L’« obstacle taxonomique » désigne les lacunes constatées dans les connaissances taxonomiques et la pénurie croissante de taxonomistes et d'outils libres et ouverts, ainsi que de conservateurs dans ce domaine. Ce manque fait « obstacle » à la poursuite de l'inventaire du vivant, ainsi qu'aux mises à jour rapides de la classification (des espèces et autres taxons) et par suite à la protection de la biodiversitéVane-Wright, R. I. (1996). Systematics and the conservation of biological diversity. Annals of the Missouri Botanical Garden, 83, 47–57. Cette expression est utilisée dans le monde des sciences et en particulier de la taxonomie et de la biodiversité, mais aussi par l'ONU. C'est la traduction de l'expression anglophone « taxonomic impediment ».
Pour pallier cette lacune, combiner sur le Web et à partir de l'ADNTautz, D., Arctander, P., Minelli, A., Thomas, R. H., & Vogler, A. P. (2002). DNA points the way ahead in taxonomy. Nature, 418, 479. et de manière automatisée trois approches : 1°) une cyberstructure taxonomique unifiéeMalcolm J Scoble, Unitary or unified taxonomy ? ; Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2004-04-29; 359(1444): 699–710. (Résumé ), 2°) le barcoding moléculaire automatisé de l'ADN, et 3°) la phylogénie moléculaire. Cet objectif est, selon de nombreux systématiciens, irréaliste, voire dangereux et trompeur (une selon Carvalho et al.Marcelo R. de Carvalho, Flávio A. Bockmann, Dalton S. Amorim, Carlos Roberto F. Brandão, Systematics must Embrace Comparative Biology and Evolution, not Speed and Automation, Evolutionary Biology ; .). Une telle approche pourrait augmenter le nombre d'espèces décrites, mais avec des erreurs (car ne tenant pas compte du fait que des entités biologiques peuvent être non-monophylétiquesWheeler, Q. D., & Platnick, N. (2000). The phylogenetic species concept (sensu Wheeler and Platnick). In: Wheeler, Q. D. & Meier, R. (Eds.), Species concepts and phylogenetic theory: A debate (pp. 55–69). New York: Columbia University Press). Certains taxonomistes estiment qu'une « taxonomie de l'ADN »Tautz, D., Arctander, P., Minelli, A., Thomas, R. H., & Vogler, A. P. (2003). A plea for DNA taxonomy. Trends in Ecology & Evolution, 18(2), 70–74. ne peut pas remplacer les classifications par la morphologieWill, K. W., & Rubinoff, D. (2004). Myth of the molecule: DNA barcodes for species cannot replace morphology for identification and classification. Cladistics, 20(1), 47–55..
Définition internationale Pour l’ONU, cette expression désigne mais aussi Définition de l’Organe scientifique subsidiaire (SBSTTA) de la convention sur la biodiversité (CBD) chargé de fournir des avis scientifiques, techniques et technologiques.
Histoire du concept Un manque futur (relativement aux besoins croissants) de gens formés à la taxonomie est annoncé (sous d’autres noms) depuis plusieurs décennies. Il l'a principalement été par des enseignants universitaires (botanistes et entomologistes, notamment) à la suite du non-renouvellement de postes et de la suppression progressive de budgets, de laboratoires et de chaires universitaires consacrés à ce domaine scientifique.
Les Nations unies ont officiellement reconnu le problème de l'« obstacle taxonomique » lors de la 2nde réunion de la Conférence des Parties de la Convention sur la diversité biologique. Il a été présenté comme un frein à la mise en œuvre de la Convention, et traité dans un point de l’ordre du jour intitulé . Cet ordre du jour faisait suite à une recommandation de l'organe scientifique de la convention qui soulignait paragraphe 2, alinéa ii de la Recommandation I/3 adoptée par l’Organe subsidiaire chargé de fournir des avis scientifiques, techniques et technologique . La Conférence des Parties a alors demandédécision II/8 de la Conférence des Parties à son organe scientifique d’évaluer les besoins nationaux en matière de taxonomie, de proposer des mesures correctrices, sur la base des études disponibles et des initiatives en cours, avec consigne d’adopter .
En 2012, malgré l'implication des muséums et de quelques ONG et instances internationales (ex : Association of Systematics Collections, Systematics Agenda 2000, ETI), cet obstacle persiste. Il a été identifié à Nagoya comme l'une des causes de l'échec de l'objectif de 2010.
Contexte Contexte de crise multiple Alors que (et parce que) des pans entiers de la biodiversité semblent s’effondrer, touchant maintenant aussi les espèces dites « banales » ou « ordinaires » et parce que les études d’impacts sont devenues obligatoires pour les grands projets, la demande en information environnementale, taxonomique notamment augmente. Dans les mêmes temps, les priorités budgétaires et en termes de création de postes ont favorisé d'autres domaines, plus rentables ou plus attrayants pour les grandes écoles et universités. La crise de 2008 semble avoir freiné les engagements financiers annoncés lors des sommets successifs consacrés à la biodiversité. Dans certains pays, l'accès aux milieux naturels et à certaines autorisations de travail in situ ou d'exportation de « matériel biologique » (spécimens, échantillons d'ADN) est rendu difficile par des conflits violents ou des tensions politiques, sociales, économiques, militaires...
Les difficultés d'enseignement et de formation La taxonomie est une science complexe. Elle demande souvent un long apprentissage ; il faut 10 à 15 ans (voire beaucoup plus quand il s'agit de groupes taxonomiques difficiles ou nouveaux taxa) pour former un bon taxonomiste. Dans la plupart des domaines, les spécialistes sont rares et/ou âgés. Dans les décennies 1980 et 1990, des espoirs et perspectives techniques encourageantes ont été ouverts par l'apparition de nouveaux outils (« Taxonomie de l'ADN »Blaxter, M. L. (2004). The promise of a DNA taxonomy. Philosophical Transactions of the Royal Society of London B, 359, 669–679., bioinformatique, analyse génétique, barcoding moléculaire, clés informatiques de détermination, etc.). On a même pu rêver d'une possible évolution vers une automatisation de l'identification et/ou de la classification automatique d'espècesGaston, K.J., & O’Neill, M.A. (2004). Automated species identification : why not? Philosophical Transactions of the Royal Society of London B, 359, 655–667.. Mais ces outils ne sont pas toujours accessibles. Certains semblent finalement, à ce jour, plus aptes à faciliter la découverte d'espèces que leur classification préciseDeSalle, R. (2006). Species discovery versus species identification in DNA barcoding efforts: response to Rubinoff. Conservation Biology, 20(5), 1545–1547, et ils présentent certaines limitesDeSalle, R., Egan, M. G., & Siddall, M. (2005). The unholy trinity: taxonomy, species delimitation and DNA barcoding. Philosophical Transactions of the Royal Society of London B, 360, 1905–1916. Ebach, M. C., & Holdrege, C. (2005a). DNA barcoding is no substitute for taxonomy. Nature, 434, 697. Ebach, M. C., & Holdrege, C. (2005b). More taxonomy, not DNA barcoding. BioScience, 55(10), 822–823Grant, T. et al.(2003), The perils of ‘point-and-click’ systematics. Cladistics, 19: 276–285. . Depuis son apparition, la biologie moléculaire a été fortement soutenue, au détriment de la biologie comparative et de la formation de systématiciens et de naturalistes expertsSchmidly, D. J. (2005). What it means to be a naturalist and the future of natural history at American universities. Journal of Mammalogy, 86(3), 449–456.. De plus, une partie du travail des taxonomistes semble être rendue plus difficile par des changements globauxAgnarsson, I., & Kuntner, M. (2007). Taxonomy in a changing world: seeking solutions for a science in crisis. Systematic Biology, 56(3), 531–539. rapides (Ex : déplacement d'aires de répartition d'espèces, en mer par exemple ; développement d'espèces envahissantes (ou potentiellement envahissantes), de variants mutants de pathogènes, de plantes ou de microorganismes...). La taxonomie évolue sans cesse, impliquant une mise à jour régulière des connaissances et des bases de données.
Demandeurs et bénéficiaires Ce sont notamment : des collectivités et la communauté internationale (dont les Nations unies, via ses conventions et actions concernant la biodiversité) ; des scientifiques (dont écologues mais pas seulement) ; des gestionnaires et conservateurs de milieux naturels ; des décideurs confrontés à des choix qui pourraient affecter la biodiversité ; des citoyens ; les législateurs ; des industriels souhaitant exploiter, voire breveter les ressources génétiques ; des médecins et épidémiologistes travaillant sur les maladies émergentes et les vecteurs biologiques de maladies (zoonoses notamment).
Recommandations scientifiques faites à l’ONU À la fin des années 1990, une première propositions internationale majeure a été l’Initiative taxonomique mondiale, assortie d’une demande explicite d’appui par le Fonds pour l'environnement mondial pour notamment renforcer les capacités en taxonomie des pays en développement ; pour la Note du Secrétaire exécutif de l’organe subsidiaire chargé de fournir des avis scientifiques, techniques et technologiques ; intitulée « État d’avancement de l’initiative taxonomique mondiale » Point 4.3 de l’ordre du jour provisoire ; Quatrième réunion Montréal, Canada 21-25 juin 1999 ; Note ref UNEP/CBD/SBSTTA/4/6, janvier 1999. La conférence des parties en a adopté le principe en (lors de sa ) et a demandédécision IV/1.D de la conférence des Parties ; Annexe / Propositions détaillées d’action adressées à divers intervenants et à différents niveaux (Secrétariat de la Convention sur la diversité biologique, les Parties à la Convention, les autorités responsables et les parties intéressées de la communauté internationale) à son organe scientifique de la conseiller sur les mesures scientifiques et technologiques à prendre, et de faire de nouvelles propositions de produits finaux, d’outils ou d’instruments.
Les scientifiques mandatés par l'ONU ont recommandé une démarche cohérente et multiéchelle : - internationale (sous l’égide du secrétariat de la Convention, invité à coordonner le travail et à veiller à la compatibilité, l’harmonisation et l’examen des mesures prises par les différentes Parties (Il existe notamment un besoin d'interopérabilité des bases de données) ; - nationales (sous l’égide des États parties) ; - régionales/sous-régionales (sur la base de priorités taxonomiques nationales, à établir par les États avec la communauté scientifique) ; Les institutions existantes de taxonomie, les donateurs, le PNUE, l’OCDE et le Fonds pour l’environnement étaient invités à apporter leurs compétences et des financements.
La conférence des parties a demandé à son organe scientifique de préparer un « plan d’action » et un calendrier ainsi que des moyens d’évaluation, s’appuyant sur tels que :
.
La conférence des parties a aussi proposé :
de promouvoir la sensibilisation et de l’éducation de tous ;
de créer des outils de diffusion d’information taxonomique avec ; d’appuyer la taxonomie dont dans les pays en développement par la .
Durant cette même période, - Un projet de « Centre mondial d’information sur la diversité biologique » était proposé par le Sous-groupe sur « l’informatique de la biodiversité » du Forum Mégascience de l’OCDE, mais non directement soutenu par l’ONU qui semblait lui préférer comme point de départ la ; - des scientifiques publiaient la « Déclaration de Darwin » pour la « Déclaration de Darwin » ; faite à l’occation d’un Rapport d’un atelier tenu à Darwin, en Australie, 2-5 février 1998. - un groupe de travail de DIVERSITAS sur la recherche scientifique (pour appliquer les articles 7, 8, 9, 10 et 14 de la Convention sur la diversité biologique) soutenait la même idéeDIVERSITAS, réunion tenue à Mexico, 25-28 mars 1998 ;