De nombreux massacres sont commis pendant linsurrection de Boko Haram. Ils causent la mort de plusieurs milliers de personnes, en majorité des civils.

Depuis 2009, le conflit a fait plusieurs dizaines de milliers de morts. L'armée nigériane est notamment accusée par Amnesty International de crimes de guerre et Boko Haram de crimes contre l'humanité.. Plusieurs centaines de milliers de personnes ont pris la fuite pour échapper à la prise de contrôle de Boko Haram..

Exactions commises par l'armée nigériane thumb|upright=1.4|Membres présumés de Boko Haram exécutés sommairement par égorgement par des militaires de l'armée nigériane en 2014.

Le , Amnesty International affirme que des centaines de prisonniers islamistes de Boko Haram, ou des personnes suspectées d'avoir des liens avec eux, ont été exécutés dans les prisons nigérianes dans les six premiers mois de l'année 2013, principalement à la caserne de Giwa, à Maiduguri et aux centres de détention Sector Alpha et Presidential Lodge, à Damaturu. Selon le témoignage d'un haut gradé de l'armée nigériane, plus de 950 prisonniers sont morts dans les six premiers mois de l'année 2013. L'Association a relevé des exécutions par balles et par étouffements, d'autres ont succombé à leurs blessures après avoir été torturés, d'autres encore sont morts de faim..... Ces exactions se poursuivent et selon des habitants de Maiduguri, le cimetière de la ville est gardé par l'armée et chaque jour des camions amènent des corps d'hommes exécutés par les militaires.. Le , Amnesty International déclare que ces exactions se poursuivent et que près de 150 détenus de Giwa sont morts en prison depuis janvier et que leurs corps ont été conduits par l'armée à la morgue de l’hôpital spécialisé de l'État..

Le , la caserne de Giwa, à Maiduguri, est attaquée par Boko Haram qui libère plusieurs centaines de détenus. Selon Amnesty International, de nombreux prisonniers évadés sont repris par les militaires après la bataille et plus de 600 d'entre eux sont exécutés dans divers quartiers de la ville.

Selon Florent Geel, responsable du bureau Afrique de la FIDH, au cours des années 2013 et 2014, l'armée et les milices nigérianes arrêtent à à Maiduguri, qui sont par la suite portées disparues..

Le , Amnesty International affirme dans un nouveau rapport que et jeunes garçons ont été arrêtés par l'armée nigériane lors d'opérations contre Boko Haram. Parmi ces derniers, plus de sont morts en détention depuis , victimes de tortures, de maladies, de fumigations, de faim ou de soif. De plus ont été tuées par l'armée depuis , ..

Amnesty International affirme par la suite qu'au moins 149 autres personnes sont mortes dans le centre de détention militaire de Giwa entre janvier et , dont 12 enfants presque tous âgés de moins de 5 ans. Le , les autorités nigérianes annoncent la libération de 275 détenus de Giwa, dont 50 enfants mais en mars, ce centre compte encore , dont 120 enfants .

Exactions commises par l'armée camerounaise Selon Amnesty International, l'armée et les services de renseignement camerounais ont largement pratiquée la torture dans 20 sites de l'extrême-nord du pays . Plusieurs détenus y trouvent la mort ; Ilaria Allegrozzi, l'auteure du rapport de , indique que : . Vingt-quatre méthodes de torture différentes ont été recensées par l'ONG. Selon RFI : . Selon Ilaria Allegrozzi, la majorité des détenus sont des hommes âgés de , mais la torture de femmes d'enfants et de handicapés est également signalée : . Elle indique aussi que beaucoup ont été . Au moins 130 hommes et jeunes garçons raflés dans les villages de Madame et de Double, le , sont toujours portés disparus en . En , trois lycéens sont condamnés à 10 ans de prison, simplement pour avoir partagé par SMS une blague sur Boko Haram .

Exactions commises par Boko Haram De leur côté, les djihadistes de Boko Haram commettent de nombreux massacres, principalement contre des civils des villages où sont constituées des milices d'autodéfense, les élèves et les professeurs d'établissements scolaires et les chrétiens. En 2013, Bertrand Monnet, directeur de la chaire Management des risques criminels de l'EDHEC déclare :

Le , Amnesty International qualifie les exactions commises par Boko Haram de crimes contre l'humanité..

Le , Human Rights Watch déclare avoir comptabilisé 95 attaques commises Boko Haram lors des six premiers mois de l'année 2014, elles ont causé la mort d'au moins civils, dont dans l'État de Borno..

Le nom officiel de Boko Haram est qui signifie en arabe . Dans sa définition abrégée en haoussa, signifie .. Boko Haram cible donc particulièrement les lycées et les écoles où est dispensé un enseignement jugé trop occidental par les islamistes. À plusieurs reprises, ces derniers attaquent des établissements scolaires, massacrant professeurs et lycéens comme à Mamudo, Gujba ou Buni Yadi. Si les lycéennes ne sont pas tuées, elles sont souvent enlevées pour être mariées de force à des djihadistes, une vingtaine sont ainsi enlevées le , lors du massacre de Konduga. Le rapt le plus important a lieu le 11 décembre 2020 à Kankara : environ 500 écoliers sont enlevés en pleine nuit, réveillés dans leur internat et emmenés dans une forêt proche ; certains réussissent à s'enfuir dans les premières heures du rapt mais 330 sont toujours captifs le lendemain.. L'un des plus retentissants est celui du à Chibok, 276 lycéennes âgées de sont capturées par des islamistes qui effectuent un raid sur la ville (53 d'entre elles parviennent à s'échapper dans les trois semaines qui suivent selon la police nigériane)...... Le , le rapt des lycéennes de Chibok est revendiqué par Abubakar Shekau, le chef de Boko Haram qui déclare : ..

Selon le gouverneur de l'État de Borno, 176 enseignants ont été assassinés et 900 écoles ont été détruites par Boko Haram de 2011 à .. Selon Human Rights Watch, de 2009 à 2015, 910 écoles ont été détruites, ont dû fermer, 611 enseignants ont été assassinés, autres se sont enfuis, des centaines d'élèves ont été enlevés et près d'un million d'enfants ont été privés d'enseignement .

L'année 2015 est la plus meurtrière. L'ONG britannique Action on Armed Violence (AOAV, Action contre la violence armée) recense 84 attaques commises par Boko Haram au Nigeria pendant l'année 2015, qui ont causé la mort de , dont 96 % de civils. AOAV recense également 923 morts ou blessés dans les attaques au Tchad et au Cameroun. L'ONG note une augmentation de 190 % du nombre des morts et des blessés par rapport à 2014 et de 167 % pour le nombre des attentats-suicides .

Liste chronologique des massacres

2010 NomDateLieuMortsAuteursDescriptionAttentat de JosJos (État de Plateau, )80border|20px Boko HaramSept explosions ont lieu dans la ville, faisant 80 morts. Attaque de MaiduguriMaiduguri (État de Borno, )6border|20px Boko HaramSix chrétiens, dont un pasteur, sont assassinés et une église est incendiée.

2011 NomDateLieuMortsAuteursDescriptionAttentat de BauchiBauchi (État de Bauchi, )10border|20px Boko HaramL'explosion de trois bombes artisanales dans un marché situé sur une base militaire fait 10 morts et 20 blessés .Attentat d'AbujaAbuja (Territoire de la capitale fédérale, )Inconnusborder|20px Boko HaramPremier attentat-suicide de Boko Haram, contre le quartier général de la police .Massacre de MaiduguriMaiduguri (État de Borno, )23 à 25 Forces armées nigérianesAprès un attentat qui blesse trois militaires, des soldats de l'armée nigériane incendient un marché et massacrent 23 ou 25 civils. Amnesty International fait également état d'accusations de viols. .Attentat d'AbujaAbuja (Territoire de la capitale fédérale, )23border|20px Boko HaramUn attentat-suicide contre la représentation des Nations unies fait 23 morts..Attentat de DamaturuDamaturu (État de Yobe, )150+border|20px Boko HaramPlusieurs églises du quartier chrétien de la ville sont prises pour cible par Boko Haram, ainsi que plusieurs postes de police. Les attaques font au moins 150 morts..Attentat de MaiduguriMaiduguri (État de Borno, )20border|20px Boko HaramUn attentat à la bombe fait 20 morts.Attaque de PotiskumPotiskum (État de Yobe, )5border|20px Boko HaramQuatre policiers et un civil sont tués dans une attaque.Attentat de MadallaMadalla (État de Niger, )42border|20px Boko HaramLe jour de Noël, Boko Haram revendique un attentat contre une église, en périphérie d'Abuja, qui fait 42 morts.Attentat de JosJos (État de Plateau, )1border|20px Boko HaramUne bombe explose près d'une église évangélique et tue un policier. .Attentat de DamaturuDamaturu (État de Yobe, )3border|20px Boko HaramUn kamikaze en voiture se fait exploser à une antenne locale des services de renseignements (SSS) et tue trois agents.

2012 NomDateLieuMortsAuteursDescriptionAttentat de KadunaKaduna (État de Kaduna, )39border|20px Boko HaramUn attentat à la bombe près d'une église fait 39 morts et plus de 30 blessés .Attaque de DikwaDikwa (État de Borno, )3border|20px Boko HaramDans la nuit du 8 au 9 avril 2012, des djihadistes attaquent et incendient un commissariat de police, une banque et un hôtel. Un homme politique local, un sergent de police, un civil et trois assaillants sont tués.Attentat de BauchiBauchi (État de Bauchi, )15border|20px Boko HaramUn attentat-suicide dans une église chrétienne fait 15 morts, dont le kamikaze, et 40 blessés .Attentats de Kaduna et ZariaKaduna (État de Kaduna, )16border|20px Boko HaramDes attentats-suicides frappes trois églises à Kaduna et une cathédrale et une église à Zaria, tuant 16 personnes. À Kaduna, ces attaques entraînent des représailles des chrétiens contre les musulmans, au total les violences font au moins 52 morts et 150 blessés. Boko Haram revendique les attentats le lendemain .Massacre de MubiMubi (État d'Adamawa, )26 à 40border|20px Boko Haram sont tuées et 15 blessées par des inconnus dans un foyer universitaire. Boko Haram est suspecté....Massacre de MaiduguriMaiduguri (État de Borno, )39 à 48 Forces armées nigérianesDes jeunes hommes sont raflés par des militaires nigérians et mitraillés dans plusieurs quartiers de la ville .

2013