Malte) après qu'on lui ait coupé le nez et les mains. Une fois sur place, le dux de Gozo lui fera aussi couper un pied. Sous les Byzantins et plus tard, Malte sera régulièrement utilisée comme lieu d'exil et de prison.
Trois lettres de Grégoire le Grand, datées de 592, 598 et 599 réprimandent un certain Lucillus, premier évêque de Malte dont le nom est connu avec certitude.
Les témoignages archéologiques de cette période sont rares. Le bâtiment le plus remarquable est un baptistère chrétien à Tas-Silġ.
Pendant le , les îles maltaises vont passer de la juridiction religieuse de l'Église romaine à celle du Patriarcat de Constantinople. La date se situe probablement autour de 756, pendant la controverse iconoclaste.
Aux et , Malte apparaît urbanisée, commerçante et assez prospère. Plus tard, l'accent semble essentiellement mis sur les défenses militaires. Un sceau du révèle la présence à Malte d'un officier byzantin de haut rang, à la fois Drougarios et Archon de Malte. L'archipel est probablement alors la base d'une importante flotte de guerre, qui lui permet de résister longtemps aux premières razzias arabes. Malte ne sera en effet conquise que pendant la dernière phase de l'invasion arabe de la Sicile, juste avant la chute de Syracuse en 878.
Domination Arabe : 870-1091 vignette|right|alt=Photographie présentant une page de texte arabe rédigé en rouge, comportant une miniature très colorée représentant le siège de la ville.|Le siège de Messine par les Arabes en 1040. Les troupes de Abu 'l-Gharaniq Muhammad II ibn Ahmad, émir Aghlabide d'Ifriqiya, conquièrent Malte le ; la ville-forteresse de L-Imdina est prise et démolie.
Au-delà des victimes des combats, les conséquences démographiques de cette annexion sont controversées. Si quelques auteurs ne proposent que peu de conséquences sur la population, beaucoup d'historiens modernes retiennent pour authentiques les rapports de plusieurs historiens arabes anciens décrivant que la quasi-totalité de la population est soit tuée, soit emmenée en esclavage (), laissant les îles maltaises presque désertes pour un siècle et demi, avec des ânes sauvages en liberté et peut-être quelques survivants subsistant en troglodytes et des marins de passage. Certaines céramiques découvertes récemment pourraient être le signe que les îles furent en effet occupées à la fin du et au .
Les recherches sur cette période sont toujours en cours ; ce qui est certain c'est que l'île est repeuplée de colons arabo-berbères et de leurs esclaves à partir de 1048. Si le parallèle est fait avec l'occupation de la Sicile, la population maltaise se partage alors entre `abid (esclaves), muwalli (convertis) et dhimmis (chrétiens libres de pratiquer leur religion contre paiement d'impôts - djizîa et kharâj).
Vers le milieu du , lors d'une action des Byzantins sur Malte, les musulmans maltais proposent de libérer les esclaves et de partager leurs biens avec eux s'ils consentent à prendre les armes à leur côté pour contrer l'attaque, ce qui est effectivement fait victorieusement. Après la défaite byzantine, les musulmans autorisent même des mariages mixtes et la création de , domaine terrien en pleine propriété ; c'est à la suite de cette action que se met en place la deuxième vague de colonisation. L'administration musulmane comprend un ou peut-être deux gouverneurs (caïds) qui résident dans les Mdina (villes) de l'île.
Les principaux vestiges archéologiques de la présence arabe sont des tombes musulmanes (exemple : la stèle de Maïmouna), dont la plupart d'ailleurs sont postérieures à l'arrivée des Normands en 1091.
L'occupation musulmane a installé l'arabe comme langue nationale, encore parlé aujourd'hui (le maltais en dérivant directement). Elle est aussi responsable de la plupart des toponymes du pays. Les raisons de la persistance de la langue arabe à Malte, sont toujours discutées.
Période féodale : 1091-1530
Domination Normande : 1091-1194 thumb|right|Roger II - Illustration du de Petrus de Ebulo, 1196. De 1062 à 1091, les Normands du comte de Sicile Roger de Hauteville parviennent à conquérir la Sicile sur les musulmans. Une fois la Sicile totalement vaincue, Roger de Hauteville se tourne vers les îles maltaises, surtout pour assurer les frontières de son territoire. Son biographe officiel, Geoffroi Malaterra raconte comment, en 1091, à l'aide d'une petite troupe, il vainc facilement la garnison musulmane à Malte, puis à Gozo. Il impose alors un tribut annuel à payer par les musulmans et la libération des esclaves chrétiens. Quand on leur laisse le choix, ces derniers décident de rentrer dans leur patrie et refusent de rester à Malte. Aucune évangélisation n'est organisée, aucune conversion forcée, conformément à la tolérance religieuse des Normands de Sicile. Paradoxalement, cette conquête chrétienne facile ancrera plus encore l'archipel dans le monde musulman en faisant partir les quelques chrétiens prisonniers des îles. La plupart des tombes musulmanes mises au jour sont en effet postérieures à 1091 (visibles au Musée d'archéologie de Gozo). Plusieurs poètes musulmans vivent à Malte à cette période. L'île est alors assez riche, en témoignent la présence d'esclaves chrétiens non maltais et des trésors de pièces d'or arabes qui ont été mis au jour.
Il semble que la domination nominale des Normands sur Malte se soit rapidement effritée, ou que le tribut annuel ait cessé d'être versé. Roger II de Sicile, le fils de Roger de Hauteville, doit en effet conquérir à nouveau les îles en 1127. Une garnison chrétienne est alors probablement laissée sur place. La christianisation des îles commence réellement mais à un rythme très lent ; les visiteurs latins (dont Burchard, l'évêque de Strasbourg en 1175) décrivent les îles comme totalement musulmanes. Un poète inconnu, exilé sur l'archipel entre 1135 et 1151, écrit en grec qu'il est entouré et maltraité par des musulmans. Contrairement à la Sicile, l'influence normande ne sera que très faible à Malte, même si elle a alimenté quelques mythes comme la couleur du drapeau maltais ou la présence de bâtiments normands à L-Imdina. Le roi de Sicile continuera de protéger les communautés de l'archipel : en 1154, le meurtre d'un Maltais musulman sera durement puni par une forte amende imposée à la communauté chrétienne. La punition ne sera levée qu'en par Constance de Hauteville qui veut ainsi récompenser la fidélité maltaise pendant les troubles qui contestèrent son autorité. thumb|left|L'empereur Frédéric II À la fin de la période normande commence une pratique qui sera régulièrement répétée durant toute la période féodale : la nomination de comtes et marquis de Malte en récompenses de services rendus à la couronne de Sicile. La plupart ne seront pas résidents et se contenteront de soutirer le plus d'impôts possibles aux habitants. Les Maltais n'auront alors de cesse que de demander à Palerme leur rattachement au domaine royal, ce qui leur fut plusieurs fois accordé avant d'être plus tard annulé. Le premier de ces comtes fut Margaritus de Brindisi, aventurier génois, dernier Grand Amiral (Emmiratus Emmiratorum) du royaume siculo-normand, nommé comte de Malte en 1192 par le roi Tancrède de Sicile.
Sous les Hohenstaufen : 1194-1266 Après la brutale prise de pouvoir en Sicile de l'empereur Henri VI du Saint-Empire en 1194, les îles maltaises passent sous la domination de la famille des Hohenstaufen. De 1197 à 1250, le long règne de Frédéric II de Hohenstaufen va avoir une profonde influence sur le destin de Malte, la faisant définitivement basculer dans la chrétienté.
Dès 1194, Margaritus de Brindisi est remplacé par Guglielmo Grasso comme Comte de Malte. Ce dernier, un pirate génois, fut très impopulaire auprès des Maltais qui demandent et obtiennent en 1198 la réintégration des îles dans le domaine royal sicilien. Cette mesure n'aura cependant que peu d'effet tant l'emprise des comtes génois est importante sur l'archipel. Ils obtiennent même en 1212 le droit de frapper monnaie. Le gendre de Guglielmo Grasso, Enrico Pescatore, lui succède en 1203. Il fait de Malte une base de corsaires indépendante, attaquant Pise en 1204, Tripoli (Syrie) en 1205 et la Crète en 1206. Il est nommé Amiral de Sicile en 1221 avant de tomber en disgrâce. thumb|Conradin s'adonnant à la fauconnerie (tiré du codex Manesse)|right Après 1220 (et son élection comme Empereur romain germanique), le pouvoir de Frédéric II se fait de plus en plus centralisateur. Les successeurs de Enrico Pescatore gardent le titre de Comte de Malte mais le pouvoir réel est dans les mains d'un gouverneur royal ou d'un procureur, nommé par l'empereur. De 1235 à 1240, Paolino de Malte administre le pays avec notamment la charge de veiller sur la ferme royale de chameaux ainsi que sur les précieux faucons de Frédéric II. De cette époque date la première mention du Castrum Maris (le château de la mer), bâti sur l'emplacement de l'actuel Fort Sant Angelo (commune de Il-Birgu) dans le grand port. Le Castrum Maris deviendra le fort de la garnison royale qui défendra Malte contre les attaques des pirates et des musulmans. Principale base militaire de l'île, le fort influencera les futurs Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem à Malte pour le choix de leur capitale fortifiée.
Devenu « Roi des Romains », Frédéric II de Hohenstaufen doit donner des gages à la papauté et met un terme à une longue tradition de tolérance religieuse en Sicile. Les guerres contre les musulmans de Sicile commencent dès 1220.