thumb|Blason de Clermont-Ferrand thumb|Vue depuis le parc Montjuzet
L’histoire de Clermont-Ferrand couvre une période d'un peu moins de deux mille ans. Ses origines urbaines remontent à l'époque gallo-romaine où la ville porte le nom de d’Augustonemetum.
L'histoire de l'actuelle commune de Clermont-Ferrand est marquée par la présence de deux villes distinctes et rivales, Clermont et Montferrand. La cité de Clermont est le nom que prendra au fil des siècles la ville épiscopale d'Arvernis, elle-même ville reliquat du centre urbain d'Augustonemetum. Montferrand quant à elle est une ville-forte fondée au par le comte Guillaume VI d'Auvergne. Après une histoire conflictuelle, impose par l'édit de Troyes de 1630 l'unification des deux villes voisines. Cette union sera réaffirmée par Louis XV en 1731. Point de vue urbanistique, il faudra attendre le début du pour que la liaison matérielle du tissu urbain des deux villes soit effective.
Toponymie La ville moderne de Clermont-Ferrand est née de l'union de deux villes, Clermont et Montferrand. Elle a été connue sous plusieurs noms au cours de son histoire : Augustonemetum (sanctuaire d'Auguste, en référence à l'empereur romain Auguste), du au . ; Arvernis à la fin de l'Antiquité., à partir du et pour plusieurs siècles ; Clermont depuis au moins l'époque carolingienne (), nom usuel s'opposant à Arvernis qui reste le nom officiel pendant encore plusieurs siècles (au , les deniers portent encore la mention Arvernis); Clermont-Ferrand à partir du (1630 et 1731).
Préhistoire et protohistoire Les premières traces humaines ont été retrouvées en périphérie de l'actuelle ville. Il y a , des chasseurs ont taillé des silex et consommé des aurochs au pied du puy de Crouel, alors que non loin des volcans avaient leurs dernières éruptions. Pendant les millénaires suivants, les nomades d'alors n'ont laissé que quelques traces sporadiques (comme un homme enterré sur les Côtes de Clermont, des tessons de poterie au Brézet, avenue de la Libération, etc.).. Plusieurs menhirs (Brézet, Puy-de-la-Poix) et le dolmen du Puy-de-Crouël attestent d'une présence humaine au Néolithique et à la l'âge du fer (stèle de Beaulieu)..
La culture cardiale (Néolithique ancien), typique du midi de la France mais présente aussi en Auvergne et dans la région lyonnaise, est attestée sur les sites du Brézet et de la rue des Quatre Passeports, ..
Il n'y a pas de trace d'agglomération d'importance sur la butte de Clermont ou même sur le reste du territoire de la commune.
Époque romaine
vignette|Portion du mur des Sarrasins, vestige du temple romain de Vasso-Galate.
Augustonemetum (le sanctuaire d'Auguste, empereur romain) est une ville neuve qui aurait été créée au cours du sur la butte centrale qui forme aujourd'hui le centre ancien de Clermont-Ferrand.
Pendant la période romaine, la ville se développe et sa population est alors estimée de à au ce qui fait d’elle une grande ville de la Gaule romaine.. Le forum formant le centre de la cité d'Augustonemetum était situé à l'emplacement actuel de la place de la Victoire comme l'attestent notamment les dernières opérations archéologiques... Augustonemetum connaît une phase d’extension qui se termine au milieu du .
, alors que le christianisme s'implante, la population n'est plus estimée qu'à environ 700 habitants. La ville prend à cette époque le nom d'Arvernis, prenant ainsi le nom du peuple dont elle est la capitale, les Arvernes. Les fortifications sont à l'époque percées de cinq portes qui existeront durant tout le Moyen ÂgeÉvolution géographique de Clermont-Ferrand, Corinne Dalle et Jean-Michel Viallet, Archives départementales du Puy-de-Dôme.. Les restes de la ville antique sont abandonnés à la ruine ou réduits à l'état de petits faubourgs comme celui de Fontgiève.
Les Wisigoths assiègent plusieurs fois Clermont entre 471 et 475. Malgré la défense du patrice Ecdicius et de l’évêque Sidoine Apollinaire, la ville est cédée aux Wisigoths par l’empereur Julius Nepos et intégrée avec toute la région au royaume wisigoth jusqu’en 507.
Au milieu du , l'évêque saint Namace s'installe dans la ville.
Moyen Âge vignette|Le prêche du pape Urbain II au concile de Clermont. Miniature de Jean Colombe, extraite des Passages d'outremer, vers 1474, BNF, Fr.5594.
. Á la sortie du Bas-Empire romain, la ville est recroquevillée dans une enceinte de seulement 3 hectares percée de 5 portes..
En 761, Pépin le Bref pille l' (la ville des Arvernes) et prend sa forteresse (le château du mont clair). Au fil du temps, la ville prend dans le langage oral un nom dérivé de celui de la forteresse, Clermont, même si officiellement le nom Arvernis restera longtemps utilisé, comme en témoignent encore les deniers du .. . Clermont aurait été ravagée par les Normands du chef Hasting en 862.. L’évêque Sigon entreprend sa reconstruction, mais elle est de nouveau ravagée en 898 ou 910 (la date n’est pas connue avec précision) : seule la tradition moderne accorde crédit à ces hypothèses, tant les sources médiévales manquent et les chroniques carolingiennes ont donné lieu à surinterprétation.
L’évêque Étienne II fait bâtir une cathédrale romane; du moins la consacre-t-il à une date indéterminée mais que la tradition locale place en 946 à l’emplacement de la cathédrale actuelle. Elle sera détruite lors de la construction de la cathédrale gothique actuelle.
En 1095, lors du concile de Clermont, le pape Urbain II prêche la première croisade. Aucune des chroniques relatives à la prédication et au concile ne fait état du lieu où il s'est réuni. Les différentes hypothèses (cathédrale romane, église Notre-Dame-du-Port, place de Jaude) ne sont pas autrement fondées. Durant le concile, il excommunie Philippe , organise la trêve de Dieu et lance la croisade. vignette|Le pape Urbain II prêchant la première croisade sur la place de Clermont, tableau de Francesco Hayez (1835). En 1099, l’élection de l’évêque par les chanoines est confirmée par le pape Pascal II. Il fait battre monnaie à partir de 1030 et son domaine s’étend sur un large territoire.
En 1120, pour contrecarrer le pouvoir des évêques, les comtes d’Auvergne fondent à proximité de la ville épiscopale la cité de Montferrand selon un plan orthogonal qui n'est pas sans rappeler celui, ultérieur, des bastides du Sud-Ouest, ces villes nouvelles du Midi. Pendant tout le Moyen Âge et jusqu’à l’époque moderne, Clermont et l’actuel quartier de Montferrand sont deux villes distinctes : Clermont est la cité épiscopale, Montferrand, la ville comtale.
En 1122, le comte Guillaume VI s’empare de Clermont, mais l’évêque Aimeri fait appel au roi Louis VI qui envoie une armée reprendre la ville. En 1126, l’évêque renouvelle son appel et le comte en appelle au duc d’Aquitaine Guillaume X. En 1149, le comte Guillaume VII fait appel au duc d’Aquitaine pour lutter contre son oncle qui appelle le roi de France. À partir de 1154, l’Aquitaine passe sous la suzeraineté de l’Angleterre par le mariage d’Henri II et d’Aliénor.
En 1130, Innocent II condamne à Clermont l’antipape Anaclet II, il en va de même pour le pape Alexandre III en 1162.
En 1189, le traité d’Azay-le-Rideau entre Philippe Auguste et Henri II fait passer la suzeraineté de l’Auvergne aux Capétiens. La franchise de Clermont est prononcée en 1198 par l’évêque qui garantit des libertés.
En 1202, le comte Guy II abandonne à l'évêque les droits qu'il possède sur la cité de Clermont. Désormais et jusqu'au milieu du , l'évêque et le chapitre cathédral sont les maîtres de la ville. Les trois juridictions sont ecclésiastiques, entre les mains de l'évêque (justice correspondant approximativement à l'actuelle partie occidentale de la commune de Clermont-Ferrand), du chapitre cathédral (justice personnelle, non territoriale, exercée par les chanoines sur le chapitre et sur leurs dépendants) et de l'abbé de Saint-Alyre (petite justice abbatiale enclavée dans celle de l'évêque). vignette|La ville de Clermont en 1450. Armorial d'Auvergne de Guillaume Revel. En 1221, une armée commandée par Cadoc, Guy de Dampierre et Renaud de Forez est confié par Philippe Auguste, dans le but d’occuper les terres du comte de Guy II, qu’il perd en totalité. L’évêque se voit garantir les possessions de ses fiefs comme Clermont. En 1241, les territoires comtaux sont administrés par des représentants du royaume, jusqu’en 1270, ils sont donnés en apanage à Alfonse de Poitiers, frère de Saint-Louis.
À partir de 1248 commence le chantier de la cathédrale gothique, qui se poursuit au siècle suivant. En 1250 et 1251, un conflit oppose les habitants de Clermont qui souhaitaient s’administrer et l’évêque parti en croisades, et qui en appelle à son retour au Parlement de Paris, avec gain de cause. En 1255, un nouveau conflit éclate, ainsi qu’en 1261 et 1291.
En 1315, l’atelier monétaire de Clermont cessa de fonctionner. À partir de 1356 et jusqu’au milieu du , la région de Clermont est touchée par la guerre de Cent Ans, sans que la ville ne soit assiégée ou prise. Des multiples escarmouches entre brigands et population marquent la période. A la fin du , la ville se trouve entourée d'un grand rempart agrémenté de multiples tours et percé d'une dizaine de porte.
En 1439, la région se révolte durant la Praguerie. En , par ses lettres patentes, le roi Louis XI crée un consulat à ClermontLettres patentes de Louis XI, La Motte-d'Égry, août 1480. La ville est exemptée du paiement de la taille et accueille 4 foires. En 1485, le consulat est supprimé du fait de la guerre folle.
Le , la ville de Clermont subit de gros dommages à cause d’un tremblement de terre. Douze tours de l’enceinte s’effondrent totalement ou partiellement ainsi qu'une tour de la basilique Notre-Dame-du-Port. La cathédrale subit également des dommages. (Une fissure sur le portail sud est toujours visible). C'est à ce jour le plus important séisme connu en Auvergne.
vignette|Hôtel Savaron, construit au . La ville de Clermont n'est que peu touchée par les Guerres de religion.
Jacques d’Amboise, évêque de Clermont de 1505 à 1516, frère du cardinal Georges d'Amboise, dont on connaît le goût pour l'art de la Renaissance italienne, fit réaliser la fontaine d'Amboise à partir de 1511 par le sculpteur Chapart.
En 1513 Hugues Savaron, conseiller du roi François , deuxième consul de Clermont, et son épouse Françoise Terrisse, font construire l'hôtel Savaron situé 3 rue des Chaussetiers.
En 1551 sous Catherine de Médicis, la ville passe sous contrôle direct de la royauté, l’évêque perdant ses prérogatives en dehors des affaires religieuses. Une sénéchaussée est mise en place à Clermont. En 1552, le consulat est rétabli, et en 1556, Henri II transforme l’administration de Clermont en échevinage le (4 échevins puis 3 en 1559).
En 1557, Clermont reçoit le titre de Chef et ville capitale du pays d’Auvergne alors que Riom devient Chef du duché d'Auvergne et pays pour l’exercice de la justice prenant ainsi l’avantage pour les fonctions judiciaires. Cependant, la création, en 1582 à Clermont, d’un présidial de dix magistrats rétablit l’équilibre.
Blaise Pascal naît à Clermont en 1623 où il vit jusqu’en 1655.
Le , l’édit de Troyes ( d’Union) rassemble autoritairement Clermont et Montferrand. Cette union est confirmée en 1731 par Louis XV avec le d’Union. La Cour des aides est transférée de Montferrand à Clermont.
Au de nombreux couvents sont créés dans les environs de Clermont et les remparts de la grande enceinte du moyen-age sont détruits.
En 1789, la région de Clermont est représentée aux États généraux par : Jean-François Gaultier de Biauzat et Jean-Antoine Huguet pour le tiers état. Le comte de Montboissier pour la noblesse. L’évêque François de Bonal pour le clergé.
En 1801, la fontaine de la Pyramide est érigée.. En 1807, le nouveau théâtre de Clermont-Ferrand est inauguré. En , Clermont-Ferrand est occupée par les troupes autrichiennes.