thumb|Placements initiaux à la bataille de Lépante L'ordre de bataille des flottes de la Sainte Ligue et des Ottomans décrit la composition de chacune des flottes et l'ordre dans lequel ces flottes ont été engagées. Chaque fois que l'information existait dans les sources pour chaque navire est donnée son origine et son capitaine.
La flotte chrétienne, de ( et ), est composée des flottes combinéesEdmond Jurien de la Gravière, La guerre de Chypre et la bataille de Lépante, édition 1951, réédition 2011, Éditions Laville, collection Batailles essentielles : mémoire des peuples, : vénitienne ( dont les , sous des appellations diverses, en dehors de Venise, celles d'anciennes possessions prises par les Ottomans : La Canée, Candie, ou de villes en pleine terre : Padoue, Bergame, etc.) ; espagnole ( sous les drapeaux d'Espagne, de Naples, de Sicile) ; génoise (publique - - et privées - ) ; du duché de Savoie () ; pontificale () ; des Hospitaliers de Malte ().
La Sainte Ligue, est composée des flottes combinées pontificales, espagnoles et vénitiennes avec des contributions de Gênes, d’autres États de la péninsule italienne, du duché de Savoie qui y envoie les trois galères de Nice, et des Hospitaliers. L'Espagne est représentée par Naples (), l'Espagne elle-même () et la Sicile (). Elle est commandée par le jeune infant Juan d'Autriche (), fils naturel de Charles Quint et demi-frère du roi d'Espagne Philippe II — qui s'avère être un excellent commandant. Il est très bien secondé au centre par le Vénitien Veniero, à l'aile gauche par le Vénitien Agostino Barbarigo, en réserve par l'Espagnol Álvaro de Bazán. En revanche, le comportement du Génois Giovanni Andrea Doria sera mis en cause et très critiqué, ses qualités d'amiral n'étant cependant pas douteuses : c'est lui qui a laissé s'échapper quelque ottomanesVoir entre autres: Niccolo Capponi:"La lega santa contro l'impero ottomano", Il Saggiatore-Tascabili- 2010, Appendice . Il oublie dans cette annexe de compter les 6 galéasses vénitiennes qu'il énumère pourtant.
Soldats chrétiens à bord : , , , , , aventuriers.
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Composition et ordre de bataille de la Sainte Ligue Avant-garde Sept galères commandées par Don Juan Cardonna Santa-Maddalena (Venise) - Marino Contarini Le Soleil (Venise) - Vincezzo Quirini La patrone (Sicile) La capitane (Sicile) - Juan Cardona La capitane de Saint-Jean (Sicile) - David Impériale Santa-Catherina (Venise) - Marco Cogogna Notre-Dame (Venise) - Pier-Francesco Malipiéro
Aile gauche 53 galères et 2 galéasses commandées par Agostino Barbarigo première capitane (Venise) - Agostino Barbarigo, provéditeur général de la flotte vénitienne deuxième capitane (Venise) - Antonio de Canale, provéditeur de la flotte vénitienne La Fortune (Venise) - Andrea Barbarigo Le Sagitaire (Naples) - Martino Pirola Les Trois Mains (Venise) - Giorgio Barbarigo Les Deux Dauphins (Candie) - Francesco Zeni Le Lion et Phénix (La Canée) - Francesco Mengano Le San-Nicolas (Cherso) - Colane Drascio La Victoire (Naples) - Occava di Rocadi La Lomellina (Naples) - Agostino Cancuali La Reine (Pape) - Fabio Valicati La Madone (La Canée) - Filipo Polani Le Cheval marin (Candie) - Antonio di Cavalli Les Deux Lions (Candie) - Nicolo Fradello Le Lion (Capo d'Istria) - Domenico del Tacco en avant de la ligne, première galéasse ( - ? - ) - Ambrogio Bragadino La Croix (Céphalonie) - Marco Cimera La Sainte-Vierge (Céphalonie) - Christoforo Criffa Le Lion (Candie) - Francesco Bonvecchio Le Christ (Candie) - Andrea Cornaro L'Ange (Candie) - Giovani Angelo La Pyramide (Candie) - Francesco Boni La Dame au cheval armé (Candie) - Antonio Endominissi Le Christ ressuscité (Venise) - Simon Guoro Le Christ ressuscité (Venise) - Frederigo Renieri Le Christ (Corfou) - Christoforo Condocolli Le Christ ressuscité (La Canée) - Giorgio Calergi Le Christ (Venise) - Bartolomo Donato Le Christ ressuscité (Veglia) - Lodovico Cicuta galère (Retimo) - Nicolo Avonali Le Christ (Candie) - Giovanni Corneri Le Christ ressuscité (La Canée) - Francesco Zancaruoli La Ruade (La Canée) - Francesco Molini La Sainte-Euphémie(Bressa) - Horatio Fisogna La Marquise (Gènes) - Francesco San-Freda La Fortune (Gènes) - Giovani Alvigi Belvi Il Bravo (La Canée) - Danielo Calefatti Le Cheval Marin (Venise) - Antonio de Cavalli La Christ (La Canée) - Danelo Calefatti Le Bras (Venise) - Nicolo Lippomano Notre-Dame (Zante) - Nicolo Mondini Le Christ ressuscité (La Canée) - Feancesco Zancaruoli en avant de la ligne, deuxième galéasse ( - ? - ) - Antonio Bragadino Notre-Dame (Venise) - Marcantino Pisani Dieu le Père dans la Trinité (Venise) - Giovanni Contarini La Flamme (Naples) - Juan de las Cuevas Le Saint-Jean (Naples) - Garzia di Vergara L'Envie (Naples) - Teribio de Accaves La Brave (Naples) - Miguel Quesada Le Saint-Jacques (Naples) - Monferat Guardiola Le Saint-Nicolas (Naples) - Christoforo di Mongius Le Christ ressuscité (Venise) - Giovanni-Battista Querini L'Ange (Venise) - Onfré Giustiniani La Sainte-Dorothée (Venise) Polo Nani troisième capitane (Venise) - Marco Quirini, provéditeur de la flotte vénitienne
Corps de bataille 62 galères et 2 galéasses commandées par Don Juan d'Autriche la capitane de Lomellini ( - ? - ) - Paolo Giodano Orsino la patrone de Lomellini ( - ? - ) - Pietro-Battista Lomellini la capitane de Bendinelli ( - ? - ) - Bendinelli Sauli la patrone (Gènes) - Pellerano La Toscana (Pape) - Mettello Caracciolo L'Homme marin (Vicence) - Jacopo Draffrano Notre-Dame (Venise) - Giovanni Zeni Le Saint-Jérôme (Lesina) - Gio. Balzi Le Saint-Jean (Venise) - Petro Badoaro Le Saint-Alexandre (Bergame) - Gio. Antonio Colleone la capitane (Mari) - Giorgio d'Asti Il Tronco (Venise) - Girolamo Canale Le Mont Gibel (Venise) - Bertucci Contarini ''La Donzella (Candie) - Francesco Dandolo en avant de la ligne, troisième galéasse ( - ? - ) - Jacopo Guoro La Tempérance (Gènes) - Ciprian de Mari La Ventura (Naples) - Vincentio Pascalo La Roccaful (Espagne) - Roccaful La Vittoria (Pape) - Baccio de Pise La Piramide avec un chien ( - ? - ) - Marc-Antonio S. Uliana Le Christ (Venise) - Giralamo Contarini Le Saint-François (Espagne) - Christoforo Vasques La Paix (Pape) - Jacopo Ant. Perpignano La Perle (Gènes) - Gio. Battista Spinola La Roue avec un serpent (Venise) - Gabrio de Canale La Pyramide (Venise) - Francesco Boni La Palme (Venise) - Girolamo Veniero la capitane de Gil d'Andrada ( - ? - ) - Bernardo Cinoguera La Grenade (Espagne) - Paulo Bottino la capitane (Gènes) - Ettore Spinola et le prince de Parme la capitane (Venise) - Sébastien Veniero, capitaine général de la flotte vénitienne à la poupe de La Réale et de la capitane de Veniero, la patrone réale (Espagne) La Réale (Espagne) de Don Juan d'Autriche à la poupe de La Réale et de la capitane de Colonna, la capitane du grand commandeur de Castille la capitane (Pape) - Marcantonio Colonna, capitaine de sa Sainteté et lieutenant général de la Sainte Ligue la capitane (Savoie) - monseigneur de Leyni et le prince d'Urba La Grifona (Pape) - Alessandro Negrone Le Saint-Théodore (Venise) - Théodore Balbi La Mendoza (Naples) - Martino de Caide La Montagne (La Canée) - Alessandro Vizzamano Le Saint-Jean-Baptiste (Venise) - Gio. Mocenigo La Vottoria (Gènes) - Filipo Doria La Pisana (Pape) - Ercole Lotia La Fighiera (Espagne) - Diego Lopez d'Illianos Le Christ (Venise) - Giorgio Pisani Le Saint-Jean (Venise) - Sanielo Moro La Fiorenza (Pape) - Thomaso de Medici Le Saint-Georges (Naples) - Eugenio de Vargas la patrone (Naples) - Francisco de Benavides La Luna (Espagne) - Emmanuel de Aguilar Il Passaro (Venise) - Luigi Pasqualigo Le Lion (Venise) - Pietro Pisani Le Saint-Jérôme (Venise) - Gasparo Malipiero la capitane ( - ? - ) - Giorgio Grimaldi la patrone de David Impériale ( - ? - ) - Nicolo de Luvano Le Saint-Christophe (Venise) - Alessandro Contarini en avant de la ligne, quatrième galéasse - Francesco Duodo, capitaine des galéasses La Judith (Zante) - Marino Sicuro L'Armelino (Candie) - Pietro Grandenigo La Demi-Lune (Venise) - Valerio Valleresso La Doria (Gènes) - Jacopo di Casalo Le Saint-Pierre (Hospitaliers) - Saint-Aubin Le Saint-Jean (Hopitaliers) - Alvigi de Tessera la capitane (Hospitaliers) - Giustiniani, prieur de Messine
Aile droite 50 galères et 2 galéasses commandées par Giovanni Andrea Doria la capitane (Sicile) - Juan de Cadona (déjà cité) La Piemontaise (Savoie) - Ottavio Moretto la capitane de Nicolo Doria (Gènes) - Pandolfo Polidoro La Forze (Venise) - Rinieri Zeni La Reine (Candie) - Gio. Barbarigio Il Nino (Venise) - Paulo Polani Le Christ ressuscité (Venise) - Benedetto Soranzo L'Homme armé (Retimo) - André Calergi L'Aigle (Retimo) - André Calergi (ci-dessus) La Palme (Canée) - Jocopo di Mezo L'Ange (Corfou) - Stelio Carchiopulo Le Saint-Jean (Arbe) - Gio. De dominia La Donna (Traù) - Luigi Cipico La Nave (Venise) - Antonio Pasqualigo Notre-Dame (Candie) - Marco Foscarini en avant de la ligne, cinquième galéasse ( - ? - ) - Andrea da Cesaro La Christ (Candie) - Francesco Cornero Le San-Vittorio (Crema) - Evangelista Zurla la patrone de Grimaldi ( - ? - ) - Lorenzo Trecha la patrone de De' Mari ( - ? - ) - Antonio Cortiglia La Marguerita (Savoie) - Battaglino La Diane (Gènes) - Gio. Giorgio Lasagna La Cingana (Naples) - Gabrio di Medina La Luna (Naples) - Giulio Rubbio La Fortune (Naples) - Diego de Medrano L'Espérance (Naples) - Pietro di Bustro La Furie (Lomellini) - Jacopo Chiappe la patrone (Lomellini) - Giorgio Greco La Negrona (Negroni) - Nicolo de Costa La Bastarda (Negroni) - Lorenzo de Torre Il Fuoco (Candie) - Antonio Boni L'Aigle (Candie) - Girolamo Zorzi Le Saint-Christophe (Venise) - Andrea Troni Le Christ (Venise) - Marcantonio Lando L'Espérance (Candie) - Girolamo Cornaro Le roi Attila (Padoue) - Pataro Buzzacarini Le Saint-Joseph (Venise) - Nicolo Donato La Gusmana (Naples) - Francesco de Osedo La Determinada (Naples) - Juan de Agustina Carasa en avant de la ligne, sixième galéasse ( - ? - ) - Pietro Pisani La Sicilia (Sicile) - Francesco Amadei la patrone de Nicolo Doria ( - ? - ) - Giulo Centorioni L'Aigle (Corfou) - Pietro Bua Le San-Trifone (Cattaro) - Cirolamo Bisante La Tour (Vicence) - Lodovico da Porto La Santa-Maria (Pape) - Pandolfo S. Le Saint-Jean (Pape) - Angelo Bifali la patrone de Negroni - Luigi Gamba la capitane de Negroni - Gio. Ambrogio Negroni La Monarque (Gènes) - Nicolo Garibaldo La Donzella (Gènes) - Nicolo Imperiale la capitane (Génes) - Giovanni Andrea Doria
Arrière-garde et réserve 30 galères commandées par Don Alvaro de Bazan Le Saint-Jean (Sicile) - ? Le Baccana (Sicile) - Gio. Pietro de Morilo La Lionne (Naples) - ? La Constanza (Naples) - Pietro Delagia La Marchesa (Naples) - Gio. di Machada La Santa-Barbara (Naples) - Gio. de Achale Le Saint-André (Naples) - ? Le Santa Catalina (Naples) - Juan Ruiz de Velasco Le San-Bartholomeo (Naples) - ? Le San-Angelo (Naples) - ? La Terana (Naples) - Gio. de Riva de Neillino Le Christ (Venise) - Marco de Molino Les Deux Mains (Venise) - Gio. Loredano la capitane (Naples) - don Alvaro de Bazan, marquis de Santa-Cruz La Fede (Venise) - Gio. Battista Contarini La Colonna (Venise) - Catherino Malipiero La Maddalena (Venise) - Alvivgi Balbe La Donna (Venise) - Gio. Bembo Il Mondo (Venise) - Filippo Leoni L'Aspérance (Venise) - Gio. Battista Benedetti (Chypre) Le Saint-Pierre (Venise) - Pietro Badoaro Le Saint-George (Sebenico) - Christoforo Lucich Le Saint-Michel ( - ? - ) - Giorgio Cochini La Sibylle (Venise) - Danielo Troni La Grua (Espagne) - Luis de Heredia la capitane de Vasques ( - ? - ) - Vasques de Coronado La Soprana (Pape) - Antonio d'Ascole L'Occasion (Espagne) - Pedro del Roij la patrone (Pape) - ? La Serena (Pape) - ?