L'Agence française pour la biodiversité (AFB) était un établissement public à caractère administratif français créé par la loi sur la reconquête de la biodiversité du .. Elle s'inscrivait dans la volonté de mutualisation et de simplification administrative des gouvernements qui l'avaient mise en place. Elle regroupait l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (Onema), l'Établissement public des parcs nationaux, l'Agence des aires marines protégées et le groupement d'intérêt public ATEN, soit environ (dont 900 de l'Onema).

Elle était organisée en trois pôles géographiques, qui étaient les anciens sièges des établissements fusionnés : Brest pour le pôle marin, Montpellier pour le pôle scientifique et la mission communication et Vincennes pour le siègeArrêté du 4 janvier 2017 fixant le siège de l'Agence française pour la biodiversité. Son statut, ses missions et moyens étaient encadrés par la loi sur la biodiversité« L'Agence nationale de la biodiversité sur les rails pour début 2015 », L'Express/AFP, 17/12/2013. et par un décret du .

La loi 2019-773 du portant création de l'Office français de la biodiversité et de la chasse a fusionné l'Agence française pour la biodiversité et l'Office national de la chasse et de la faune sauvage, avec effet au au sein du nouvel Office.

Histoire Agence de la nature L'administration a produit en 2010 une analyse de la stratégie nationale (bilan et perspectives, évolutions possibles de la stratégie nationale (SNB) élaborée en 2004 et de sa gouvernance, et recommandations sur la cohérence du dispositif global, dans la perspective de sa révision en 2011)Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture de l’environnement et des espaces ruraux (CGAAER), conseil général du développement durable CGEDD, La stratégie nationale pour la biodiversité : bilan et perspectives, juin 2010.

En , l'Inspection générale des finances et le CGEDD, à la demande du ministre chargé de l'environnement, ont produit un rapport commun sur l'organisation des acteurs et des structures chargées des politiques de préservation de la biodiversité, qui propose notamment une Agence nationale de la natureMichel Badré et Jean-Philippe Duranthon, Rapport () intitulé « Mission sur l'évolution de l'organisation des opérateurs publics en matière de protection de la nature », publié par la documentation française, écrit par l'Inspection générale des Finances et le Conseil général de l'environnement et du développement durable, juillet 2010, PDF, 112 pages. Ce rapport devait étudier l'opportunité de créer un établissement public des espaces naturels protégés, qui pourrait être intitulé , pour . Cette demande faisait suite à un des constats du Grenelle de l'environnement qui était qu'aucun dispositif n'a été mis en place par l'État pour coordonner les actions des organismes chargés de l'inventaire, du monitoring, de la cartographie, de la gestion, la restauration ou la protection de la biodiversité, avec celles des autres acteurs : collectivités territoriales, associations, responsables économiques.

Le rapport conclut que l'organisation actuelle (en 2010) . Le rapport recommande la création d'une agence unique qui , constituée . Le rapport suggère aussi de redéfinir - nationalement et régionalement - le dispositif de préparation concertée des décisions relatives à la biodiversité, avec un comité national et un comité unique par région, inspiré du « Grenelle à cinq » (associant l'État, les collectivités et parties prenantes), au lieu des instances multiples consultatives actuelles, qui prépareraient .

Depuis 2006, l'UICN France appelle une telle agence et un système de gouvernance de la biodiversité de ses vœux, notamment dans une déclaration de faite lors du Congrès français de la naturerapport de l’UICN sur la gouvernance de la biodiversité (2006) divers autres éléments historiques sur des propositions d’organisation des opérateurs de la biodiversité, de même que la fondation Terra novaAude Auroc, Maud Lelièvre, Jule Vertin, « Biodiversité. Prendre soin de la nature : un investissement pour l'avenir ». Projet ..

Première préfiguration de l'Agence pour la biodiversité L'Agence compte parmi les chantiers lancés par le président François Hollande lors de la conférence environnementale de septembre 2012 où Hubert Reeves, président de l'association « Humanité et Biodiversité », appelle aux côtés de responsables syndicalistes, d'associations d'élus et d'ONG, dont la Fondation Nicolas-Hulot, à doter cette agence de réels moyens d'action.

Mission de préfiguration Fin 2012Lettre de commande et cadrage pour une mission de préfiguration, de Madame Delphine Batho, ministre de l’écologie, datée du 3 décembre 2012, la préfiguration de cette Agence a été confiée. à un binôme composé d'un haut fonctionnaire et d'un scientifique: Jean-Marc Michel, ingénieur général des ponts, des eaux et des forêts, directeur général de l'aménagement et du logement, et de la nature, et Bernard Chevassus-au-Louis, Agrégé de sciences naturelles, Docteur en sciences, Inspecteur général, membre du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux et notamment animateur de deux programmes de l’Agence nationale de la recherche, sur les « Impacts des OGM » et sur « Agriculture et développement durable »CGEDD, Bernard Chevassus-au-Louis (fiche présentation du colloque Risque & expertise). Début 2013, la ministre engage sa création par la Loi cadre sur la biodiversité, avec des missions .

En , un rapportJeanMarc Michel Bernard Chevassus-au-Louis, Rapport de Préfiguration d’une Agence Française de la Biodiversité Directeur général de l’Aménagement, du Logement et de la Nature Inspecteur Général de l’Agriculture février 2013, La Documentation française, lien de téléchargement de préfiguration est rendu par la mission, portant sur le rappel des enjeux de la biodiversité et l'opportunité de créer une agence, la comparaison européenne (à travers deux exemples : le Joint Nature Conservation Committee au Royaume-Uni et le Bundesamt für Naturschutz en Allemagne), l'analyse des missions, le périmètre et son organisation, et les ressources financières de la future agence.

Premier rapport de préfiguration Le rapport propose que l'agence ait un statut de GIP pour officialiser l'implication des acteurs et l'inscrire avec une certaine stabilité dans le temps long ( sans faire nécessairement , sans exclure de possibles conventions bilatérales (ou de filiales communes) pour gérer des opérations spécifiques.

Sa gouvernance pourrait s'inspirer des propositions (2012) du rapport du préfet Dominique Schmitt sur la gouvernance globale de la biodiversité, avec un « Comité national de la biodiversité » d'acteurs publics et privés, à distinguer clairement du Conseil d'administration de l’Agence.

La composition du CNPN serait modifiée pour n’y retenir que des experts à titre individuel, et la fusion du CNPN avec le CSPNB (Conseil scientifique du patrimoine naturel et de la biodiversité) a été proposée pour créer un unique « Conseil scientifique et technique de la biodiversité ». Le projet d'Agence a été présenté le par ses deux préfigurateurs aux députésAssemblée nationale (2013), Compte rendu d'audition de Bernard Chevassus-au-Louis, copréfigurateur du projet d'Agence à l'assemblée nationale, sous la présidence de M. Jean-Paul Chanteguet (21 p, 20 février 2013), Compte rendu . Les préfigurateurs proposent qu'elle soit financée à la manière du fonds français pour l'environnement mondial, un fonds d'intervention capitalisé pour quatre ou cinq ans, puis réabondé au fur et à mesure de la consommation de ses crédits dans le cadre de ses missions. En 2014, le ministère de l’Écologie annonce trois sources de financement : le budget actuel de l’Agence des aires marines protégées, des taxes touchées par les Agences de l’eau, et le programme investissements d’avenir (en complément des 210 millions €/an des deux sources ci-dessus). L'Onema dispose de son propre budget, mais qui a été diminué de 70 millions d'euros fin 2016Projet de loi de finances rectificative pour 2016 (voté en décembre 2016).

Suites du premier rapport de préfiguration Le Conseil national sur la transition écologique (CNTE) (conseil consultatif associant des représentants d'employeurs, de syndicats, d'ONG et d'élus) a validé à une large majorité le projet de loi qui institue cette agence, avec pour , (, du Medef, CGPME, UPA, FNSEA et des chambres d'agriculture avaient demandé un report du scrutin, puis ont voté contre, ainsi que Force ouvrière).

Le projet d'abord annoncé pour l'automne 2013, a été repoussé pour être examiné au Conseil des ministres de « fin février ou début mars » 2014 pour être opérationnel début , mais le projet n'a pas pu se concrétiser à cette échéance.

Seconde préfiguration de l'Agence pour la biodiversité En Ségolène Royal, alors ministre de l’Écologie, nomme 3 nouveaux préfigurateurs de la future agence française pour la biodiversité Olivier Laroussinie, directeur de l’Agence des aires marines protégées, Gilles Bœuf, président du Muséum national d'histoire naturelle et Annabelle Jaeger, conseillère régionale PACA et présidente de l’Agence régionale pour l’environnement et l’écodéveloppement..

Fin , les préfigurateurs remettent à la ministre le rapport de la mission, y précisant ..

Selon le second rapport de préfiguration, l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) — comme l'Office national des forêts (ONF) — ne sont pas inclus dans cette agence. L'AFB regroupera à compter du les 1 200 agents de quatre organismes existants..

Passage au Parlement

Premier passage à l'Assemblée L'Assemblée nationale a voté le la création de l'Agence française pour la biodiversité, élément central du projet de loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages.

Soulignant que 80 % de la biodiversité française se situe outre-mer, les élus ultramarins se sont battus pour qu'une place plus importante lui soit accordée dans l'AFB. Finalement, les députés ont voté à la quasi-unanimité un amendement UDI augmentant de 39 à 44 le nombre de membres du conseil d'administration de l'agence et attribuant ces cinq sièges supplémentaires à des représentants « de chacun des cinq bassins écosystémiques ultramarins ».

Passage au Sénat Devant passer à l'origine en au Sénat., et après plusieurs reports. ayant fait réagir les organisations de protection de l'environnement.., le projet de loi contenant la création de la future Agence a finalement été voté fin par les sénateurs..

Les sénateurs ont adopté plusieurs amendements qui renforcent la place des collectivités : à la place d'un conseil d'administration composé de 44 membres comme proposé par l'assemblée, les sénateurs ont préféré une répartition en 4 collèges dont un pour les représentants des collectivités locales et leurs groupements.. De plus, il a été décidé que l'AFB se doit de « coordonner ses actions avec celles menées par les collectivités territoriales dans des domaines d'intérêt commun » et peut mettre en place des organismes de collaboration pérennes (sous forme « d'établissement publics de coopération environnementale ») visant à la réalisation des objectifs nationaux dans le domaine de l'environnement.

Pour les associations de protection de l'environnement, le fait que l'Agence n'inclue pas l'Office national de la chasse et de la faune sauvage en fait « une agence unijambiste sans compétence sur la biodiversité terrestre ».. La ministre a justifié ce choix par les missions de l'Office, excédant largement la biodiversité.. Les associations estiment par ailleurs que le budget de fonctionnement de d'euros , soit la somme du budget des quatre établissements concernés, est largement insuffisant et doit être complété par millions d'euros de crédits d'intervention.

Second passage à l'Assemblée Les , 2, et , le texte de la loi est débattu en commission du développement durable, puis en séance publique du 15 au ..