SOAPdenovo est un logiciel d'assemblage de novo de courtes séquences d'ADN produites par un séquenceur de gènes Illumina GA. Cet outil fait partie de la suite logicielle SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package)BGI Americas Bioinformatics Software.
Historique SOAPdenovo a été développé en 2009 par l'Institut de génomique de Pékin. Ce logiciel a été utilisé pour la première fois dans un projet visant à assembler de novo la séquence du génome humain, et ce, de manière rapide et économiqueLi R, Zhu H, Ruan J et al., De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing. Genome Research Fév 20(2), 2009, .. Le même logiciel fut utilisé un an plus tard pour assembler, de la même façon, le génome du panda géantLi R, Fan W, Tian G et al. (2010) The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature 463:311-317..
Notes et références
Voir aussi Bio-informatique Génomique Séquençage de l'ADN
Liens externes (en) Beijing Genomic Institute (en) Illumina Genome Analyser
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