vignette|upright=1.4|Les fusillades de Nantes, aquarelle de Béricourt, 1793.
De nombreux massacres sont commis pendant la guerre de Vendée et de la Chouannerie contre des prisonniers de guerre et des civils. L'ensemble des exactions fait plusieurs dizaines de milliers de victimes, principalement entre l'automne 1793 et le printemps 1794, au cours de la Virée de Galerne et des colonnes infernales.
Exactions commises par les Vendéens Lorsque la révolte éclate en , de nombreuses violences sont commises par certains groupes d'insurgés. Celles-ci tendent cependant à se raréfier à mesure que s'établit de la discipline dans l'Armée catholique et royale. À la suite des succès initiaux, les Vendéens font de nombreux prisonniers. Plusieurs d'entre eux sont utilisés en mars et en avril comme boucliers humains, notamment à la bataille de Jallais et à la bataille de Chemillé. Cette tactique, inefficace car les prisonniers réussissent souvent à s'échapper, est cependant abandonnée par la suite.
Des chefs vendéens, comme Charette, proposent alors des échanges de prisonniers, mais ces propositions sont rejetées par les républicains qui refusent toute négociation avec les rebelles. Les prisonniers sont alors internés, cependant leur traitement varie beaucoup selon les chefs, ainsi d'après l'officier vendéen Lucas de La Championnière, au printemps 1793, à Legé, dirigée par Charette, les exécutions sont rares tandis qu'à Port-Saint-Père, les rebelles commandés par La Cathelinière exécutent tous leurs prisonniers. Dans l'armée du bocage, les généraux d'Elbée, Bonchamps, Lescure et Henri de La Rochejaquelein font preuve de clémence, (ainsi D'Elbée réussit à empêcher ses hommes de massacrer 400 prisonniers après la bataille de Chemillé, Lescure met fin à un massacre et sauve plusieurs centaines de républicains lors de la première bataille de Châtillon, tandis que Bonchamps, mortellement blessé à la bataille de Cholet, parvient, quelques heures avant sa mort, à empêcher ses hommes de massacrer à prisonniers républicains qui sont ensuite relâchés). En revanche le général Marigny n'épargne presque jamais ses prisonniersMémoires de la marquise de La Rochejaquelein, . Lucas de La Championnière, officier dans l'armée du Marais, rend également compte, en septembre, des différences avec la Grande Armée ou armée du bocage :
En Anjou et dans le Haut-Poitou, les habitants patriotes sont soumis à une très étroite surveillance tandis que les soldats républicains sont maintenus en prison. D'après des témoignages de captifs républicains, à Mortagne-sur-Sèvre, les prisonniers sont bien traités par la population, les gardiens et le général Sapinaud. À Châtillon-sur-Sèvre cependant, où sont enfermés prisonniers, le gardien agit de manière brutale en faisant exécuter les captifs qui cherchent à s'évader.
Après les victoires de , les Vendéens font un nombre de prisonniers encore plus considérable mais ne sont pas en mesure de les garder. Une proposition du général Donnissan est alors adoptée par l'état-major vendéen : les prisonniers sont relâchés contre le serment de ne plus prendre les armes, puis leurs cheveux sont tondus afin qu'ils puissent être reconnus s'ils trahissent leur serment. Ainsi prisonniers républicains sont relâchés après la bataille de Thouars, après la bataille de Fontenay-le-Comte et à après la bataille de Saumur. Il y aurait eu peut-être jusqu'à prisonniers républicains tondus. La Convention nationale refuse cependant de reconnaître la validité de ce serment, les soldats tondus sont renvoyés au combat une fois leurs cheveux repoussés. Le , la Convention décrète que tout homme qui prêtera ce serment à partir de cette date sera « déclaré lâche et déserteur de la liberté, comme tel privé du droit de citoyen pendant dix ans [...] mis en état d'arrestation. »
À partir de l'été 1793, le conflit devient plus brutal. En septembre l'armée de Mayence est envoyée dans l'Ouest. Celle-ci avait capitulé devant les Prussiens après le Siège de Mayence puis mise en liberté contre le serment de ne plus combattre la Première Coalition. Bien que les Vendéens n'aient pas été mentionnés dans les termes de la capitulation, l'état-major de l'armée catholique et royale les déclare traîtres à leur serment et proclame qu'il ne sera pas fait de prisonniers MayençaisMémoires de Madame la marquise de La Rochejaquelein, seconde édition, .. Lors de la bataille du Pallet, les blessés de l'Armée de Mayence sont massacrés par les Vendéens, en représailles les Mayençais décident à leur tour de ne plus faire de prisonniersJean-Baptiste Kléber, Mémoires politiques et militaires 1793-1794, ..
Pendant la Virée de Galerne, un certain nombre d'exécutions sommaires sont commises par les Vendéens. Des actes de clémence sont cependant encore observés. Ainsi, 400 à 800 soldats républicains pris à la bataille de Fougères, plusieurs dizaines pris à AvranchesFélix Jourdan, La chouannerie dans l'Avranchin, . et 200 capturés lors la prise du MansAndré Lévy, Les batailles du Mans, le drame vendéen, éditions Bordessoules, 1993, ., sont relâchés sous serment, parfois après avoir été tondus.
En revanche, contre les colonnes infernales, les Vendéens ne font pratiquement plus de prisonniers, les quelques républicains capturés sont presque toujours exécutés.
Au début de la deuxième guerre de Vendée, en 1795, le général Charette capture , mais il les fait tous fusiller quelques semaines plus tard, en représailles des massacres de Quiberon.
Le nombre total des victimes des exactions royalistes n'est pas connu : les principaux massacres commis par les Vendéens étant les massacres de Machecoul (160 à 200 morts), le massacre de Bouin (100 à 800 morts) et le massacre de Belleville (100 à 300 morts).
Exactions commises par les républicains
Le , quelques jours seulement après le début de l'insurrection vendéenne, la Convention nationale décrète la peine de mort pour tout insurgé pris les armes à la main ou porteur d'une cocarde blanche. Ceux-ci doivent être jugés par une commission militaire ou le tribunal criminel du département et la sentence exécutée dans les 24 heures. Le décret est modifié le , sur l'initiative de Danton, de manière à ne viser désormais que les chefs rebelles. Néanmoins dans les mois qui suivent, plusieurs représentants en mission et commissions militaires continuent de prononcer des condamnations à mort au nom de la loi du . Le , la Convention nationale planifie la répression en décrètant la loi d'anéantissement de la Vendée ; la politique de la terre brûlée devra être appliquée en Vendée, les « brigands » exterminés, les patriotes, les femmes et enfants conduits en dehors de la VendéeRéimpression de l'ancien moniteur, tome XVII, 339.Réimpression de l'ancien moniteur, tome XVII, .. Dans un second décret, du , la Convention nationale renouvelle son ordre d'extermination des brigands.
Après la Virée de Galerne, la répression est mise en place par les représentants en mission, lesquels établissent des Commissions militaires révolutionnaires pour juger les prisonniers. L'armée est ensuite chargée de détruire les dernières résistances en Vendée. L'armée de l'Ouest passe sous la domination des Sans-culottes hébertistes aux premiers jours de 1794 à la suite de l'arrivée du général en chef Louis Marie Turreau et aux renforts de détachés de l'Armée du Nord.
Turreau met en place les colonnes infernales et donne l'ordre de massacrer les populations jugées royalistes, hommes, femmes et enfants, et de faire évacuer celles jugées neutres ou républicainesCollection des mémoires relatifs à la Révolution française, Volume 30, 1825, par Saint-Albin Berville, François Barrière, 56-57. 1. Les officiers et les troupes agissent cependant de manière très diverses, certaines commettent peu d'exactions, d'autres exterminent des populations entières sans distinctions d'aucune sorte. Le plan du général en chef est d'abord approuvé par le Comité de salut publicCollection des mémoires relatifs à la Révolution française, volume 30, 1825, par Saint-Albin Berville et François Barrière, 151. 1Collection des mémoires relatifs à la Révolution française, volume 30, 1825, par Saint-Albin Berville et François Barrière, 151-152. 1 avant que celui-ci ne dénonce les massacres commis contre des populations patriotesJean Tabeur, Paris contre la Province, les guerres de l'Ouest, 193.. Le Comité de salut public n'intervient plus et laisse les colonnes agir de février à avril, il délègue ses pouvoirs dans l'Ouest aux représentants en mission, ceux-ci se montrent cependant partagés entre partisans et opposants à Turreau. Ces derniers, d'abord minoritaires prennent de plus en plus d'importance à cause de l'incapacité du général en chef à achever la guerre de Vendée et du soutien des républicains de Vendée. Turreau est finalement destitué par le Comité de salut public en . Par la suite les généraux Vimeux et Dumas, partisans d'une politique plus clémente, lui succède.
Les exactions commises par les républicains lors des guerres de l'Ouest pendant la Terreur font des dizaines de milliers de victimes : Les massacres commis par l'armée, les plus importants ont lieu lors de la Virée de Galerne principalement lors de la bataille du Mans ( à , tant par les combats que par les massacres.) et la bataille de Savenay ( à , tant par les combats que par les massacres). La répression mise en place par les représentants en mission dans les départements de l'Ouest fait à , guillotinés, fusillés ou noyés à Nantes. Les prisonniers sont condamnés à mort par les commissions militaires révolutionnaires ou les tribunaux criminels, plusieurs représentants ordonnent cependant des exécutions sans jugements. 52 % des condamnations à mort prononcées lors de la Terreur ont lieu dans l’Ouest vendéen ou chouan (Poitou, Anjou, Bretagne, Maine et Basse-Normandie)Albert Soboul, Dictionnaire historique…, 2005, .. Une grande mortalité dans les prisons : dans la Loire-Inférieure et Maine-et-Loire, plus de détenus sur les à que comptent ces deux départements, périssent par les maladies et les conditions d'emprisonnements mortifères. Plusieurs milliers d'autres prisonniers décèdent dans les autres prisons des départements de l'ouest. Les colonnes infernales du général Louis Marie Turreau du au , massacrent à civils vendéens. L'auteur évoque un ordre de grandeur entre et ..
À la fin de la Terreur, la Convention thermidorienne décide cependant de passer à une politique de clémence. Le , plusieurs députés du Maine-et-Loire, des Deux-Sèvres et de la Vendée présentent un exposé, dans lequel ils dénoncent les massacres des populations civiles, et ils préconisent une amnistie préalable des insurgés et de leurs chefs. Ces recommandations sont suivies par le Comité de salut public et le la Convention nationale adopte un décret promettant l'amnistie des insurgés vendéens et chouans qui auront déposé les armes d'ici un mois. Dans les six premières semaines de l'année 1795, les derniers prisonniers vendéens sont libérés. Des négociations sont ouvertes avec les généraux vendéens et aboutissent à la signature du traité de La Jaunaye le , puis du traité de Saint-Florent-le-Vieil le .
La Chouannerie La Chouannerie ne fut pas aussi brutale que ne le fut la guerre de Vendée de l'automne 1793 à l'été 1794. Cependant de nombreuses exactions continuent d'être commises.
Avec le début de la deuxième chouannerie, la Convention nationale décrète le , la peine de mort pour tous les Chouans pris les armes à la main, ainsi que les embaucheurs et les instigateurs des rassemblements. Pour les habitants des campagnes pris sans armes dans les rassemblements, la peine est de quelques mois de détention. Selon le décret, les prisonniers pris lors de rassemblement doivent être jugés par un tribunal militaire, ceux pris sans armes et hors des rassemblements par un tribunal criminel.