Pour la première fois depuis son accession au niveau mondial, Sébastien Loeb doit se passer de l'appui officiel de Citroën en WRC. C'est en effet dans l'attente du retour de la marque aux chevrons programmé pour 2007 avec le débarquement de la Citroën C4 WRC, que l'Alsacien effectue une saison 2006 de transition au sein de l'équipe belge privée Kronos Racing, toujours au volant de la vieillissante Xsara. En dépit de moyens financiers réduits et de la non participation à un quart des rallyes du calendrier pour cause de blessure à l'épaule, il décroche un troisième titre de champion du monde consécutif sans jamais se retrouver classé au-delà de la deuxième place de chaque épreuve disputée. Il réitère également son engagement aux 24 Heures du Mans, toujours en partenariat avec Pescarolo Sport, et parvient lors de cette deuxième tentative à rallier l'arrivée en seconde position du classement général. Il achève enfin sa saison sportive par une cinquième participation consécutive à la Course des Champions dont il accède une nouvelle fois à la finale.
Championnat du monde des rallyes Avec le retrait désormais acté des équipes usines de Peugeot, Mitsubshi, Škoda, et dans une moindre mesure de Citroën avant son retour programmé pour l'année suivante, la liste des constructeurs officiellement représentés en WRC se limite désormais à deux marques au moment du coup d'envoi de la saison 2006 : Ford et Subaru. Un point bas qui n'avait jusque-là jamais été atteint depuis la création du championnat du monde en 1973. Les instances dirigeantes de la FIA pointent du doigt l'explosion des coûts pour expliquer cette baisse d'attraction et affirment que les mesures votées en pour une application à compter de 2007 retourneront la tendance. L'hypothèse d'une réduction du nombre de manches inscrites au calendrier, toujours fixé au chiffre record de seize, est cependant exclue, et les plans d'action à mettre en place pour accroître la visibilité médiatique de la discipline restent floues. Un changement d'ordre cosmétique vient également remanier le secteur des fournisseurs de pneumatiques avec la décision du groupe Michelin de retirer officiellement son nom pour laisser la place à sa filiale américaine BFGoodrich. Pour la première fois depuis son accession au niveau mondial, Sébastien Loeb ne représentera pas officiellement les couleurs de son employeur historique Citroën mais évoluera de manière transitoire au sein de la structure privée belge Kronos Racing dirigée par Marc Van Dalen et toujours au volant de la Xsara : . Le soutien de la marque aux chevrons reste néanmoins partiellement d'actualité, avec le rapatriement prévu de la voiture de l'Alsacien vers les ateliers de Satory entre chaque rallye et un support technique dans chacune des épreuves. La nouvelle réglementation interdisant désormais les différentiels pilotés, l'inter-saison fut l'objet de séances d'essais importantes pour redéfinir le comportement de la Xsara dans les conditions de courses. Désireux de poursuivre sa série en cours de sacres mondiaux, le Français se montre néanmoins prudent avant le coup d'envoi du championnat, conscient des moyens plus réduits qui seront mis à sa disposition : . Le changement d'équipe implique également la présence de deux nouveaux coéquipiers à ses côtés : Xavier Pons et le champion du monde des rallyes junior en titre Dani Sordo. Les forces en présence qui s'opposeront à lui pour cette nouvelle saison sont pour leur part essentiellement représentées par Petter Solberg et Marcus Grönholm, le Finlandais étant parvenu à conserver un volant d'usine en signant chez Ford après le départ de son ex-employeur Peugeot.
Rallye Automobile Monte-Carlo Le rallye Monte-Carlo marque une nouvelle fois le coup d'envoi de la saison. Sur un tracé quasiment identique à celui de l'édition précédente, présentant une concentration des spéciales à des altitudes plus basses qu'autrefois, les couches de neige tendent à laisser la place à des plaques de verglas davantage présentes, notamment sur les secteurs ouvrant et clôturant les étapes. Malgré un ciel dégagé et un soleil brillant laissant présager un sol sec, Sébastien Loeb opte pour des pneus hiver à demi-clous qui se révèlent être le choix optimal, lui permettant de creuser un écart important de près de trente secondes dès la première spéciale. Victime d'un tête-à-queue, Marcus Grönholm enregistre son premier scratch au volant de la Ford Focus WRC dans le secteur suivant, mais le temps repris à l'Alsacien n'est que symbolique. La boucle de l'après-midi empreinte le même parcours que lors des premiers passages et Loeb récidive au Col de la Couillole, portant désormais son avance à plus d'une minute sur le Finlandais. Semblant avoir course gagnée, il commet une faute dans la dernière spéciale de la journée, victime d'une plaque de verglas mal négociée dans un virage à gauche, et sort de la route pour s'immobiliser dix mètres en contrebas : . La Xsara n'ayant subi que des dommages limités permettant à l'équipe Kronos de la réparer pendant la nuit, le champion du monde obtient la possibilité de repartir le lendemain matin dans le cadre du règlement Super Rally, au prix de cinq minutes de pénalité le rétrogradant à la huitième place. Parti sur un rythme soutenu, Loeb domine la deuxième étape, enregistrant les trois premiers temps scratchs au programme en dépit d'une épingle manquée dans la huitième spéciale, et pointe en sixième position du classement général à l'assistance de mi-journée. Il poursuit sa série lors des deuxièmes passages, dépassant coup sur coup Stéphane Sarrazin et Chris Atkinson dans le secteur de Saint Antonin, mais l'annulation de La Tour-sur-Tinée - Utelle en raison d'un trop grand nombre de spectateurs l'empêche de reprendre davantage de temps. Le Français poursuit son offensive lors de la dernière étape, signant à nouveau le meilleur temps dans la spéciale d'ouverture. Se sentant menacé, Toni Gardemeister, alors deuxième, réagit et accentue la prise de risques pour contrer l'offensive de Loeb en s'imposant dans le secteur suivant. L'Alsacien accède au podium provisoire en s'emparant de la troisième place de Manfred Stohl juste avant la fin de la première boucle et voit l'écart le séparant de Gardemeister désormais réduit à moins de quinze secondes. Le champion du monde maintient la pression sur le Finlandais et parvient finalement à décrocher la deuxième place sur le fil à l'issue de la dernière spéciale. L'écart final d'une minute le séparant du vainqueur Marcus Grönholm, comparativement aux cinq dont il écopa en guise de pénalité le premier jour, témoigne pour sa part de l'intensité de la remontée du pilote Citroën : .
Étape Jour Heure Nom Distance Temps Étape 1 20 jan SS1 8 h 33 St. Sauveur-sur-Tinée - Beuil 1 15 min 14 s 0 SS2 9 h 31 Guillaumes - Valberg 1 9 min 39 s 7 SS3 10 h 19 Pierlas - Ilonse 1 Spéciale annulée SS4 14 h 25 St. Sauveur-sur-Tinée - Beuil 2 14 min 43 s 9 SS5 15 h 23 Guillaumes - Valberg 2 9 min 49 s 2 SS6 16 h 11 Pierlas - Ilonse 2 Super Rally Étape 2 21 jan SS7 7 h 53 Sigale - Bif. D10/D110 16 min 50 s 4 SS8 9 h 06 St. Antonin - Toudon 1 14 min 41 s 2 SS9 10 h 19 La Tour-sur-Tinée - Utelle 1 15 min 41 s 5 SS10 14 h 30 St. Antonin - Toudon 2 14 min 21 s 2 SS11 15 h 43 La Tour-sur-Tinée - Utelle 2 Spéciale annulée SS12 16 h 38 La Bollène-Vésubie - Sospel 1 24 min 03 s 1 Étape 3 22 jan SS13 7 h 55 Col de Braus - La Cabanette 1 12 min 16 s 2 SS14 8 h 23 Col St. Roch - Lantosque 1 11 min 25 s 2 SS15 8 h 56 La Bollène-Vésubie - Sospel 2 24 min 07 s 0 SS16 11 h 44 Col de Braus - La Cabanette 2 11 min 38 s 5 SS17 12 h 12 Col St. Roch - Lantosque 2 11 min 05 s 5 SS18 12 h 45 La Bollène-Vésubie - Sospel 3 23 min 21 s 5
55th Uddeholm Swedish Rally Bien qu'ayant déjà remporté cette épreuve en 2004, Sébastien Loeb se considère une fois encore comme un outsider sur le rallye de Suède face aux différents pilotes nordiques présents sur la liste d'engagement. Sur la seule manche neige de la saison, les techniques consistant à enchaîner chaque virage en glissade tout en s'appuyant sur les murs de poudreuse et en exploitant le maximum d'adhérence en provenance des clous se retrouvent rarement mises en application en dehors des pays scandinaves. Triple vainqueur de la manche suédoise, Marcus Grönholm prend les commandes du rallye dès le coup d'envoi en s'adjugeant les deux premiers temps scratchs. Tout d'abord dans les traces du Finlandais, Loeb voit l'écart le séparant de son adversaire bondir au terme de la deuxième spéciale en raison d'un capot mal fixé avant le départ qui endommagea son pare-brise. Au temps perdu en raison du manque de visibilité s'ajoutent dix secondes de pénalité, les réparations nécessaires effectuées en liaison l'ayant contraint à un retard de pointage : . Profitant d'une erreur de Grönholm dans le deuxième passage de Fredriksberg pour réduire son déficit cumulé d'un tiers, l'Alsacien hausse son rythme et parvient à rivaliser pour la première fois avec la pointe de vitesse du Finlandais en s'emparant pour quelques dixièmes des trois derniers scratchs de la journée : . Auteur d'un mauvais choix de pneus à l'entame de la deuxième journée, Loeb se bat pour rattraper les pertes d'adhérence de la voiture et double son retard accumulé sur Marcus Grönholm dans les deux premières spéciales. Le Finlandais se montre implacable sur sa surface de prédilection et hausse progressivement son rythme pour signer cinq temps scratchs consécutifs. Seul un départ manqué dans le deuxième passage de Vargåsen l'empêche de réaliser le Grand Chelem. Vainqueur dans ce secteur puis dans la Super-Spéciale de fin d'étape, Sébastien Loeb reconnaît la supériorité de son adversaire sur ce terrain et estime qu'il lui sera difficile de revenir au contact compte tenu de la distance restante : . Il choisit néanmoins de poursuivre son offensive en prenant des risques importants dans les spéciales et parvient à s'imposer dans les deux premiers chronos de la dernière journée. Le temps repris sur le pilote Ford n'est encore qu'anecdotique jusqu'à ce que le premier passage de Malta laisse entrevoir un espoir pour le Français. Sorti trop large dans un virage puis victime d'une fuite de son circuit hydraulique, Grönholm y abandonne neuf secondes mais peut alors compter sur l'assistance de mi-parcours. Sa Focus désormais réparée, le Finlandais réagit lors de la deuxième boucle et s'impose dans les trois dernières spéciales, décrochant une quatrième victoire en Suède et la deuxième consécutive de la saison, Loeb sécurisant quant à lui sa place sur le podium : .
Étape Jour Heure Nom Distance Temps Étape 1 3 fév SS1 8 h 01 Fredriksberg 1 10 min 28 s 5 SS2 9 h 01 Lejen 1 14 min 27 s 1 SS3 12 h 09 Fredriksberg 2 10 min 34 s 8 SS4 13 h 09 Lejen 2 14 min 24 s 4 SS5 15 h 49 Vargåsen 1 20 min 40 s 5 SS6 17 h 07 Hagfors Sprint 1 1 min 54 s 7 Étape 2 4 fév SS7 8 h 00 Hara 1 6 min 09 s 7 SS8 9 h 06 Sundsjön 1 11 min 10 s 2 SS9 11 h 37 Likenäs 12 min 23 s 0 SS10 12 h 34 Hara 2 6 min 02 s 7 SS11 13 h 49 Sundsjön 2 11 min 06 s 9 SS12 15 h 39 Vargåsen 2 20 min 43 s 8 SS13 16 h 57 Hagfors Sprint 2 2 min 00 s 7 Étape 3 5 fév SS14 7 h 58 Lesjöfors 1 5 min 56 s 3 SS15 8 h 30 Rämmen 1 11 min 49 s 3 SS16 9 h 21 Malta 1 5 min 47 s 7 SS17 11 h 29 Lesjöfors 2 5 min 51 s 4 SS18 12 h 01 Rämmen 2 11 min 53 s 5 SS19 12 h 52 Malta 2 5 min 57 s 6
20º Corona Rally Guanajuato México