L'enzyme de débranchement du glycogène (GDE) est un système enzymatique regroupant une activité glycosyltransférase et une activité glycoside-hydrolase qui facilite la dégradation du glycogène stocké dans le foie et les muscles en libérant du glucose avec l'aide de phosphorylases. Il s'agit d'une source d'énergie essentielle chez de nombreux êtres vivants. Cette voie métabolique est régulée dans l'organisme, particulièrement dans le foie, sous l'action de diverses hormones telles que l'insuline et le glucagon. Cette régulation très étroite assure l'homéostasie de la glycémie. Les désordres métaboliques résultant de mutations affectant l'enzyme de débranchement du glycogène peuvent conduire par exemple à une glycogénose .
Les deux activités enzymatiques constituant l'enzyme de débranchement du glycogène sont réalisées par une protéine unique chez les mammifères, les levures et certaines bactéries, mais par deux protéines distinctes chez et d'autres bactéries, ce qui complique la nomenclature. Les protéines qui possèdent les deux activités enzymatiques sont appelées enzymes de débranchement du glycogène (GDE), tandis que cette appellation est généralement réservée à la glycoside transférase dans les systèmes à deux enzymes distinctes. Chez certains auteurs, une enzyme qui ne possède qu'une activité glycoside transférase est appelée enzyme de débranchement.
Rôle métabolique La glycogène-phosphorylase () est la principale enzyme impliquée dans la dégradation du glycogène, dont elle détache du glucose-1-phosphate lié par une :
gauche|600px|class=skin-invert-image + phosphate α-D-glucose-1-phosphate + .
Cette enzyme est en revanche bloquée à hauteur de quatre résidus de glucose en amont des liaisons , qui sont celle des ramifications du glycogène ; il faut alors l'intervention d'une enzyme de débranchement du glycogène pour permettre à la glycogène phosphorylase de poursuivre le clivage des liaisons sans être arrêtée par la présence des liaisons :
l'activité 4-α-glucanotransférase () déplace trois résidus de glucose de la branche du glycogène vers une autre branche de la molécule, ce qui laisse un unique résidu de glucose lié au glycogène par une liaison ;
l'activité amylo-α-1,6-glucosidase () clive la liaison pour laisser un brin de glycogène constitué de résidus de glucose liés uniquement par des liaisons .
Structure Selon les espèces, l'enzyme de débranchement du glycogène est constituée de deux enzymes distinctes ou d'une seule protéine possédant deux sites actifs distincts.
Deux enzymes distinctes Chez E. coli et d'autres bactéries, les activités glycosyltransférase et glycoside-hydrolase sont portées par deux enzymes distinctes. Le transfert du glucose est assuré chez par la 4-α-glucanotransférase, une protéine de codée par le gène malQ. Une seconde protéine de codée par le gène glgX, appelée enzyme de débranchement, réalise le clivage des liaisons .
L'activité de ces deux enzymes n'est pas nécessairement couplée : l'enzyme de débranchement d' catalyse le clivage de branches de glycogène en fragments de quatre résidus de glucose sans activité glycosyltransférase, fragments qui sont ensuite dégradés par la maltodextrine phosphorylase. La structure de cette dernière enzyme est semblable à celle de l'isoamylase, protéine monomérique possédant un domaine central contenant huit et entouré par huit avec une fosse longue de et large de riche en résidus d'acides aminés aromatiques dont on pense qu'ils stabilisent le brin de glycogène à quatre résidus de glucose avant clivage.
Protéine unique avec deux sites actifs Chez les levures et les mammifères, une protéine unique possède les deux activités enzymatiques de débranchement. L'enzyme de débranchement du glycogène humaine, codée par le gène AGL, est un monomère de masse moléculaire . On a pu montrer que les deux fonctions catalytiques de cette protéine peuvent fonctionner indépendamment l'une de l'autre, ce qui démontre la présence de plusieurs sites actifs distincts. Ce résultat a été confirmé par l'existence d'inhibiteurs spécifiques à l'une des deux activités enzymatiques, tels que la polyhydroxylamine qui inhibe sélectivement l'activité glycoside-hydrolase sans affecter l'activité glycosyltransférase de manière mesurable. L'enzyme de débranchement du glycogène est la seule enzyme d'eucaryote connue possédant plusieurs sites actifs distincts et active comme monomère.
Certaines études ont montré que le côté de l'enzyme de levure est associée à l'activité glycoside hydrolase tandis que le côté est associée à l'activité glycosyltransférase. Outre ces deux sites actifs, l'enzyme paraît également posséder un troisième site lui permettant de se lier au glycogène.
Notes et références
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