L'histoire du christianisme à Lyon retrace presque deux millénaires de présence de cette religion dans la ville de Lyon. La première mention de la présence de la religion révélée date du et décrit les évènements menant aux martyrs de Lyon.
Avec l'effondrement de l'Empire romain, les autorités chrétiennes prennent le relais institutionnel de la municipalité gallo-romaine. L'Église lyonnaise, c'est-à-dire l'archevêque et les collèges de chanoines, devient la principale puissance temporelle sur la ville jusqu'au . Largement rénovée sous Charlemagne, l'Église de Lyon connaît par la suite un certain immobilisme, résistant à la réforme grégorienne. Les deux conciles ne font pas évoluer la situation et les aspirations de la population à une religion plus spirituelle sont comblées par l'arrivée au des ordres mendiants.
À la Renaissance, l'Église de Lyon est dirigée par des prélats souvent éloignés de leur diocèse. La prospérité due aux foires amène idées et personnes nouvelles, qui fait de Lyon une cité où la Réforme prend pied solidement. En 1562, les protestants prennent la ville et la tiennent un an avant de se rendre sans combat. Après une décennie de conflits larvés, ils sont massacrés à la suite de la Saint-Barthélémy et la plupart quittent la ville. Celle-ci devient alors ligueuse. Elle bascule dans un camp plus modéré avec la conversion d'Henri IV.
Au , Lyon connaît un très puissant développement religieux, avec la multiplication des institutions d'encadrement des fidèles et l'amélioration de la formation du clergé. Celui-ci s'essouffle le siècle suivant. Sous la Révolution, le clergé est rapidement divisé entre constitutionnels et réfractaires, l'Église officielle ne parvenant pas à s'imposer. Durant les dernières années révolutionnaires, les fidèles doivent se tourner vers un clergé clandestin et pourchassé.
Rapidement et vigoureusement restaurée sous l'Empire, l'Église lyonnaise connaît un vif renouveau durant le , aussi bien en ce qui concerne la piété, les œuvres sociales, caritatives qu'en la construction ou la rénovation de nombreux lieux de culte. C'est aussi au cours de ce siècle que d'autres confessions chrétiennes s'installent à Lyon de manière durable. Durant la première moitié du , l'Église catholique connaît à la fois une crise (crise moderniste) et une ouverture, notamment œcuménique. Durant la seconde moitié de ce siècle, elle vit le passage du Concile Vatican II et une certaine désaffection à la fin du siècle, alors qu'en parallèle certaines Églises protestantes pentecôtistes connaissent une forte croissance.
Les débuts du christianisme à Lyon Les premières implantations du christianisme en Gaule nous sont connues entre autres par une lettre de l'évêque Irénée, l'un des premiers Pères de l'Église, retranscrite par Eusèbe de Césarée dans son Histoire ecclésiastiqueLivre V, chapitre I .. Elle permet de dater l'arrivée de la religion du Christ dans la ville au milieu du .
Lyon est un lieu favorable à cette arrivée par sa situation centrale dans les courants d'échange européens, et la forte proportion d'étrangers circulant et s'établissant en ville, notamment des Juifs.. Or, ces étrangers apportent avec eux leurs cultes, tels ceux de Mithra, d'Isis ou de Cybèle. Les premiers chrétiens sont donc peut être d'origine orientale, comme une partie de la population de la cité. Il est toutefois impossible d'en être assuré. Les indices de cette origine, le fait qu'Irénée vienne de Smyrne, que les martyrs Attale et Alexandre viennent respectivement de Pergame et de Phrygie, ou que la lettre rédigée pour raconter le martyre de 177 soit adressée aux frères d'Asie et de Phrygie, ne sont pas suffisants pour en tirer une conclusion définitive. Bien qu'il n'y ait pas de preuves allant en ce sens, des hypothèses faisant des premiers chrétiens lyonnais des Romains ou des Gaulois du sud ne sont pas à abandonner.. Le nom d'origine grecque de Pothin suggère également qu'il vienne d'une contrée de culture hellène, sans doute l'Asie Mineure. Mais ce nom aurait pu lui être attribué lors de sa réception de la charge épiscopale.. Pothin aurait été un disciple de Jean, Irénée de Polycarpe. Le culte est présent dans toutes les classes sociales. Durant les premiers temps, jusqu'au , Lyon semble être la seule cité gauloise à disposer d'un évêque. La mention de semble indiquer que Vienne dépendait alors de Lugdunum.. Les chrétiens sont alors répandus dans toutes les couches de la société : ainsi, Blandine, esclave, est chrétienne comme sa maîtresse ; le médecin Alexandre et l'avocat Vettius Epagathus font partie des chrétiens..
L'épisode le mieux connu de cette époque est détaillé par la lettre d'Irénée à Eusèbe de Césarée ; il s'agit du martyre de nombreux chrétiens à Lyon en 177François Richard et André Pelletier, Lyon et les origines du christianisme en Occident, éd. lyonnaises d'art de d'histoire, 2011, 125 p. .. De nombreux personnages apparaissent, dont le premier évêque de Lyon, Pothin. Si le texte ne nous donne pas d'éléments pour expliquer la persécution, les historiens ont proposé plusieurs hypothèses : hostilité traditionnelle des Romains vis-à-vis des chrétiens, concurrence entre les religions. ou attitude extrémiste de certains chrétiens influencés par le montanismeJacques Lasfargues, « Le renouvellement des connaissances sur Lyon antique », Archéologia , octobre 2004..
C'est durant le que la ville ferme ses temples païens, et réorganise sa vie sociale autour de son évêque et du calendrier de l'Église. Lyon devient l'un des centres intellectuels de la chrétienté, illustré au par Sidoine Apollinaire...
Du haut Moyen Âge à l'an Mil L'obscurité du Haut Moyen Âge vignette|Statue de Childebert sur la façade de l'Hôtel-Dieu de Lyon.
Après l'effondrement de l'Empire romain, les institutions ecclésiastiques pallient la disparition de l'administration impériale. De nombreux évêques sont issus de la noblesse gallo-romaine, qui garde longtemps une culture antique. Les plus marquants sont Rusticus (494-501), son frère saint Viventiolus (514-523), Sacerdos (549-552), fils de Rusticus, qui fait désigner par le roi Childebert son neveu saint Nizier (553-573) pour lui succéder. Ce dernier est inhumé dans l'église qui prend son nom. L'influence de l'évêque de Lyon est très forte dans la région, et il conserve une aura positive dans la chrétienté. Il est appelé « patriarche » lors du concile de Mâcon de 585. Il a l'autorité sur les diocèses d'Autun, Mâcon, Chalon-sur-Saône et Langres. D'autres exemples de cette influence sont perceptibles avec l'envoi d'une ambassade en Espagne dirigée par Arigius (602-614 ?), ou la consécration d'un évêque de Cantorbéry à Lyon par Goduinus (688-701 ?)..
La vie intellectuelle de cette période est mal connue. Les quelques Lyonnais qui nous ont transmis une œuvre marquante sont Sidoine Apollinaire, Eucher ou Viventiole. Le premier est l'auteur de lettres et panégyriques qui nous renseignent sur l'évolution du monde gallo-romain au sous la domination de peuples germains. Eucher rédige de nombreux ouvrages sur la foi chrétienne, et des lettres. Enfin, de Viventiole nous est parvenu une Vie des pères du JuraLe texte est commenté par Duchêne dans son article « Vie des pères du Jura », Mélanges d'archéologie et d'Histoire, 18, 1898, . ., qui décrit les débuts du monachisme dans la région. Toutefois ces textes datent tous du ou du , fort peu de textes proviennent de la période suivante..
La renaissance carolingienne à Lyon
Sous le règne de Charlemagne, l'Église lyonnaise prend un essor particulier, dirigée par des hommes lié à l'Empereur dans la volonté de restaurer la religion chrétienne dans le nouvel empire. Lyon, à son échelle, participe pleinement à la renaissance carolingienne.
Ainsi, Leidrade crée deux écoles pour élever le niveau intellectuel et moral des clercs de la cité. La première, l'école des chantres, ou , est destinée à enseigner le chant selon le rite du Palais, la liturgie utilisée à la cour de Charlemagne à Aix-la-Chapelle, elle-même largement inspirée par celle de Rome. La seconde, la , est destinée à initier à la lecture et à la compréhension des textes sacrés. Le but est d'assurer une liturgie de bon niveau.. Ces deux écoles sont un succès et établissent les bases intellectuelles de la ville pour les siècles suivants. Dans le même temps, Leidrade réorganise un scriptorium qui produit des ouvrages qui, provenant pour beaucoup de la collection de Florus, sont en partie parvenus jusqu'à nous ; des textes scripturaires, des ouvrages des Pères de l'Église, en particulier saint Augustin, dont il semble que l'œuvre soit présente à Lyon à cette époque, des œuvres de saint Jérôme, de Grégoire de Nazianze, de Bède le Vénérable, une loi wisigothe..
Leidrade et Agobard tentent également d'améliorer l'observance des règles suivies par les religieux de la région ; ils introduisent la réforme canoniale mise en place par Charlemagne. Cinq chapitres de chanoines sont ainsi signalés à Lyon dans le Livre des confraternités de l'abbaye de Reichenau : les chapitres cathédraux de Saint-Étienne, qui prend plus tard le vocable de Saint-Jean, Saint-Paul, Saint-Just, Saint-Nizier et Saint-Georges..
Leidrade s'attache également à restaurer le temporel de l'Église de Lyon, durement éprouvé par les spoliations des monarques francs, sans grands succès. Ses condamnations, notamment au concile d'Attigny de 822, sont jugées trop vigoureuses.. Par contre, il exploite pleinement ses biens pour rénover les églises de la cité. Il réédifie Saint-Nizier, Sainte-Marie (future Notre-Dame de la Saunerie, église aujourd'hui disparue située sur l'actuel Quai de Bondy). Il restaure plusieurs autres bâtiments et surtout la « grande église » Saint-Jean Baptiste () et ses dépendances..
Les évêques de Lyon et les combats de leur temps vignette|alt=photo couleur d'une carte|Carte de la division de l'Empire de Charlemagne au traité de Verdun.
L'archevêque Agobard prend part aux soubresauts du monde carolingien. Fidèle aux idéaux de Charlemagne, il participe à la révolte des fils de l'empereur Louis le Pieux contre leur père.. Ce dernier retrouvant son trône en 834, Agobard est chassé de la ville lors du concile de Thionville de 835, le siège épiscopal se retrouvant géré par le liturgiste Amalaire. Mais le clergé de Lyon, resté fidèle à son archevêque et soudé derrière le diacre Florus, mène la vie dure à l'arrivant. En 838, à la suite de la réconciliation de Lothaire et de son père, Agobard retrouve son poste et fait condamner les innovations liturgiques de son remplaçant lors du synode de Quierzy, la même année. Dans le même ordre d'idées, dès 817, Agobard demande à Louis le Pieux de placer les Lyonnais sous les mêmes règles juridiques que les Francs, et d'abroger ainsi la loi gombette, qu'il juge barbare.. Il vise ainsi, notamment, le duel judiciaire..
L'Église de Lyon après Charlemagne : une puissance seigneuriale vignette|gauche|alt=photo couleur|Rodolphe III de Bourgogne, lié à plusieurs évêques de Lyon. Généalogie des Ottoniens, chronique de Saint Pantaléon, , bibliothèque ducale de Wolfenbüttel.
Si le visage de Lyon demeure immobile, les cadres institutionnels bougent : le pouvoir religieux impose fermement son autorité sur la ville. Pendant cette période, les archevêques dirigent dans les faits la cité située à présent trop loin des centres de pouvoir pour que les différents rois qui l'ont en leur possession puissent la contrôler réellement..
Durant le , l'élite religieuse lyonnaise est proche des souverains de la ville. Ainsi, Rémi est archichapelain du roi Charles de Provence. Aurélien figure au premier rang de ceux qui conférèrent la royauté au duc Boson lors de l'assemblée de Mantaille en 879. Peut-être est-ce même lui qui le sacre à Lyon.