Aux premiers siècles de notre ère, le futur Pontarlier est Ariolica..
Territoire des Séquanes, envahi par les Burgondes à la fin du après la chute de l'Empire romain, Pontarlier et tout son vaste territoire a la particularité d'être libre et indépendant, prenant le nom de « baroichage de Pontarlier ». Cette entité se construit sur les terres laissées vacantes par la puissante abbaye Saint-Maurice d'Agaune, alors fortement implantée dans le comté de Warasch. Sous la protection d'un seigneur du voisinage cette association « d'hommes libres » perdure tout au long de son existence et n'est pas remise en cause par les différents suzerains qui prennent la charge de protecteur. En 1678 le « baroichage » est dissout par un traité du roi de France qui aliène les justices et seigneuries de faible importance.
Le baroichage de Pontarlier
L'origine Burgonde et l'établissement franc thumb|upright=1.2|Le royaume burgonde dans la deuxième moitié du Après la chute de l'Empire romain d'Occident, à la fin du , le pays est occupé par les Burgondes venus des confins de la Baltique. Ceux-ci sont utilisés comme troupes auxiliaires par l'armée romaine avec le statut de fédérés que régit le traité de fœdus utilisé entre Rome et un peuple étranger. Sous Aetius, sénateur et généralissime des légions romaines, ils se voient offrir un territoire autour de Genève qui deviendra le vaste et puissant Royaume de Bourgogne.
La route venant d'Italie par les Alpes pennines et passant par l'abbaye d'Agaune pour se diviser à Vevey en direction de Lousonna (Lausanne-Vidy) et Aventicum (Avenches) se réunissait pour traverser Pontarlier et partir en direction de Besançon. Elle permet l'installation de villages et de hameaux dans cette région. Les Burgondes s'installent dans ces bourgs gouvernés par des chefs élus entre eux. Ils partagent la terre avec les Séquanes et investissent les terrains propres à la culture, participant ainsi à la fondation du comté de Warasch. L'habitude de ce peuple de partager les terres entre les rois et leurs officiers et soldats crée un territoire nommé « militae », c'est-à-dire libre et indépendant, à l'origine du franc-alleu et qui devient de ce fait une coutume longtemps observée dans les monts Jura : celle qui reconnaît le droit de propriété du premier occupant.
Le bailliage de Pontarlier, de par la nature de son sol, le caractère de son peuple, la division des bourgs, la qualité de barons prise par les anciens bourgeois, le franc-alleu du territoire, la justice du souverain alliée à la protection d'un seigneur, l'esprit des lois bourguignonnes, l'habitude du partage des paroisses par familles, l'absence de grandes seigneuries anciennes, tout cela est propice à l'installation du « baroichage de Pontarlier» qui se veut une association d'hommes libres. Cette particularité, propre à cette région, prend naissance dans les liens qui se sont créés entre les habitants de ces villages isolés du Haut-Doubs dès l'époque de la Gaule romaine.
La région étant pauvre les premiers propriétaires, qui se font nommer barons ou barrois (qui pourrait signifier « libre », « indépendant », en vieil allemand « bar »), s'ils veulent tenir leur rang, sont obligés de mettre en fief leurs biens auprès de leurs créanciers créant ainsi des hypothèques que doivent soutenir leurs héritiers jusqu'au remboursement, d'où l'origine des fiefs dont il est fait mention dans le courant du .
En 2020, sur le site des Gravilliers, un village mérovingien est mis au jour par les archéologues de l’Inrap. Le site est entier et unique, il date des de notre ère. Cet habitat mérovingien comportait une dizaine de grands bâtiments de 200 à 300 chacun. Le site a été occupé pendant près de 200 ans. L'apparition du village est contemporaine de la période de conquête du royaume des Burgondes par les Francs. Selon les archéologues, les Francs auraient déplacé une famille de nobles germaniques, avec sa suite, pour l'implanter dans ce domaine afin d'asseoir leur domination, le bourg de Pontarlier étant un lieu de passage stratégique pour relier le sud au nord de l'EuropeArchéologie : ce que l’on sait de la découverte inédite d’un village mérovingien dans le Haut-Doubs, francetvinfo.fr, 7 octobre 2020.
Les deux bourgs Dès le il existe à Pontarlier une bourgeoisie, celle-ci va s'organiser pour nommer quatre échevins et les villages, eux, vont nommer quatre jurés, qui deviennent les huit magistrats désignés sous le nom de « Boichorage ». Ils sont chargés de gérer les affaires communes et une charte de 1246 distingue les « chevaliers et barons de Pontarlier » ce qui place bien les hommes d'armes en préséance des titres de noblesse qui ici ne désignent que les propriétaires des fiefs de la région. En plus des bourgeois d'origine de la ville il y a ceux du « baroichage » qui leur sont associés mais aussi ceux, qui étrangers à la zone d'influence de Pontarlier, ont acquis un droit d'« habitantage » qu'ils peuvent perdre s'ils sont en retard du paiement de cet avantage.
thumb|350px|Plan cavalier de Pontarlier vers 1700 La ville est divisée en deux bourgs portant pour l'un le nom de « Pontarlier » et pour l'autre celui de « Morieux » plus anciennement « Mareul » ou « Moreul » qui signifierait « marais ». Cette division, typique des villes possédées par deux seigneurs ou un seigneur et son vassal principal, ne correspond pas ici à ce schéma car Pontarlier est habité par des « hommes libres ». Il résulterait peut-être du partage du territoire entre Burgondes et Séquanes ou bien il est la conséquence de la donation de Gontran au à l'abbaye Saint-Bénigne de Dijonbien qu'elle soit datée de 871 il existait déjà un édifice religieux auparavant comme en témoigne une crypte du de terres situées sur la route allant de Dijon à l'abbaye d'Agaune pour y établir un hospice connu sous le nom « d'hospice Saint-Bénigne » à destination des religieux qui empruntent cette route. Cette donation vient compléter la première faite par Sigismond un peu plus tôt à destination d'Agaune.
La ville se fortifie avec Amaury III de Joux qui va édifier la « forte place du Molar » après avoir reçu la « garde » de Pontarlier. En effet ce site se situe sur la route joignant les deux principaux fiefs de cette famille, à savoir : le château de Joux et Goux-les-Usiers. La « forte place du Molar » sera détruite quelques années après 1347.
L'organisation de la ville
thumb|Pontarlier au Les hôpitaux : Saint-Lazare : Créé à l'extérieur de la ville au lieu-dit Oratoire Saint-Lazare où se trouve une source nommée « fontaine des malades » dans un vallon aux abords d'un petit étang, ce lieu est fréquenté par les malades qui viennent s'y baigner accordant des vertus à son eau. Une charte de 1343 d'Hugues de Blonay, sire de Joux, stipule qu'il possède à cet endroit la « Ville des malades, Villa dei ». Le Temple : Construit sur l'emplacement de Vuillecin (à l'endroit où se trouve maintenant la zone d'activités du Temple) au bord du Drugeon, il a été construit à cet endroit une église et quelques maisons appartenant à l'ordre de Malte qui devait succéder aux templiers. Saint-Pierre : Bâti au faubourg de Saint-Pierre et fondé par les seigneurs de Joux. Un acte de cession daté d'avant 1189 indique qu'Amaury II de Joux donne cet hôpital aux religieux de Montbenoît : « Quidquid Dominii habebat in Hospitali de Pont ». Saint-Joseph : Construit en 1690 par les magistrats municipaux au faubourg Saint-Étienne.
Les paroisses : Pontarlier est divisé en trois paroisses et une coutume veut que les familles soient toutes rattachées à vie à une des paroisses même si elles changent de quartier. Tout nouvel arrivant dans la région se voit devenir automatiquement paroissien de Saint-Bénigne après un an et un jour de présence. La paroisse Saint-Bénigne : Fondée par les religieux de l'abbaye Saint-Bénigne de Dijon. La paroisse Notre-Dame : Probablement fondée vers 1135. La paroisse et prieuré de Saint-Étienne : Elle est possédée par Amaudry, probablement de la maison de Joux, vers le milieu du .
Les maisons de religieux : Augustins : Installés par Othon IV de Bourgogne en 1284. Jésuites : Installés depuis 1613. Capucins : Installés depuis 1618.
Les maisons de religieuses : Les Annonciades célestes, créées en 1604 à Gênes. Les six premières à s'installer à Pontarlier sont Jeanne Couthenet, Jeanne-Baptiste Malessue, Suzanne Belot, Guyonne Lescot, Claire-Françoise Damey et Étiennette Delizet assistées de huit novices. Les Ursulines. Anne-Antoine Tinseau, Henriette Abriot et Barbe Roye s'installent en 1636 dans la ville. Les Bernardines. Viennent à Pontarlier en 1665.
La gouvernance et la justice
thumb|180px|Blason de la ville de Pontarlier
Les armoiries de la ville étaient un pont à l'extrémité duquel se trouvait une tour surmontée d'une couronne ducale. Les armoiries ainsi que les bannières de la ville étaient la propriété du baroichage.
La communauté ne forme pas une seigneurie mais plutôt un apanage indépendant sous la forme d'une association de militaires sous l'autorité d'un chef. Celui-ci, qui est le sire de Joux au , confirme la particularité des chevaliers de la ville, qui déclarent n'appartenir à aucun souverains, en précisant dans une charte :
À cette époque ce ne sont pas les « barons » de Pontarlier qui traitent avec Amaury IV de Joux, et font confirmer leur particularité, mais plutôt le suzerain Jean de Chalon qui contraint Amaury à ce traité. Jean de Chalon, après le mariage en 1231 de son fils Hugues III de Bourgogne avec Alix de Méranie, comtesse de Bourgogne, veut réunir les intérêts des comtes et des ducs de la région et museler l'autorité des seigneurs particuliers ce qui explique aussi l'empêchement de la mainmise de ces derniers sur la ville ; de plus, Jean de Chalon, dit le Sage ou l'Antique, est depuis 1237 le seigneur de Salins, et donc le titulaire des droits des anciens sires de Salins (Jean, par échange en 1237, obtint la part qu'avait acquise le duc de Bourgogne en 1225 ; de plus, par héritage de son père, Jean possédait des droits sur d'autres parts de Salins). Ainsi il est formellement interdit au sire de Joux d'élever des forteresses dans la plaine de Pontarlier mais il en à le titre de protecteur. Par ces conditions la liberté accordée aux habitants par Jean de Chalon est contenue par l'autorité du sire de Joux dans un but politique et pas seulement pour respecter des droits anciens.
Sachent tous cil qui verront ces présentes lettres, que luy Johans Cuens de Bourgogne et Sire de Salins, heust plusieurs querelles pour lui et pour Monsi Hugon son fils, contre le Seigneur de Joul dit Amaris; en la fin ils concorderent ainsi entre lors; que se mistront sus prudhommes que sont nommés de ces lettres, que quanque ils enquerroient par serment li nommé Cuens le tenroit, et Amari le tenroit d'autre part, des querelles le Comte et de son fils.
Messire Guy de Verceys, Messire Henri d'Usées, Messire Guy de Bannans, Messire Etienne Sapins d'Ain, Pourrois de Bontés, Nicolas de Nas, Jean le Petit d'Ain, Abel Gaimomailles s'enquestront pour les parties nommées, et s'anquierent à un accord et par sairement : que lidi Amaris halievé les ventes à Pontaillier qui ne doivent être, et qu'au Lait Damvaulchier ne doit avoir Prévôt, mès que le prévôt de Pontaillier; et lidis Amaris ne doit mener ces de Pontaillier en os ne en chevauchier, fors que a fortré, et en telle manière que puisse répartir tel jour même avec jument chacun en son hôtel ; et ditrent par accord que lidi Amaris ne doit habergier ou Barroichage de Pontaillie ; ha si non hoys les Barrois de Pontaillie; et ditrent par accort que ledis Amaris ne puet ne doit banner, ne les bois, ne les aigues, ne que la pescherie, de la Roche jusqu'au gort à Saubart qu'il a costume de tenir en ban dez la St. Michel jusqu'à la St. Martin d'hyver; et ditrent par accord que lidis Amaris ne puet mettre ban à Pontaillier, se n'est pas le consentement des Chevaliers et des Barons de Pontaillier.