Lhistoire navale du Japon remonte aux premières interactions avec les États du continent asiatique dans les premiers siècles du Ier millénaire, atteignant un pic pré-moderne d'activité au cours du , du temps du rapprochement culturel avec les puissances européennes et de l'important commerce avec le continent asiatique. Après plus de deux siècles de politique d’isolement sous le shogunat Tokugawa, les techniques navales du Japon s'avèrent ne pas être à la hauteur des marines occidentales lorsque le pays est contraint d'abandonner ses pratiques de restrictions maritimes par l'intervention américaine de 1854. Ceci et d'autres événements conduisent à la restauration de Meiji, période de modernisation et d'industrialisation effrénée accompagnée par le retour au premier plan de l'empereur, permettant à la marine impériale japonaise de devenir la troisième marine du monde en 1920, et sans doute la plus moderne au seuil de la Seconde Guerre mondiale.
L'histoire des succès de la marine impériale japonaise, parfois contre de beaucoup plus puissants adversaires comme lors de la première guerre sino-japonaise et de la guerre russo-japonaise de 1904/1905, prend fin avec son anéantissement presque complet en 1945 contre l'United States Navy et sa dissolution officielle à la fin du conflit. L'actuelle marine militaire du Japon est la force maritime d'autodéfense japonaise insérée dans les forces japonaises d'autodéfense. Elle reste l'une des meilleurs marines dans le monde en termes de budget mais est interdite de tout rôle offensif par la constitution du Japon et l'opinion publique.
Préhistoire Le Japon semble avoir été relié à la masse asiatique au cours du dernier âge de glace jusqu'à environ avant notre ère, à la fois en raison de la glaciation de l'eau de mer et de la réduction concomitante du niveau de la mer d'environ . Cela a permis la transmission de la faune et de la flore, y compris l'établissement de la culture Jōmon. Après cette période, cependant, le Japon devient un territoire insulaire isolé, dépendant entièrement de l'activité navale intermittente de ses interactions avec le continent. La voie maritime la plus courte vers le continent (en plus de l'inhospitalière voie du nord de Hokkaidō à Sakhaline) comprend alors deux étendues d'eau d'environ de large entre la péninsule Coréenne et l'île de Tsushima, puis de Tsushima à la grande île de Kyūshū.
Diverses influences ont également été suggérées en provenance de l'océan Pacifique comme divers traits culturels et même génétiques semblent indiquer de partielles origines océaniques, peut-être en relation avec l'expansion des Austronésiens.
Début de la période historique Des visites des ambassadeurs au Japon par les tardives dynasties chinoises du Nord Wei et Jin (Rencontres des Barbares de l'Est, chroniques Wei) rapportent que certains Japonais prétendent être les descendants de Taibo de Wu, réfugiés après la chute de l'État Wu au Les textes historiques contiennent des données relatives à l'envoi par Taibo de et au Japon .
Période Yayoi Les premiers grands contacts navals ont lieu durant la période Yayoi au cours du , quand la riziculture et la métallurgie sont introduites en provenance du continent.
L'incursion de 14 AD dans Silla (新 罗, Shiragi en japonais), l'un des Trois Royaumes de Corée, est l'action militaire japonais la plus ancienne enregistrée dans le Samguk Sagi. Selon ce document, Wa (nation proto-japonaise) envoie une centaine de navires et mène une incursion sur la zone côtière de Silla avant d'être chassés.
Période Yamato Au cours de la période Yamato, le Japon entretient une intense interaction navale avec le continent asiatique, en grande partie centrée sur la diplomatie et le commerce avec la Chine, les royaumes coréens et d'autres pays du continent, depuis au plus tard le début de la période Kofun au . Selon le Nihon Shoki, l'impératrice Jingū aurait envahi la Corée au et serait rentrée victorieuse après trois ans. Mais aucune preuve archéologique n'est disponible pour authentifier cette prétention.
La bataille de Hakusukinoe (白村江), l'un des premiers événements historiques de l'histoire navale du Japon, en dehors du domaine de la légende ou du mythe, a lieu en 663. Le Japon envoie et peut-être jusqu'à en Corée pour soutenir le royaume déclinant de Baekje (百済国) contre Silla et la dynastie Tang de Chine. Les Japonais sont vaincus par les forces combinées des T'ang-Silla.
Période médiévale vignette|Bataille de Dan-no-ura en 1185. Les batailles navales de très grande ampleur disputées entre les clans japonais et impliquant plus de navires de guerre sont documentées depuis le . La bataille décisive de la guerre de Genpei, et l'une des plus célèbres et importantes batailles navales de l'histoire pré-moderne japonaise est la bataille de Dan-no-ura de 1185, livrée entre les flottes des clans Minamoto et Taira. Ces batailles consistent d'abord en échanges de tir à l'arc à longue portée, puis cèdent la place à des combats au corps à corps avec des épées et des poignards. Les navires sont utilisés en grande partie comme des plates-formes flottantes pour ce qui relève largement des tactiques de mêlée terrestres.
Invasions mongoles (1274–1281) vignette|Samouraï abordant des navires mongols en 1281. Mōko Shūrai Ekotoba (蒙古襲来絵詞), circa 1293. Les premières références majeures à des actions de la marine japonaise contre d'autres puissances asiatiques apparaissent dans les comptes-rendus des invasions mongoles du Japon par Kublai Khan en 1281. Le Japon ne dispose pas de marine qui puisse sérieusement contester la marine mongole, aussi la plupart de l'action se déroule-t-elle sur le sol japonais. Des groupes de samouraï, transportés sur de petits bateaux côtiers, sont censés avoir arraisonné, saisi et brûlé plusieurs navires de la marine mongole.
Piraterie Wakō ( au siècle)
Au cours des siècles suivants, les pirates wakō deviennent très actifs et pillent les côtes de l'empire chinois. Bien que le terme wakō se traduise directement par « pirates japonais », les Japonais sont à cette époque loin d'être les seuls marins à harceler les navires et les ports en Chine et dans d'autres parties de l'Asie, ainsi le terme désigne-t-il aussi avec plus de précision ces non-Japonais. Le premier raid documenté de wakō se produit à l'été 1223 sur la côté Sud de Goryeo. Au plus fort de l'activité des wakō vers la fin du , des flottes de 300 à 500 navires, transportant plusieurs centaines de cavaliers et plusieurs milliers de soldats, mènent des attaques contre la côte de la Chine. Pendant le demi-siècle qui suit, prenant la mer principalement de l'archipel des îles Iki et de Tsushima, ils s'engouffrent dans les régions côtières de la moitié sud de Goryeo. Entre 1376 et 1385, pas moins de 174 cas de raids de pirates sont enregistrés en Corée. Toutefois, lorsque la dynastie Joseon est fondée en Corée, les wakō enregistrent une massive défaite dans un de leurs principaux ports d'attache de Tsushima pendant l'invasion Ōei. L'activité des wakō prend fin pour l'essentiel au cours des années 1580 lors de son interdiction par Toyotomi Hideyoshi.
Des missions commerciales officielles comme celle des Tenryūji-bune, sont également envoyées en Chine vers 1341..
Période Sengoku () vignette|Navire de guerre côtier japonais atakebune du . Divers clans de daimyo entreprennent d'importants efforts de construction navale au cours du , pendant la période Sengoku, quand les dirigeants féodaux en lice pour la suprématie construisent de vastes flottes côtières de plusieurs centaines de navires. Les plus grands de ces navires sont appelés atakebune. À cette époque, le Japon semble avoir développé l'un des premiers navires de guerre cuirassé de l'histoire lorsque Oda Nobunaga, un daimyo, fait construire en 1576 six Ō-atakebune (« grands atakebune ») recouverts de fer. Ces bâtiments, appelés , littéralement « navires blindés de fer », sont armés de nombreux canons et de fusils à grands calibre pour vaincre les grands, mais faits de bois, navires de l'ennemi. Avec ces navires, Nobunaga défait la flotte du clan Mōri à l'embouchure de la rivière Kizu, près d'Osaka en 1578, et entame avec succès un blocus naval. Les O- atakebune sont considérés comme des forteresses flottantes plutôt que de véritables navires de guerre cependant, et ne sont employés que pour les actions côtières.
Contacts avec les Européens
vignette|380px|Navires Nanban arrivant au Japon pour commercer ; peinture du . Les premiers Européens atteignent le Japon en 1543 sur des jonques chinoises et les navires portugais commencent à arriver au Japon peu de temps après. À cette époque, il existe déjà des échanges commerciaux entre le Portugal et Goa (depuis environ 1515), consistant en 3 ou 4 caraques prenant la mer à Lisbonne avec de l'argent pour acheter du coton et des épices en Inde. Parmi celles-ci, une seule se rend en Chine afin d'acheter de la soie, également en échange d'argent portugais. En conséquence, la cargaison des premiers navires portugais (habituellement environ 4 navires de plus petite taille chaque année) arrivant au Japon est presque entièrement composée de produits chinois (soie, porcelaine). Les Japonais sont très désireux d'acquérir ces biens, mais tout contact avec eux est interdit par ordre de l'empereur de Chine, en punition pour les attaques des pirate wakō. Les Portugais (qui sont appelés Nanban, littéralement « Barbares du Sud ») trouvent donc la possibilité d'agir comme intermédiaires dans le commerce asiatique.
vignette|230px|Caraque portugaise à Nagasaki, . Depuis l'époque de l'acquisition de Macao en 1557 et leur reconnaissance officielle en tant que partenaires commerciaux par les Chinois, les Portugais ont commencé à réglementer le commerce au Japon en vendant au plus offrant la « capitainerie » (ito wappu) annuelle au Japon, conférant de facto des droits commerciaux exclusifs pour une seule caraque à destination du Japon tous les ans. Les caraques sont de très grands navires, généralement entre , soit environ le double ou le triple de la taille d'un gros galion ou d'une jonque.
Ce commerce se poursuit avec quelques interruptions jusqu'en 1638, quand il est interdit au motif que les prêtres et les missionnaires associés aux commerçants portugais sont perçus comme une menace pour le pouvoir du shogunat et la stabilité de la nation.
Le commerce portugais est de plus en plus contesté par les contrebandiers chinois, les navires au sceau vermillon japonais à partir d'environ 1592 (une dizaine de navires chaque année), les navires espagnols de Manille à partir de 1600 (environ un navire d'un an ), les Pays-Bas en 1609 et les Anglais à partir de 1613 (environ un navire par an). Quelques Japonais voyagent aussi à l'étranger sur des navires étrangers, tels Christopher et Cosmas qui traversent le Pacifique sur un galion espagnol dès 1587, puis naviguent en Europe avec Thomas Cavendish.
Les Hollandais, qui, plutôt que Nanban, sont appelés littéralement « cheveux rouges » par les Japonais, arrivent au Japon en 1600 à bord du Liefde. Leur pilote est William Adams, premier Anglais à atteindre le Japon. En 1605, deux membres de l'équipage du Liefde sont envoyés à Patani par Tokugawa Ieyasu, pour inviter les commerçants hollandais au Japon. Le chef du poste de commerce hollandais à Pattani, Victor Sprinckel, refuse au motif qu'il est trop occupé avec l'opposition portugaise en Asie du Sud-Est. En 1609, cependant, le Néerlandais Jacques Specx arrive avec deux navires à Hirado, et par Adams obtient du shogun Ieyasu des privilèges de négociation.
Les Hollandais s'engagent aussi dans la piraterie et le combat naval afin d'affaiblir la navigation portugaise et espagnole dans le Pacifique, et, finalement, deviennent les seuls Occidentaux à avoir accès au Japon. Pendant deux siècles, à compter de 1638, ils sont confinés dans l'île de Dejima dans le port de Nagasaki.
Invasions de la Corée et des Ryūkyū