La hiérarchie dans l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem résulte de la longue histoire de l'Ordre. Elle reprend les distinctions hiérarchiques qui ont lieu en son sein, les différents statuts. Elle fait la distinction entre les frères, qui font leurs vœux, et ceux qui gravitent autour de l'Ordre, les laïcs.
Cette organisation des origines, dès les XII et XIIIe siècles, a donc perduré pendant plus de cinq siècles. Au fil du temps, même si l'Ordre n'a jamais perdu de vue sa finalité hospitalière, son besoin en personnes capables fini par mettre en avant les frères chevaliers qui, même si le recrutement était souvent limité en fonction des besoins mais aussi et surtout des capacités financières de l'Ordre, rejetait trop souvent dans l'ombre les frères chapelains qui eux ont toujours été numériquement limités.
Entre clercs et laïcs, il existait plusieurs statuts au sein et autour de l'Ordre.
Au sein de l'Ordre : les frères clercs : les frères prêtres ; les frères chapelains conventuels, les frères prêtres d'obédience, les frères chevaliers ; Les frères chevaliers profès, les frères chevaliers de grâce (généralement au XVIe siècle) les laïcs : les servants ; les servants hospitaliers, les sergents d'armes, les confrères donats. Autour de l'Ordre : « nos seigneurs les malades », la familia, les dépendants.
Les frères prêtres
Un ordre religieux, même hospitalier, même militaire, a d'abord une fonction religieuse ; un ordre religieux est un regroupement de clercs sous une règle monastique (ordre, ordo en latin, signifie règle) et la fonction religieuse est première. Mais dans un ordre hospitalier, les frères prêtres, en plus de l'âme, doivent leurs soins au malades comme tous les frères hospitaliers ; la première règle de l'Hôpital de Raymond du Puy parle de « nos seigneurs les malades ».
Il existait au sein de l'Ordre deux catégories de prêtres : les chapelains conventuel ; les prêtres d'obédience.
Les frères chapelains conventuels
Les frères chapelains conventuels assurent au sein de l'Ordre la fonction religieuse. Il n'était demandé aucune exigence aux postulants à la fonction de chapelain hormis la noblesse de cœur et de comportement. Pour être admis il fallait avoir reçu les ordres mineuresBlondy (2002) p. 12. Les nouveaux clercs pouvaient accéder aux ordres majeurs après un an et en fonction de l'âge pouvaient être sous-diacre à 18 ans, diacre à 22 ans et prêtre à 26 ans. Pour les cas bien documentés, il n'est pas certain que ces délais de « formation » aient toujours été respectés.
Les frères chapelains étaient responsables des principales églises de l'OrdreBlondy (2002) p.13. C'est le grand maître qui avait reçu du pape Anastase IV, le , la nomination des frères chapelains conventuels qui devaient recevoir l'approbation du grand conseil. S'ils assuraient les services religieux de l'Ordre, ils devaient aussi l’aumônerie, comme l'aumônerie des galères de La Religion, l'administration des sacrements aux malades des hôpitaux de l'Ordre et aux autres frères, les frères chevaliers ne pouvaient se confesser qu'auprès d'eux. Ils devaient aussi prier pour le grand maître et les bienfaiteurs de l'Ordre.
Souvent les frères chapelains remplissaient des fonctions administratives au couvent ou dans les instances provinciales. La plus haute fonction à laquelle pouvait prétendre un frère chapelain conventuel était celle de vice chancelier. C'est un chapelain conventuel qui dirigeait le conseil conventuel, gouvernement politique et religieux de l'Ordre. C'est aussi un chapelain conventuel qui avait la charge de prieur de la Sacra Infermeria, de chapelain du palais du grand maître, de maître des pages, de chapelains des monastères de religieuses de l'Ordre, de la desserte des églises et chapelles des auberges des langues et de toutes les chapelles militaires, celle de la prison des esclaves, des forts, du lazaret et aussi la fonction de recteur de la grotte de saint Paul à Rabat à Malte.
Le nombre des chapelains conventuels était limité et ce nombre a varié au fil du temps de 90 pour se fixer à 24 au début du . Après 5 ans de présence au couvent et deux caravanes, un frère chapelain conventuel pouvait briguer la responsabilité d'une commanderie. Des chapelains conventuels ont atteint les plus hautes fonction de l’Église, comme Clément VII qui est devenu pape en 1523.
Les frères prêtres d'obédience
Autre catégorie de prêtres, celle des frères prêtres d'obédience. Ces frères prêtres étaient chargés des cures des commanderies. Ces prêtres séculiers devaient normalement être reçus dans l'Ordre comme prêtres chapelains d'obédience. Les prêtres chapelains d'obédience ne relevaient que de l’autorité de l'Ordre et ne relevaient pas de l'ordinaire, ils n'étaient pas soumis aux règles et obligations du clergé diocésain sous la responsabilité des évêques. Ils portaient l'habit et la croix de l'Ordre.
L'éloignement des commanderies du couvent de l'Ordre faisaient que beaucoup de ces prêtres d'obédience n'était pas chapelain de l'Ordre ce qui multipliait les conflits locaux entre ces prêtres et leurs commandeurs et les évêques. Nombre de ces litiges sont remontés jusqu'au pouvoir papal seul à disposer de l'autorité suprême sur l'Ordre et sur les évêques.
Les frères chevaliers
Au fil du temps, en Terre sainte, à Rhodes ou à Malte, leur fonction va évoluer. À l'origine, en Terre sainte, simple gens d'armes, ils mettaient leur épée au service de l'Ordre. Certains d'entre eux étaient distingués pour tenir des responsabilités au sein de l'Ordre.
À Rhodes, avec la création des langues hospitalières, les chevaliers regroupés en langues vivaient en auberge, au Collachium, le couvent. Ils élisaient à vie un frère chevalier ayant des revenus propres pour entretenir et diriger l'auberge, c'est le pilier. Le combat contre les infidèles s'étant transporté de la terre à la mer, les fonctions maritimes commencent à prendre de l'importance.
À Malte, la puissance de combat des frères chevaliers est mise au service du corso, sorte de piraterie d'état contre les musulmans, l'Ordre étant considéré comme souverain. Les futurs chevaliers se virent astreints au service des galères, les caravanes. Il s'agissait d'un service à la mer de quatre ou cinq périodes annuelles de six mois. Ce n'est qu'après ce service à la mer que les frères chevaliers pouvaient prétendre à des responsabilités dans l'Ordre.
Il existait dans l'Ordre deux catégories de frères chevaliers car tous ne suivaient pas le cursus honorum des frères chevaliers profès, certains étaient nommés frère chevalier au bon vouloir du grand maître ou du pape, les frères chevaliers de grâce.
Les frères chevaliers profès
Même si le qualificatif de profès est peu utilisé, pour ne pas dire pas du tout, dans les textes règlementaires de l'Ordre, il commence à apparaître au XVIIIe siècle pour distinguer les frères chevaliers suivant le cursus honorum de ceux nommés par la bonne grâce du grand maître ou du pape pour récompenser une personne ayant particulièrement aidé l'Ordre. Comme pour tous les ordres religieux, le chevalier profes est celui qui fait « profession », qui a prononcé ses vœux.
L'Ordre avait une telle réputation que les familles nobles y faisaient recevoir de minorité leurs jeunes cadets qu'ils destinaient à la robe ou à l'épée. Leur éducation à Malte se faisant aux frais de l'Ordre, celui-ci finit par réclamer aux familles des sommes de plus en plus importantes pour y entrer et faire leur passage à Malte, où quelques-uns étaient pages du grand maître mais beaucoup d'autres étaient aux services des dignitaires ou des auberges quand ils ne restaient pas dans les prieurés ou même dans leur famille. Même après une réception de minorité, le donat ne pouvait faire ses preuves (de noblesse) avant l'âge de 16 ans. Il devait vivre au couvant pour faire son noviciat. À 18 ans, il pouvait prononcer ses vœux et alors devenir effectivement frère hospitalier. S'il voulait avoir un avenir dans l'Ordre, il devait résider cinq ans de plus au couvent et faire les quatre caravanes réglementaires. En fait, pour affermir les volontés, il fallait aux donats souvent attendre d'avoir fait leurs caravanes pour prononcer leurs vœux, ce que la règle d'Emmanuel de Rohan-Polduc va rendre obligatoire, les caravanes avant les vœux, ceux-ci ne peuvent donc plus intervenir avant l'âge de 23 ans.
Les frères chevaliers de grâce Aux origines de l'Ordre en Terre sainte le statut dans le siècle n'avait pas de correspondance dans l'Ordre, un noble était souvent donat, un frère chevalier n'était pas nécessairement un chevalier du siècle ayant fait profession dans l'ordreAlain Demurger (2013) p. 270. Dans le deuxième des trois statuts de Jean de Villiers, en , il apparait que les prieurés et commanderies d'Occident abritent trop de frères chevaliers et de donats nobles, et qu'il faudra désormais une autorisation du grand maître pour faire un chevalier ou recevoir un noble donat. C'est le début de règles qui préciseront au fil du temps les conditions d'entrée dans l'Ordre et qui suivront un processus d'aristocratisationAlain Demurger (2013) p. 271.
Malgré la complexification des statuts et règles de l'Hôpital, précisant jusqu'au détail les conditions d'entrée dans l'Ordre, le grand maître, mais aussi le pape, se réservaient la possibilité de recevoir comme chevalier, suivant leur bonne grâce, sans aucune justification autre que la volonté magistrale ou papale, ceux qu'ils voulaient honorer pour services rendus à l'Ordre. Ce sont les frères chevaliers de grâce. C'était le cas connu de l'architecte Charles François de Mondion ou des peintres Michelangelo Merisi, dit Le Caravage, ou Mattia Preti. Ils vivaient des subsides des grands maîtres et les honoraient de leurs chefs-d'œuvre car ils n'avaient pas la possibilité d'être commandeur, Preti se plaignait suffisamment de vivre chichement à Malte et qu'il lui fallait vendre en Italie ses tableaux pour compléter ses revenus. Ne pas être commandeur n'a pas toujours été une règle d'or puisque le peintre Antoine Favray au , chevalier de grâce, sera élevé à la fonction de commandeur pour qu'il puisse assurer son train de vieAlain Blondy, 2002, p. 14.
Les frères servants
Les servants hospitaliers
Les servants hospitaliers avaient leurs services à l'hôpital de l'Ordre, certains servaient dans l'administration de l'Ordre. D'autres avaient leurs services dans les prieurés comme conseil juridiqueAlain Blondy, 2002, p. 13-14.
Les sergents d'armes
Les sergents d'armes étaient d'origine roturière, ils ne devaient prouver uniquement que l'honorabilité de leur famille. Ils étaient les servants des frères chevaliers qu'ils servaient à la guerre mais aussi en temps de paixAlain Blondy, 2002, p. 13. Ces servants d'armes concouraient aux commanderies qui leur étaient réservées mais qui souvent étaient communes aux sergents d'armes et aux chapelains ce qui diminuait leurs chances d'y accéder.
Les confrères donats La première expression de confrère disparait petit à petit pour ne laisser subsister que celle de donat.
Ces donats, sont des gens de toutes conditions, même des puissants, qui se donnent à l'Ordre en léguant, de suite ou à leur mort, une partie de leurs biens, soit pour vivre au sein de l'Ordre, généralement dans les commanderies, et profiter de sa bienveillance, soit en attendant de prononcer leurs vœux pour rentrer définitivement dans l'Ordre, soit, principalement pour les puissants, de mourir et d'être enterrés dans l'Ordre pour la sauvegarde de leur âme. L'exemple le plus connu est Guillaume Caoursin (1430-1501), qui fera une brillante carrière dans l'Ordre pourvu de la charge de vice-chancelier de l’Ordre de Saint-Jean de Jérusalem sans jamais faire partie des frères hospitaliers.